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癌细胞系中代谢途径依赖性概况
（未经同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可不得重复使用。此预印本的版权所有者此版本于 2021 年 3 月 20 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.10.05.327429 doi：bioRxiv preprint
癌细胞系中代谢途径依赖性的景观
图1。基因表达和CRISPR基因依赖性的整合以鉴定代谢途径依赖性。a）示意图概述了遗传途径依赖性富集分析（遗传PDEA）的方法。CCLE的癌细胞系首先通过培养类型（粘附，悬浮液）和培养基（RPMI，DMEM）进行分层，然后使用单样本GSEA（SSGSEA）推断其代谢途径活性。将所得的途径活性与基因依赖性整合在一起，以评估与代谢途径活性的关联。b-c）模拟数据（请参阅方法）用于评估遗传PDEA方法的灵敏度。热图代表每个添加每个梯度时的显着结果百分比。添加到表达梯度中的值与添加到依赖梯度的值相比，相关系数和遗传性PDEA结果稍强。
跨乳腺癌细胞系和模型的蛋白质组学分析
我们对60种人类衍生的乳腺癌细胞系模型进行了定量蛋白质组学，深度为约13,000个蛋白质。评估了由此产生的高通量数据集的质量和可重复性。我们使用数据集来识别和表征乳腺癌的亚型，并表明它们符合已知的转录亚型，揭示了即使在采样不足的蛋白质特征集中也保留了分子亚型。所有数据集都可以作为Lincs Portal上的公共资源免费提供。我们预计，可以挖掘这些数据集，无论是孤立还是与免费测量，例如基因组学，转录组学和磷蛋白质组学，以预测药物反应，为信号传导途径模型中的细胞系特定环境提供信息，并识别对治疗疗法的敏感性或抗性的标记。
细辛醚在乳腺癌细胞系中具有抗增殖潜力
乳腺癌是全球面临的重大健康挑战，需要不断探索新的治疗方法。细辛酮是一种来自菖蒲属的生物活性化合物，具有良好的抗癌特性，但其对乳腺癌细胞的影响尚未得到充分研究。本研究使用体外和计算机模拟方法研究了细辛酮对乳腺癌细胞系的抗癌潜力。使用 DPPH 自由基清除试验评估了细辛酮的抗氧化活性，结果显示其对自由基具有剂量依赖性（25.56%、32.18%、47.73%、54.83% 和 66.74%）。MTT 试验显示细胞活力呈剂量依赖性下降，表明细辛酮对乳腺癌细胞具有细胞毒性。 mRNA 表达分析表明，针对凋亡调节因子，例如 Bax（1、1.3、1.52 倍变化上调）和 Bad（1、1.4 和 1.6 倍变化上调）基因表达，表明细辛醚通过内在途径诱导细胞凋亡。此外，细辛醚抑制 Akt mNRA（1、0.6 和 0.4 倍变化下调）、caspase-3（1、1.4 和 1.7 倍变化上调）和细胞色素 c mRNA（1、1.2 和 1,54 倍变化上调），表明干扰关键的癌症进展途径。分子对接研究预测细辛醚与参与细胞凋亡和细胞存活的关键蛋白质（包括 Bax、Bad、细胞色素 c、caspase 3 和 Akt）之间存在有利的结合相互作用。这些发现共同强调了细辛醚对乳腺癌细胞的多方面抗癌机制。这项研究强调了阿魏酸作为乳腺癌天然治疗剂的潜力，为进一步探索转化研究和临床试验提供了途径。本研究大大提高了我们对阿魏酸抗癌特性的认识，为开发新的有效乳腺癌疗法提供了有希望的方向。
用于重组蛋白生产的 CHO 细胞系开发的最新进展
引言生物治疗和诊断 (治疗诊断学) 是医药市场上增长迅速的产品。它们包括各种单克隆抗体 (mAb)、疫苗、激素和其他蛋白质，所有这些产品都有广泛的应用。自 2002 年以来，FDA (美国食品药品管理局) 已批准了 300 多个生物制药项目，而且随着生物制剂 (蛋白质、核酸、糖及其复合物) 越来越多地进入诊断和治疗领域，这个数字还在增长 [ 1 ]。满足对这些产品日益增长的需求仍然是一个挑战，并推动着制造工艺的不断创新。策略旨在优化蛋白质表达，以实现更高的体积生产率、稳定的产品质量和更低的制造成本，同时缩短时间。很大一部分可用的生物制剂是重组蛋白，其中大多数是在哺乳动物表达平台上生产的。在这篇综述中，我们重点关注这种表达系统，尽管也有其他系统可用于生产活性重组蛋白，并且正在评估其在制药行业中的潜在用途。哺乳动物
