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放线菌研究进展：2019 年 ActinoBase 综述
收到日期：2020 年 2 月 21 日；接受日期：2020 年 5 月 28 日；发布日期：2020 年 6 月 19 日 作者隶属关系：1 英国东英吉利大学生物科学学院，诺里奇研究园区，诺里奇，诺福克 NR4 7TJ，英国；2 英国斯特拉斯克莱德大学斯特拉斯克莱德药学和生物医学科学研究所，格拉斯哥大教堂街 161 号，G4 0RE，英国；3 英国兰开夏郡 Edge Hill 大学生物系，L39 4QP；4 英国诺里奇约翰英纳斯中心分子微生物学系，NR4 7UH。 *通讯作者：Thomas C. McLean，T.mclean@uea.ac.uk 关键词：ActinoBase；放线菌；抗生素；发展；方法学；微生物生态学；调节；特殊代谢物；链霉菌；共生。缩写：antiSMASH，抗生素和次级代谢物分析壳；ARTS，抗生素耐药性靶向搜索者；BCI，巴罗科罗拉多岛；BGC，生物合成基因簇；c-di-GMP，3'，5'-环二鸟苷酸；ChIP-seq，染色质免疫沉淀测序；DSB，双链断裂；EHEC，肠出血性大肠杆菌；EPEC，肠致病性大肠杆菌；GMC，共同进化的地理马赛克理论；GNPS，全球天然产物社会分子网络；GPA，糖肽抗生素；GPA，糖肽抗生素；HMM，隐马尔可夫模型；ISBA，放线菌生物学国际研讨会；LEE，肠细胞消除位点；MAG，宏基因组组装基因组；NRPS，非核糖体肽合成酶； PKS，聚酮合酶；RiPP，核糖体合成和翻译后修饰肽；SNP，单核苷酸多态性；TCS，双组分系统；T3SS，III 型分泌系统；WGS，全基因组测序。† 这些作者对本作品的贡献相同 000944 © 2020 作者
脂肽的计算机辅助药物发现的机会主义挑战：大分子疗法的新见解
抽象的计算机辅助药物设计是击败干燥药物发现的一种有前途的方法。它旨在通过成本效益减少实验性工作。自然发生的大分子具有高于500道尔顿的分子量，例如猫离子肽，环状肽，糖肽和脂肪肽是一些大分子的例子，这些实例是成功应用，这些实例是作为广泛的抗生素，抗癌，抗癌药物，抗病毒，反病毒，抗原和毒药。利用微生物 - 土豆片作为潜在的候选药物，通过大规模生产此类分子而不是合成方法来产生成本效益。对此类化合物的计算研究产生了巨大的可能性，可以使用可用的计算工具来处理这些复杂分子，从而开发新的潜在客户。开发率始于母体药物分子中所需的结构修饰。虚拟修饰，然后通过分子建模模拟和结构活性关系模型的鉴定，然后在目标位点进行分子相互作用研究，以开发出更为突出和潜在的药物分子。铅优化研究以开发具有提高特异性和降低靶向的新型化合物是大分子在计算上是一个巨大的挑战。预测优化的药物特性的预测有助于与天然化合物相比，具有较低毒性的化合物的发展。因此，需要探索来自具有更高特异性的天然大分子的Devel-op新颖化合物。生成针对目标特异性和ADMET（吸收，分布，新陈代谢，排泄和毒性）的化合物和研究库，用于大分子，这是费力的，并且通过无体外方法产生了巨大的成本和化学浪费。这篇评论文章将重点介绍了计算机辅助药物发现大分子疗法的可能挑战和机遇。关键字：抗真菌剂，环状肽，药物发现，糖肽，脂肽引用本文：Yadav M，Eswari JS。脂肽的计算机辅助药物发现的机会主义挑战：大分子疗法的新见解。Avicenna J Med Bio-Tech 2023; 15（1）：1-13。
摘要 计算机辅助药物设计是一种很有前途的方法，可以打破药物发现的枯燥流程。它旨在减少实验工作量
摘要 计算机辅助药物设计是一种很有前途的方法，可以打破药物发现的枯燥流程。它旨在减少实验工作量并提高成本效益。天然存在的分子量大于 500 道尔顿的大分子，如阳离子肽、环肽、糖肽和脂肽，是成功应用于广谱抗菌、抗癌、抗病毒、抗真菌和抗血栓药物的几种大分子。利用微生物代谢物作为潜在候选药物，通过大规模生产此类分子而不是合成方法，可以提高成本效益。对此类化合物进行计算研究为开发新线索提供了巨大的可能性，但挑战在于使用现有的计算工具来处理这些复杂的分子。机会始于对母体药物分子进行所需的结构修饰。通过分子建模模拟和结构-活性关系模型的识别，在靶位进行虚拟修饰，然后进行分子相互作用研究，以开发出更突出和更有潜力的药物分子。对于大分子而言，通过先导优化研究来开发具有更高特异性和更低脱靶效应的新型化合物在计算上是一个巨大的挑战。预测优化的药代动力学特性有助于开发出比天然化合物毒性更低的化合物。建立化合物库并研究大分子的靶标特异性和 ADMET（吸收、分布、代谢、排泄和毒性）非常费力，并且通过体外方法会产生巨大的成本和化学浪费。因此，需要探索计算方法，从天然大分子中开发具有更高特异性的新型化合物。这篇综述文章重点关注计算机辅助大分子治疗药物发现途径中可能面临的挑战和机遇。关键词：抗真菌剂、环肽、药物发现、糖肽、脂肽本文引用：Yadav M，Eswari JS。计算机辅助脂肽药物发现的机会性挑战：大分子治疗的新见解。Avicenna J Med Bio-tech 2023；15（1）：1-13。
