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从母马的生殖道中分离乳酸细菌，作为预防马子宫内膜炎的潜在有益菌株
RCE11 low 6 +++ M - RCE20 low 6 +++ M - RCE26 low 6 +++ M + RCE29 low 6 +++ M nd RCE32 low 6 +++ M + RCE45 low 6 ++ H nd RCE90 low 6 +++ L nd RCE91 low 6 +++ L - RCE99 low 6 +++ M - RCE102 low 6 +++ L + RCE120 low 6 +++ L ND RCE122低6+M ND RCE123低6 +++ M ND RCE132低6 +++ M ND RCE134低6 ++ L ND RCE141低6 ++ M ND RCE142低6 ++ l+RCE143 LOW 6+RCE143 LOW 6+rCE 143 LOW 6+RCE 14+6+6+6+6+6+h 6+6 RCE149低6+L ND RCE 150低6 ++ m nd RCE 152低6 ++ M ND RCE 153低6 +++ M ND RCE156低6 ++++ M nd RCE167低6 +++ H -RCE194低6 ++++++ l nd rce205 Low 6+l nd rce205低6+rce205低6 +++ m nd
检测汤利亚地区腹泻的大肠杆菌中的耐药性：多药抗性菌株的分析
结果：结果表明，所有40种分离的大肠杆菌菌株均表现出对磺胺嗪钠，Enrorofuins和环丙沙星的耐药性，其中90％的菌株易受多型多糖质B。值得注意的是，应变11、23和24表现出严重的抗性。抗生素耐药性基因TEM-1，TEM-206，Stra，Strb，Qach和Blactx的检测率为100％，表明这些基因的患病率很高。此外，大多数菌株携带抗生素抗性基因与其抗性表型一致。wg菌株11、23和24个揭示了4,897,185 bp，4,920,234 bp和4,912,320 bp的基因组大小。这些菌株分别携带两个，一个和两个质粒。抗生素抗性基因的预测显示了基因组中的这些基因中的大量数量，菌株24具有最高数量，总计77个含有88种抗生素耐药基因的亚种。
固态发酵，用于链霉菌链球菌生产梅罗帕霉素。菌株MAR01
在链霉菌的自由培养系统中产生了抗生素梅罗帕霉素。菌株MAR01。筛选了五个固体底物（大米，小麦麸，贵格会，面包和玉米玉米），以支持其在固态发酵中支持梅罗帕霉素产生的能力。在批处理培养中，小麦麸皮记录了最高的抗菌活性，残留底物值最低。记录了地面玉米和贵格会的最高残留底物值。另一方面，未检测到水稻作为固体底物的抗菌活性。与自由培养系统相比，淀粉硝酸盐培养基在固态发酵中的原始强度可产生较低的抗菌活性。将这种介质的强度加倍，导致活动的增加，等效于自由培养。培养基的初始pH（7.0）和2 mL的孢子悬浮液（1 mL含5×10 9孢子/ml）是抗生素产生的最佳选择。水是从固态培养物中提取抗生素的最佳洗脱液。十分钟分钟足以使用混合器提取抗生素，而摇动时需要60分钟。使用渗透方法的半连续产生产生梅罗帕霉素，在4次运行（450-480 µ g/ml）上表现出或多或少恒定的抗菌活性。在固定床生物反应器中监测抗生素的半连续产生，并在第四次运行后获得最大活性（510 µg/ml），并且整体过程持续了85天。
微藻菌株的隔离和表征能够在复杂的生物量水解物中生长的工业应用
在经济上生产藻类生物量仍然是商业化藻类产品的主要瓶颈之一。这项工作的目的是确定可以在纤维素废物流的成本效益培养基上生长的新藻类菌株，表征这些菌株产生高工业价值的化合物的潜力，并确定能够轻松遗传转化的菌株。在这里，我们报告说，在最初隔离的45个菌株中，根据它们有效生长有机废物（玉米秸秆水解物）作为碳源的能力；叶绿体sp。，desmodesmus sp。和衣原体Debaryana。在每种菌株上进行了未靶向的代谢组学，鉴定出具有商业兴趣的高相对可怕舞的代谢产物，例如乳酸，乳酸-2,3-二醇，氨基酸，氨基酸，tartaric酸，Tri酰基甘油以及含有不同的，单糖浆和多核的脂肪和多型脂肪酸的脂肪和脂肪酸的脂肪和脂肪，并依赖于脂肪酸，并依赖于脂肪酸盐，并依赖于脂肪酸。菌株还产生了工业相关性的碳水化合物。叶绿体sp。使用标准的简单转换方案在遗传上可以转化。这些结果表明，随着进一步的发展，这些菌株可以利用纤维素生物量的废物流进行高价值商业化合物的经济生产打开大门。
菌株对元基因组数据的知情解释可以使上空气道微生物组的应变保留分析
