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World File Search System编码序列
基因组编辑使领鞭毛虫 Salpingoeca rosetta 的多细胞发育的反向遗传学成为可能
摘要 在之前的研究中，我们建立了正向遗传筛选，以确定领鞭毛虫 Salpingoeca rosetta 多细胞发育所需的基因 (Levin 等人，2014)。然而，领鞭毛虫反向遗传工具的缺乏妨碍了对基因功能的直接测试，并阻碍了将领鞭毛虫确立为重建其现存近亲动物起源的模型。在这里，我们通过设计一个可选择的标记来富集编辑细胞，在 S. rosetta 中建立了 CRISPR/Cas9 介导的基因组编辑。然后，我们使用基因组编辑来破坏 S. rosetta C 型凝集素基因 rosetteless 的编码序列，从而证明其对于多细胞莲座丛发育的必要性。这项工作推动了 S. rosetta 作为一个模型系统的发展，以研究从遗传筛选和基因组调查中识别出的基因如何在领鞭毛虫中发挥作用并进化为动物生物学的关键调节器。
泰国水稻根际土壤中微球菌菌株 ORF15-23 的基因组序列草图数据
从泰国 Roi Et 省雨养有机稻田土壤样本中分离出一株革兰氏阳性菌，命名为菌株 ORF15-23。据报道，该菌株能产生吲哚-3-乙酸和 2-乙酰基-1-吡咯烷 (2AP) 化合物，溶解钾长石并促进水稻幼苗生长。基因组测序采用 Illumina MiSeq 平台进行。菌株 ORF15-23 的基因组草图长度为 2,562,005 bp，包含 1677 个蛋白质编码序列，平均 G + C 含量为 72.97 mol.%。系统基因组树支持将菌株 ORF15-23 归为微球菌属的成员。平均核苷酸同一性 (ANIb) 值比较显示，菌株 ORF15-23 与 M. yunnanensis DSM 21948 T 基因组的同一性为 96.95 %。M. yunnanesis ORF15-23 的基因组草图序列已存入 DDBJ/EMBL/GenBank 数据库，登录号为 JAZDRZ0 0 0 0 0 0 0 0 0。该基因组序列数据为分类学研究提供了有价值的信息
全基因组在培养花生中鉴定MLO基因（Arachis hypogaea L.）
培养的花生被用作识别Ahmlo基因座的参考。我们的结果表明，鉴定了25个Ahmlo基因座，并分布在培养花生的铬味上。11个Ahmlo基因座位于A基因组上，其余14位在B-Genome上。在Ahmlo基因座的编码序列中观察到插入的内含子序列（4-14）和跨膜螺旋（4-8）的可变数量。此外，Ahmlo基因座的系统发育分析以及来自其他物种的同源物将Ahmlo基因座聚集成六个进化枝。将三个Ahmlo基因座聚集在已知的进化枝V中，以重新组合粉状易感性位点。此外，在特定AHMLO的启动子区域预测了四个核心启动子以及与PM敏感性有关的顺式调节元件。这些结果提供了有力的证据表明MLO基因座在培养的花生基因组中的鉴定和分布，并且可以使用识别的AHMLO基因座进行识别的特定ahmlo基因座，可用于丧失易感性研究。
声音学习的神经分子和转基因模型
图 1 P. discolor 基因组的改进基因注释。UCSC 基因组浏览器截图展示了具有各种改进的基因座示例，包括注释 (A) 先前注释中缺失的基因；CNTNAP2 ，(B) 新外显子；FOXP2 ，(C) 改进的 UTR；THSD1 ，和 (D) 替代异构体；GABRP 。在每个面板中，顶部轨道（浅蓝色）表示 Jebb 等人 2020 年报告的先前注释，第二条轨道（黑色）报告当前研究的更新注释。蓝色和红色的附加轨道表示支持当前注释的实验证据。水平线表示预测或观察到的基因座。垂直线或粗矩形表示通过预测或功能数据识别的外显子。较细的矩形表示从第一个外显子（5'UTR）或最后一个外显子（3'UTR）延伸出来的非翻译区（UTR）。箭头表示编码区（外显子）之间的非编码序列（内含子）和基因组中的编码方向。每个基因下方标有以千碱基 (kb) 为单位的比例尺。
从犬分离出的酸性酸CACC的完整基因组序列
