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World File Search System细胞系
充满信心地创建自己的荧光素酶细胞系。
基础编辑者是一类有希望的下一代基因组编辑技术，具有精确纠正引起疾病的遗传变异的潜力，并同时安全地敲除多个基因靶标。在一种配置中，PIN点碱基编辑平台是DNA结合Cas的模块化组件和DNA修饰的脱氨酶成分，通过在序列靶向指导指南RNA（GRNA）中编码的适体相关的Deaminase组件。通常，基本编辑器在应用中的应用中，可以准确地预测CAS和脱氨酶组合的目标序列的编辑效率和特异性。PIN点底座编辑系统的模块化允许创建大量配置，它们的PAM特异性，序列编辑偏好和编辑效率可能会有所不同。为了促进和加速基于PIN点平台的应用程序的开发，我们创建了一种定制工具来设计GRNA，以针对感兴趣的基因并安装基本转换，包括那些将引入早产停止密码子或破坏剪接站点以敲除目标基因的基础转换。此外，我们进行了一个大规模的平行细胞屏幕，以分析两个不同的针对点基本编辑器配置的编辑活性，其GRNA针对数千个目标序列。我们使用从屏幕获得的数据来构造每种配置的观察到的编辑结果模型。我们将这些模型应用于旨在产生多个临床上相关基因靶标的功能敲除（包括CIITA和PCSK9）的功能敲除。分析了IN硅预测与GRNA基于细胞的性能的相关性后，我们确认该模型预测与Pin-Point Base编辑平台观察到的编辑效率相关。自定义GRNA设计工具和预测模型的组合导致了一种新型，高效的GRNA来识别能够通过破坏剪接站点来敲除PCSK9的识别，我们证实了文献中先前报道的其他GRNA设计的预测性能。使用我们基于细胞的广泛性能数据集告知我们的GRNA设计规则，创建可靠的自定义工具来优先考虑GRNA并选择具有高编辑效率的人。
参考引起的多能干细胞系，用于大...
A reference induced pluripotent stem cell line for large-scale collaborative studies Authors and affiliations: Caroline B. Pantazis 1* , Andrian Yang 2-5* , Erika Lara 1* , Justin A. McDonough 6* , Cornelis Blauwendraat 1,7* , Lirong Peng 1,8,9* , Hideyuki Oguro 6,10 , Jitendra Kanaujiya 6,10 , Jizhong Zou 11 , David Sebesta 12 , Gretchen Pratt 12 , Erin Cross 12 , Jeffrey Blockwick 12 , Philip Buxton 12 , Lauren Kinner-Bibeau 12 , Constance Medura 12 , Christopher Tompkins 12 , Stephen Hughes 12 , Marianita Santiana 1 , Faraz Faghri 1,7,8 , Mike A. Nalls 1,7,8，Daniel Vitale 1,7,8，Shannon Ballard 1,7,8，Yue A. Kirwan 4,5，Venkat Pisupati 5,14，Steven L. Coon 15，Sonja W. Scholz 16,17，Theresa Priebe 18，MiriamÖttl18，Jian Dong 18，Marieke Meijer 18，Lara J.M.Janssen 18，Vanessa S. Lourenco 18，Rik van der Kant 18,19，Dennis Crusius 20，Dominik Paquet 20,21，Ana-Caroline Raulin 22，Guojun Bu 22，Aaron Held 23，Brian J.Wainger 23，Brian J.Wainger 24，Rebecca M.C.Gabriele 25，Jackie M Casey 25，Selina Wray 25，爸爸Abu-Bonsrah 26,42，Clare L. Parish 26，Melinda S. Beccari 27，Don W. Cleveland 27，Emmy Li 27，Indigo V.L.罗斯28，马丁运动28，劳林·海因里希30岁， Richa Basundra 32，Sarah Cohen 32，Richa Khanna 33： 35，Bruce R. Concinal 34，Katherine Johnson 22，莉莉·萨拉法（Lily Sarrafha）39，蒂姆自动相应的汽车
