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根据分类隶属关系估算共识蛋白质组和代谢功能
摘要目的：元编码和元基因组测序使高度多样化的环境社区的表征能够表征。估计这些社区执行的代谢功能的挑战导致了几种最新方法的发展，其中大多数方法是根据特定基因标记量身定制的。但是，测序技术进步所产生的方法的增加，驱动了能够处理异质微生物社区数据的方法。预测通常取决于其内部分析管道，并受到基础数据库的影响，这些数据库将标记基因与特定功能注释联系起来。这限制了用户通过追踪内部数据和流程来评估预测质量的能力。最后，用户受这些方法提供的特定注释的约束（例如ec数），限制了他们根据中间结果进行进一步专业分析的能力。方法：ESMECATA预测分类学官员的共识蛋白质组及其相关功能。Esmecata的关键特征是其解释性和功能。为了支持异质测序数据的灵活整合，Esmecata利用了通过分析不同测序数据集的分析获得的分类学官方。为了深入了解每种分类学的知识并解释预测功能的相关性，Esmecata确定了在UNIPROT数据库中有记录的蛋白质组织能够辅助代表的给定官能中的分类学等级。根据阈值，将Uniprot蛋白质组的蛋白聚类并过滤，以创建共识蛋白质组。这些共有的蛋白质组会自动用功能信息（例如，EC数字，GO术语）注释，但它们也被设计为用于进一步的自定义注释工作流。功能注释在功能表中报道，该功能表可以充满分类的丰度，以产生全面的功能性文件。结果：ESMECATA预测已使用多个数据集验证，并将其与最新方法进行了比较。此外，它被应用于甲烷剂反应器的新型元编码数据集，表征了微生物群落和沼气在不同的时间点和进气条件上的产生。我们的结果证明了沼气之间的联系
![b'The the pationative效应是指有机自由基用两者取代的有机自由基的稳定性，即绘制电子（或绑架者）组和电子donating（或detative）组。 [1 \ xe2 \ x80 \ x935]已调用贴拟效应，以合理地使根本稳定性，键强或根部二聚体的趋势以及反应选择性。 [1a\xe2\x80\x93b,3,6 8] Besides their importance for a fundamental and generic understanding, the ability to modify radical stability and C C bond strengths at will is also of practical importance in polymer science, in particular, for tuning initiators (like diaryltetracyanoethane based initiators) for the production of commonly used polymers. [2]鉴于原本困难的启动步骤在整体自由基聚合中的重要性，新的和可调的启动方法的发展是'](/simg/8/85dd17d6261b6e94cc36061dd99b1064e159cb07.webp)
b'The the pationative效应是指有机自由基用两者取代的有机自由基的稳定性，即绘制电子（或绑架者）组和电子donating（或detative）组。 [1 \ xe2 \ x80 \ x935]已调用贴拟效应，以合理地使根本稳定性，键强或根部二聚体的趋势以及反应选择性。 [1a\xe2\x80\x93b,3,6 8] Besides their importance for a fundamental and generic understanding, the ability to modify radical stability and C C bond strengths at will is also of practical importance in polymer science, in particular, for tuning initiators (like diaryltetracyanoethane based initiators) for the production of commonly used polymers. [2]鉴于原本困难的启动步骤在整体自由基聚合中的重要性，新的和可调的启动方法的发展是'
b'The the pationative效应是指有机自由基用两者取代的有机自由基的稳定性，即绘制电子（或绑架者）组和电子donating（或detative）组。[1 \ XE2 \ x80 \ x935]已调用pationative效应，以合理化自由基稳定性，键强或根治二聚化的趋势以及反应选择性。[1A \ XE2 \ x80 \ x93b，3,6 8]除了它们对基本和一般理解的重要性之外，对基于diaryltetracyanoethane的发起人的启动者，对聚合物科学的修改和c c键强度的重要性也具有实际的重要性，这在聚合物科学中也具有调整启动者（例如Diaryltetryltethacyanoethane的发起者）。[2]鉴于原本难度的启动步骤在整体自由基聚合中的重要性，新的和可调的启动方法的发展是'
肠道微生物组和胃肠道的疾病
“微生物”将非常小的思想与不断发展的生物体的思想融合在一起，是微生物学学科的统一原理。Our journal recognizes the broadly diverse yet connected nature of microorganisms and provides an advanced publishing forum for original articles from scientists involved in high-quality basic and applied research on any prokaryotic or eukaryotic microorganism, and for research on the ecology, genomics and evolution of microbial communities as well as that exploring cultured microorganisms in the laboratory.