从犬粪便中分离出摘要酸性CACC 537，并据报道具有生物性特性。我们旨在通过功能基因组分析来表征该菌株的潜在益生菌特性。使用PACBIO RSII和Illumina平台进行了酸性P.酸性CACC 537的完整基因组测序，并包含一个带有42％G + C含量的圆形Chromo（2.0 MB）。序列是注释，显示1,897个蛋白质编码序列，15个rRNA和56个trNA。确定酸性P.酸性CACC 537基因组携带已知与免疫系统有关的基因，防御机制，限制性修饰（R-M）和CRISPR系统。CACC 537被证明有益于在发酵过程中预防病原体感染，有助于宿主免疫和维持肠道健康。这些结果可在酸性假单胞菌的地位和工业益生菌饲料添加剂的发展下进行全面，从而有助于改善宿主的免疫力和肠道健康。关键字：酸性花生，犬，全基因组测序
鉴定耐热酵母马克斯克鲁维酵母高温下竞争性生长所需的新基因
收到日期：2021 年 11 月 5 日；接受日期：2022 年 1 月 25 日；发布日期：2022 年 3 月 25 日 作者隶属关系：1 爱尔兰科克大学微生物学院、APC 微生物组、环境研究所和 SUSFERM 中心，科克 T12 K8AF，爱尔兰；2 查尔姆斯理工大学生物与生物工程系，瑞典哥德堡 SE-41296；3 科克大学生物化学与细胞生物学学院，科克 T12 K8AF，爱尔兰。 *通讯作者：John P. Morrissey，j.morrissey@ucc.ie 关键词：耐热性；非常规酵母；工业生物技术；基因组注释；核糖体分析。缩写：ARS，自主复制序列；CDS，编码序列；DE，差异基因表达；FC，倍数变化；FDR，错误发现率；gRNA，向导 RNA； NHEJ，非同源末端连接；snoRNA，小核仁 RNA；TMM，m 值的修剪平均值。本文的在线版本提供了五个补充表和三个补充图。001148 © 2022 作者
信号分类的Grasmmannian歧管自我注意网络
在人工智能社区中，在使用深度学习技术编码序列数据中取得了显着的进步。从未有过，如何有效地从通道维度挖掘有用的信息仍然是一个主要的挑战，因为这些特征具有子序列结构。线性子空间是格拉曼尼亚歧管的基本元素，已被证明是统计代表中的效率流形特征描述符。此外，欧几里得的自我关注机制在捕获数据的长期关系方面已显示出巨大的成功。受这些事实的启发，我们将自我注意力的机械主义扩展到了格拉斯曼尼亚的歧管。我们的框架可以有效地表征格拉曼尼亚歧管中编码的顺序数据的空间波动。在三个基准测试数据集（无人机识别数据集和两个EEG信号分类数据集）上进行了广泛的实验结果，证明了我们方法的优越性，而不是最先进的。可以在https://github.com/chenhu-ml/gdlnet上找到这项工作的代码和支持材料。
核酸研究
1。Kernighan，B.W。 和Plauger，P.J。 （1976）软件工具，Addison-Wesley Publishing Company，Reading，Massachusetts。 2。 Maizel，J.V。 和Lenk，R.P。 （1981）美国国家科学院的会议记录78，7665-7669。 3。 Needleman，S.B。 和Wunsch，C.D。 （1970）分子生物学杂志48，443-453。 4。 卖家，P.H。 （1974）应用数学杂志26，787-793。 5。 Smith，T.F。 和Waterman，M.S。 （1981）应用数学2，482-489的进步。 6。 Schroeder，J.L。 和Blattner，F.R。 （1982）核酸研究10，69-84，图1。 7。 Zuker，M。和Stiegler，P。（1981）核酸研究9，133-148。 8。 Gribskov，M.，Devereux，J。和Burgess，R.R。 “密码子偏好图：蛋白质编码序列和基因表达的图形分析”，提交给核酸研究。 9。 Grantham，R。Gautier，C。Guay，M。Jacobzone，M。和Mercier R.（1981）核酸研究9（1），R43-R74。 10。 Fickett，J.W。 （1982）核酸研究10，5303-5318 11。 Smithies，O.，Engels，W.R。，Devereux，J.R。，LiTher，J.L。和S. Shen，（1981）Cell 26，345-353。 12。 Smith，T.F.，Waterman，M.S。 和Sadler，J.R。（1983）核酸研究11，2205-2220。 13。 Staden，R。（1980）核酸研究8，3673-3694。 