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丰富的测量结果揭示了人类肠道微生物组中的裂解与裂解性之间的平衡
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2024年12月11日。 https://doi.org/10.1101/2024.09.27.27.614587 doi：biorxiv preprint
Pathofact 2.0：一种用于预测宏基因组中抗菌抗性基因，毒力因子，毒素和生物合成基因簇的综合管道
摘要摘要：抗菌抗性基因（ARGS）和毒力因子（VFS）是围绕药物抗药性感染的全球健康危机的核心因素。Pathofact是2021年引入的生物信息学管道，从元基因组数据中提供了对ARGS，VFS和细菌毒素的见解。但是，生物信息学的最新进展突出了对Pathofact的更新版本的需求。我们引入了Pathofact 2.0，这是改进的ARG，VF和毒素预测的增强管道。关键更新包括用于VF识别的更新机器学习（ML）模型，用于毒素识别的新ML模型，扩展了隐藏的Markov模型配置文件以及用于预测生物合成基因簇的Antismash 7.0集成。这些升级使Pathofact 2.0成为预测基于微生物组的致病性和抵抗力的更强大，用户友好的平台，提供了一种至关重要的工具，以更好地理解和应对抗菌素抵抗和感染性疾病所带来的挑战。
470000 个外显子组中罕见编码变异的分析...
先前的一项研究使用 200,000 名经过外显子组测序的英国生物银行参与者对罕见编码变异进行了基于基因的加权负荷分析，确定了三个与 2 型糖尿病 (T2D) 在外显子组范围内显著相关的基因，即 GCK 、 HNF4A 和 GIGYF1 [ 1 ]。尽管 GCK 、 HNF4A 已被公认为是年轻人成年型糖尿病 (MODY) 的病因，但 GIGYF1 的含义是新的，尽管另一项研究很快证实了这一点，该研究使用了 379,000 名英国生物银行参与者的序列数据[ 2 - 4 ]。虽然这三个基因是唯一达到全外显子组显著性的基因，但共有 32 个基因具有显著性，未校正的 p 值 < 0.001，而鉴于有 20,384 个信息基因，只有 20 个是偶然出现的。此外，从生物学的角度来看，这些基因中有许多似乎具有潜在的意义。值得注意的是，许多其他在 2 型糖尿病中发挥了明确作用的基因未能通过加权负担分析产生强有力的关联证据，这些基因包括 HNF1A 、 HNF1B 、 ABCC8 、 INSR 、 MC4R 、 SLC30A8 和 PAM 。随后，使用多种不同表型对来自同一英国生物银行队列的大量外显子组测序参与者进行了罕见变异分析，所研究的一些表型包括 2 型糖尿病和相关疾病 [ 5 , 6 ]。全套 470,000 名参与者的外显子组序列数据现已更广泛地开放，本研究在新样本中对先前研究中 p < 0.001 时显著的基因以及上面提到的其他与 2 型糖尿病有关的基因进行了加权负担分析。本研究旨在检测关联证据，并将结果与上述多重表型研究的结果进行比较，以及描述不同类别的编码变异对相关基因风险的影响。本研究的目的是使用 270,000 个新获得的外显子组来测试一些在早期研究中经过多重检验校正后结果不显著的基因是否可以提供与新样本关联的证据。此外，拥有 470,000 个更大的样本意味着可以更准确地模拟相关基因中不同类别变异对疾病风险的影响。
通过CRISPR/CAS9和多个RAAVS 成功建立了基于病毒复制元素的衣原体叶绿体中的外源基因表达系统 散装转录组分析，inmoose，python中的综合多摩管开源环境 标题：在神经退行性疾病的小鼠模型中自动评估区域脑萎缩的工具 揭示了来自单个人类皮肤部位的共生菌群的多样性 探索1 ... 中的遗传转化和基因组编辑 诱惑：纵向微生物组研究的时间信息降低 白血病蛋白PHF6和PHIP形成一种染色质复合物，抑制髓样白血病 靶向trem2-tyrobp跨膜结合的药物筛查 Klebphacol：Klebsiella的社区驱动资源... 干细胞因子抑制purkinje细胞的调节 牛的牛外胚层细胞 丰富的测量结果揭示了人类肠道微生物组中的裂解与裂解性之间的平衡 稳定的登革热病毒2包膜亚基疫苗重定向中和抗体1
我们感谢Ben Humphreys，Gaya Amarasinghe，Daisy Leung和Ting Wang的评论和建议，Robert Fulton，Catrina Fronick，Paul Cliften提供了技术帮助。这项工作得到了Siteman Cancer Center的共享资源投资计划的部分支持。
CIBC Caribbean在可再生能源指导小组中托管RMI妇女
