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表型和基因型毒力表征从人类血液和糖尿病足感染中分离出的葡萄球菌pettenkoferi菌株
摘要：葡萄球菌Pettenkoferi是最近描述的人类疾病中识别的凝固酶阴性葡萄球菌，尤其是在糖尿病患者的足球溃疡感染中。迄今为止，其致病性保持不足。在这项研究中，全基因组分析是在从血液和糖尿病足感染中分离出的29股PETTENKOFERI临床菌株的收集，内容涉及其系统发育关系以及对其抵抗组和雌激素的全面分析。通过它们形成生物膜，生长动力学和体内斑马鱼胚胎感染模型的能力来探索他们的毒力。我们的结果确定了两个不同的进化枝（I和II）和两个子甲基（I-A和I-B），具有显着的基因组差异。所有菌株的细菌生长都缓慢。注意到了生物膜形成的三个前纤维，其中89.7％的分离株能够产生生物膜并含有高含量的生物膜编码基因。在斑马鱼模型中也观察到了两种毒力，无论菌株的起源或生物膜效果如何。因此，这项研究带来了Pettenkoferi致病性的新见解。
具有各种生物膜表型的四个假单胞菌临床菌株的基因组序列
囊性纤维化（CF）患者的肺肺部容易受到铜绿假单胞菌的感染（1）。cf肺通常由形成生物膜的非粘液铜绿假单胞菌菌株定植，并且在粘液菌株过量产生藻酸盐的出现后发生慢性感染（2）。他们的生物膜对抗生素和IMUNE介质具有高度抗性，并导致肺部下降（2，3）。铜绿假单胞菌菌株是从慢性感染的成年CF患者的痰液样本中分离出来的，并在法国南特的中心医院大学中心。由于这些痰样品仅用于分离细菌，但不用于人类细胞或人类DNA，因此法国法律（2016-1537，2016年11月16日）不要求由机构伦理委员会审查和批准该研究或参与者提供书面或言语知情的同意。细菌，并使用基质辅助激光解吸离子 - 流量质量光谱法（MALDI-TOF MS [VITEK; VITEK; BIOMERIERIEUX; BIOMERIERIEUX，MARCY-LECELANCE，france）鉴定为铜绿假单胞菌。使用了每个患者的单个分离株。主要基于它们的生物膜结构和粘液表型，分离株MUC-N1，MUC-N2，MUC-P4和MUC-P5被选择构成用于测试抗体FILM化合物的应变板（M. Simon，E.Pernet，E.Pernet，E.Pernet，E.Jouault，A.Jouault，E.Portier，E.M.Boukigb，S.Boukig，S。Pinaud，C。 POC-Duclairoir，M。G。J. Feuilloley，O。Lesouhaitier，J。Caillon，S。Chevalier，A。Bazire和A. Dufour，提交出版），促使我们对其基因组进行了测序。在37°C下在液体LB培养基中生长在LB琼脂板中挑选的单个菌落接种的液体LB培养基中生长，并使用基因组基因组DNA纯化试剂盒（Fisher Fisher Scientifip，France，France）使用基因组基因组DNA纯化的基因组DNA，并使用手机的推荐并评估了双重态度（There the）。量子液计（Thermo Fisher Scientifim，美国）和1％琼脂糖凝胶电泳。 使用Illumina Nextera XT DNA库准备套件制备了测序库，按照制造商的协议。 在Miseq仪器（LMSM基因组平台，Rouen Normandy University，Evreux，France，France，France）上进行了测序，并使用Miseq Reagent Kit Kit Kit v.3（2 250 BP）进行了双指数配对末端读数。 默认参数用于所有软件，除非另有说明。 