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World File Search System线虫
胃肠道线虫的全身免疫调节
胃肠道线虫（GIN）感染已向哺乳动物免疫系统施加了重大的进化压力，并且仍然是全球经济和人类健康负担。感染后，2型免疫剂量激活了一种常见的抗固定反应，该反应动员并重塑了肠道组织的效应功能。但是，杜影响杜松子酒感染对远端组织免疫状态的影响也越来越多。的确，即使在杜松子永远不会过境的组织中也观察到这种效果。这篇评论强调了杜松子酒感染如何通过（a）诱导宿主耐药性和耐受性反应，（b）分泌免疫调节产物以及（c）与睾丸内微生物组的相互作用来调节系统性免疫。它还讨论了对远端组织免疫变化的直接后果可能会导致并发和随后的感染，慢性非传染性疾病和疫苗接种功效。
无性异源多倍体根结线虫的分阶段染色体规模基因组组装揭示了复杂的亚基因组结构
我们展示了异源多倍体根结线虫Meloidogyne javanica的染色体级基因组组装。我们发现M . javanica基因组主要是异源多倍体，包含两个亚基因组A和B，最有可能起源于两个祖先亲本物种的杂交。使用全长非嵌合转录本、与参考数据库的比较和从头算预测技术对组装进行了注释，并使用祖先k聚体谱分析对亚基因组进行了分阶段。亚基因组B似乎显示染色体重叠群的分裂，虽然亚基因组之间存在大量同源性，但我们还确定了缺乏同源性的区域，这些区域可能在杂交之前或之后在祖先基因组中发生了分化。这种带注释和分阶段的基因组组装为了解这些全球重要植物病原体的起源和遗传学提供了重要资源。
统一社区范围内的全脑成像数据集可以实现强大的自动神经元识别，并揭示秀丽隐杆线虫中神经元定位的决定因素
我们开发了一种用于 C. elegans 体积显微镜数据（静态或视频）的数据协调方法，包括标准化格式、数据预处理技术和一套基于人机交互机器学习的分析软件工具。我们将来自 5 个实验室的 118 个全脑神经活动成像数据集统一起来，将这些数据集和随附工具存储在一个名为 WormID (wormid.org) 的在线存储库中。我们使用此存储库生成统计图谱，该图谱首次实现了跨实验室的精确自动细胞识别，在某些情况下接近人类的表现。我们挖掘这个存储库以确定影响神经元发育定位的因素。为了方便大家使用这个存储库，我们创建了开源软件、代码、基于网络的工具和教程，以探索和管理数据集，为科学界做出贡献。该存储库为实验者、理论家和工具制造者提供了不断增长的资源，以研究不同实验范式中的神经解剖组织和神经活动，开发和基准测试自动神经元检测、分割、细胞识别、跟踪和活动提取的算法，并为神经生物学发育和功能模型提供信息。
基因组组装和人膜线虫的注释Mermis nigrescens
线虫的遗传研究已由秀丽隐杆线虫作为模型物种主导。缺乏基因组资源使遗传研究扩展到其他线虫群体。在这里，我们报告了Mermithid线虫Mermis Nigrescens的基因组组装草案。Mermithidae是昆虫寄生的线虫，带有宿主，包括各种陆地节肢动物。我们使用纳米长读数和10倍铬链路读取了nigrescens M. nigrescens的整个基因组。组件的尺寸为524 MB，由867个脚手架组成。N50值为2.42 MB，一半的组装中的一半在30个最长的脚手架中。来自真核生物数据库（Eukaryota_odb10）的组装BUSCO分数表明基因组为86.7％，而5.1％的基因组为5.1％。基因组具有高水平的杂合性（6.6％），重复含量为83.98％。mRNA-seq从不同尺寸的NEMA TOD（≤2cm，3.5–7 cm和> 7 cm的身体长度）中读取，代表不同的发育阶段，并用于基因组注释。使用AB的初始和基于证据的基因模型预测，注释了12,313个蛋白质编码基因和24,186个mRNA。这些基因组资源将有助于研究人员调查生物学和宿主 - 寄生虫的各个方面。
秀丽隐杆线虫幼虫发育过程中miRNA积累的动力学