万古霉素治疗药物监测
万古霉素是一种糖肽，我们从 20 世纪中叶就开始使用，实际上是从东方链球菌中提取的。这是一种杀菌药物，通过干扰肽聚糖的聚合来影响细菌细胞壁的合成。1、2 万古霉素对革兰氏阳性菌有效，包括链球菌、肠球菌和金黄色葡萄球菌，也包括 MRSA 感染。3 它与输液相关事件、肾毒性、耳毒性、中性粒细胞减少症等不良反应以及恶心、呕吐、发冷、嗜酸性粒细胞增多和皮肤受累（以剥脱性皮炎、史蒂文斯-约翰逊综合征和血管炎的形式出现）等不良反应有关。万古霉素的治疗指数较窄。 4 药物浓度过高，药物不良反应明显；药物浓度过低，对耐多药菌没有效果，还可能产生对万古霉素的耐药性，因此万古霉素的TDM就显得十分重要。2009年美国传染病学会发布了第一部万古霉素药物治疗剂量监测指南。 5 本文探讨了万古霉素TDM指南的必要性。
综述针对肿瘤特异性粘蛋白糖表位的抗体-药物偶联物
找到理想的靶表位是开发抗体-药物偶联物 (ADC) 的关键要素。为了最大限度地将药物输送到肿瘤细胞并减少副作用，该表位应特定于癌细胞并保留所有正常组织。在癌症进展过程中，糖基化途径经常发生改变，从而产生针对癌细胞的新型糖基化模式。粘蛋白是高度糖基化的蛋白质，经常在肿瘤上表达，因此是改变的糖表位的理想呈递者。在这篇综述中，我们描述了三种不同类型的糖表位，它们被单克隆抗体 (mAb) 识别，因此可作为 ADC 的理想支架；仅含糖链、糖肽和屏蔽肽糖表位。我们回顾了针对 MUC1 或足糖萼蛋白 (Podxl) 上表达的糖表位的 ADC 以及针对 MUC16 或 MUC5AC 上表达的糖表位的两种 mAb 的临床前和临床结果，这些结果可作为 ADC 开发的潜在候选药物。最后，我们讨论了目前使用糖表位靶向 ADC 治疗癌症的局限性，并提出了提高其疗效和特异性的方法。
静脉注射氨基糖苷类药物治疗（阿米卡星、庆大霉素和妥布霉素）
氨基糖苷类（阿米卡星、庆大霉素和妥布霉素）是用于革兰氏阴性菌感染肠外治疗的高效杀菌抗生素。由于可能出现肾毒性和耳毒性（这些毒性随着使用时间延长而增加），因此通常应限制使用剂量少于 3 剂（持续时间为 72 小时），例如用于尿路脓毒症的经验性治疗。氨基糖苷类与某些细胞壁活性药物（例如青霉素、糖肽）联合使用时，可提供有用的协同杀灭作用，从而提高链球菌或肠球菌性心内膜炎等严重感染的临床治愈率。所有需要使用庆大霉素超过 72 小时的患者都需要传染病 (ID) 输入和 AMS 批准才能接受持续治疗。CHQ 抗菌药物管理网站上列出了庆大霉素和妥布霉素的预批准适应症。阿米卡星是一种受限制的抗菌药物，在开具处方或使用前需要输入身份证明并获得 AMS 批准。为了确保疗效、最大程度降低毒性并限制耐药性的蔓延，必须仔细开具阿米卡星、庆大霉素和妥布霉素治疗处方并进行监测。
炎性型靶向疗法作为主动脉动脉瘤和解剖的新型治疗选择：临床前证据的系统评价
血吸虫病是一种全球流行的，使人衰弱的疾病，受化学疗法控制不佳，不存在疫苗。尽管人们可能会随着反复的感染和治疗而发展的部分耐药性，但一些动物，包括棕色大鼠（Rattus Norvegicus），只是半疗法的，并且具有自然保护。为了理解这种保护的基础，我们探讨了棕色大鼠对棕色大鼠感染的免疫反应的性质。感染会导致IgG与复杂型N-聚糖一起产生寄生虫糖蛋白，其中含有核心α2-木糖和核心α3-凝胶（核心xyl/FUC）的非哺乳动物型修饰。这些表位在血吸虫和成年蠕虫的表面上表达。重要的是，这些表位的IgG可以通过体外补体依赖性过程杀死血吸虫。此外，受感染的恒河猴和感染的棕色大鼠的血清能够以含有核心xyl/fuc的糖肽抑制的方式杀死血吸虫。这些结果表明，棕色大鼠和恒河猴中对棘体感染的保护性抗体包括对表面表达的N-聚糖中核心Xyl/FUC表位的IgG反应，并提高了可能开发出可与这种疾病作用的新型Glyco疫苗的潜力。
Jadomycins 的多种 DNA 切割能力...
