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World File Search System组和宏
B 组脑膜炎球菌疫苗风险组患者...
英国健康安全局 (UKHSA) 制定了此 PGD，以促进根据国家建议在英格兰开展公共资助的免疫接种。使用此 PGD 的人员必须确保其已获得组织授权，并由适当的授权人员在第 2 部分中签署，该授权人员与将提供产品的人员类别有关，符合《2012 年人用药物条例》(HMR2012) 1 的规定。如果没有根据 HMR2012 附表 16 第 2 部分签署的授权，则 PGD 不合法或无效。授权组织不得更改、修改或添加本文件的临床内容（第 4、5 和 6 部分）；此类行为将使所提供的临床签字无效。此外，授权组织不得更改第 3 部分“员工特征”。只有第 2 部分和第 7 部分可以在提供的指定可编辑字段内进行修改。此 PGD 的操作是委托人和服务提供商的责任。如果 PGD 仅与成人有关，则授权机构应在 PGD 到期后保留此 PGD 的最终授权副本 8 年；如果 PGD 仅与儿童有关，或与成人和儿童有关，则授权机构应在 PGD 到期后保留此 PGD 的最终授权副本 25 年。采用此 PGD 授权版本的提供机构也应在上述期限内保留副本。
微生物组 - 微生物组和疾病：秘密Nexus
摘要与所有生命形式相关的微生物多样性，包括人类，植物和动物，都是宏伟的。身体的不同区域被不同的物种和形式的微生物居住。这种与微生物组的瞬时相互作用会影响所有有关其生理功能和疾病的生物。人体的固有功能，例如免疫反应，发育途径，代谢和内分泌学属性，以及系统中的遗传学，生活方式因素，饮食和引入系统中的抗生素以及其他代谢物，都在维持健康或健康损失中起着重要的综合作用。研究表明，各种类型的健康状况的发生，例如自身免疫性疾病，阿尔茨海默氏症，情绪改变，癌症甚至社会行为，与人类胃肠道胃肠道的微生物种群的变化有关。本文强调了肠道微生物组 - 代谢组结合物及其对健康状况的影响的不同影响，并对使用纳米技术和人工智能的高级治疗和未来研究的多种方式进行了简要的反映。关键字：肠道微生物组 - 实验室，疾病，治疗，纳米技术1。引入人体中微生物的分布和多样性令人着迷，估计的人类菌群超过了细胞总数十倍[1]。由于人类菌群的活性多年来不太受人们的赞赏和理解，因此人类植物群与活着的人体之间的协作相互作用需要阐述。与微阵列结合的shot弹枪测序实验对人体中微生物多样性的表征极大地贡献了依赖于16S rRNA的18S rRNA，允许确定与人类基因组相比150个基因组的微生物多样性的标记基因[2，3，4]。堆积在胃肠道中的微生物的主要浓度约为1011–1012细菌/1cm 3 [5]，其中大量这些微小的生物在消化道的功能中起着基本作用缺乏微生物多样性可能能够产生自身免疫性疾病，例如I型糖尿病，风湿病，凝结问题，肌肉营养不良和由于维生素K故障引起的神经传播途径的肌肉障碍和阻碍。 它还可以产生癌症，记忆力丧失，抑郁症，自闭症甚至阿尔茨海默氏病[4]。 与人类细胞的微生物相互作用，健康似乎传递到后代。 建议有多个堆积在胃肠道中的微生物的主要浓度约为1011–1012细菌/1cm 3 [5]，其中大量这些微小的生物在消化道的功能中起着基本作用缺乏微生物多样性可能能够产生自身免疫性疾病，例如I型糖尿病，风湿病，凝结问题，肌肉营养不良和由于维生素K故障引起的神经传播途径的肌肉障碍和阻碍。它还可以产生癌症，记忆力丧失，抑郁症，自闭症甚至阿尔茨海默氏病[4]。与人类细胞的微生物相互作用，健康似乎传递到后代。建议有多个
生物物理科学组（A组）自我报告...