抽象在时间和空间控制的积累中是microRNA（miRNA）在各种发育过程中的功能的基础。在秀丽隐杆线虫中，这是通过颞型mirnas lin-4和let-7的e x增强的，但是对于大多数miRNA，d e v elopmental e xpres-sion模式仍然很差。的确，e x ppermimentserv ed long fall liv es ma y限制了可能的动力学。在这里，我们在秀丽隐杆线虫中介绍了高胚胎发育的miRNA表达。我们使用数学模型来探索潜在的机制。对于Let-7，我们可以通过节奏转录和通过RNA结合蛋白LIN-28对前体处理的节奏转录和特定阶段的调节结合来解释并实验确认。相比之下，Se v eral其他miRNA的动态不能仅通过调节生产率来解释。具体而言，示出了振荡转录和miR-235的振荡性转录和rh ythmic deca y rh ythmic积累，这是其他动物中miR-92的直系同源的。我们证明，miR-235和其他miRNA的衰变取决于EBAX-1，以前与目标指导的miRNA降解有关（TDMD）。综上所述，我们的结果提供了对动态miRNA衰变的见解，并建立了研究d v elopmental功能和作用于miRNA的调节机制的资源。
Caenorhabditis秀丽隐杆线虫认可细菌纳米纤维素纤维作为功能性饮食纤维还原脂质标记
de ci d ci de Maternals de Barcelonal（ICMAB-CSIC），UAB校园，Bellaterra，Bellaterra 08193，西班牙B alkek宏基因组学与微生物学研究中心，分子病毒学和分子病毒学和微生物学系 homico (CNAG), C/Baldiri Reixac 4, 08028 Barcelona, Spain D University Aut `ONOMA DE BARCELONA, Biophysics Unit, Department of Biochemistry and Molecular Biology, Faculty of Medicine, Avingua de Can Dom` Enech, 08193 Cerdanyola del Vall `Ex, Spain and Program in Development, Disease Models and Therapeutics, Baylor College of Medicine, 1贝勒广场，德克萨斯州休斯敦，美国德克萨斯州休斯敦，美国医学院，维克 - 中心加泰罗尼亚大学（UVIC-UCC）（UVIC-UCC），西班牙08500 VIC，西班牙G研究所，加泰罗尼亚中部的生命科学与健康研究所Aut'Onoma de Barcelona，08193，西班牙贝拉特拉，I Deprodoment debioquímicai生物学分子，大学Aut ot'Onoma'Onoma de Barcelona，08193 Bellaterra，西班牙de ci d ci de Maternals de Barcelonal（ICMAB-CSIC），UAB校园，Bellaterra，Bellaterra 08193，西班牙B alkek宏基因组学与微生物学研究中心，分子病毒学和分子病毒学和微生物学系 homico (CNAG), C/Baldiri Reixac 4, 08028 Barcelona, Spain D University Aut `ONOMA DE BARCELONA, Biophysics Unit, Department of Biochemistry and Molecular Biology, Faculty of Medicine, Avingua de Can Dom` Enech, 08193 Cerdanyola del Vall `Ex, Spain and Program in Development, Disease Models and Therapeutics, Baylor College of Medicine, 1贝勒广场，德克萨斯州休斯敦，美国德克萨斯州休斯敦，美国医学院，维克 - 中心加泰罗尼亚大学（UVIC-UCC）（UVIC-UCC），西班牙08500 VIC，西班牙G研究所，加泰罗尼亚中部的生命科学与健康研究所Aut'Onoma de Barcelona，08193，西班牙贝拉特拉，I Deprodoment debioquímicai生物学分子，大学Aut ot'Onoma'Onoma de Barcelona，08193 Bellaterra，西班牙