抽象的shot弹枪元基因组测序有可能提供细菌应变水平的分辨率，这对于解决许多临床问题至关重要。尽管可以使用实现应变水平的生物信息学工具，但需要进行彻底的基准测试，以验证其用于较少研究和低生物质微生物组（如上呼吸道中的生物量微生物）的使用。我们分析了先前发表的数据集，这些数据集是从孟加拉国婴儿（微生物群和健康研究）和来自瑞士囊性纤维化儿童的口咽样品的新型数据集的纵向收集的鼻咽样样品。来自细菌培养物的数据用于对菌株3的参数进行基准测试，这是一种用于应变水平分辨率的生物信息学工具。此外，将菌株3的结果与从Strainge和新得出的全基因组测序数据中得出的Metage Notic组件进行了比较。优化分析参数后，我们比较了菌株3的结果与培养金标准方法，并实现了87％（链球菌肺炎链球菌），80％（莫拉氏菌Cartarrhalis），75％，75％（嗜血杆菌）和57％（57％）（57％的葡萄球菌AUREUSNASNASEFRENN），HERISN NASEFREN NASEFREN NASEFREN N.NASEFREN N.NASEFREN N. ）和46％（金黄色葡萄球菌），用于260个口咽样品。比较50 s的核心基因组的系统发育树。金黄色葡萄球菌分离株，由菌株3产生的相应标记基因树发现，除三个样品外，所有除三个样品外，都有相似的相似性，表明有足够的应变分辨率。总而言之，菌株3的结果与细菌培养物的数据进行比较表明，尽管仔细优化参数以适合低生物量微生物组时，宿主DNA的含量较高，但呼吸微生物组的应变水平跟踪是可行的。
在连续培养中进化的大肠杆菌菌株甲酸属依赖型的遗传和生物催化基础
Valley Delmech，Nadia Perthat，Oriane Monet，外国Marion，Darii Ecataria和Al。插入Methabolia，2022，72，pp.200-214。10.1016/j.ymben.2022.03.010。
从小麦叶围中分离的 Saccharibacillus sp. 菌株 WB 17 的基因组序列草图
叶际代表一个独特的生态位，其中微生物获得了降解木质纤维素 (1) 的能力，以便在贫营养条件下生存。从叶际回收的微生物中，存在属于类芽孢杆菌科和糖芽孢杆菌属的细菌 (2)。糖芽孢杆菌属菌株 WB 17 是从 2018 年 1 月从法国香槟-阿登地区采集的小麦麸皮叶际培养物中回收的。培养在 30°C 的 1 M3 培养基 (3) 上进行，培养基中添加了小麦麸皮，有氧培养。糖芽孢杆菌属 WB 17 是根据其 16S rRNA 基因序列进行鉴定的，与糖芽孢杆菌属有关。为了进一步表征糖芽孢杆菌属的代谢潜力。 WB 17 及其分离木质纤维素的能力，对其整个基因组进行了测序。Saccharibacillus sp. WB 17 在 Luria-Bertani 培养基中在 30°C 下生长 48 小时，并使用 PureLink 基因组 DNA 迷你试剂盒（赛默飞世尔科技）提取其基因组 DNA。使用 Nextera DNA 样品制备试剂盒（Illumina，美国加利福尼亚州圣地亚哥）按照制造商的用户指南进行全基因组散弹枪测序（2 150 bp），并在 NovaSeq 系统（MR DNA [Molecular Research]，美国德克萨斯州 Shallowater）上进行测序。总共获得了 30,007,734 个读数。使用 FastQC (4) 对序列数据文件进行质量过滤，然后通过 SOAPdenovo（版本 2.04）（5）进行从头组装；所有软件均使用默认参数。共检测到47个contig，测序覆盖度为409倍。N 50 值为205,341 bp。组装基因组大小为5,391,836 bp。该菌株的基因组大小介于两个最接近的Saccharibacillus亲属之间（Saccharibacillus sacchari GR21 T 为6.08 Mbp，Saccharibacillus kuerlensis HR1 T 为4.69 Mbp）。Saccharibacillus sp. WB 17的GC含量为58.82％。该值在Saccharibacillus基因组已知值范围内。事实上，之前测序的基因组记录的 GC 含量值如下：58.4 mol% ( Saccharibacillus qingshengii H6 T ) (6)、57.8 mol% ( S. sacchari GR21 T ) (7)、50.5 mol% ( S. kuerlensis HR1 T ) (8) 和 55.5 mol% ( Saccharibacillus deserti WLJ055 T ) (9)。Saccharibacillus sp. WB 17 的基因组草图由 NCBI 原核生物基因组注释流程 (PGAP) ( https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok ) 注释；它包含 73 个 tRNA、4,826 个基因和 4,730 个编码序列 (CDS)。仅注释了 1,139 个 CDS，占基因组内容的 22%。根据碳水化合物活性酶数据库 (CAZy) 数据库 (10)，基因组共编码 236 个碳水化合物活性酶，分为五类，即糖苷水解酶 (145 个 CDS)、糖基转移酶 (31 个 CDS)、多糖裂解酶 (3 个 CDS)、碳水化合物酯酶 (31 个 CDS) 和碳水化合物结合模块 (21 个 CDS)；然而，