使用Trimmomatic V.0.36（4）对读数进行修剪，并使用Multiqc 检查其质量在LB琼脂板中挑选的单个菌落接种的液体LB培养基中生长，并使用基因组基因组DNA纯化试剂盒（Fisher Fisher Scientifip，France，France）使用基因组基因组DNA纯化的基因组DNA，并使用手机的推荐并评估了双重态度（There the）。量子液计（Thermo Fisher Scientifim，美国）和1％琼脂糖凝胶电泳。使用Illumina Nextera XT DNA库准备套件制备了测序库，按照制造商的协议。在Miseq仪器（LMSM基因组平台，Rouen Normandy University，Evreux，France，France，France）上进行了测序，并使用Miseq Reagent Kit Kit Kit v.3（2 250 BP）进行了双指数配对末端读数。默认参数用于所有软件，除非另有说明。使用Trimmomatic V.0.36（4）对读数进行修剪，并使用Multiqc
RADA和DNA聚合酶在重组中的作用 - ... 对甲基甲基蛋白抗甲氧西林和甲氧西林敏感的金黄色葡萄球菌ST398菌株的基因组分析 氯化的双苯基转化，过氧化物酶和氧化酶活性的真菌和细菌从历史污染部位分离出来 在28nm n-mosfets中，氧化物分解事件的位置专用于RF应用程序 hi-ness：基于细菌核苷相关蛋白的遗传编码的DNA标记家族
摘要：在生命的三个领域中，同源重组（HR）的过程在修复双链DNA断裂和重新开始停滞的复制叉中起着核心作用。奇怪的是，参与人力资源过程的主要蛋白质参与者似乎对于高素化的古细菌提出了有关人力资源在极端条件下的古细菌中的复制和修复策略中的作用的有趣问题。该过程的一个关键参与者是重组酶RADA，它允许同源链搜索，并提供了遵循DNA合成并恢复遗传信息所需的DNA底物。DNA聚合酶在古细菌中尚不清楚链交换步骤后的操作。使用Abyssi Abyssi蛋白的工作，在这里我们表明，DNA聚合酶，家庭-B聚合酶（POLB）和家族-D聚合酶（POLD）都可以负责处理RADA介导的重组中间体。我们的结果还表明，与POLB相比，POLD的效果要少得多，以扩展位移环（D-Loop）底物处的入侵DNA。这些观察结果与先前对热圆菌物种获得的遗传分析相吻合，表明POLB主要参与DNA修复，而不是必不可少的，这可能是因为Pold可以接管其他伴侣。
Mycoplasmoides Cavipharyngis菌株的完整基因组117c，是血液营养不良的亲戚
ycoplasmoides（同义词：[mycoplasma]）Cavipharyngis（1），最初从豚鼠的鼻咽中分离出来，特征在于，葡萄糖发酵的葡萄糖发酵型支原体，对16s rrna gene of MycopoplastoIses of Mycopoplasmoidies of Mycoplastoioses offioside offioside offioside oscopiosidiose（2）castioside oftsidiosides（2）。基于16S rRNA序列的系统发育分析揭示了在支原体肺炎肺炎肺炎链球菌中的Cavipharyngis和M. factidiosum的独特簇的形成，称为M. factidiosum cluster（3）。该簇被描述为与血液营养不良（HM）（3-5）最密切相关。hms是高度特别的，迄今为止无法培养的细菌，在全球各种哺乳动物中引起感染性溶血性贫血（6）。相反，M。fostidiosum和M. cavipharyngis是具有建立的维特罗培养系统的良好的致命物种（2，7）。因此，有关Cavipharyngis和M. factidiosum的基因组信息对于理解HM与其他支原体物种的进化分离以及对视野内种植系统的解密新方法至关重要。
