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World File Search System聚类
全基因组聚类分析的指导文件...
整个基因组测序（WGS）的持续实施已为欧洲监视和越野爆发调查提供了新的方法。新法规将在2026年生效，要求欧盟和EFTA国家以及北爱尔兰（英国）对弯曲杆菌（C. jejuni）的整个基因组进行测序S. enterica）与饲料，动物，食物，相关环境分离出与食源性爆发有关的环境，并将WGS结果传输到EFSA [1]。实验室在实施WGS分析工作流程时必须做出各种决策，这可能会影响数据解释并影响可比性。该文档是在下一代测序（NGS Inter-Eurls wg）的欧文间工作组的框架中产生的。它旨在为NRL提供和支持聚类分析的各种选择，其中比较基因组和可视化之间的遗传距离，从而可以解释基因组之间的相关性。该文件的重点是由WG的EURL代表的细菌病原体，因为这些方法尚未适用于寄生虫或病毒的程度。
最优量子电路切割及其在聚类汉密尔顿模拟中的应用
我们研究在量子计算中用随机局部操作取代纠缠操作的方法，但代价是增加所需的执行次数。首先，我们考虑“类空间切割”，其中纠缠单元被随机局部单元取代。我们提出了一种量子动力学的纠缠测度，即乘积范围，它基于两份 Hadamard 检验来限制此替换程序的成本。用先前工作的术语来说，此过程在许多情况下产生具有最小 1 范数的准概率分解，这解决了 Piveteau 和 Sutter 的一个悬而未决的问题。作为应用，我们给出了一种改进的聚类汉密尔顿模拟算法。具体而言，我们表明可以以相互作用的代价消除相互作用，该代价是它们强度乘以演化时间之和的指数，而在弱相互作用的极限下为零。我们还给出了使用“类时间切割”用测量和准备通道替换导线的成本的改进上限。我们证明了估计输出概率时匹配的信息理论下限。
分布式核驱动数据聚类
推导出一种新型的完全分布式联合核学习和聚类框架，该框架能够以无监督的方式确定聚类配置。利用半定规划来量化候选核相似矩阵与特定秩的块对角线结构的接近程度。利用凸函数差和块坐标下降，推导出一种递归算法，该算法联合确定适当的核相似矩阵和聚类因子。以可分离的方式重新表述所涉及的半定程序，我们基于交替方向乘数法，构建一个完全分布式方案，通过协作的相邻代理在自组织网络中实现联合核学习和聚类。收敛声明表明，所提出的算法框架返回有界相似核更新，促进块对角线结构。利用合成数据和真实数据的详细数值示例表明，分布式新方法可以实现接近甚至超过现有集中式替代方案所实现的聚类性能。关键词：分布式学习、内核、聚类、无监督学习、优化
通过统计方法和K-均值聚类对匈牙利，中国教师中的技术应力分析
摘要 - 采用信息技术进行教学和学习活动引起了教师之间的技能。在过去的几年中，中国教师的技术训练研究仅限于诸如诸如技术超负荷，技术复杂性，技术 - 系统性，技术 - 不确定性和技术入侵之类的因素，并忽略了新技术采用的新兴因素。此外，所有技术训练研究都没有根据技术训练因素来识别教师群体的进一步审议。这项研究涵盖了中国湖南教师的技术应力因素识别范围和教师集群的产生范围。通过问卷调查来收集有关五个技术因素的教师协议，并使用统计方法来衡量回答。调查结果表明，所有调查的因素与中国教师Hunan的Technostress都有积极和显着的关系。使用K-均值聚类方法将教师聚类为五个不同的群集。这项研究发现了新技术是一种新技术，并成功地将教师聚集在重要的集群中，以使中国的教育部门能够为教师提供有针对性的技术培训。
使用多组学聚类和量子猫群优化增强癌症亚分类
癌症因其复杂性和严重性一直是医学界面临的最大挑战之一 [1]。癌症分类至关重要，因为确定癌症的具体类型对于确定适当的治疗方法至关重要，而适当的治疗方法最终将提高患者的生活质量 [2]。先前对癌症亚型分类的研究依赖于临床和组织病理学特征，但这些方法往往不足以捕捉癌症的分子异质性 [3]。随着高通量技术的进步，多组学数据（包括基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学）变得更容易获取。多组学数据的整合可以更准确、更全面地了解癌症亚型 [4]。然而，这些矩阵中的高维度和海量数据给分析和解释带来了重大挑战。
与UMAP嵌入和基于密度的聚类
