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湖水中细菌群落的宏基因组分析
摘要M依赖依词学涉及遗传材料提取和直接从环境样本中进行测序，以获得微生物及其周围环境之间存在的见解和关系。在包括在坦桑尼亚阿鲁沙地区发现的苏打湖等极端环境中进行的研究很少。这项研究记录了确认湖泊末端的高pH值和盐度值。全长16S rRNA读取通过PACBIO测序的读数用于揭示细菌群落的首次宏基因组快照，从海岸线水域的10个随机点。结果表明，蛋白细菌和企业的优势分别为98.46％和70.46。α-杆菌（93.59％），拟杆菌（23.80％）和杆菌（23.19％）是最主要的类别。Oceanibaculaceae（52.43％），Rhizobiaceae（66.62％）和Izemoplasmataceae（12.50％）是最主要的家庭。主属分别为Oceanibaculum（52.44％），Allorhizobium（65.59％）和Izimaplasma（12.50％）。多样性指数显示出高水平的社区多样性，大量物种，稀有物种的存在以及在抽样点中细菌的平均分布。这项研究提供了有关纳特隆湖中各种分类单元的首次报告，但建议进行功能性元基因组分析，以进一步研究已鉴定物种的生态和生物技术意义。关键字：宏基因组学； PACBIO测序；细菌多样性；苏打湖；纳特隆湖简介
微塑料改变土壤结构和微生物群落组成
城市集群环境安全和绿色发展的关键实验室，教育部，生态学，环境与资源学院，广东技术大学，广州大学，广州510006，B中国B农业资源与环境研究所，江苏大学农业科学学院，农业科学科学科学科学科学科学科学系，北美农业科学学院Ottingen，37077 G ottingen，德国D人民友谊大学（Rudn University），117198，俄罗斯莫斯科，俄罗斯E州主要水中水主要实验室，北京师范大学，北京师范大学，北京100875年，北京大学，伯林研究所，北卡罗来纳大学，北京大学研究所。 （BBIB），柏林，德国
大西洋流域河流微生物群落的生物地理分布
1 IHCantabria—坎塔布里亚大学环境水力学研究所，坎塔布里亚大学，西班牙桑坦德 | 2 西班牙维哥高等科学研究委员会海洋研究所 | 3 生物多样性研究所，IMIB（奥维耶多大学-CSIC-阿斯图里亚斯大学），西班牙米耶雷斯 | 4 雷恩大学，UMR CNRS Ecobio，雷恩 Cedex，法国 | 5 农业环境与生物科学研究与技术中心、CITAB/Inov4Agro、特拉斯-奥斯-蒙特斯和上杜罗大学、UTAD、维拉雷亚尔、葡萄牙 | 6 葡萄牙瓦伊朗波尔图大学基因组学、生物多样性和生态系统 BIOPOLIS 项目 | 7 葡萄牙瓦伊朗波尔图大学 CIBIO 生物多样性和遗传资源研究中心 | 8 葡萄牙瓦伊朗波尔图大学生物多样性和进化生物学 InBIO 研究网络 | 9 英国北爱尔兰贝尔法斯特农业与食品生物科学研究所
微生物群落定量研究的实验基础设施要求
自然界的微生物群落由大量相互作用的微生物组成，每种微生物在生态系统的功能特性中都发挥着特定的作用。微生物生态学研究的目标与识别、理解和探索这些不同微生物的作用有关。由于 DNA 测序能力的迅速提高和基因组数据的迅速增加，微生物生态学研究的主要注意力从以培养为导向的研究转向了宏基因组学研究。尽管做出了这些努力，但分子特性与生态系统功能性能的可测量变化之间的直接联系往往记录不全。定量了解与分子变化相关的功能特性需要对实验进行有效的整合、标准化和并行化。高分辨率功能表征是解释宏基因组特性变化的先决条件，将提高我们对微生物群落的理解，并促进其在健康和循环经济相关目标方面的探索。
微生物群波动和稳定性 - “多细菌群落的替代品...”