外显子组和基因组测序，用于先天性免疫误差
2010年下一代测序（NGS）的出现已经改变了医学，尤其是单基因先天性免疫误差（包括原发性免疫缺陷）（PID）的生长领域。ngs促进了引起疾病的新基因的发现和PID患者的遗传诊断。全外观测序（WES）目前是PID研究和诊断的最具成本效益的方法，尽管整个基因组测序（WGS）具有多种优势。科学或诊断挑战是在数千个NGS调用中选择一个或两个候选变体。变体和基因级计算方法以及免疫学假设可以帮助缩小整个基因组搜索的范围。成功的关键是关于三个关键方面的良好信息遗传假设：遗传方式，临床渗透率和病情的遗传异质性。这确定了搜索策略和候选等位基因的频率截止。随后对候选变异的致病作用的功能验证至关重要。即使没有调味的湿实验室，即使是最新的干燥实验室也无法获得此验证。变化的多种性需要
单个细胞中的关节谱系，转录组和表观基因组分析的高克隆条形码多样性的小鼠模型
细胞谱系历史及其分子状态编码组织发育和稳态的基本原理。当前的谱系录制小鼠模型的条形码多样性有限，单细胞谱系覆盖范围较差，从而排除了它们在由数百万个细胞组成的组织中的使用。在这里，我们开发了Darlin，这是一种改进的CAS9条形码小鼠系，它利用末端脱氧核苷酸转移酶（TDT）来增强30个CRISPR目标位点的插入事件，稳定地整合到3个不同的基因组基因座中。darlin是可诱导的，估计有〜10 18个层次条形码，并可以检测约60％的剖面单细胞中可用的条形码。使用Darlin，我们检查了发育中的造血干细胞（HSC）中的命运启动，并揭示了HSC迁移的独特特征。此外，我们为单个细胞中的共同介绍了一种方法来共同介绍DNA甲基化，染色质可及性，基因表达和谱系信息。darlin将在各种组织和生理环境中对谱系关系及其分子特征进行广泛的高分辨率研究。
回肠微生物群的组成是宿主基因组和磷利用和其他效率性状之间的介体（coturnix japonica）
抽象背景：磷是所有生物体中必不可少的营养素，目前，由于其全球稀缺，磷从排泄物产生的环境影响以及由于其以植物中的植物形式存储而引起的消化率较低。在家禽中，磷利用受到回肠菌群和宿主遗传学的组成的影响。在我们的研究中，我们分析了宿主遗传学对回肠菌群组成的影响，以及回肠细菌属的相对丰度与日本鹌鹑中磷的相对丰度与磷利用和相关定量性状的关系。用4K基因组的单核苷酸多态性（SNP）对758个鹌鹑的F2交叉进行了基因分型，并使用靶扩增子测序对回肠菌群的组成进行了表征。遗传性，并针对可遗传的属进行了宿主的定量性状基因座（QTL）链接映射。使用结构方程模型估算了细菌属和定量性状之间的表型和遗传相关性以及递归关系。采用基因组最佳线性无偏预测（GBLUP）和微生物（M）BLUP全息素选择方法，用于评估基于宿主基因组和基于ileum Microbobiota组成的可遗传的磷利用的繁殖可行性。结果：在检查的59个细菌属中，有24个显示出显着的遗传力（名义P≤0.05），范围从0.04到0.17。对于这些属，绘制了六个全基因组显着的QTL。发现了显着的递归效应，从而通过鹌鹑回肠中的微生物群组成来支持间接宿主遗传对宿主定量性状的影响。交叉验证的微生物和基因组预测准确性证实了微生物组成和宿主遗传学对宿主定量性状的强烈影响，因为基于基于传统的微生物介导的成分的GBLUP精确度与基于基于基因组范围Snps的常规GBLUP的精确度相似。结论：我们的结果表明，宿主遗传学对回肠微生物群的组成产生了显着影响，并证实了回肠微生物群的宿主遗传学和组成对宿主的定量性状有影响。这提供了基于宿主基因组和回肠菌群组成的可遗传部分改善磷利用的可能性。