YM155 适应的癌细胞系揭示药物
摘要：Survivin 是一种药物靶点，其抑制剂 YM155 是一种主要用于治疗高危神经母细胞瘤的候选药物。神经母细胞瘤细胞系 UKF-NB-3 的一个 YM155 适应亚系的研究结果表明，ABCB1（介导 YM155 外排）水平升高、SLC35F2（介导 YM155 摄取）水平降低、Survivin 水平降低和 TP53 突变表明 YM155 耐药。在此，对另外 10 个 YM155 适应 UKF-NB-3 亚系的研究仅证实了 ABCB1 和 SLC35F2 的作用。然而，细胞 ABCB1 和 SLC35F2 水平并不表明 YM155 幼稚细胞对 YM155 敏感，如来自癌症治疗反应门户 (CTRP) 和癌症药物敏感性基因组学 (GDSC) 数据库的药物反应数据所示。此外，耐药亚系具有显著的异质性。只有七个亚系产生了靶向耐药性，这表现为对 RNAi 介导的 survivin 耗竭的耐药性。这些亚系对其他抗癌药物的反应也各不相同。总之，内在异质性有限的癌细胞群在治疗后会形成各种耐药表型。因此，个性化治疗需要监测癌细胞在治疗后的演变。此外，生物标志物可以在获得性耐药环境中指示耐药性的形成，即使在内在耐药环境中无法预测。
汇总CRISPR筛选的CRISPR就绪细胞系
Number Cas9-expressing cell lines 1, ATCC: CCL-185 A549 , adherent 2, Coriell Institute GM12878 , suspension 3, ATCC: CCL-247 HCT116 , adherent 4, ATCC: CRL-1573 HEK293 , adherent 5, ATCC: CCL-2 HeLa , adherent 6, ATCC: HB-8065 Hep G2 , adherent 7, ATCC: TIB-152 Jurkat , suspension 8, ATCC: CCL-243 K562 , suspension 9, ATCC: HTB-22 MCF7 , adherent 10, ATCC: HTB-132 MDA-MB-468 , adherent 11, ATCC: CRL-5807 NCI-H358 , adherent 12, ATCC: CRL-5872 NCI-H1437，遵守13，ATCC：CRL-5887 NCI-H1693，ADHERENT 14，ATCC：CRL-2577 RKO，RKO，RKO，辅助15，ATCC：CRL-2137 SK-N-AS，sk-n-as，ASCCC：CCL-235 SW837，ATCC：ATCC：ATCC：TIB：TIB：TIB：TIB：TIB：TIB：TIB：TIB：TIB：TIB：TIB：TIB-202： U-2 OS，附着
优化LX-2细胞系的核反射方案
摘要来自肝脏疾病，非酒精性脂肪性肝炎（NASH）是一种影响世界上5.3％的人的疾病。NASH患者的肝脏患有炎症，这也称为纤维化，可以是慢性的，并导致肝硬化的发展。为治疗纤维化患者，正在进行研究以开发抗纤维化疗法以抑制纤维化。在这些研究中，重点是开发自身蛋白酶抑制剂以减少纤维化。酶自身蛋白酶在LPA的产生中起重要作用，LPA是细胞外信号分子。lpa可以作为细胞外分子与LPA 1-3受体结合，而LPA 4-6受体则在ATX的指导下优选地通过LPA激活。由于LPA受体参与纤维化，因此希望使用人类肝星状细胞（HSCS）细胞系LX-2研究这些受体在肝纤维化中的差异，并用LPA受体敲除。要创建此基因敲除细胞系，需要使用CRISPR/CAS9转染LX-2细胞进行优化的核反理®方案。在这里，基于转染效率和细胞活力，将核对甲基®程序EW-113和CA-137进行比较。需要用于核对®实验150.000个细胞。为了在离心后获得最小的细胞损失，研究了不同的离心程序（90xg 10分钟，240xg，持续3分钟，300xg持续5分钟）。从实验的结果中，离心程序之间的离心损失最小的离心机损失没有显着差异。从转染效率和细胞活力的结果中，该程序CA-137是最合适的程序，具有最高的细胞活力，并结合了具有CRISPR/CAS9的LX-2细胞的足够高的转染效率。
