金黄色葡萄球菌CAS 9(SACAS 9)是RNA引导的内核ASE,其靶向与原始探针相邻的互补DNA相邻的邻接基序(PAM)进行裂解。其小尺寸促进了体内递送的各种生物体基因组编辑。在此,使用单分子和集合方法,我们系统地研究了SACAS 9与DNA相互作用的基础机理。我们发现SACAS 9的DNA结合和裂解需要分别与指导RNA的PAM -Proximal DNA的6-和18 -bp。这些活性是由三元复合物之间的两个稳定的相互作用介导的,其中一种稳定的相互作用位于PAM的大约6 bp,而不是DNA上Sacas 9的明显足迹。值得注意的是,原始间隔物内部的另一个相互作用显着强,因此构成了DNA结合的SACAS 9持续块对DNA跟踪电动机。有趣的是,在裂解后,萨卡斯9自主释放了pAM-DESTAL DNA,同时保持与PAM的结合。这种部分DNA释放立即废除了其与原始探针DNA的强烈相互作用,因此促进了其随后与PAM的解离。总体而言,这些数据提供了对SACAS 9的动态理解,并指导其有效的应用。
。CC-BY 4.0 国际许可,可在未经同行评审认证的情况下使用)是作者/资助者,他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者(此版本于 2021 年 7 月 23 日发布。;https://doi.org/10.1101/2021.07.23.453538 doi:bioRxiv 预印本
将明确的心理机制和可观察的行为与心理和行为科学的核心目的有关。挑战之一是理解和模拟意识的作用,尤其是其主观的观点是行为治理中内部的代表性(包括社会认知)。朝向这个目标,我们将投射意识模型(PCM)的原理实现为体现为虚拟人类的人造代理,从而扩展了该模型的先前实现。我们的目标是纯粹基于模拟提供概念验证,作为未来方法论框架的基础。其总体目的是在虚拟现实中的实验背景下,基于与意识研究相关的模型来评估人类参与者中隐藏的心理参数。作为方法的例证,我们专注于模拟心理理论(TOM)在选择方法和回避行为中的作用(TOM),以优化对代理人偏好的满意度。我们在虚拟环境中设计了一个主要实验,可以与真正的人类一起使用,使我们能够将行为分类为汤姆的秩序,直至第二阶。我们表明,使用PCM的试剂在本实验中表现出具有TOM一致参数的预期行为。我们还表明,代理可以用来正确估计彼此的汤姆顺序。此外,在补充实验中,我们证明了代理如何同时估计TOM的顺序以及归因于其他人以优化行为结果的偏好。未来的研究将在虚拟现实实验中通过经验评估和微调实际人类的框架。
将工业 4.0 技术和 KPI 可靠性相结合以实现供应链绩效的方法 Yousra El Kihel a、Anne Zouggar Amrani a、Yves Ducq a、Driss Ameguouz b、Ahmed lfakir ca 波尔多大学,CNRS,IMS,UMR 5218,33405 Talence,法国;b 实验室 TSI,Univ USMBA,Fes,摩洛哥;c 生产部,PSA,肯尼特拉,摩洛哥 电子邮件:yousra.el-kihel@u-bordeaux.fr、anne.zouggar@u-bordeaux.fr、yves.ducq@u-bordeaux.fr、driss.amegouz@usmba.ac.ma、ahmad.lfakir@mpsa.com 摘要:在国际化的背景下,供应链变得越来越复杂,需要做出大量决策。供应链 (SC) 绩效的建模和测量已得到研究人员的广泛关注,然而工业 4.0 时代新技术的出现正在改变环境,并隐性影响供应链管理的关键绩效指标 (KPI)。尽管存在多种模型,但考虑到 KPI 的重要性以及同时包含工业 4.0 技术,没有一种模型是专门针对供应链运营管理的。本文提出了一种研究方法,针对一个参考模型来掌握供应链状态,并识别决策,称为 GRAILOG,从中构建一组 KPI 来支持不同的决策。然后描述和演示了一种称为 PPTechIP 的方法,用于引导和建议公司进行与构建可靠 KPI 相关的工业 4.0 转型。PPTechIP 基于一组雷达,这些雷达基于 GRAILOG 模型,分为供应链的不同决策级别和功能。计算进步潜力并协助经理做出决策。拥抱工业 4.0 时代的 PSA(法国汽车制造商)被选中实施该模型。使用建议的方法,结果为 PSA 的控制指标提供了一些有趣的见解。大数据、增强现实和协作机器人引起了 PSA 的高度关注,并被判定为继续跟进的先行技术,而云计算则被判定为一种警示技术,必须谨慎考虑过度投资。关键词、供应链管理、关键绩效指标、工业 4.0、技术、汽车行业