特刊 - 病毒的基因组和分子生物学
病毒在各种生物学过程中起着重要作用，并对健康，农业生产和生态环境产生深远影响。了解其分子生物学和基因组结构对于制定有效治疗和针对病毒疾病的预防措施至关重要。本期特刊旨在探索调节病毒复制，与宿主细胞相互作用以及基因组变异的分子机制。我们邀请研究病毒发病机理，病毒基因组的进化动力学以及尖端技术在病毒学中的应用。感兴趣的主题包括但不限于病毒进入机制，宿主免疫反应，病毒蛋白在疾病过程中的作用以及在病毒基因组测序中的进展。我们特别鼓励提交对病毒宿主相互作用的新见解，并讨论疫苗开发的潜力。我们欢迎原始研究，评论，简短的沟通和案例研究，以增强对分子和基因组水平的病毒的理解。
基于RNA的肝脏代谢疾病 微生物组在人类发展中的作用 肠道微生物组和健康：机械见解 轴突引导提示SEMA3A促进了基底样PDAC 的侵略性表型 乳酸乳酸乳酸Hkyull 10抑制结直肠肿瘤，并通过其产生的α-甘露糖苷酶恢复肠道菌群 人类肠神经系统祖细胞移植改善了赫希斯普伦疾病患者衍生的组织的功能反应
摘要基于RNA的疗法在过去十年中迅速出现，提供了一种与常规药物有很大不同的新药物。可以对这些疗法进行编程以靶向或恢复有缺陷的基因，从而获得更多个性化的治疗方法并减少副作用。值得注意的是，RNA疗法在遗传肝病的治疗方面取得了重大进展，以小型干扰RNA治疗的遗传性透甲状腺蛋白淀粉样变性为例，这些淀粉样蛋白淀粉样蛋白使用肝脏靶向策略，例如Galnac共轭以提高疗效和安全性。基于RNA的基因编辑技术，例如基本编辑器和Prime Editor，定期散布了短暂的短篇小学重复系统，也表现出了希望最小化基因组重排和癌症风险的能力。虽然RNA疗法具有很高的精度，但仍在优化交付方法和确保长期安全性和功效方面仍然存在挑战。脂质纳米颗粒-MRNA疗法，尤其是在罕见疾病中蛋白质的替代品，已从临床前的成功中获得了支持。与病毒基因疗法相比，mRNA疗法具有更安全的特征，其基因组整合和致癌基因激活的风险降低。然而，临床试验，尤其是对于罕见疾病，面临限制，例如小样本量和短期观察期。进一步的临床前研究，包括非人类灵长类动物，对于精炼试验设计至关重要。尽管具有潜力，但RNA疗法的高成本构成了一个挑战，需要成本与私密模型来指导定价和可及性。在这里，我们讨论了基于RNA的疗法的基本方面，并展示了遗传肝脏代谢疾病中最相关的临床前和临床发展。
一个高质量的基因组和两个针对新的梅托纳斯种类的转录组数据集，这是一个深部的真核生物
mantamonads被认为代表了真核生物树中的“孤儿”谱系，可能在真核生物根部最常假定的位置附近分支。最近的系统基因分析将它们与“ crums”超组的一部分以及胶状果糖和核纤维相同。这个超组似乎是在氨甲基底部分支的，这对于理解真核生物的深层进化历史至关重要。但是，缺乏代表性物种和与之相关的完整基因组数据阻碍了其生物学和进化的研究。在这里，我们隔离并描述了两种新的Mantamonads，Mantamonas vickermani sp。nov。和mantamonas sphyraenae sp。nov。，对于我们生成的转录组序列数据以及后者的高质量基因组。Sphyraenae基因组的估计尺寸为25 MB；我们的从头组装似乎是高度连续的，并具有9,416个预测的蛋白质编码基因。这个近染色体规模的基因组组装是CRUMS超级组的第一个描述。
生物活性成分生物合成途径的转录组和代谢组学研究
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