CIBC Caribbean是一家关系银行，通过我们的公司和投资银行，个人和商业银行业务和财富管理领域，提供全面的市场领先金融服务。我们在加勒比海地区的11（11）个国家 /地区，通过大约2700名分支机构和办公室的员工为银行服务提供。我们是英语和荷兰语加勒比海地区最大的地区上市金融服务机构之一，资产和市值为10亿美元。我们还在香港设有一个代表办公室，为我们的基金管理提供业务发展和关系管理。银行业务的面貌正在全球变化，CIBC加勒比地区打算以自1836年以来从加勒比海银行业获得的专业知识，诚信和知识来领导这些变化。CIBC Caribbean是CIBC组的成员。CIBC是一家总部位于加拿大的全球金融机构，拥有1100万个个人银行和商业客户。通过我们的三个主要业务部门（零售和商业银行，财富管理和资本市场），CIBC通过其综合的电子银行网络，整个加拿大的分支机构和办公室提供了全方位的产品和服务，并在美国及其世界各地设有办事处。有关CIBC Caribbean的更多信息，请访问www.cibcfcib.com，Facebook，Twitter，LinkedIn，Instagram或YouTube。媒体联系人：黛布拉·金（Debra King），CIBC CARIBBEAN公司传播总监，巴巴多斯电子邮件：debra.king@cibcfcib.com
长期跟踪大鼠组中的社会结构
啮齿动物是研究个人和集体行为的重要模型。在啮齿动物社会结构内的主导地位可以确定获得关键资源的机会，例如食品和交配机会。然而，单个行为与由此产生的群体社会层次结构之间的复杂相互作用的许多方面，尤其是随着时间的推移的演变，仍未得到探索。在这项研究中，我们使用了一个自动跟踪系统，该系统不断监测雄性大鼠的组超过250天，以对个人行为和总体组的动态进行深入分析。我们描述了一个群体内社会结构的演变，并在群体组成和实验领域发生变化时还研究了过去的行为如何影响新的社会等级结构的出现。值得注意的是，我们发现传统的个体和成对测试与群体行为表现出弱相关性，突出了它们在集体背景下预测行为结果的有限准确性。这些结果强调了社会行为作为群体内相互作用的新兴特性的上下文依赖性，并强调了在更自然的环境中衡量和量化社会行为的必要性。
实现锂离子电池组中的被动热失控传播阻力
TR 是电池系统最危险的安全隐患。TR 始于电池产生过多的热量，而这些热量无法充分消散，从而导致电极和电解质材料发生一系列放热反应。4 这些反应会产生气体，从而给电池加压。高温和高压共同作用，经常会导致电池外壳爆裂，5 导致热固体、熔融金属、蒸汽和剧毒气体剧烈喷出。6,7 此外，可燃喷出物（如 H 2 气体和蒸发的有机物）可能着火，从而加剧能量释放。8,9 电池化学成分、9 材料数量、充电状态 (SOC) 10 和老化历史 11 在很大程度上决定了 TR 期间释放的能量和材料。因此，虽然更高容量的化学成分和更高的电池电压会增加电池组的能量密度，但它们也会降低 TR 起始温度，从而增加能量释放。 6,8,9,12 挤压、穿透和外部短路都可能引发 TR，13-17 通常会导致多个电池同时进入 TR。此类事件非常复杂，难以缓解，通常需要有关电池环境的信息（例如，电池在电动汽车内的位置）才能设计出足够的安全措施。另一方面，单电池 TR 可以在电池组级别进行管理。
精致的肠型分型揭示了全球粪便宏基因组中的营养障碍
。cc-by 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本于2024年8月14日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.08.13.607711 doi：Biorxiv Preprint
电池组中串行连接的锂离子电池的新型活动细胞平衡拓扑
在电池管理系统（BMS）中，细胞平衡在减轻电池堆栈中锂离子（Li-ion）细胞中电荷状态（SOC）的不一致方面起着至关重要的作用。如果单元格无法正确平衡，则最弱的锂离子电池将永远是限制电池组可用容量的一种。已经提出了不同的细胞平衡策略，以平衡连接串联的细胞中不均匀的细胞SOC。但是，平衡效率和缓慢的SOC融合仍然是细胞平衡方法的关键问题。为了减轻这些挑战，在本文中提出了一种混合占空比平衡（H-DCB）技术，该技术结合了占空比平衡（DCB）和细胞对包装（CTP）平衡方法。引入了H桥电路的整合，以绕过选定的细胞并增强控制和监测单个单元的监测。随后，DC – DC转换器用于在H-DCB拓扑中执行CTP平衡，从而有效地将能量从选定的单元转移到电池组中，从而减少了平衡时间。为了验证所提出的方法的有效性，在MATLAB/SIMULINK软件中设计了96个串联连接电池的电池组均匀分布在十个模块中，以用于充电和放电操作，结果表明，与传统的DCB方法相比，提出的H-DCB方法具有更快的6.0 h的速度6.0 H。此外，在放电操作过程中，在实验设置中使用了一包四个串联的锂离子细胞，用于验证所提出的H-DCB方法。硬件实验的结果表明，SOC收敛是在〜400 s处达到的。
Cruzi基因组中的DNA G-四链体作为Chagas疾病的潜在治疗靶标：二乙烯基乙烯配体作为有效的抗寄生虫
Chagas病是由Cruzi的寄生虫锥虫引起的，在全球范围内影响超过700万人。两种实际治疗方法分别是苯甲酸唑（BZN）和Nifurtimox，由于其高毒性导致患者被放弃治疗，从而引起严重的副作用。在这项工作中，我们建议DNA G四链体（G4）作为这种传染病的潜在治疗靶标。我们在T. Cruzi的基因组中发现了每100,000个核苷酸的174个PQ，并确认了三个频繁基序的G4形成。我们合成了一个基于二乙烯基乙烯（DTE）支架的14个四链体配体的家族，并证明了它们与这些已鉴定的G4序列的结合。几种DTE衍生物表现出与BZN相同浓度范围的四种不同菌株的t. cruzi菌株的表量的微摩尔活性。化合物L3和L4对T. cruzi sol菌株的血液中的活性形式（IC 50 = 1.5 - 3.3μm，Si = 25 - 40.9）具有出色的活性，比BZN高40倍，并且显示出更好的选择性指数。