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World File Search System系统发育
分子系统发育
18世纪和19世纪初的博物学家将这种等级制度比作“生命之树”，这是Darwin（1859）在物种起源中采用的类比，是描述生物的相互联系的进化历史的手段。因此，由Linnaeus设计的分类方案被重新解释为系统发育，不仅表明物种之间的相似性，还表明其进化关系。历史这个分支在20世纪初出现，随着蛋白质测序的出现。 PCR，电泳和其他分子生物学技术。在1904年，Nuttal使用血清学交叉反应来推断生物之间的关系。.1950的分子技术，例如蛋白质测序和淀粉凝胶电泳，引入了进化研究。1960'S-1970的分子数据用于较高级别的系统发育重建（例如阶和类）。1985PCR的发展（聚合酶链反应）的发展导致系统发育重建的活性水平。分子系统发育的目标
使用系统发育
Silico生物学中的摘要被认为是一种有效且适用的方法来启动各种研究，例如生物多样性分类学保护。在用于兰花物种的硅分类法中使用的系统发育分析可以提供有关遗传多样性和进化关系的数据。在分类学研究中可用于评估基因基因座特定靶标的一种特殊方法是DNA条形码。进行了这项研究，以使用MAT K，RBC L，RPO C1和NRDNA标记来确定特定的靶基因基因基因，用于使用系统发育分析在硅方法中使用Silico方法的Coelogyne属的DNA条形码。所有标记序列均从NCBI网站收集，并使用多种软件和方法进行分析，即用于样品序列对齐的Clustal X和用于系统发育树的结构和分析的Mega 11。恢复表明，建议使用的基因基因座是nrDNA基因基因座。系统发育分析表明，NRDNA基因基因座的使用能够将17种coelogyne物种与两个外群物种分开，即Cymbidium和Vanilla，然后与1,5-双磷酸羧化酶/氧合酶/氧合酶/氧合酶/氧合酶大型亚基（RBC l）一起，而其他基因群和其他polim subiN locase and n namely malsy matulase k（rbc l）（namely kita k）（namely malsy matuly k）（namy k'' RPO C1）提供了一种视觉植物树，其中两个外群物种与Coelogyne物种相同。因此，这项研究的结果可用作支持Coelogyne育种和保护计划的参考。版权所有：©2023，J。热带生物多样性生物技术（CC BY-SA 4.0）
基因组时代的系统发育
分子系统发育学诞生于20世纪中叶，当时蛋白质和DNA测序的出现为研究生物体之间的进化关系提供了一种新颖的方式。该学科的第一个50年可以看作是对解决力量的长期追求。目标 - 重建生命之树 - 似乎是无法到达的，方法进行了严重辩论，并且数据限制了。也许是出于这些原因，即使是整个方法的相关性，也反复质疑，作为所谓分子与形态辩论的一部分。通常在长期存在的难题中结晶的争议，例如土地植物的起源，胎盘哺乳动物的多样化或原核生物/真核生物鸿沟。随着基因和物种样本的规模增加，其中一些问题已解决。多年来，分子系统发育学已经逐渐从一个辉煌的革命性思想演变成一个以可靠建造树木的问题为中心的成熟研究领域。在2000年代后期，这种逻辑进展突然中断。高通量测序出现，该领域突然移入了完全不同的东西。对基因组规模数据的访问深刻地重塑了方法论挑战，同时打开了惊人的新应用观点。系统发育学使系统学领域占据了本世纪最令人兴奋的研究领域之一 - 基因组学。这是这本书的目的：在当前的系统基因组时代，我们如何做树木以及我们对树木的工作。第2部分涵盖了数据问题过渡到基因组规模数据的一个明显的实际结果是，最广泛使用的树木建造方法基于序列进化的概率模型，需要密集的算法优化才能适用于当前数据集。本书的第1部分中考虑了此问题，其中包括对马尔可夫模型（第1.1章）的一般介绍以及如何最佳设计和实施最大可能性（第1.2章）和贝叶斯（第1.4章）系统发育推论方法的详细描述。现代系统基因组学计算方面的重要性是，有效的软件开发是该领域众多研究小组的主要活动。我们承认这一点，并包括七个“如何”章节，其中介绍了主要的系统基因组工具的最新更新 - RAXML（第1.3章），门类（第1.5章），MACSE（第2.3章），BGEE（第4.3章），Revbayes（Revbayes（第5.2章），Beagle（第5.4章），和BPP（第5.4章），和BPP（5.6）。基因组规模的数据集非常大，以至于统计能力是过去几十年中系统发育推断的主要限制因素，不再是主要问题。大量数据集倾向于扩大它们传递的信号（无论是生物学还是人工），因此偏见和不一致而不是采样方差，是基因组时代系统发育推断的主要问题。
