可以对环境DNA的摘要检测(英语:“环境DNA”,缩写:'edna')可以用qPCR和DDPCR进行,其中通过在人类病理学研究中检测到病毒或细菌的DNA通过QPCR基于QPCR基于QPCR的检测而更精确。在这项研究中,目标是阐明这种提高的精度是否适用于从海洋非居民物种中检测Edna。可以得出结论,对于具有DDPCR平台的稀有海洋NIS物种,有更有可能检测到非常低水平的EDNA的机会。在DDPCR平台上测试的19个物种特异性检测系统中,有17个,如果水样中存在足够高的EDNA,则EDNA的准确检测与QPCR平台一样。对于低水平的EDNA,DDPCR平台比qPCR评估EDNA浓度的不确定性更好。与QPCR相比,由于减少了设置DDPCR的工作时间,建议使用DDPCR将来对海洋入侵物种的EDNA进行未来监测,以实现更好的精度并减少工作时间。
SPV的抽象准确和快速诊断对于控制利比亚疾病的快速传播至关重要。本研究旨在优化和开发利比亚阿尔扎维耶市绵羊农场绵羊病毒鉴定的PCR分析。总共收集了120个口头拭子样品,如下:临床怀疑的绵羊痘(n = 67),临床怀疑具有传染性的外生体(n = 18)和健康的绵羊(n = 35)。对收集的样品进行DNA提取,然后进行针对p32基因的聚合酶链反应,该反应用特定的引物。所有67个临床怀疑的绵羊痘样品的SPV呈阳性,并产生预期的扩增子大小为390 bp。所有临床上怀疑的传染性胚膜(CE)样品和健康样品均为阴性。当前基于p32基因的PCR分析的结果表现出良好的敏感性和特异性,可用于分子诊断绵羊痘病毒疾病。关键字。绵羊痘病毒,p32 Gene,PCR,Alzawiyah City,Libya。引言绵羊病是绵羊中最严重,最感染的病毒疾病[1]。在临床上,Sheepox病毒(SPV)可以通过发烧,厌食症,抑郁症,肺部病变发展,无羊毛区域的痘病变的出现以及表面淋巴结肿胀来识别。[2]。SPV是严重的绵羊皮肤病。SPV属于Poxviridae家族的Capripoxvirus(CAPV)属。该属的成员,还包括引起皮肤肿块和山羊痘的病毒,感染绵羊,山羊和牛,并引起经济上重要的疾病(LSDV)[3,4]。绵羊痘病毒是动物的最重要的蛇毒,在OIE的A组疾病中列出[5]。由于对绵羊的羊毛和皮革损害,牛奶产量降低,堕胎率降低,体重增加和高死亡率降低,可能会造成严重的生产损失[6-8]。即使在许多国家中消除了这种疾病,但仍有从北非,中东,西亚,印度和中国在内的世界各地据报道[8,9]。在利比亚,该疾病通常具有enzootic外观。它威胁着农业部门的发展,造成了与羔羊死亡率有关的经济损失,成人的繁殖和生产下降[10]。SPV的诊断通常基于高度特征的临床体征,病毒的分离,中和 - 中和血清学测定[11,12]和聚合酶链反应(PCR)分析[13,11]。用于识别SPV的常规病毒学和血清学测定是耗时,费力的,大多数的特异性低[14]。但是,包括PCR分析在内的分子方法是潜在的工具,可以用作传统实验室技术检测SPV的替代或互补测试。被证明是可靠,敏感,快速和特定的方法,这些方法通常用于世界上许多病毒的检测和表征,包括卡皮托病毒[15,16,12]。[17]。这项研究的目的是创建一种快速,敏感的方法,用于在短时间内检测现场样本中的SPV,从而实用和高效。此外,对于识别SPV的识别,需要进行快速,特异性和敏感测试,因为在现场样品中及时检测SPV对于成功的SPV控制至关重要,并且降低了可能由流行病引起的潜在严重经济损害。方法样本该研究是在利比亚黎波里的利比亚生物技术研究中心(BTRC)的基因工程系进行的。当前的研究总共收集了120件口腔拭子,从可疑的绵羊痘病例中获得了67件,从可疑的绵羊传染性ecthyma(CE)中获得了18例,以及各种羊群中的健康绵羊(阴性对照)的35例。在2013年5月至2014年4月之间,标本是从利比亚阿尔扎维亚市的绵羊群中收集的。使用由英国的公司Isohelix提供的颊拭子管进行了口服拭子样品。随后将这些样品运输到基因工程
聚合酶链反应(PCR)是一种强大而敏感的DNA扩增技术(1)。TAQ DNA聚合酶是PCR广泛使用的酶(2)。提供了以下准则,以确保使用新英格兰的成功PCR