1美国杜克大学医学院，美国北卡罗来纳州达勒姆大学医学院，美国2杜克大学血液学典型科学系高维细胞多摩学数据对于理解生物控制的各个层次至关重要。单一的'Omic方法提供了重要的见解，但在处理基因，蛋白质，代谢产物以及其他方面的复杂关系方面常常缺乏。在这里，我们提出了一种称为Gaudi的新颖，非线性和无监督的方法（通过UMAP数据集成进行组聚集），该方法利用独立的UMAP嵌入来进行多种数据类型的并发分析。Gaudi比几种最先进的方法更好地发现不同的OMIC数据之间的非线性关系。这种方法不仅通过它们的多摩尼克曲线群簇样本，而且还识别了每个OMICS数据集的潜在因素，从而促进对每个群集有助于的基本特征的解释。因此，Gaudi促进了更直观，可解释的可视化，从而从广泛的实验设计中识别出新颖的见解和潜在的生物标志物。引言多摩变分析整合了各种数据类型，例如基因组学，蛋白质组学和代谢组学。组合多种OMICS模式比单独分析每种数据类型时，有可能发现新颖的见解和生物标志物（1，2）。高通量技术的增长促使OMICS数据呈指数增加，这突显了对新的集成方法的迫切需求。传统的多摩学集成方法主要集中在降低尺寸技术上。例如，在RGCCA（3）中使用了基于规范相关分析（CCA）的方法，而MCIA中使用了共惯性分析（4）。同样，贝叶斯因子分析基于MOFA+（5）等方法，负基质分解对于Intnmf（6），主成分分析（7）和独立组件分析是TICA（8）的基础。尽管这些方法已在各种OMICS数据集和生物环境中应用，但它们的有效性和局限性各不相同，强调了在其应用中需要仔细考虑的需求（9）。这些方法共享的中心限制是它们对线性假设的依赖。虽然在某些情况下合适，但这种假设可能不足以准确捕获复合物，通常是非线性的相互作用（10，11）。此外，它们的计算强度构成了挑战，尤其是对于大型数据集。应对这些挑战，最近的进步已转向非线性整合方法（9，10）。均匀的歧管近似和投影（UMAP）是一种降低技术，可以揭示复杂数据集中的基础结构（12）。通过将流形学习与拓扑数据分析相结合，它可以有效地可视化较低空间中的高维数据。UMAP通过有效地从PCA和T-SNE等其他方法中脱颖而出
扩散模型通过子空间聚类学习低维分布
（b）真实图像数据分布图4：通过U-NET的学习分布的相变。在（a）中，x轴是固有维度上的训练样本数量，而在（b）中，这是训练样本的总数。y轴是GL分数。我们使用（a）k = 2，n = 48和d k从3到6和（b）真实图像数据集CIFAR-10，celeba，ffhq和afhq的MOLRG分布产生的数据样本训练扩散模型。u-net记住训练数据时，GL分数很低，并且在学习基础分布时高。
ASV与Otus聚类：微生物组元编码研究中对α，beta和伽马多样性的影响
在微生物群落测序中，涉及细菌核糖体16S rDNA或真菌ITS，靶向基因是分类学分配的基础。传统的生物信息程序已有数十年的历史使用了一个聚类协议，该协议通过该协议将序列汇总到共享百分比身份的包装中，通常为97％，以产生运营技术单位（OTU）。数据处理方法中的进展导致了最小化技术测序符错误的可能性，这是OTU选择的主要原因，而是分析确切的Amplicon序列变体（ASV），这是一种选择，这会产生较少的聚集读数。我们已经在相同16S的元编码细菌扩增子数据集上测试了这两个程序，这些数据集包含来自17个相邻栖息地的一系列样品，这些样品跨越了700米长的不同生态条件的700米长的样本，这些样本在从农田，通过山地，森林，森林过渡到同一海岸的梯度，从农田跨度跨越了梯度。这种设计允许扫描高生物多样性盆地，并测量该地区的α，β和伽玛多样性，以验证生物信息学对十个不同生态索引和其他参数的值的效果。将两个级别的进行性OTU聚类（99％和97％）与ASV数据进行了比较。结果表明，OTU群集成比例地导致了物种多样性的生态指标值的明显低估，以及有关直接使用ASV数据的主导性和均匀性指数的扭曲行为。多元定序分析在树拓扑和连贯性方面也引起了敏感。总体而言，数据支持这样的观点：基于参考的OTU聚类带来了几种误导性的劣势，包括缺少新颖的分类单元的风险，这些偏见尚未在数据库中引用。由于其替代品作为从头聚类的替代方案，另一方面，由于计算需求较重和结果可比性，尤其是对于包含几种但未表征的物种的环境研究，至少对于原核生物而言，与OTU Clus-Clus-Clus-tering titer titer catiftitions catiftitions cotoff cotoff cotoff cotoff conforp的含义，至少是基于ASV的直接分析。
将大规模生物医学数据聚类以模拟疾病进展和抗微生物抗性进化中的动态积累过程
积累建模使用机器学习来发现系统随着时间的推移获得6个离散功能的动态。许多生物医学兴趣系统都表明了这种动态：从细菌7获取抗药性到一组药物，到在进行性8疾病过程中患有症状的患者。现有的积累建模方法通常受到他们考虑的9个功能的数量或表征这些特征之间相互作用的能力的限制 - 这是10个大规模遗传和/或表型数据集的限制，在现代生物医学应用中经常发现。在这里，11我们演示了聚类如何使可用于强大累积的12种建模方法的大规模数据集。聚类解决了数据集中的稀疏性和高维度问题，但是13使推断动力学的静止性复杂化，尤其是在观察并非独立的情况下。14专注于超顺从隐藏的马尔可夫模型（HyperHMM），我们介绍了几种用于IN-15介入，估算和界限动力学结果的方法，并显示在这种情况下如何获得生物医学16的见解。我们证明了这种“基于簇的HyperHMM”（CHYPERHMM）17用于合成数据的管道，有关严重疟疾疾病进展的临床数据以及18种抗微生物抗性肺炎的抗菌耐药性演化的基因组数据，反映了两个全球健康威胁。19