分子系统发育和进化
毒蛙 (Dendrobatidae) 以其警示种而闻名，它们兼具多样的颜色图案和防御性皮肤毒素，但该科中的大多数物种颜色不显眼，被认为不具有警示性。Epipedobates 是 Dendrobatidae 中最年轻的属级进化枝之一，包含警示种和不显眼种。使用 Sanger 测序的线粒体和核标记，我们证明 Epipedobates 中不显眼种之间存在较深的遗传分歧，但显眼种之间的遗传分歧相对较浅。我们的系统发育分析包括对通常被认定为 E. boulengeri 和 E. espinosai 的不显眼谱系进行广泛的地理抽样，从而揭示了两个假定的新物种，一个在哥伦比亚中西部 (E. sp. 1)，另一个在厄瓜多尔中北部 (E. aff. espinosai)。我们得出结论，E. darwinwallacei 是 E. espinosai 的次级主观同义词。我们还阐明了不显眼的 Epipedobates 物种（包括广泛分布的 E. boulengeri）的地理分布。我们对每个名义物种的表型多样性进行了定性评估，重点关注不显眼物种的颜色和图案。我们得出结论，Epipedobates 包含八个已知有效物种，其中六个不显眼。轻松的分子钟分析表明 Epipedobates 最近的共同祖先大约有 1110 万年的历史，几乎是之前估计的两倍。最后，遗传信息指向哥伦比亚与厄瓜多尔西南边界的 Choc ´ o 地区的物种多样性中心。本文的西班牙语译文可在补充材料中找到。
猿类：系统发育和进化分析
描述 用于读取、写入、绘制和操作系统发育树的函数，在系统发育框架中分析比较数据，祖先特征分析，多样化和宏观进化分析，计算 DNA 序列的距离，读取和写入核苷酸序列以及从 BioConductor 导入，以及多种工具，例如 Mantel 检验、广义天际线图、系统发育数据的图形探索（alex、trex、kronoviz）、使用平均路径长度和惩罚可能性估计绝对进化率和时钟树，使用非同时期序列确定树的年代，将 DNA 转化为 AA 序列，以及评估序列比对。系统发育估计可以用 NJ、BIONJ、ME、MVR、SDM 和三角法以及几种处理不完整距离矩阵的方法（NJ*、BIONJ*、MVR* 和相应的三角法）来完成。一些函数调用外部应用程序（PhyML、Clustal、T-Coffee、Muscle），其结果返回到 R 中。
综合分类学和系统发育学...
生物多样性在维持生态平衡、提供食物和支持全球生计方面发挥着至关重要的作用。印度是生物多样性极其丰富的国家之一，拥有大量特有物种。水生生物多样性，尤其是渔业资源，至关重要，因为它提供富含蛋白质的食物、维持生计并产生外汇。然而，由于人为因素导致的生物多样性下降令人担忧。综合分类学结合了传统方法和分子方法，彻底改变了分类学领域。基于形态特征的传统分类学历来支撑着我们对物种多样性的理解。然而，它有时会遇到表型可塑性等问题，即生物体的外观在不同环境条件下差异很大。过去三十年发展起来的 DNA 条形码等分子技术弥补了传统方法的不足，解决了分类模糊性问题，揭示了隐秘物种，揭示了形态学方法可能遗漏的进化关系。尽管印度拥有多样化的农业气候区，并且是一个生物多样性大国，但其生物多样性中只有不到一半得到了分子水平的表征。新一代测序等先进方法现在可以直接从环境样本中识别物种，增强了我们全面监测生物多样性的能力。培训计划“综合分类学和系统发育学”专门为让研究人员了解传统和基于 DNA 序列的物种划界技术的强大组合而设计。这种综合方法对于准确编目印度丰富的生物多样性和实施有效的保护战略至关重要。
tentorium cerebelli的系统发育和胚胎学...
江X，Iseks S，Maxson，RE，Al：开发生物学2002 Yoshida T，Vivatbutsin P，Morriss-Kay G等：Mech Dev 2008