要描述的实验与组蛋白在核功能中的作用有关,特别强调了生物合成反应,这些反应通过引入乙酰基和甲基来改变组蛋白的结构。使用乙酸-C14和蛋氨酸 - 甲基-C'4在孤立的小牛胸腺核中研究了这些反应(参见参见参考文献1)作为前体,将它们的不合格与C14-赖氨酸和其他氨基酸的不合格进行比较,并测试普罗蛋白对不同组蛋白分数的合成的影响。将提供证据,以表明在细胞核中,组蛋白的乙酰化和甲基化很可能发生在多肽链完成后。尤其是乙酰化的组蛋白结构的这种修饰可能会影响组蛋白在体内抑制核糖核酸合成的能力。这种观点得到了以下发现的支持:当孤立的精氨酸组蛋白经过有限的乙酰化时,它们会因小牛胸腺核的DNA依赖性RNA聚合酶的RNA合成抑制剂而失去了许多有效性,因此它们的有效性很大。然而,这种修饰的组蛋白仍然是强烈的碱性蛋白质,它保留了与其得出的母体组蛋白相当的DNA的亲和力。这些发现介绍了组蛋白对核RNA的影响可能涉及的可能性不仅仅涉及对RNA合成的简单抑制,并且可能存在更微妙的机制,这些机制允许抑制和重新激活RNA沿染色体的RNA产生。在过去的几年中,对组蛋白作为染色体活性的调节剂的兴趣已大大提高,因为越来越多的实验证据已经积累了支持组蛋白的作用是抑制染色体
批次 数量 描述 2937219 50 µL AmpliTaq Gold™ 360 DNA 聚合酶 250 U 2874570 1.5 mL 25 mM 氯化镁 2879372 1.5 mL AmpliTaq Gold™ 360 缓冲液 10X 2905927 1.5 mL 360 GC 增强剂
* PA中的其他氨基酸取代,在参考文献1(Omoto S等,2018)和#2(Hashimoto T等,2020年)中研究了Baloxavir易感性没有变化的其他氨基酸取代。通过基于细胞培养的测定法评估(焦点,斑块或屈服分析,高含量成像中和(提示)和ViroDot分析)。EC 50倍变化。b细胞,细胞培养;临床试验;小鼠,鼠标模型; RG,反向遗传学; SUR,监视研究; BXA,在Baloxavir压力下选出的取代;不,Baloxavir不使用。c e23g(T0831)。通过表型测定测试了带有E23G的RG病毒。d对应于A36V A型A型PA中的A36V。 E对应于A型A型PA中的E119D。参考文献1。Omoto S,Speranzini V,Hashimoto T,Noshi T,Yamaguchi H,Kawai M,Kawaguchi K,Uehara T,Shishido T,Naito A,Naito A,Cusack S.2018。通过核酸内切酶抑制剂Baloxavir maroxil诱导的流感病毒变体的表征。SCI REP 8:9633。2。Hashimoto T,Baba K,Inoue K,Okane M,Hata S,Shishido T,Naito A,Wildum S,Omoto S.2020。在Baloxavir Marboxil的临床试验中检测到的流感病毒的三聚体RNA聚合酶复合物中氨基酸取代的全面评估。流感其他呼吸病毒DOI:10.1111/irv.12821。3。ince WL,Smith FB,O'Rear JJ,Thomson M.2020。J Infect DIS 222:957-961。 4。 2018。J Infect DIS 222:957-961。4。2018。治疗 - 伴随流感病毒聚合酶酸性取代率与Balosavir Maroxavir Marboxil试验中的i38中的i38中的酸性取代相关。Noshi T, Kitano M, Taniguchi K, Yamamoto A, Omoto S, Baba K, Hashimoto T, Ishida K, Kushima Y, Hattori K, Kawai M, Yoshida R, Kobayashi M, Yoshinaga T, Sato A, Okamatsu M, Sakoda Y, Kida H, Shishido T, Naito A.Baloxavir酸的体外表征,Baloxavir酸是一种流感病毒聚合酶PA亚基的第一类帽依赖性内切酶抑制剂。抗病毒Res 160:109-117。5。Takashita E,Morita H,Ogawa R,Nakamura K,Fujisaki S,Shirakura M,Kuwahara T,Kishida N,Watanabe S,Odagiri T.2018。流感病毒对新型帽依赖性核酸内切酶抑制剂baloxavir maroxil的敏感性。前微生物9:3026。6。Gubareva LV,Mishin VP,Patel MC,Chesnokov A,Nguyen HT,De La Cruz J,Spencer S,Spencer S,Campbell AP,Sinner M,Reid H,Reid H,Garten R,Katz JM,Katz JM,Fry AM,Barnes J,Barnes J,Wentworth DE。 