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污染梯度塑造与AE相关的微生物群落。城市社区花园中的白化幼虫栖息地
©作者2024。由牛津大学出版社代表FEMS出版。这是根据Creative Commons Attribution许可条款（http://creativecommons.org/licenses/4.0/）分发的一篇开放访问文章，该文章允许在任何媒介中不受限制地重复使用，分发和再现，前提是适当地引用了原始工作。
土壤和水微生物群落：可持续植物疾病控制的新型抗生素的来源
。CC-BY 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经同行评审认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2025年2月10日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2025.02.06.636970 doi：Biorxiv Preprint
微生物群落和硫酸盐还原
摘要：将分子分析和培养依赖性分离均组合在一起，以研究硫酸盐还原原核生物的多样性，并探索它们在全尺度厌氧消化体（Marrakech，Morocco）中的作用。在全球尺度上，使用16S rRNA基因测序，蛋白质细菌，杆菌植物，坚果，肌动杆菌，协同效应和euryarchaeota是最主要的门。古细菌的丰度（3.1–5.7％）与温度有关。MCRA基因范围为2.18×10 5到1.47×10 7基因拷贝。含有硫酸盐的总序列的5％的硫酸盐还原性的原核生物是peptococaccaceae，syntrophaceae，desulfobulbaceae，desulfobulbaceae，desulfobulbaceae，desulfovibrionaceaceae，syntrophobacteraceae，symtrophobacteraceae，desulfrophobacteraceae，desulfurellelaceae，desulfurellaceae，desulfobaceae。此外，DSRB基因的范围为2.18×10 5到1.92×10 7基因拷贝。结果表明，在厌氧消化过程中，对硫酸盐还原细菌的多样性和功能的探索可能在减少硫酸盐产量（一种不可能的副产品）中起关键作用。
古微生物学：追踪过去微生物的生命，从单一物种到整个微生物群落
由于它们通常形状和结构难以辨别，因此无法通过形态学检查对化石微生物类群进行精确识别 (Xie & Kershaw, 2012 )。此外，即使是对化石记录中得到很好体现的类群，如有孔虫门，由于存在由裸露的未化石物种组成的演化支，因此仅基于化石数据也无法正确解释它们随时间的演化模式 (Pawlowski et al., 2003 )。因此，与古老的动植物群 (McElwain & Punyasena, 2007 ; Raup & Sepkoski, 1982 ; Signor, 1994 ) 不同，可分类的古生物标本的稀有性只能揭示过去真实的微生物多样性的一小部分，并且难以研究不同地质时代的微生物演化、多样化和功能意义。
内部和渗透性碳酸盐中的不同微生物群落支持甲烷和新型PMMO多样性的长期厌氧氧化
图1来自DEL MAR和SMM800的甲烷渗氧化甲烷的厌氧甲烷氧化活性。原位AOM指标和CH 3 D速率测量值表征低到高AOM活性碳酸盐。a）渗透碳酸盐收集站点Del Mar（浅绿色标记）和圣莫尼卡Mound 800（SMM800，深绿色标记）位于相距129公里。从Google Maps获得的地图。b）生物地球化学渗透碳酸盐设置。c）c）del mar露头，R1和R2的原位图像起源于顶部，R3和R4，从较近的沉积物。d）R9，来自附近的Del Mar区域，硫化垫有氧化垫。e）烟囱和f）原塑料是两个类似化学的结构，是从圣莫尼卡丘800的不同侧收集的。烟囱恢复后用甲烷积极冒泡。对于比例尺，图像中的红色激光点相距29厘米。g）基于：CH 3 D + SO 4 2-HCO 3- + HS- + HDO，在与单氧化甲烷的缺氧孵育中测量的厌氧甲烷激活率（NMOL D CM -3 D -1）。我们在五个时间点上测量了水的ΔD，除非另有说明，否则从线性增加的速率计算了速率。错误条显示了从线性回归计算出的K的标准误差。分别将带有不同颜色的R9，R9.1和R9.2的两个子样本孵育为AOM速率。无法重建用于费率的R9件的方向。在最后一个时间点（T4）硫化物进行测量，并在R9.1，Chimlet顶部，中间，底部和原子质表面中检测到。在检测下，冲浪。*在T4上仅检测到背景高于背景的氘，表明R2和R3。，B.D。的非线性增加。表面，int。内部，BTM。底部