野生型果蝇melanogaster菌株对紫藤酮暴露的反应差异
果蝇Melanogaster已被确立为研究人类疾病的可靠模型。然而，此类研究的各种设计以及菌株的不同起源显着导致菌株之间的代谢和分子差异。帕金森氏病（PD）是一种神经退行性疾病，涉及多巴胺能神经元的丧失，导致各种运动和非运动症状，包括但不限于Bradykinesia，姿势不稳定，认知能力下降，认知能力下降和胆汁性营养不良。长期暴露于毒素（例如烤）可以诱导神经元细胞死亡。我们通过直接喂养烤烤面包酮的食物向果蝇Melanogaster野生型菌株开发了一种零星的PD模型，以前已证明该菌株会导致神经元细胞死亡，并用于模仿果蝇中的PD。在两种野生型菌株（俄勒冈-R和Canton-S）中暴露于鱼藤酮后，监测其攀爬能力和寿命的差异。我们发现，与年龄匹配的广州苍蝇相比，俄勒冈-R紫红酮暴露时的运动缺陷程度更高。我们还观察到，与俄勒冈-r蝇相比，广州蝇（烤面包酮喂养的和非洛诺酮）的生存百分比较低。但是，广州蝇中的攀爬缺陷并不像俄勒冈-r蝇中那样明显。在不同野生型果蝇菌株中涉及这种差异效应的机制尚待探索，并可能对属于不同人口统计学的PD患者的差异症状提供视角。
酒精发酵菌株的反应，混合发酵和葡萄酒风味上的极端化合物相互作用
酿酒是古老的技术之一，只是通过复杂的生化反应将糖转化为酒精的过程。酿酒的过程涉及一系列的融合技术，该技术在酿酒厂面临许多挑战，包括由于化学和微生物学不稳定性而导致的质量不一致，有限的感官伏特（Avor avor），并且担心微观环境条件的变化。发酵是一种代谢过程，其中有机底物的化学组成在厌氧条件下通过细胞酶破碎。混合发酵涉及使用多种菌株，可以增强发酵食品的香气，克服单菌株发酵的局限性，并改善食物的植物和食物质量。混合发酵在农业食品行业，医疗保健产品和医学科学方面具有重要应用。现代的混合发酵过程显示了葡萄酒香气，豆avor和味道的增强，可通过多种微生物的协同效应来降低挥发性酸度并上调乙酸苯基乙酸苯基乙酸苯基苯基浓度。在酒精发酵中的关键微生物（例如酵母，乳酸和乙酸细菌）在酒精发酵过程中相互相互作用会影响葡萄酒的质量和鸟。极性微生物已经建立了不同的分子策略，可以在不利条件下生存。被称为极端同酶，具有盐含量，热稳定性和冷适应能力的特性。但是，酒精的理化和感觉特性对于最终用品的质量很重要。因此，当优化发酵条件时，选择微生物的正确组合是获得更好的物理化学和感觉特性的关键。的使用使用混合发酵和极端化合物可以提供显着的见解和潜在的补救解决方案来克服这些技术问题并以更可取和可持续的方式来塑造最终产品，从而挑战当前的缺点，以使更具弹性的最终产品具有一致，富有效果的产品，并且可以使许多可能的产品能够受到任何可能的影响。
揭示 Exophiala spinifera 菌株 FM 的代谢景观：模型重建、对生物脱硫及其他方面的见解
Exophiala spinifera 菌株 FM 是一种黑酵母和黑色素子囊菌，利用二苯并噻吩 (DBT) 作为唯一硫源，显示出对石油进行生物脱硫的潜力。然而，由于对 E . spinifera 的基因组测序和代谢了解有限，参与这一过程的具体途径和酶仍不清楚。在本研究中，我们对 E . spinifera FM 的完整基因组进行了测序，以构建该生物的第一个基因组规模代谢模型 (GSMM)。通过生物信息学分析，我们确定了可能参与有害污染物 DBT 脱硫和降解途径的基因。我们专注于了解硫同化途径中代谢物相关的成本，以评估经济可行性、优化资源配置并指导代谢工程和工艺设计。为了弥补知识空白，我们开发了 E . spinifera 的基因组规模模型 iEsp1694，从而能够全面研究其代谢。该模型根据生长表型和基因必需性数据进行了严格验证。通过影子价格分析，当使用 DBT 作为硫源时，我们鉴定出昂贵的代谢物，例如 3'-磷酸-5'-腺苷酸硫酸盐、5'-腺苷酸硫酸盐和胆碱硫酸盐。iEsp1694 包含芳香族化合物的降解，这是理解该菌株泛代谢能力的关键第一步。