litomosoides sigmodontis的基因组照亮了丝状线虫中Y染色体的起源
异态性别染色体起源于一对获得性别确定基因座的自动染色体，随后停止重组，导致性别受限的染色体变性。大多数线虫物种缺乏异态性别染色体，并使用X染色体计数机制来确定性别，其中一个或多个X染色体（XX/X0）的雄性为半合子。一些丝状线虫物种，包括人类的重要寄生虫，具有异晶XX/ XY核型。已经假定性别是由这些特殊的Y连锁基因座确定的。然而，核型分析表明，丝状Y染色体源自参与X型体融合事件的常染色体的未连接同源物。在这里，我们生成了一个染色体水平的参考基因组，用于litomosoides sigmodontis，这是一种具有祖先丝状核型和性别确定机制（xx/x0）的丝状线虫。通过将组装的染色体映射到透性线虫祖先连锁（或Nigon）元素中，我们推断出，祖先的丝状X染色体是Nigonx（祖先X-inked Element）和Nigond（Ancestryally Autoso-autoso-mal）之间融合的产物。在带有XY系统的两个丝状谱系中，已经有两个独立的X-Auto-一些涉及不同常染色体黑色NIGON元素的染色体融合事件。在这两个谱系中，Neo-X和Neo-Y染色体共享的区域都在X的祖先常染色体部分内，证实了丝状Y染色体是源自自动体的未使用的同源物。XY丝状线虫中的性别确定可能会继续通过祖先的X染色体计数机制进行操作，而不是通过y连接的性别决定的基因座进行。
社论：nemophagous真菌作为线虫控制剂
不适当和过度使用化学物质会对一种健康产生几种负面影响。因此，对害虫控制替代措施的研究是紧迫而必要的。此外，联合国2030年议程强调了实现粮食安全和促进可持续农业的目标。因此，使用生物控制是非常必要的。在这种情况下，使用真菌的微生物控制突出。一些特定的真菌是线虫的天然敌人，因为真菌消耗了线虫。这些食肉真菌被称为黑凝真菌（NF）。nf几乎存在于真菌王国的几乎所有分类群中，可以分为五个群体：线虫捕获/捕食者，机会主义或卵巢群，内寄生虫，产生毒素的真菌，以及特殊攻击设备的生产者（Soares等人，2018年）。这些微生物具有生物技术利益，超出了生物控制。此外，突出了这些酶和纳米颗粒的产生，这些酶和纳米颗粒的生产得到了强调，这些生物被强调了核苷酸活性（Barbosa等，2019； Soares等，2023）。因此，在这个研究主题中，Al-Ani等人。回顾了NF在生物技术和可持续农业中的作用。根据影响线虫的机制，他们将NF分为两种类型：直接（载植物，内寄生虫，囊肿或产生毒素的卵寄生虫，以及特殊攻击装置的生产者）或非导向效应（瘫痪的毒素，影响Nematodes的生命周期）。这种机会性真菌具有在壳聚糖作为其唯一营养来源的能力。此外，作者讨论了NF关于NF对环境的适应及其对线虫的作用的一些分子机制。是最突出的NF产品之一，并且在控制感兴趣的植物寄生线虫的研究中是Pochonia chlamydosporia。壳聚糖是由几丁质的N-二乙基形式产生的多糖。此外，它在控制植物有害生物和疾病方面有效。在这个研究主题中，Lopez-Nuñes等。讨论了白疟原虫在植物上执行的有益内生作用，以及壳聚糖和黑凝真菌的联合使用如何成为对线虫和其他根病原体生物学控制的新型策略。
通过秀丽隐杆线虫胚胎中的有丝分裂polike激酶1（PLK-1）拆卸的核孔复合物的机制
在有丝分裂过程中拆除了保护和组织基因组的核包膜。在秀丽隐杆线虫合子中，父母原核的核包络崩溃（NEBD）在有丝分裂过程中是空间和节气调节的，以促进母体和父亲基因组的统一。核孔复合物（NPC）拆卸是NEBD的决定性步骤，对于核通透性至关重要。通过结合实时成像，生物化学和磷蛋白质组学，我们表明NPC拆卸是一个逐步的过程，它可以将类似polo的激酶1（PLK-1）（PLK-1） - 依赖性和独立步骤。plk-1靶向多个NPC子分类，包括细胞质丝，中央通道和内环。PLK-1被募集到并磷酸化几种多价接头核孔蛋白的内在无序区域（IDR）。值得注意的是，尽管磷脂在人和秀丽隐杆线虫核孔之间并不保守，但它们位于这两个物种的IDR中。我们的结果表明，靶向多价接头核孔的IDR是有丝分裂过程中NPC拆卸的进化保守的驱动器。