在关键疫苗和疗法中使用人类细胞系
•要开发可大规模生产的疫苗，研究人员必须大量生长病毒或细菌，并且具有很高的一致性。•细菌可以在实验室中生长，但是病毒需要活细胞才能感染，以便它们可以复制自身。•与其他动物相比，人类细胞中的病毒往往会更好。•可以在低温下长时间维持人类细胞，从而使科学家能够使用几十年前的相同细胞系。
来自细胞系的多组学和药物筛选数据的统计整合
数据集成方法用于获得多个数据集的统一摘要。对于多模态数据，我们提出了一种计算工作流程来联合分析来自细胞系的数据集。该工作流程包括一种用于多组学数据的新型概率数据集成方法，称为 POPLS-DA。该工作流程的动机是对突触核蛋白病的研究，其中在受影响的 LUHMES 细胞系和对照中测量转录组学、蛋白质组学和药物筛选数据。目的是突出显示与突触核蛋白病有关的潜在可用药途径和基因。首先，使用 POPLS-DA 优先考虑最能区分病例和对照的基因和蛋白质。对于这些基因，构建了一个集成的相互作用网络，其中结合了药物筛选数据以突出显示网络中的可用药基因和途径。最后，进行功能富集分析以识别保护性药物靶向的突触和溶酶体相关基因和蛋白质簇。将 POPLS-DA 与其他单组学和多组学方法进行了比较。我们发现，热休克蛋白 70 家族成员 HSPA5 是经过验证的药物（尤其是 AT1 阻滞剂）最常针对的基因之一。HSPA5 和 AT1 阻滞剂之前已被证实与 α-突触核蛋白病理和帕金森病有关，这表明我们的发现具有相关性。我们的计算工作流程确定了治疗突触核蛋白病的新方向。与其他单组学和多组学方法相比，POPLS-DA 提供了更大的可解释基因集。基于 R 和 markdown 的实现可在线免费获取。
生成能够产生高敏活动的细胞系...
在上述改进领域，ATCC采取了一步，通过CRISPR/CAS 9基因编辑创建了高敏机病毒生产细胞系。通过消除干扰素响应途径并通过删除/下调促凋亡基因来提高VPC的生存，从而提高病毒颗粒产量的设计策略，我们采用了两种方法。第一个是利用这样一个事实，即细胞依靠干扰素引起的途径作为对病毒感染的防御。干扰素信号传导的主要效应因子是通过STAT1蛋白。磷酸化和STAT1的产生自二聚体诱导该细胞内信号传导蛋白转移到细胞核上，从而导致许多细胞通过细胞产生许多抗病毒，抗增殖性和免疫调节反应。因此，从此
CRISPR使用霓虹灯电穿孔对永生的细胞系编辑
该方案描述了如何将核糖核蛋白（RNP）复合物组成，这些复合物由纯化的CAS9核酸酶复制，用化学改良的合成单导剂RNA（SGRNA）复制到永生的粘附或悬浮液中。包括一个敲门选项。RNP递送是使用Thermo Fisher Neon™转染系统完成的。包括各种细胞类型的电穿孔设置的参考。化学修饰的SGRNA旨在抵抗可导致细胞死亡的外核酸和先天的细胞内免疫级联反应。Editco化学修改的合成SGRNA具有特殊的纯度，并且始终驱动高编辑频率。
细胞系多组学和药物筛选数据的统计整合
数据集成方法用于获得多个数据集的统一摘要。对于多模态数据，我们提出了一种计算工作流程来联合分析来自细胞系的数据集。该工作流程包括一种用于组学数据的新型概率数据集成方法，称为 POPLS-DA。该工作流程的动机是对突触核蛋白病的研究，其中在受影响的 LUHMES 细胞系和对照中测量转录组学、蛋白质组学和药物筛选数据。目的是突出显示与突触核蛋白病有关的潜在可用药途径和基因。首先，使用 POPLS-DA 优先考虑最能区分病例和对照的基因和蛋白质。对于这些基因，构建了一个集成的相互作用网络，其中药物筛选数据被纳入网络中以突出显示可用药的基因和途径。最后进行功能富集分析以识别保护性药物靶向的突触和溶酶体相关基因和蛋白质簇。我们发现，热休克蛋白 70 家族成员 HSPA5 是经过验证的药物（尤其是 AT1 阻滞剂）最常针对的基因之一。HSPA5 和 AT1 阻滞剂之前已被证实与 α-突触核蛋白病理和帕金森病有关，这显示了我们的发现的相关性。我们的计算工作流程确定了治疗突触核蛋白病的新方向。基于 R 和 markdown 的实现可在线免费获取。