2019。 评估在2016/17和2017/18季节在美国循环的流感病毒的Baloxavir敏感性。 欧元监视24:1800666。 7。 Takashita E, Daniels RS, Fujisaki S, Gregory V, Gubareva LV, Huang W, Hurt AC, Lackenby A, Nguyen HT, Pereyaslov D, Roe M, Samaan M, Subbarao K, Tse H, Wang D, Yen HL, Zhang W, Meijer A. 2020。 全球关于人流感病毒对神经氨酸酶抑制剂和cap依赖性核酸内切酶抑制剂Baloxavir的敏感性的更新,2017- 2018年。 抗病毒Res 175:104718。 8。 2020。Gubareva LV,Mishin VP,Patel MC,Chesnokov A,Nguyen HT,De La Cruz J,Spencer S,Spencer S,Campbell AP,Sinner M,Reid H,Reid H,Garten R,Katz JM,Katz JM,Fry AM,Barnes J,Barnes 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van Bakel H, Tokita A, Hagiwara H, Izumida N,Kuroki H,Nishino T,Wada N,Koga M,Adachi E,Jubishi D,木谷H,Kawaoka Y.流感A的变体降低了对日本患者分离的Baloxavir敏感性的变体,并通过呼吸道液滴进行拟合。NAT微生物5:27-33。 Takashita E, Kawakami C, Morita H, Ogawa R, Fujisaki S, Shirakura M, Miura H, Nakamura K, Kishida N, Kuwahara T, Mitamura K, Abe T, Ichikawa M, Yamazaki M, Watanabe S, Odagiri T, On Behalf Of The Influenza VirusNAT微生物5:27-33。Takashita E, Kawakami C, Morita H, Ogawa R, Fujisaki S, Shirakura M, Miura H, Nakamura K, Kishida N, Kuwahara T, Mitamura K, Abe T, Ichikawa M, Yamazaki M, Watanabe S, Odagiri T, On Behalf Of The Influenza Virus
。cc-by 4.0未经同行评审获得的未获得的国际许可证是作者/筹款人,他已授予Biorxiv的许可证,以永久显示预印本。它是此预印本的版权持有人(该版本发布于2024年6月1日。; https://doi.org/10.1101/2024.06.01.596947 doi:biorxiv Preprint
目前,使用猪污染的食物成分和或加工食品已成为当前的关注和加强问题。这种情况鼓励开发准确的方法,以特别检测猪污染的存在。本研究使用两种样品:(1)新鲜猪肉作为阳性内部控制和(2)用猪肉(碎肉,肉丸,咸牛肉和香肠)制成的加工肉类产品,这些产品使用DNA标记进行了测试。使用猪肉处理的样品是确定加工对DNA片段的影响,并在所使用的检测过程中测试提取方法的刚性。本研究旨在使用定量聚合酶链反应(QPCR)方法检测猪DNA片段。研究首先使用RNA提取试剂盒,DNA提取试剂盒和盐提取方法提取新鲜的猪肉和加工产品,然后使用分光光度计测量DNA/RNA的纯度和浓度。RNA提取物被转化为互补DNA(cDNA),并与使用QPCR分析的DNA提取物(SUS SCROFA)。结果表明,获得的RNA和DNA提取物的浓度为71.1-296,025 ng/ul,纯度不同。在CT 23-28 ng/ul范围内,所有加工产品和阳性内部的样品都是放大的对照,在这种情况下,肉的加工不会影响分析的加工产品的DNA,因此可以检测到DNA片段。关键字:beta aktin,循环阈值,新鲜猪肉,DNA猪肉,qpcrqPCR DNA在工作时间上比cDNA qPCR更有效,因为它不需要RNA的转录阶段。