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现代电网运行机组组合与备用电源调度联合优化
摘要 — 现代电网将传统发电机与分布式能源 (DER) 发电机相结合，以应对气候变化和长期能源安全的担忧。由于 DER 的间歇性，必须安装不同类型的储能设备 (ESD)，以尽量减少机组投入问题并适应旋转备用电力。ESD 具有操作和资源限制，例如充电和放电率或最大和最小充电状态 (SoC)。本文提出了一个线性规划 (LP) 优化框架，以最大化特定电网特定最佳旋转备用电力的机组投入功率。使用此优化框架，我们还使用 DER 和 ESD 资源约束确定总可调度电力、不可调度电力、旋转备用电力和套利电力。为了描述 ESD 和 DER 约束，本文评估了几个因素：可用性、可调度性、不可调度性、旋转备用和套利因子。这些因素被用作此 LP 优化中的约束，以确定现有 DER 的总最佳备用电力。所提出的优化框架最大化了可调度与不可调度功率的比率，以最小化每个 DER 设定的特定旋转备用功率范围内的机组承诺问题。该优化框架在改进的 IEEE 34 总线配电系统中实施，在十个不同的总线中添加十个 DER 以验证其有效性。索引术语 — 分布式能源资源、机组承诺、运行和非运行备用、配电系统
从类风湿性关节炎患者肠道中分离出的致关节炎普氏菌的基因组组与致病力相关
摘要 目的 人体普氏菌被认为是类风湿性关节炎 (RA) 的一个促成因素。然而，在一些非西方化国家，健康个体的肠道中也含有大量的 P. copri。本研究调查了 RA 患者来源的 P. copri ( P. copri RA ) 与健康对照者来源的 P. copri ( P. copri HC ) 的致病性。方法 我们从 RA 患者和健康对照者的粪便中获得 13 株 P. copri 菌株。全基因组测序后，对 P. copri RA 和 P. copri HC 的序列进行了比较。为了分析 P. copri 的诱发关节炎能力，我们检查了两种关节炎模型 (1) 在无特定病原体条件下含有 P. copri 的胶原诱导性关节炎模型和 (2) 在 P. copri 单一定植条件下的 SKG 小鼠关节炎模型。最后，为了评估 P. copri 激活先天免疫细胞的能力，我们在体外用 P. copri RA 和 P. copri HC 刺激骨髓来源的树突状细胞 (BMDC)。结果比较基因组分析显示 P. copri RA 和 P. copri HC 之间核心基因内容没有明显差异，但泛基因组分析显示 P. copri 具有较高的基因组可塑性。我们将 P. copri RA 特异性基因组区域鉴定为接合转座子。在两种关节炎模型中，P. copri RA 诱发的关节炎均比 P. copri HC 严重。体外 BMDC 刺激实验显示 P. copri RA 上调 IL-17 和 Th17 相关细胞因子 (IL-6、IL-23)。结论 我们的研究结果揭示了 P. copri 的遗传多样性，以及与 P. copri RA 强效诱发关节炎能力相关的基因组特征。我们的研究有助于阐明 RA 的复杂发病机制。
基于 CRISPR 的动态基因组组织实时成像的进展与挑战
核染色体压缩是非随机的和动态的。基因组元素之间的空间距离会立即调节转录。可视化细胞核中的基因组组织对于了解核功能至关重要。除了依赖于细胞类型的组织之外，高分辨率 3D 成像还显示了同一细胞类型中染色质组织的异质压缩。这些结构变化是否是不同时间点动态组织的快照，以及它们在功能上是否不同，这些问题仍有待解答。活细胞成像为短（毫秒）和长（小时）时间尺度上的动态基因组组织提供了独特的见解。基于 CRISPR 的成像的最新发展为实时研究单细胞中的动态染色质组织打开了窗口。在这里，我们重点介绍这些基于 CRISPR 的成像技术，并讨论它们作为一种强大的活细胞成像方法的进展和挑战，这种方法具有产生范式转变发现和揭示动态染色质组织的功能意义的巨大潜力。
polishclr：用于抛光PACBIO CLR基因组组件的NextFlow工作流程
长阅读测序已彻底改变了基因组组装，产生了高度连续的染色体水平重叠群。但是，来自某些第三代长读技术的组件，例如太平洋生物科学（PACBIO）连续长读（CLR）具有很高的错误率。可以通过称为抛光的过程来纠正此类错误。尽管脊椎动物基因组项目（VGP）组装社区最近描述了抛光非模型的新型基因组组件的最佳实践，但需要在常规的高性能计算环境下轻松实施并运行公开可再现的工作流程。在这里，我们描述了polishclr（https：//github.com/isugifnf/polishclr），这是一种可复制的NextFlow工作流程，可实现CLR数据制成的抛光组件的最佳实践。可以从将最佳实践扩展到次优案例的几种输入选项中启动。它还在几个关键过程中提供了重新输入点，包括识别Purge_Dups中的重复单倍型，如果有数据可用，请降低脚手架的休息，以及在多个回合的抛光和评估中，用箭头和freebayes进行评估。polishclr已被集装箱和公开可用于更大的集会社区，作为从现有的，易错的长阅读数据中填写组件的工具。
抗螺旋内乳房蛋白质抗螺旋体ZEA菌株的染色体规模基因组组装蛋白
