蛋白质的来源:从大肠杆菌的菌株中纯化,该菌株过表达了噬菌体T4的基因32蛋白。分子量:33,506 Daltons质量控制分析:使用带有单链,荧光标记的寡核苷酸标记的凝胶移位测定法测量了单链DNA的DNA结合。Serial dilutions of the enzyme were made in 1X T4 GP32 reaction buffer(50mM Potassium Acetate, 20mM Tris Acetate, 10mM Magnesium Acetate, 1mM DTT pH 7.9) and added to 10 µL reactions containing a 5'-FAM labeled oligonucleotide substrate, and 1X T4 GP32 Reaction Buffer.在37°C下孵育20分钟,将其浸入冰上,并在15%的TBE-TEREA凝胶上耗尽。DNA结合能力被视为在TBE-rea凝胶上寡核苷酸的表观分子量中的带移。蛋白浓度(OD 280)由OD 280吸光度确定。物理纯度,然后进行银色染色检测。通过比较浓缩样品中污染物带的聚集质量与稀释样品中蛋白蛋白蛋白带的质量来评估纯度。
Amplification of DNA for: • Sequencing • Genotyping • Cloning • Pathogen detection Advantages • Increased dynamic range of detection • No post-PCR processing • Higher sensitivity and specificity • Closed system reduces the risk of contamination • An increase in reporter fluorescent signal is directly proportional to the number of amplicons generated • Shorter turnaround time • No post-PCR processing
5.1。反应缓冲液5x B7反应缓冲液包含:15 mM MGCL 2,5 mm DNTPS,增强剂和稳定器。我们不建议添加进一步的单独的PCR增强剂(例外请参见5.3)或MGCL 2。5.2。引物引物应使用默认引物3设置(https://bioinfo.ut.ee/primer3/)具有预测的熔点约为60°C。反应中的最终引物浓度应在0.2μm和0.6μm之间。5.3。10倍增强子长模板,富含GC的模板或具有复杂二级结构的模板:如果没有或弱扩增的添加10x B7增强子可以提高产量。5.4。退火使用的退火温度等于下TM引物的TM。如果存在非特异性产品,则以2°C的增量增加。或者使用温度梯度在实验中找到最佳的退火温度。5.5。扩展E Xtension应在72°C下进行。最佳延长时间取决于模板的扩增子长度和复杂性。我们建议大多数模板的延长时间为30秒(KB)。在2步协议的情况下,68至75°C可以用作结合退火/延长温度。5.6。多路复用PCR首次执行多重PCR时,建议在计算出的退火温度周围运行温度梯度。在随后的实验中应使用代表最佳特异性的退火温度。不应使用快速循环条件。最初建议使用最长片段的延长时间。
摘要:由活性氧(ROS)触发损坏的线粒体DNA(mtDNA),迄今为止了解到MTDNA维持的过程鲜为人知,这些过程与DNA修复,DNA降解和DNA复制之间的复杂相互作用协调。这项研究旨在通过应用特殊的远程PCR,反映MTDNA完整性,以识别MTDNA维持中涉及的蛋白质。在强制氧化磷酸化的条件下,对基于文献的候选者进行了siRNA筛查,揭示了聚合酶的功能群及其中的聚合酶ζ(POLZ)作为最高命中率。因此,Polz敲低引起mtDNA积累,这需要基础切除修复(BER)核酸酶APE1的活性,然后由单细胞线粒体原位杂交方案(MTRIP)确定的代偿性mtDNA复制。线粒体中的活性氧(ROS)揭示了Polz在次要弧区域形成典型缺失的额外的,无ROS的参与。与证明Polz在线粒体中定位的数据一起,我们建议Polz在mtDNA周转率中起着重要作用,尤其是在氧化应激条件下。