目的:CRABP2(Cellula Retinoi Aci Bindin Protei 2D)过表达可促进多种肿瘤进展,但对肺腺癌(LUAD)中CRABP2的综合分析研究较少。方法:利用TCGA、GEO、GEPIA2、UALCAN、Kaplan Meier plotter、LinkedOmics、TIMER、CCLE、Metascape等大型公共数据库和在线分析工具进行大数据挖掘分析,利用RNA干扰技术、CCK8检测、流式细胞术及凋亡检测、Western blot等进行体外实验。结果:研究通过对丽水市中心医院640例LUAD患者及640例健康对照血浆样本的分析,发现早期(IA期)LUAD患者血浆中CRABP2的表达水平高于对照组(平均31.6587±13.8541 ng/mL vs. 13.9328±5.5805 ng/mL,p<0.0001)。受试者工作特征曲线显示,CRABP2对预测早期LUAD具有一定的准确性,灵敏度为70.98%,特异度为94.53%,临界值为0.6551 ng/mL,曲线下面积为0.839(95%CI:0.817-0.859,p<0.0001)。与正常肺组织相比,CRABP2在LUAD中显著高表达(p<0.05)。LUAD中CRABP2高表达提示LUAD患者总生存期(95%CI:1.04-1.46,HR:1.23,p=0.018)和首次进展(95%CI:1.10-1.65,HR=1.35,p=0.0032)预后不良。CRABP2可能通过促进G2/M期转变、抑制细胞凋亡、参与免疫微环境调控等作用,促进LUAD的进展。CRABP2高表达会抑制免疫效应细胞的募集,促进免疫抑制细胞比例的增加,从而促进LUAD的进展。 LUAD中CRABP2的低表达可能使CD274(PD-L1)、HAVCR2和PDCD1LG2(PD-L2)的表达增强,而CRABP2的高表达可能使CTLA4、LAG3、PDCD1(PD-1)、TIGIT和IGSF8的表达增强。结论:CRABP2可能是LUAD诊断、治疗及预后的重要生物标志物。LUAD中CRABP2高表达的患者使用针对CD274、HAVCR2和PDCD1LG2的抑制剂治疗疗效可能不理想,而使用针对CTLA4、LAG3、PDCD1、TIGIT和IGSF8的抑制剂治疗疗效可能更好。大多数CRABP2高表达的癌症患者可能受益于免疫检查点抑制剂治疗。我们的研究结果为LUAD的诊断和治疗奠定了积极基础。
过去 20 年来,我们对基因调控特异性的认识发生了深刻变化。以前,人们认为调控因子控制着少数基因,通过“钥匙和锁”机制以精确的特异性识别。但最近,对调控因子结合位点占有率(无论是在 DNA 还是 RNA 靶标上)的全基因组探索揭示了每个研究调控因子的大量分子靶标列表。如此差的生化特异性表明每个调控因子控制许多基因,共同影响生物表型。在这里,我提出了第三种模型,即调控因子的生物特异性仅部分归因于“钥匙和锁”生物化学。相反,调控因子在微观尺度上影响许多基因,但大多数相互作用的生物学后果在中观尺度上被减弱:只有少数调控事件从微观传播到宏观尺度,其他调控事件因稳态机制而变得无关紧要。该模型得到了 microRNA 文献的充分支持,数据表明它扩展到其他调控因子。它一方面调和了来自生物化学和比较基因组学的矛盾观察结果,另一方面又调和了来自体内遗传学的矛盾观察结果,但这种概念上的统一却被常见的误解和违反直觉的图形显示模式所掩盖。要深刻理解基因调控,需要澄清概念,以及更适合的统计分析和图形表示。
建议慢性淋巴细胞白血病 (CLL) 患者接种肺炎球菌 (PC) 疫苗。然而,已在少数 CLL 患者中研究了疫苗反应。我们分析了 112 名接种 13 价肺炎球菌结合疫苗 (PCV13) 的 CLL 患者的抗体反应和结果。免疫反应定义为 ELISA 评估的 PC-IgG 水平增加两倍。患者中位年龄为 68 岁,23.2% 的 IgG 水平≤400 mg/L,6.3% 的疾病进展,52% 的 IGHV 未突变。 22 名 (19.6%) 患者未接受过治疗,90 名 (80.4%) 患者之前接受过治疗(40.2% 一线化学免疫疗法;伊布替尼一线/晚期治疗,9.8%/21.4%;艾代拉里斯布晚期治疗,8.9%)。9 名 (8%) 患者出现免疫反应,其中 8 名患者未接受过治疗,1 名患者接受过一线伊布替尼治疗。之前接受过化学免疫疗法治疗的患者未观察到反应。年龄 ≥ 60 岁 (p = 0.007)、IgG 水平 < 400 mg/L (p < 0.0001)、之前接受过治疗 (p < 0.0001) 和有疾病进展迹象 (p = 0.04) 与较低的反应率相关。具有疾病进展临床症状(HR,8.39)、既往肺炎(HR,7.03)和 TP53 破坏(HR,2.91)的患者无肺炎生存期明显较短。总之,我们的结果表明,对于处于早期和稳定疾病阶段的 CLL 患者,应在诊断时接种疫苗,因为这些患者拥有更好的资源来获得有效的免疫反应。
基因组大分子复合物实验室的结构生物学着重于与DNA/RNA相互作用的蛋白质复合物的研究,目的是确定负责其功能的分子机制。为了实现这一目标,我们进行了一个组合过程,其中包括蛋白质克隆和表达技术,使用色谱工具进行纯化及其随后使用生物物理和结构生物学方法(例如冷冻电子显微镜(Cryo-EM))或X射线晶体学分析。
一种新型DNA分离系统的关键蛋白StbA的DNA结合域的表征等《分子生物学杂志》,2022,434(19),第167752页。 10.1016/j.jmb.2022.167752。 hal-03837249