14。 15。 16。 17。Kernighan，B.W。和Plauger，P.J。（1976）软件工具，Addison-Wesley Publishing Company，Reading，Massachusetts。2。Maizel，J.V。和Lenk，R.P。（1981）美国国家科学院的会议记录78，7665-7669。3。Needleman，S.B。和Wunsch，C.D。（1970）分子生物学杂志48，443-453。4。卖家，P.H。（1974）应用数学杂志26，787-793。5。Smith，T.F。 和Waterman，M.S。 （1981）应用数学2，482-489的进步。 6。 Schroeder，J.L。 和Blattner，F.R。 （1982）核酸研究10，69-84，图1。 7。 Zuker，M。和Stiegler，P。（1981）核酸研究9，133-148。 8。 Gribskov，M.，Devereux，J。和Burgess，R.R。 “密码子偏好图：蛋白质编码序列和基因表达的图形分析”，提交给核酸研究。 9。 Grantham，R。Gautier，C。Guay，M。Jacobzone，M。和Mercier R.（1981）核酸研究9（1），R43-R74。 10。 Fickett，J.W。 （1982）核酸研究10，5303-5318 11。 Smithies，O.，Engels，W.R。，Devereux，J.R。，LiTher，J.L。和S. Shen，（1981）Cell 26，345-353。 12。 Smith，T.F.，Waterman，M.S。 和Sadler，J.R。（1983）核酸研究11，2205-2220。 13。 Staden，R。（1980）核酸研究8，3673-3694。 14。 15。 16。 17。Smith，T.F。和Waterman，M.S。 （1981）应用数学2，482-489的进步。 6。 Schroeder，J.L。 和Blattner，F.R。 （1982）核酸研究10，69-84，图1。 7。 Zuker，M。和Stiegler，P。（1981）核酸研究9，133-148。 8。 Gribskov，M.，Devereux，J。和Burgess，R.R。 “密码子偏好图：蛋白质编码序列和基因表达的图形分析”，提交给核酸研究。 9。 Grantham，R。Gautier，C。Guay，M。Jacobzone，M。和Mercier R.（1981）核酸研究9（1），R43-R74。 10。 Fickett，J.W。 （1982）核酸研究10，5303-5318 11。 Smithies，O.，Engels，W.R。，Devereux，J.R。，LiTher，J.L。和S. Shen，（1981）Cell 26，345-353。 12。 Smith，T.F.，Waterman，M.S。 和Sadler，J.R。（1983）核酸研究11，2205-2220。 13。 Staden，R。（1980）核酸研究8，3673-3694。 14。 15。 16。 17。和Waterman，M.S。（1981）应用数学2，482-489的进步。6。Schroeder，J.L。和Blattner，F.R。（1982）核酸研究10，69-84，图1。7。Zuker，M。和Stiegler，P。（1981）核酸研究9，133-148。 8。 Gribskov，M.，Devereux，J。和Burgess，R.R。 “密码子偏好图：蛋白质编码序列和基因表达的图形分析”，提交给核酸研究。 9。 Grantham，R。Gautier，C。Guay，M。Jacobzone，M。和Mercier R.（1981）核酸研究9（1），R43-R74。 10。 Fickett，J.W。 （1982）核酸研究10，5303-5318 11。 Smithies，O.，Engels，W.R。，Devereux，J.R。，LiTher，J.L。和S. Shen，（1981）Cell 26，345-353。 12。 Smith，T.F.，Waterman，M.S。 和Sadler，J.R。（1983）核酸研究11，2205-2220。 13。 Staden，R。（1980）核酸研究8，3673-3694。 14。 15。 16。 