图1。三个小聚合酶核酶基序的发现和进化。(a)选择构造的格式用于初始选择回合(回合1至3或1至5),库是通过柔性链接器链接到杂交标签的六聚体标签的。生物素化引物可以捕获活性连接酶(在图中进行了详细描述S1-S2)。(b)在后期回合中使用的选择构建体的格式(3至11或5至11),需要三磷酸化的三核苷酸(Triplet)底物的聚合。在选择过程中,三胞胎(xxx)的序列(xxx)和由模板(x'x'x')编码的三重态数(y)在选择过程中变化(表S1中的详细信息)。(c)序列和预测从显示迭代三重三重连接的库中发现的三个核酶的二级结构,即三重酶聚合酶活性。在绿色中,源自随机库部分的核苷酸。在灰色的核苷酸中,源自恒定区域(接头和引物结合位点)。(d)在(b)中显示的(c)中显示的核酶的迭代三重聚会聚合,带有xxx = gcg和x'x'x'= cgc,y = 3。反应条件:50 nm核酶 - 基底,50 nm引物BCY3P10GA,50 nm模板T6FP10GAGCG3,5μMPPPGCG三胞胎,0.05%Tween 20,200 mm Kcl,50 mm Kcl,50 mm mgcl 2,50 mm mgcl 2,50 mm ches-koh,ph 9,3天,3天,以-77°°°°°°°°核酶与模板杂交。(E)序列和预测源自1-40克隆的QT51核酶的二级结构。黑色圆圈表示从1-40个祖先序列突变的6个残基;三角形表示2-核苷酸缺失。(f)60核苷酸序列的合成,该序列由CGU三重态的20个重复组成。Reaction conditions: 0.25 μM primer F10, 0.25 μM template tP10CGU20, 0.25 μM ribozyme, 10 μM pppCGU triplet, QT51 in 0.05% Tween 20, 50 mM MgCl 2 , 50 mM CHES-KOH, pH 9, 5TU+t1.5 in 200 mM MgCl 2 , 50 mM Tris-Cl, pH 8.3, 2 weeks在-7°C冷冻。核酶未与模板杂交。
复原 我们建议在打开前先短暂离心此小瓶,使内容物沉至底部。请使用去离子无菌水复原蛋白质至浓度为 0.1-1.0 mg/mL。我们建议添加 5-50% 甘油(最终浓度)并分装以在 -20°C/-80°C 下长期储存。我们默认的甘油最终浓度为 50%。客户可以将其作为参考。
序列 MAKCDKSLEA IDLDRAYTAP RKAKWAENKR INGLDTETSD GDIFCISVCW EGEKPMVQHN DREKLTSKQV WQVLTDHKAR SSLNMWYNLD FDANVVLNHV CSEEQLAELV VSGTTLANSD RTYRQYMDTD KELRKGEYLI TYIQSKFLEI KDHNSHIYTH YDASQFFYTS LENAVTEWLG ESKANDGLEA GLFGSQTPNQ LRETVAESDC VTWTNLSLTY NVSKGDKWTI HNAKSYISKN WSDILKYAQI DAELVRDLWQ EAVNVGEELD IPMGRPFSTG YLAESYLDNR LREKPGLGPM PMAKMAWESY AGGRFEVLKR GNVGRVAGPD INSAYPAVLA ELPDPKTLRW公式:KRAKHASISE IETADYGFMT VKVSTDPTRE IQPFAVKDEK QDKLVYPSPQ NTEITVVKDI FIHAYNQGYV TDYEVIDCWL GYKTEGTTFP FDFIPELYDN RKTAEANGLE KRGLLLKIVL NSMYGKTCQT TPKRRELAES TELELHESYV PDMSLPKMIR EKYSEGFIES LTAGAWFNPF LASYITGLTR LELHKQICKH DLEENTVMLA TDCVMIEEKP FEESNFVENL VQDGLGYWDM EYKGDAFVLG AGVYQIDFDT CQKGCKDNCN KFSHKHKVKT RGFSEADLEK GLVNAAEKAN GHIEIESTRP QTISEIIWSN EELSQVGNFL EQERKIKPEM DTKRKWSENT DFKKLLSTCE特发性骨髓瘤
批次 数量 描述 2957557 5 × 1 kU EquiPhi29 DNA 聚合酶 1000 U 2878324 0.25 mL 0.1 M DTT 2931706 3 × 1 mL 10X EquiPhi29 DNA 聚合酶缓冲液
几十年来,农杆菌介导的转化一直是生成转基因植物的首选工具。在此过程中,携带转基因的 T-DNA 从细菌转移到植物细胞中,在那里它通过聚合酶θ (Pol h ) 介导的末端连接 (TMEJ) 随机整合到基因组中。通过同源重组 (HR) 将 T-DNA 靶向到特定基因组位点也是可能的,但此类基因靶向 (GT) 事件发生的频率很低,并且几乎总是伴随着随机整合事件。另一个复杂因素是,T-DNA 和目标位点重组的产物可能不仅映射到目标位点 (真正的 GT),还可能映射到基因组中的随机位置 (异位 GT)。在本研究中,我们通过使用突变了 TEBICHI 基因(该基因编码 Pol h )的拟南芥,研究了 TMEJ 功能如何影响植物中 GT 的生物学。在 TMEJ 功能强大的植物中,我们主要发现 GT 事件伴随着随机的 T-DNA 整合,而在 teb 突变体背景下获得的 GT 事件缺乏额外的 T-DNA 拷贝,证实了 Pol h 在 T-DNA 整合中的重要作用。Pol h 缺乏也会阻止异位 GT 事件,这表明导致此结果的事件序列需要 TMEJ。我们的研究结果提供了可用于制定在农作物中获得高质量 GT 事件的策略的见解。