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摘要：基因组编辑，特别是使用 CRISPR-Cas9，是操纵基因组（包括大肠杆菌）的强大工具。本研究旨在
摘要：基因组编辑，特别是使用 CRISPR-Cas9，是操纵基因组（包括大肠杆菌）的有力工具。本研究旨在利用 CRISPR-Cas9 对大肠杆菌中的 lacZ 基因进行遗传工程改造，以评估其在红薯皮（Ipomoea batatas）深层发酵过程中在淀粉酶产生中的作用。在 37ºC、pH 6.2、7.0 和 8.4 条件下培养编辑型和野生型大肠杆菌，并使用硫酸铵纯化所得淀粉酶。使用淀粉作为葡萄糖源筛选淀粉酶的产生，并在不同温度和 pH 水平下进行酶表征。没有向导 RNA (gRNA) 和阿拉伯糖的 CRISPR-Cas9 编辑的大肠杆菌显示蓝色菌落，而有 gRNA、Cas9 但没有阿拉伯糖的 CRISPR-Cas9 编辑的大肠杆菌没有菌落。用 Cas9 和阿拉伯糖但不加 gRNA 编辑的大肠杆菌也产生了蓝色菌落。当暴露于 Cas9、gRNA 和阿拉伯糖时，菌落表现出白色表型。凝胶电泳显示，暴露于 Cas9 和阿拉伯糖的大肠杆菌在 650 bp 处有两条带，而暴露于不含 gRNA 和阿拉伯糖的 Cas9 的蓝色菌落则在 1,100 bp 处显示条带。阳性对照显示三条不同的条带，而阴性对照没有。淀粉酶筛选显示野生型大肠杆菌和 CRISPR 编辑的大肠杆菌有相似的透明区。在发酵 15 天期间，pH 8.4 为野生型大肠杆菌的生长提供了最有利条件，pH 7.0 为 CRISPR 编辑的大肠杆菌的生长提供了最有利条件。温度和 pH 值测定表明，野生型和 CRISPR 编辑的大肠杆菌在 45ºC 和 pH 7 下均表现出相似的最大淀粉酶活性，酶产量没有显着差异。这些结果表明 lacZ 基因对大肠杆菌中的淀粉酶产生没有显着影响。 DOI：https://dx.doi.org/10.4314/jasem.v28i10.5 许可证：CC-BY-4.0 开放获取政策：JASEM 发表的所有文章均为开放获取文章，任何人都可以免费下载、复制、重新分发、转发、翻译和阅读。版权政策：© 2024。作者保留版权并授予 JASEM 首次出版权。本文的任何部分均可未经许可重复使用，但必须引用原始文章。引用本文为：MINARI, J. B; NWOSU, GE; DADA, I. S; ABDULAZEEZ, DO (2024)。使用马铃薯皮（Ipomea batata）作为酶源，分离和表征由 CRISPR-Cas 9 编辑的 LacZ 基因和未编辑的大肠杆菌产生的淀粉酶。应用科学与环境管理杂志 28 (10) 2981-2989 日期：收到日期：2024 年 7 月 7 日；修订日期：2024 年 8 月 15 日；接受日期：2024 年 8 月 19 日出版日期：2024 年 10 月 5 日关键词：CRISPR Cas9 基因编辑、lacZ 基因、大肠杆菌、马铃薯皮发酵、淀粉酶理想的代谢催化剂是酶，它通过明确定义的途径提供各种内源性生化反应。（Singh 等人，2019 年）。由于酶存在于所有自然界物种中，包括植物、动物、和微观微生物，它们可用于工业用途。此外，在受控情况下，各种微生物酶被识别
CFU电镀和计数的新方法
我们提出了一种新的方法，用于自动化菌落成型单元（CFU）计数程序。我们开发的用于应用此方法的设备基于电动阶段和注射器，以便在没有与表面直接接触的板上散布包含感兴趣溶液的液体的NE滴。该设备可用于两种不同的模式。在遵循与经典CFU计数相同原理的第一个方法中，液体液滴均匀地沉积在琼脂板上，并允许微生物形成菌落。在我们称为P 0的第二种新颖方法中，含有微生物和营养培养基的10 µL的孤立液直接沉积在硬表面上的常规网格（塑料或玻璃）上；孵育后，使用显示内部生长迹象的滴剂用于确定微生物浓度。这种新方法消除了准备琼脂表面的需求，并允许轻松处理废物并重复使用消耗品。设备易于构建和使用，电镀速度很快，并且两种类型的电镀中的CFU计数非常可重复且稳健。