seqverify：用于细胞系基因组完整性，污染和基因编辑结果
3均等的贡献，4个铅接触 *通信：george_church@hms.harvard.edu 1在过去十年中，基因组编辑和多能干细胞（PSC）培养的进步使研究人员生成了编辑的PSC线来研究各种生物学问题。然而，细胞系中的异常，例如非整倍性，靶标和脱靶编辑误差以及在PSC培养过程中或由于不需要的编辑结果，可能会出现微生物污染。这些异常中的任何一个都可能使实验无效，因此检测它们至关重要。下一代测序价格的持续下降使整个基因组测序（WGS）成为有效的质量控制选项，因为WGS可以检测到涉及DNA序列变化或存在不必要序列的任何异常。但是，这种方法缺乏易于使用的数据分析软件。在这里，我们提出了Seqverify，这是一种旨在获取原始WGS数据和预期编辑列表的计算管道，并验证编辑是否存在，并且没有异常。我们预计，Seqverify将成为研究人员生成编辑PSC的有用工具，并且更广泛地对细胞系质量控制。1.1关键字干细胞，多能干细胞，整个基因组测序，微生物污染，非整倍性，基因组编辑，单核苷酸多态性，软件，质量控制，Seqverify 2简介多发性干细胞（PSC）在许多细胞中都在生物学研究中发现了各种细胞的重要用途。 PSC。基因编辑技术（例如CRISPR-CAS9）已使PSC线的工程能够包含感兴趣的潜在等位基因，例如与疾病相关的突变或Nluorescent Reporters。
注释研究人员 - 如何访问英国干细胞库干细胞系
从英国访问干细胞库的干细胞系此信息表的目的是为您提供逐步指南，以从英国干细胞库中获取人类干细胞系以及您的请求者在此过程中扮演的角色。假定您将阅读使用人类干细胞系的实践守则的相关部分。本文档的当前版本可在医学研究委员会（MRC）和银行的网站上获得。这些笔记不包含有关将人类胚胎干细胞系进出英国的信息，也不包含与从银行以外的其他来源获取人类胚胎干细胞有关的信息。《实践守则》中包含有关这些领域（包括路线图）的详细信息。还假定您已经完成了所有必要的步骤，并已收到了所有必要的权限，以启动您要求干细胞系列的项目。这可能包括对研究资金项目的同行评审；道德委员会的研究批准；相关国家当局的许可和认证要进行工作以及为其进行的设施。如果您是海外请求者，则还应确保您和任何指定的合作者都遵守与使用胚胎干细胞在您所在国家 /地区使用胚胎干细胞有关的任何政府法规或实践守则。您还应确保银行在发货前已知任何海关要求。步骤1咨询干细胞系的UKSCB目录。The online catalogue lists all the stem cell lines currently available to researchers and can be found on the Bank's website or via the link below: https://nibsc.org/science_and_research/advanced_therapies/uk_stem_cell_bank/cell_line_catalogue.aspx If the cell line(s) you require is not listed on our catalogue, please consult the UK Stem Cell Registry which lists all存放在银行中但尚未可用的细胞系。在这种情况下，您可以通过通过这些票据末尾给出的地址向银行发送电子邮件来询问可能可用性或替代单元线以适合您的目的。如果您希望使用的单元线未出现在目录中或注册表中，则可能需要考虑通过银行以外的访问路线。可以通过在这些票据末尾给出的地址向指导委员会获得有关此信息的更多信息。
使用 CRISPR 试剂对人类 B 细胞系进行电穿孔