多摩学分析揭示了与孕妇的生殖性能相关的主要肠道微生物菌株和代谢物
抽象的肠道微生物组在怀孕期间发生了巨大变化，并在哺乳动物中的代谢状态和生殖内分泌学中起着重要作用。然而，研究功能性菌群和代谢产物以改善生殖性能并了解宿主 - 微生物群的相互作用仍然是艰巨的任务。本研究旨在揭示改善生殖性能的主要菌株和代谢产物。我们分析了较高的中国猪繁殖梅山（MS）母猪的粪便菌群组成和代谢状态和较低的产量，但在第28天和100天的妊娠期和100天，杂种猪饲养的兰德拉斯×约克郡（L×y）母猪的杂种饲养的杂种。结果表明，MS母猪的垃圾大小和类固醇激素水平较高，但粪便中的短链脂肪酸水平较低。粪便代谢组学分析表明，与早期和晚期的L×Y SOW相比，MS SOW的代谢状态不同，在早期和晚期妊娠中，它们富含苯基丙糖苷生物合成，胆汁分泌，类固醇激素生物合成和植物二级代谢物生物合成。此外，16S rDNA和内部转录的间隔测序表明，MS母猪显示了微生物群的不同结构，并且与L×Y SOW相比，细菌α-多样性增加但非差异真菌α多样性。我们的发现表明生殖性能与肠道微生物组之间有显着的相关性，并提供了微生物和代谢的观点，以改善母猪的垃圾大小和类固醇激素。此外，我们发现垃圾尺寸和细菌包括Sphaerochaeta，Solibacillus，Oscillospira，Escherichia – Shigella，Prevotellaceae_ucg-001，DGA-111 _ Gut_group和细菌，以及包括PeniCillium，fusus and Mickus ander-auccuus，fusrosiar，fusrosiar，Mickeriaia，Mickeriary，包括与早期怀孕的重要代谢产物的关系。
来自特应性皮炎患者和健康个体的金黄色葡萄球菌菌株的不同预言基因谱
摘要金黄色葡萄球菌菌株与特应性皮炎（AD）表现出不同的关联，但是基于致病性的遗传决定因素尚未充分表征。为了揭示AD患者和健康个体（HE）的金黄色葡萄球菌菌株之间的遗传差异，我们开发并采用了随机的森林分类器来识别负责其表型变异的潜在标记基因。分类器能够有效地将菌株与AD和HE区分开。我们还发现了某些标记基因和噬菌体功能之间的牢固联系，噬菌体霍林出现为最关键的分化因子。对金黄色葡萄球菌基因含量的进一步研究强调了预言在推动与AD菌株之间分化的遗传多样性和功能意义。HE组表现出更大的基因含量多样性，在很大程度上受其预言的影响。虽然AD和他普遍容纳预言的菌株，但HE组中的菌株在应变水平上却明显更高。此外，尽管HE组中的预言表现出更高的差异功能的富集，但AD组在其预言中表现出显着的毒力因子的富集，强调了预言对AD相关菌株的发病机理的重要贡献。总体而言，预言显着塑造了金黄色葡萄球菌菌株的遗传和功能谱，阐明了其致病潜力，并阐明了AD和HE环境的表型变化背后的机制。
高羊茅的新内生菌菌株的基因组表征显示了杂交后基因组碎片
1 Institute of Plant Breeding, Genetics and Genomics, University of Georgia, Athens, GA 30602 2 Department of Plant Biology, University of Georgia, Athens, GA 30602 3 Genomics and Bioinformatics Research, USDA-ARS, Athens, GA 30605 4 Department of Crop and Soil Sciences, University of Georgia, Athens, GA 30602 ABSTRACT Interspecific hybridization in真菌在真菌进化和潜在商业应用中的作用引起了人们的关注。成功的杂交可以增强适应性并促进对新生态壁ches的适应。然而，真菌中杂交的基因组后果知之甚少。epichloë是一种真菌属，包括非杂交和杂化物种，通过寄生虫杂交和无性繁殖形成杂种。某些Epichloë杂种具有商业意义，因为它们将Lolium arundinaceum（Schreb。）殖民地殖民darbysh。，一种至关重要的草料和草皮草。在这项研究中，我们试图为两个先前未表征的Epichloë杂种菌株生成高质量的基因组组件，这两种菌株都类似于Epichloësp。fatg-3。我们旨在表征它们的基因组，并检查寄生间种间杂交对真菌基因组结构的影响。我们的结果表明，这两种菌株的基因组都富含富裕的块和重复元素。与推定的祖细胞基因组进行比较后，我们观察到明显的碎裂和重排。尽管存在基因组不稳定性，但仍保留了来自每个祖细胞物质的85％以上的基因同源物。这项研究表明，虽然寄生虫杂交显着改变了基因组结构，但并未显着影响基因含量。