已知的参与 DNA 切割的灵菌红素氧化剂。15,16 在 10 µ M 浓度下，jadomycin B 未产生可检测到的 DNA 损伤。添加铜离子会以浓度依赖性方式促进 jadomycin B 对双链 DNA（II 型）的单链切割。最佳切割发生在 jadomycin B/Cu(II) 比率介于 0.5 和 1 之间时；仅使用 10 µ M 铜时未观察到切割。降低任一试剂的浓度都会降低切割程度，表明该反应不是催化反应。需要 Cu(II) 来引起 DNA 损伤，这让人想起博来霉素所表现出的金属介导作用机制，17 博来霉素是一种用于治疗某些癌症的糖肽类抗生素。这些药物通过氧依赖性的铁介导的 DNA 骨架切割发挥细胞毒作用。与天然产物灵菌红素一样，15,16 jadomycin B 可能能够还原 Cu 2 + 离子以产生类似的芬顿型化学反应，其中活性氧物质是造成 DNA 损伤的原因。在以亮氨酸作为唯一氮源的条件下培养时，委内瑞拉链霉菌 ISP5230 会产生 jadomycin L，18 jadomycin B 的结构异构体
肥胖症和2型糖尿病的药理学治疗的新事态发展 - 贝隆和GLP-1受体激动剂
摘要：管理肥胖和2型糖尿病（T2DM）的指南强调了生活方式改变的重要性，包括减少热量饮食和增加体育锻炼。对于许多人来说，从长远来看，这些变化可能很难维持。药物选择已经可以治疗肥胖症，这可以帮助减少食欲和/或减少热量摄入量。基于泌尿素的肽通过G蛋白偶联受体，胰高血糖素样肽-1（GLP-1）的受体和葡萄糖依赖性胰岛素多肽（GIP）和胰糖肽激素是胰岛素分泌和能量代理的重要调节剂。了解细胞间信号通路和炎症过程的作用对于肥胖症中有效的药理学剂的发展至关重要。GLP-1受体激动剂已成功使用，但是假定它们的有效性可能受到靶向受体的脱敏和下调的限制。越来越多的针对泌尿蛋白酶激素的新药物正在用于日常临床实践，包括口服GLP-1受体激动剂，双GLP-1/GIP受体激动剂Tirzepatide以及其他双重和三重GLP-1/GIP/GIP/GIP/Glucagon受体受体激动剂，这可能会表现出更大的影响力。此叙述性评论总结了不同降直伐其员激素的治疗作用，并在治疗T2DM和肥胖症的治疗中呈现了未来的前景。
resfinderfg v2.0：通过功能宏基因组学获得的抗生素抗性基因数据库
宏基因组学可用于监测抗生素耐药基因的扩散（ARGS）。args在诸如分解和纸牌原理等数据库中发现的源自可培养和致病性细菌，而来自不可培养和非病原细菌的ARG仍然研究了。功能元素基于表型基因的选择，并且可以从具有与已知ARGS共享的潜在低认同性的不可培养的Bacteria中识别出ARG。在2016年，创建了ResfinderFG V1.0数据库，以从功能性研究中收集ARG。在这里，我们介绍了数据库Resfinderfg v2.0的第二个范围，该v2.0可在基因组流行语Web服务器中心（https：//cge.food.dtu.dtu.dk/ services/ resfinderfg/）中获得。它包括3913 ARG，由50个精心策划的数据集的功能性宏基因组学鉴定。我们评估了与肠道，土壤和水（海洋 +淡水）全球微型基因目录（https://gmgc.embl.de）相比，我们评估了其检测ARG的潜力。res- finderfg v2.0允许检测未检测到使用其他数据库检测的ARG。这些包括对β-甲酰胺，环素，苯酚，糖肽 /环烯烯和甲氧苄啶 /磺胺酰胺的抗性。因此，ResfinderFG v2.0可用于识别与常规数据库中发现的ARG，从而改善了抗抗性的描述。