Helicoverpa Zea（鳞翅目：夜养科）是北美洲和南美主要种植作物的害虫。该物种适应了不同的宿主植物，并对几种杀虫剂产生了抗性，包括苏云金芽孢杆菌（BT）杀虫蛋白在转基因棉和玉米中。Helicoverpa Zea种群在热带和亚热带地区全年持续存在，但是季节性迁移到温带地区增加了相关作物损害的地理范围。为了更好地了解这些生理和生态特征的遗传基础，我们为来自BT抗性菌株的单个H. Zea雄性HAZSTARK_CRY1ACR生成了高质量的染色体水平组装。HI-C数据用于将最初的375.2 MB重叠组装脚手架成30个常染色体和Z性染色体（支架N50 = 12.8 MB和L50 = 14）。SCAF折叠组件是通过新型管道PolishClr对错误校正的。线粒体基因组通过改进的管道组装并注释。对该基因组组装的评估表明，鳞翅目基准通用单拷贝直系同源物集的98.8％是完整的（98.5％作为完整的单副本）。重复元素约占组装的大约29.5％，其多数（11.2％）被归类为恢复元素。这个针对H. Zea的染色体规模参考组件，Ilhelzeax1.1，将促进未来的研究，以评估和增强可持续的作物生产实践。
Rohu Carp，Labeo Rohita的高质量染色体水平基因组组装及其在基于SNP的基因流量和性别测定的探索中的利用
Labeo Rohita（Rohu）对南亚的水产养殖很重要，其生产量接近大西洋鲑鱼。虽然对Rohu的遗传改善正在进行中，但在Rohu中，在其他水产养殖改善计划中常用的基因组方法已被阻止，部分原因是缺乏高质量的参考基因组。在这里，我们提出了使用下一代测序技术组合产生的高质量的从头基因组，从而产生了946 MB基因组，该基因组由25个铬虫和2,844个未放置的支架组成。值得注意的是，虽然大约是现有基因组序列的大小的一半，但我们的基因组代表了使用流量细胞仪新估计的基因组大小的97.9％。与该基因组结合使用了120个个体的测序，以预测三个主要河流（Jamuna，Padma和Halda）中的种群结构，多样性和差异，以推断Rohu中可能的性别确定机器。这些结果证明了新的Rohu基因组在现代化Rohu遗传改善计划的某些方面的实用性。
日本栽培的紫苏 (Perilla frutescens) 的高度连续基因组组装 1
。CC-BY 4.0 国际许可证永久有效。它是在预印本（未经同行评审认证）下提供的，作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权持有者于 2022 年 11 月 10 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2022.09.16.508052 doi：bioRxiv 预印本
随机优化技术在机组组合问题中的应用——综述
摘要 — 由于现有的能源生产方式加剧了气候危机，可再生能源将取代相当一部分煤炭或核电站，以防止温室气体或有毒废物进入大气。这种相对快速的能源生产转变主要是受日益增加的政治和经济压力推动的，需要能源供应商付出巨大努力来平衡生产波动。因此，在电网和微电网的随机机组组合 (UC) 关键领域进行了大量研究。机组组合一词包括多种优化技术，在本文中，我们将回顾该领域的最新发展。我们首先概述不同的问题定义和随机优化程序，然后评估最近对该主题的贡献。因此，我们比较了几篇论文的提案和案例研究。索引术语 — 机组组合、随机优化、微电网、能源生产规划、不确定性
韩国电力系统中考虑调速抽水蓄能电站的储备约束机组组合及经济效应
摘要：韩国政府已宣布了净零碳排放的目标，重点是可再生能源的扩张。然而，由于基载发电机的循环能力低和可变可再生能源 (VRE) 的可变性，基载发电机的高比例和可变可再生能源 (VRE) 的比例不断增加可能会导致电力系统运行出现问题。为了保持系统可靠性，政府正计划建设抽水蓄能水电站 (PSH)，为系统提供灵活性。本研究基于鸭形曲线现象和旋转备用需求的增加，评估了不同类型的 PSH：可调速 PSH (AS-PSH) 和定速 PSH (FS-PSH) 所获得的运营成本节省。在本研究中，考虑到 AS-PSH 和传统发电机的运行特性，使用混合整数规划制定了备用约束机组组合。为了考虑鸭形净负荷环境，通过风力涡轮机和光伏模块的物理模型计算了预计的 VRE 输出数据。非 PSH、FS-PSH 和 AS-PSH 建设方案的运营成本分别为 43,129.38 韩元、40,038.44 韩元和 34,030.46 韩元。造成这一差异的主要因素被确定为 AS-PSH 泵送模式的主要储备。
文章不一致的基因组组装极大地改变了单细胞 RNA 测序数据的解释，而新型整合素可以缓解这一问题
读取以映射和比对到单个参考基因组。使用墨西哥虾夷扇贝，本研究强调了当与两个不同的可用基因组组装比对时，来自同一样本的单细胞数据集的解释如何变化。我们发现，与不同的组装比对时，检测到的细胞数量和表达基因有很大不同。当将基因组组装与其各自的注释单独使用时，细胞类型识别会混淆，因为一些经典的细胞类型标记是组装特异性的，而其他基因在两个组装之间显示出不同的表达模式。为了克服多基因组组装带来的问题，我们建议研究人员与每个可用的组装比对，然后整合结果数据集以生成最终数据集，其中可以同时使用所有基因组比对。我们发现这种方法提高了细胞类型识别的准确性，并通过捕获所有可能的细胞和转录本最大限度地增加了可以从我们的单细胞样本中提取的数据量。随着 scRNAseq 变得越来越广泛，单细胞社区必须意识到基因组组装比对如何改变单细胞数据及其解释，尤其是在审查非模型生物的研究时。