我们的实验室试图了解大分子的3D结构与其功能有关。核糖体，尤其是真核细胞中的细胞断核糖体，是我们最喜欢的成像样品。细胞器核糖体由于根据内共生理论与细菌细胞的历史联系，与整体形态中的细菌核糖体相似，但是一旦在高分辨率下确定结构，就很容易观察到蛋白质和rRNA成分的添加和缺失。这些修饰源于在真核细胞环境中的演变过程中适应的必要性。我们想以高分辨率推断细胞器核糖体结构，以便我们可以高精度地推断出这些变化的结构和定位。我们的管道将涉及蔗糖密度梯度超速离心对细胞器核糖体的天然源纯化，通过冷冻EM进行成像和图像处理，以生成此类核糖体不同构象状态的结构。这项工作的随后扩展将是图像各种翻译因子以及核糖体的相互作用的结构和模式。总的来说，我们希望生成有关真核细胞内细胞器环境中翻译机制和翻译调节的重要数据。
5mC 选择性脱氨酶的发现及其在碱基分辨率甲基化位点超灵敏直接测序中的应用
摘要 挖掘噬菌体中的新酶活性对于开发新的生物技术工具仍然很重要。在本研究中，我们使用 MetaGPA（一种将宏基因组数据中的基因型与表型联系起来的方法）来识别脱氧胞苷脱氨酶，这是一种与宏病毒组中的胞嘧啶修饰高度相关的蛋白质家族。出乎意料的是，这些脱氨酶的一个子集在单核苷酸和单链 DNA 底物中都表现出对 5-甲基胞嘧啶 (5mC) 的偏好，而不是胞嘧啶 (C)。在甲基化组测序工作流程中，这些酶优先脱氨 5mC，这使得甲基化胞嘧啶能够直接转化，同时完全消除任何未修饰胞嘧啶的背景脱氨。这种直接转换允许以单碱基分辨率精确识别甲基化位点，具有无与伦比的灵敏度，为基因组和甲基化组的同时测序提供了广泛的应用。
微生物社区的多摩智分析，3.0学分
在过去的几十年中，宏基因组学方法已经完全更新了我们对微生物多样性的看法，并已成为推动微生物组研究边界的一种令人兴奋的方法。随着我们的前进，我们对微生物的活动和相互作用有疑问，这不能仅依靠宏基因组学来回答。除了了解每个环境中微生物的多样性外，我们还想知道他们在做什么以及它们的代谢产物如何促进生态系统功能和元素循环。因此，我们不可避免地需要结合方法来研究微生物基因组，而且还需要探索它们转录的基因，它们合成的蛋白质和产生的代谢物。
接种微生物发酵剂的阿拉比卡咖啡（Coffea arabica L. var. Castillo）发酵豆的宏基因组学、代谢组学和感官特征
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2025 年 1 月 25 日发布。；https://doi.org/10.1101/2025.01.22.634363 doi：bioRxiv 预印本
根据机器学习应用程序的微生物组数据的全面概述：分类，可访问性和未来方向
宏基因组学，代谢组学和元蛋白质组学通过将独立的见解与其组成和功能潜力提供了无关的见解，从而显着提高了我们对微生物群落的了解。然而，这个领域的一个关键挑战是缺乏与原始数据相关的标准和全面的元数据，从而阻碍了执行强大的数据分层并考虑混杂因素的能力。在这篇全面的综述中，我们将公开可用的微生物组数据分为五种类型：shot弹枪测序，扩增子测序，元转录组，代谢组和元蛋白质组数据。我们探讨了元数据对数据再利用的重要性，并解决了收集标准化元数据的挑战。我们还评估收集宏基因组数据的现有公共存储库的元数据收集的局限性。本综述强调了元数据在解释和比较数据集中的重要作用，并强调了对标准化元数据协议的需求，以充分利用元基因组数据的潜力。此外，我们探讨了在元数据检索中实施机器学习（ML）的未来方向，并为有前途的途径提供了对微生物群落及其生态作用的更深入了解。利用这些工具将增强我们对各种生态系统中微生物功能能力和生态动态的见解。最后，我们强调了ML模型开发中至关重要的元数据作用。