图 1. 最佳条件基于细胞存活率和靶向敲除率。根据上述方案，每次电穿孔用含有靶向人 CD19 的 crRNA 的 RNP（从针对不同 B 细胞系中细胞内和细胞外标志物的 30 多种 crRNA 筛选中选择）转染 100 万个 Ramos 细胞。（A）电穿孔后的第二天，用 2.5 μg/mL 碘化丙啶（BioLegend，产品目录号 421301）对部分细胞染色，并通过流式细胞术进行分析。（B）电穿孔五天后，用 2.5 μg/mL Alexa Fluor ® 647 抗人 CD19（BioLegend，产品目录号 302220，克隆 HIB19）加碘化丙啶对部分细胞染色，并通过流式细胞术进行分析。对照 = 未经电穿孔的细胞：RNP 混合物。数据由德国弗莱堡大学的 Marco Cavallari 博士提供。
EGCG通过靶向多个癌细胞系中的ERK途径
Gerardo G. Mackenzie博士加利福尼亚大学戴维斯大学营养系盾牌大街，加利福尼亚州戴维斯，95616电话：（530）752-2140;传真：（530）752-8966;电子邮件：ggmackenzie@ucdavis.eduGerardo G. Mackenzie博士加利福尼亚大学戴维斯大学营养系盾牌大街，加利福尼亚州戴维斯，95616电话：（530）752-2140;传真：（530）752-8966;电子邮件：ggmackenzie@ucdavis.edu
建立 GPR146 敲除人类诱导多能干细胞系 (ITXi001-A-1)
动脉粥样硬化性心血管疾病 (ASCVD) 仍然是全球最大的死亡原因 2 。血脂异常是与 ASCVD 发展有关的一个关键的可改变的因果风险因素。最近，G 蛋白偶联受体家族的成员 G 蛋白偶联受体 146 (GPR146) 被证明是血浆胆固醇的调节剂 3,4 。GPR146 在小鼠体内的肝脏抑制已显示出良好的特性，它对高胆固醇血症和动脉粥样硬化具有保护作用，这种作用独立于低密度脂蛋白受体 (LDLR) 通路 3 。为了更好地理解所涉及的生物学机制，我们开发了一种先进的基因工程人类诱导多能干细胞 (hiPSC) 模型，该模型因 GPR146 而无效。 GPR146 -/- 细胞系 (ITXi001-A-1) 源自我们实验室先前从尿液祖细胞 (ITXi001-A) 1 中重新编程的对照 hiPSC 的基因组版本。基因组版本使用 Alt-R™ CRISPR-Cas9 系统 (Integrated DNA Technologies) 进行，针对两个等位基因上的 GPR146 外显子 2。ITXi001-A-1 是通过挑选单个菌落建立的，其基因型通过 PCR 筛选 (图 1A - 上图和下图) 并通过 Sanger 测序确认 (图 1B)。我们进一步表明，GPR146 基因的遗传版本不会诱导基因组的脱靶版本（筛选 10 个预测位点 - （补充文件 3A）），也不会诱导 ITXi001-A-1 细胞的基因组完整性（分析 24 个拷贝数变异）（补充文件 1）。我们验证了 ITXi001-A-1 细胞不含支原体（补充文件 3B），并且它们与最初采集的尿液细胞来自同一个体（16 个 STR 的亲子鉴定 - 补充文件 2）。总体而言，ITXi001-A-1 细胞呈现：I- 与 ITXi001-A 细胞相比具有相似的形态（图 1C）II- 多能性标志物的阳性表达（通过 OCT3/4 和 TRA-1–60 的免疫荧光染色检测）（图 1D）。 III- 多能性细胞表面标志表达阳性（流式细胞术检测 SSEA-4 和 TRA1-60）（图 1E）。IV- 多能性标志物的表达水平与 ITXi001-A 细胞相同（NANOG、POU5F1 和 SOX2 - 通过 RT-qPCR 测量）（图 1F）。V- 具有优异的分化为中胚层、内胚层和外胚层的能力（通过 SOX17 和 FOXA2（中胚层）；T(TBXT) 和 HAND1（内胚层）以及 PAX6 和 SOX1（外胚层）的 RT-qPCR 评估，与 ITXi001-A 细胞相似）（图 1G）。