17。Zuker，M。和Stiegler，P。（1981）核酸研究9，133-148。8。Gribskov，M.，Devereux，J。和Burgess，R.R。“密码子偏好图：蛋白质编码序列和基因表达的图形分析”，提交给核酸研究。9。Grantham，R。Gautier，C。Guay，M。Jacobzone，M。和Mercier R.（1981）核酸研究9（1），R43-R74。10。Fickett，J.W。 （1982）核酸研究10，5303-5318 11。 Smithies，O.，Engels，W.R。，Devereux，J.R。，LiTher，J.L。和S. Shen，（1981）Cell 26，345-353。 12。 Smith，T.F.，Waterman，M.S。 和Sadler，J.R。（1983）核酸研究11，2205-2220。 13。 Staden，R。（1980）核酸研究8，3673-3694。 14。 15。 16。 17。Fickett，J.W。（1982）核酸研究10，5303-5318 11。Smithies，O.，Engels，W.R。，Devereux，J.R。，LiTher，J.L。和S. Shen，（1981）Cell 26，345-353。12。Smith，T.F.，Waterman，M.S。 和Sadler，J.R。（1983）核酸研究11，2205-2220。 13。 Staden，R。（1980）核酸研究8，3673-3694。 14。 15。 16。 17。Smith，T.F.，Waterman，M.S。和Sadler，J.R。（1983）核酸研究11，2205-2220。13。Staden，R。（1980）核酸研究8，3673-3694。14。15。16。17。Clayton，J。and Kedes，L。（1982）核酸研究10，305-321。GenBank（TM）遗传序列数据库可从美国马萨诸塞州剑桥市Moulton Street 10号Bolt Beranek and Newman Inc.韦恩·里顿（Wayne Rindone）获得美国马萨诸塞州穆尔顿街10号。EMBL核苷酸序列数据库可从Greg Hamm，欧洲分子生物学实验室，后10.2209，Meyerhofstrasse 1，6900 Heidelberg，West Gestery获得。来自法国Strasbourg 67000的Transgene SA的Richard Lathe博士的个人交流。
分子标记——探索遗传多样性的工具
DNA（脱氧核糖核酸）由一对染色体组成，每对染色体都遗传自父母之一。因此，个体中的每个基因都有两个拷贝，称为等位基因，一对染色体上各有一个。在哺乳动物中，基因分散在染色体上，由较长的、主要为重复性的 DNA 序列隔开。基因由编码序列（外显子）和内含子组成。内含子不携带蛋白质编码信息，但有时在基因表达调控中发挥作用。基因编码的指令通过两个过程付诸实施。第一个是将遗传信息转录（复制）成另一种类型的核酸 RNA（核糖核酸）。外显子和内含子都被转录成初级信使 RNA（mRNA）分子。然后对该分子进行编辑，这个过程包括去除内含子、将外显子连接在一起以及在 mRNA 的每个末端添加独特特征。成熟的 mRNA 分子由此产生，然后被运送到位于细胞质中的核糖体结构。核糖体由核糖体 RNA (rRNA) 和蛋白质组成，为第二个过程提供场所——将先前复制到 mRNA 的遗传信息翻译成
一种新颖的胡说八道MMP21变体会导致汉族中国患者的右心脏和先天性心脏病
人体内脏的位置和形态沿左右轴不对称。在发育中的胚胎中的异常左 - 右图可能会导致一系列先天性的侧向缺陷，例如右心脏和异质综合征。横向缺陷是一种遗传状况。但是，仅在一名患者中发现致病性遗传病变。在这项研究中，对78例侧向缺陷的患者进行了全异位测序。我们在MMP21（C.G496T; P.G166 ∗）中确定了一种新型的Stopgain变体，中国患有镜像右您的中国患者。这种变体引起了仅包含信号肽和丙肽的截短的MMP21 mRNA，而基质金属蛋白酶-21的编码序列几乎完全不存在。据我们所知，这种新颖的变体是在右心脏病患者中鉴定出的第一个纯合子定格变体，也是在东亚发现的第一个MMP21变体。我们的发现扩展了MMP21变体的频谱，并为MMP21在汉族中国人口中的左图中的关键作用提供了支持。