在精密医学和机器学习的背景下研究胃肠道微生物组的多摩学方法
人类胃肠道（肠道）微生物组在维持宿主健康中起着至关重要的作用，并且越来越被认为是精确医学的重要因素。高通量测序技术已彻底改变了 - 组数据的生成，促进了人类肠道微生物组的表征，并具有出色的分辨率。通过揭示有关功能基因，微生物组成，聚糖和代谢产物的信息，对各种 - 组数据的分析，包括荟萃分析，元基因组学，糖基因组和代谢组学。这种多词方法不仅为肠道微生物组在各种疾病中的作用提供了见解，而且还促进了微生物生物标志物用于诊断，预后和治疗的鉴定。机器学习算法已成为从复杂数据集中提取有意义的见解的强大工具，并且最近通过有效地识别微生物特征，预测疾病状态并确定潜在的治疗靶标，将其应用于宏基因组学数据。尽管有这些快速的进步，但仍然存在一些挑战，例如关键知识差距，算法选择和生物信息学软件参数化。在这个迷你审查中，我们的主要重点是宏基因组学，同时认识到其他 - 词素可以增强我们对生物功能多样性及其与宿主的相互作用的理解。我们旨在探索当前的多词，精密医学和机器学习的交集，以促进我们对肠道微生物组的理解。一种多学科的方法有望在精确医学时代改善患者的结果，因为我们揭示了微生物组与人类健康之间的复杂相互作用。
balrog-mon：用于基因组牛津纳米孔
宏基因组测序是一种最近可行的方法，可以同时表征样品中的ARG，微生物组和病原体的数据，与分离和培养细菌相比，它是一种更有效，更全面的方法。对宏基因组数据的典型分析涉及一种基于组装的方法或基于读取的方法，每种方法都有其自身的好处和限制。宏基因组装配允许对ARGS进行上游或下游研究，并提供对其起源的准确识别。但是，这种方法可能导致信息丢失，因为低覆盖的基因组通常不会组装。相比之下，基于读取的方法可实现所有可用数据的映射，但缺乏探索周围基因组环境或提供准确分类分类的能力。为了应对这些挑战，我们开发了Balrog-mon，这是一种多功能且可重现的NextFlow管道，用于测量病原体和元基因组长阅读测序的ARG，提供“组装”和“无装配”工作流程选项。
飞机过滤器和面罩的机载微生物群落的宏基因组分析
机载微生物群落虽然经常因生物量低而挑战研究，但在公共卫生和病原体传播中起着至关重要的作用。通过shot弹枪宏基因组学，这项研究利用面罩和飞机舱滤清器的非侵入性空气采样来研究具有频繁人类相互作用的环境中的微生物多样性，包括医院和飞机。开发了全面的抽样和分析工作流程，并结合了环境和富集方案，以增强微生物DNA恢复和多样性分析。尽管存在生物量的局限性，但允许成功鉴定407种的优化提取方法，其中包括cutibacterium痤疮，表皮葡萄球菌，hankookensis和Radiotolerans甲基杆菌。富集加工导致更大的元基因组组装基因组（MAG）恢复和较高的抗菌耐药基因（ARG）鉴定。这些发现突出了高占用公共场所中ARG的存在，这表明监测的重要性以及在这种环境中减轻空气传播风险的潜力。这项研究证明了将环境和富集采样相结合以捕获狭窄空间中综合微生物和ARG概况的实用性，从而为在公共卫生环境中增强病原体监测提供了框架。