留尼汪岛新分离的 Dysmorphococcus 菌株作为高价值类胡萝卜素潜在来源的研究
摘要：某些次级类胡萝卜素，如虾青素和角黄素，在人类营养、食品、健康和化妆品以及饲料和水产养殖领域具有越来越大的经济价值，特别是因为它们具有多种生物活性，例如其显著的抗氧化特性。本研究致力于评估在光生物反应器中培养从留尼汪岛生物多样性中新分离的 Dysmorphococcus 菌株以生产这些有价值的叶黄素的可行性。结果表明，所有这些菌株都能够在环境压力下产生和积累角黄素和虾青素。其中，一株与其他 Dysmorphococcus 菌株相比，其形态、遗传和生化特性非常有趣，在 3 L 台式光生物反应器中进一步培养，发现其产生的富含类胡萝卜素的生物质浓度最高，产量分别约为 4 g L − 1 dw 和 0.055 g L − 1 d − 1 dw。我们还发现，生物质中含有高达 1.2 mg g − 1 dw 的角黄素和 0.7 mg g − 1 dw 的不同形式的虾青素，主要是虾青素单酯。我们发现这些类胡萝卜素的生产率低于之前报道的其他微藻物种的生产率，我们建议需要进一步优化培养和胡萝卜素生成诱导过程，以提高生产率，并使这种局部分离的 Dysmorphococcus 菌株可用于未来商业化生产天然角黄素和虾青素。
南瓜种子提取物的抗生素针对富含致癌细菌的强生物膜生产菌株的菌株
这项研究通过生态学方法来解决龋齿，强调使用天然成分保持平衡的口服微生物组并产生稳定的免疫口腔。关于微生物群落，饮食习惯和口腔卫生实践之间的相互作用，该研究突出了南瓜种子提取物的潜在益处，包括其抗炎性，抗菌和抗氧化特性。与传统的化学干预措施不同，这种方法促进了可持续和自然的口腔健康。这项研究使用了南瓜种子提取物和两种类型的细菌形式的天然成分，即Sanguinis ATCC链球菌ATCC 10556和嗜酸乳杆菌ATCC 4356，它们包括在强生生物膜生产国类别中。该研究使用的工具是一个微板读取器，波长为490 nm，用于在两种细菌中读取生物膜。这项研究的结果是，在45％南瓜种子提取物的浓度下，具有抗脂肪膜活性可抑制sanguinis at canguinis atcc 10556的生长（MBIC），价值为52.42％，其浓度为45％的45％南瓜种子提取物的浓度为60.6.60.6. 60.60.60.10.10.60.6 （MBEC）为51.45％。对于所有生物膜测量组，方差分析测试的结果均显着。这项研究得出的结论是，南瓜种子具有良好的抗生素活性，用于sanguinis stanguinis atcc 10566和嗜酸乳杆菌ATCC 4356。得出的结论是，南瓜种子含有L-精氨酸化合物，可以触发口腔环境中的变化到更稳态的pH。
在有限菌株下非局部弹性性的拓扑优化
这项研究致力于制定有限菌株非局部弹性拓扑拓扑优化。在原始问题中，我们采用标准的超弹性本构定律和voce硬化定律来描述弹性塑性响应，而后者通过微态正则化增强了弹性响应，以解决有限元方法或基于网格的方法的网格依赖性问题。对于优化问题，目标函数通过将其编写为多个子功能的总结来适应多个目标。采用连续的伴随方法来制定伴随问题；因此，相应的管理方程式以连续的方式编写，例如原始问题。因此，这些方程与使用的离散方法无关，并且可以将其实施到各种模拟方法中。此外，将派生的灵敏度取代为反应 - 扩散方程，以实现设计变量的更新。提供了单材料（Ersatz和真正的材料）和两种物质（矩阵和包含材料）拓扑优化，以证明配方的希望和性能。尤其是，我们讨论应将材料参数的值赋予ersatz材料的哪些值，材料非线性如何影响优化结果以及优化趋势如何通过给出目标函数权重的不同值来改变。