使用群落生态学方法表征河流系统中环境 DNA 的空间信号
Isabel Cantera、Jean-baptiste Decotte、Tony Dejean、Jérôme Murienne、Régis Vigouroux 等人。使用群落生态学方法表征河流系统中环境 DNA 的空间信号。分子生态资源，2022 年，22 (4)，第 1274-1283 页。�10.1111/1755-0998.13544�。�hal- 04060858v2�
在手工生产未煮过的牛奶中的未煮熟奶酪的手工生产过程中探索细菌群落
•开胃培养添加降低了奶酪生产的细菌多样性（图1，步骤3）•奶酪洗涤（步骤7）是上游和下游步骤中的细菌群落重叠的步骤（图2）•细菌群落的组成在整个生产过程中都发生了变化（图3）：原乳是高细菌多样性的主导，起动培养物引入导致链球菌和乳酸杆菌的丰度更高，然后成熟的成熟是，corynebacterium and corynebacterium和brevibacterium的丰度增加。应进行进一步的分析，以阐明接触表面微生物群在奶酪生产过程中的精确作用。
tidytacos：用于分析微生物群落分类学组成的R包
Tidytacos（整洁的分类组合）软件包是用于探索微生物社区数据的R软件包。这样的社区数据由Agplicon测序产生的读取计数组成（例如，16S rRNA基因的区域或元基因组（shot弹枪）测序。tidytacos基于哈德利·威克姆（Hadley Wickham）引入的整洁原则，该原理以一致的格式存储（Wickham等，2023）。具体来说，Tidytacos使用整洁的格式和语法来选择，转换和准备微生物社区数据以进行可视化和分析。此外，它为流行和鲜为人知的分析和微生物社区数据的可视化提供了一系列功能。Tidytacos是为各种专业知识的研究人员而设计的，既可以提高微生物社区数据的可访问性，又可以轻松地转换数据，以实现新颖的可视化和分析方法。
在上流厌氧反应器中的降解细菌群落的变化1,3-丙二醇生产
摘要研究了带有硅胶支持的上流厌氧反应器中细菌群落的演变，该反应堆不断地用纯甘油（第0-293天）和粗甘油（第294-362天）喂食。来自以前甘油降解反应堆的生物量用作接种物。用粗甘油获得了1,3-丙二醇（PDO）（PDO）（PDO）（PDO）（0.62 mol.mol-gly-Gly-1和14.7 G.l -1 .d -1）。接种物的多样性较低，乳酸杆菌（70.6％）和克雷伯氏菌/劳尔特拉（23.3％）的优势占主导地位。在用纯甘油喂养293天后，在附着的生物膜或生物量中生长的悬浮液中，两个分类单元的丰度均下降到小于10％。梭子座属和雷诺罗卡科家族的成员随后成为多数。在用粗甘油进食后的时期，梭状芽胞杆菌仍然是生物膜中的多数属。然而，它在悬浮液中部分替换为非甘油降解细菌的Eubacterium。这一事实以及生物膜中其他甘油降解属的流行率，例如磷酸胶产物和乳酸杆菌，表明附着在硅酮支撑上的细菌负责将甘油转化为1,3-PDO。因此，为了提高1,3-PDO的生产率，一种良好的方法是最大化反应堆支撑量。其他不降解甘油的属，例如厌氧菌和乙美环，以牺牲细胞衰减材料为代价。规范对应分析表明，甘油的起源是生物反应器操作期间要考虑的重要变量，用于产生1,3-PDO，而甘油加载速率却不是。
大西洋流域河流微生物群落的生物地理分布
1 IHCantabria—坎塔布里亚大学环境水力学研究所，坎塔布里亚大学，西班牙桑坦德 | 2 西班牙维哥高等科学研究委员会海洋研究所 | 3 生物多样性研究所，IMIB（奥维耶多大学-CSIC-阿斯图里亚斯大学），西班牙米耶雷斯 | 4 雷恩大学，UMR CNRS Ecobio，雷恩 Cedex，法国 | 5 农业环境与生物科学研究与技术中心、CITAB/Inov4Agro、特拉斯-奥斯-蒙特斯和上杜罗大学、UTAD、维拉雷亚尔、葡萄牙 | 6 葡萄牙瓦伊朗波尔图大学基因组学、生物多样性和生态系统 BIOPOLIS 项目 | 7 葡萄牙瓦伊朗波尔图大学 CIBIO 生物多样性和遗传资源研究中心 | 8 葡萄牙瓦伊朗波尔图大学生物多样性和进化生物学 InBIO 研究网络 | 9 英国北爱尔兰贝尔法斯特农业与食品生物科学研究所