在这项研究中，准备在每种营养状况下继续培养大量细菌群落，并使用称为DNA元法编码的技术分析了每个抗共生中细菌物种的增加或减少。结果表明，在某些营养条件下，每次迭代都过渡到几乎相同的社区，而在其他营养条件下，每次迭代都过渡到少数不同的社区（“替代社区”）。此外，我们已经建立了一种方法来确定是否已经向另一个社区进行了过渡，表明在包含特定营养含量的条件下，已经对替代社区进行了每次迭代。
微生物群落中细菌的靶向基因组编辑
。CC-BY-NC 4.0 国际许可，根据 未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者（此版本于 2020 年 7 月 17 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.07.17.209189 doi：bioRxiv preprint
系统发育结构在实验生态群落中的相互作用
水解：10 µL反应，含有2.5 µm的氨基酸桥接构建体，用于闭环反应，另外50 µM复制的寡核苷酸（A2C2Duplex或A3C3Duplex s3）在90°C上进行了1分钟的22分钟（slove cooling Colow），在90°C上加热了10分钟的循环。然后将退火反应用HEPES pH 8.0和MGCL 2稀释，以在10 µL：200 mM HEPES pH 8，2.5 mM MGCL 2，0.75 µm退火构建体中给出最终条件。在指定的时间点，用14 µL淬灭缓冲液稀释1 µL等分试样，该缓冲液的反向补体（在表S3中A2C2ReVComp或A3C3Revcomp）在表S3中的A2C2REVCOMP或A3C3REVCOMP在表S3中进行了3分钟，并通过95°C进行了3分钟，并通过COOLEDEED COOLED，并分析了3分钟，并在95分钟内加热。通过量化图像句TL中的每车道归一化频带强度，获得了全长甘氨酸桥构建体与水解产物的比率。负桥构建体（p）与初始桥接构建体（P 0；假定为1）的比率为负的自然对数。斜率代表K obs，通过将LN（2）与k obs分开来获得半衰期。
实验微生物群落中的宏观生态模式
图1。疾病进展曲线和与AD相关变量的关联。本研究中使用的基于GP的DPM，其中包括纵向CSF（Aß42/40，PTAU 181），体积MRI（海马，肠内，肠内量）和PACC5以及ADAS-COG-13的认知分数，使用787个可用数据的认知分数，来自210 a+ 210 a+ 272 cn（82 CN），44 A+ a+ dat）。b的最快变化的时间点来自模型后部模型的经验生物标志物进程曲线的时间衍生物。最快变化的时间点是从模型后部取样200次，红线表示其中位数。c诊断组中疾病阶段的山脊图。AD病理学分类亚组的疾病阶段的Ridgeline图。e在FMRI会议期间估计的疾病阶段与记忆表现之间的关联，以期为年龄，性别和教育。 *** p <.001。e在FMRI会议期间估计的疾病阶段与记忆表现之间的关联，以期为年龄，性别和教育。*** p <.001。
蓝细菌群落结构和嗜热蓝细菌的隔离
摘要。蓝细菌生物多样性代表了潜在发现新的有前途微生物物种的重要储藏。这项研究的目的是探索蓝细菌的多样性，并确定位于Zhetysu地区的Zharkent地热春季中发现的耐热物种。在从春季开始抽水时，温度达到75-80°C。在溪流周围鉴定出微生物聚集的形式的蓝细菌垫。九种蓝细菌种类，包括synechococcus，phormidium，gloeocapsa，uscillatoria，fischerella和nostoc。在居住在温泉的蓝细菌中，有44％是非核形式，而其余的则表现出杂化特性或作为单细胞生物存在。振荡量最为主要的，包括四个物种，其次是三个物种的阶次。从地热弹簧中分离出蓝细菌的纯培养物，例如eSciltotoria formasa，nostoc cuminca，nostoc cumince，anabaena cylindrica和fischerella thermalis。在不同温度下，对这些培养物进行了Thermotolext56rance评估。所有检查的菌株在45-50°C时表现出高生长速度，在55和60°C下的增长速度下降。最佳生长温度为45-50°C，除了Fischerella Thermalis菌株，该菌株在60°C下显示活性生长。获得的结果强调了分离菌株在生物技术中的潜在应用。
健康人群的上呼吸道微生物群落由利基和年龄
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证未通过同行评审获得证明）是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人（该版本发布于2024年4月14日。; https：//doi.org/10.1101/2024.04.14.14.589416 doi：Biorxiv Preprint