滴虫钾3.5％预期用途
在30°C-35°C孵育24-48小时后观察到的文化特征与蛋黄乳液一起在Baird Parker琼脂底部使用。生物（ATCC）菌落金黄色葡萄球菌亚种的生长颜色。金黄色葡萄球菌（25923）好灰色黑色闪亮大肠杆菌（25922）无-Kocuria ronizophila菌株PCI 1001（9341）可怜的非常小的棕色黑色黑杆菌（6633）
尿液CCM管用于尿液样品微生物测试
大肠杆菌（ATCC®25922），肠球菌（ATCC®29212），肠球菌（ATCC®29212）测试的三个浓度BAA-427），葡萄球菌（ATCC®15305），肠杆菌（ATCC®13047），克莱伯斯ella肺炎（ATCC®13883），链球菌（ATCC®13883），链球菌（Streptocococococcoccus agalactiae） Glabrata（ATCC®24433）在两个温度下，与初始时间点相关的菌落计数，在时间点48h保持稳定。
通过无标记质谱筛选定向进化具有新活性的环二肽合酶
我们和其他人最近开发了一系列高通量 MS 筛选方法，用于定向蛋白质进化。13 – 16 然而，MS 的无标记优势尚未在设计新的酶活性中得到充分体现，这可能是因为非靶向 MS 筛选存在困难。特别是，它需要仔细标准化和优化样品制备、MS 采集和数据处理，这对于最大限度地减少实验噪音和发现新产品的微弱信号是必不可少的。另一方面，生物铸造厂提供了一种新兴的基础设施，通过机器人标准化和并行化来协助生物工程中的设计 – 构建 – 测试 – 学习 (DBTL) 循环。17 – 19 使用集成生物铸造厂，我们在此报告了一种重组文库的无标记 MS 筛选工作流程，以快速分离催化新产品形成的酶突变体。这种新的工作流程将我们之前的基于基质辅助激光解吸/电离飞行时间 (MALDI-ToF) MS 的筛选方法从琼脂菌落 16 扩展到行业标准微孔板中的液体培养物，以获得更好的均匀性。与菌落不同
下一个代的商业和工作空间
生活在柏林大都会的心脏地带，嵌入了家庭友好的撒玛利特基族，并拥有餐馆和企业的生动社区基础设施：现代租赁公寓，可在5,100平方米上购买，其中包括历史悠久的Gründerzeit建筑物中的11个，以及新建建筑物中的64套。此外，将与菌落操作员底座一起创建146套公寓。5,500平方米。5,500平方米。
方案优化 CRISPR-Cas9/gRNA 核糖核蛋白复合物的电穿孔，用于人类多能干细胞中的无选择同源重组
d. 将培养板放入 37 C 培养箱中并孵育 10 分钟。每 3-4 分钟轻轻摇晃培养板一次有助于完全分离细胞。 e. 加入 1 mL 含有 10 m M Y-27632 的 StemFit 培养基，并轻轻吹打细胞直至 iPSC 完全分离。 f. 计数细胞，并将 1.0 3 10 4 –1.5 3 10 4 个细胞接种到 iMatrix 涂层的 6 孔板中，该板含有 2 mL 含有 10 m M Y-27632 的 StemFit 培养基，如步骤 cg 中所述，将细胞在 37 C 的 CO 2 培养箱中孵育过夜。 h. 第二天，用 2 mL StemFit 培养基更换培养基。如果有很多死细胞漂浮，继续向培养基中添加 Y-27632，最终浓度为 10 m M。 i.培养期间每 2 天更换一次培养基。j. iPSC 在第 6-8 天将达到半汇合状态。切勿让它们过度汇合。“半汇合”是指 iPSC 菌落直径小于 2 毫米，并且 iPSC 菌落之间仍有一些间隙。生长速度取决于 iPSC 系，因此应通过实验确定半汇合时间。
自组织的运河启用远程有向材料...
抽象的远程材料转运对于维持多细胞生物（例如动物和植物）的生理功能至关重要。相比之下，细菌中的材料转运通常是短距离的，并且受扩散的限制。在这里，我们报告了一种独特的形式，即在结构化细菌群落中积极调节的长距离定向物质运输。使用铜绿假单胞菌菌落作为模型系统，我们发现，大规模和时间上不断发展的开放通道系统会通过剪切诱导的频带自发发展。在开放通道中的流体流动支持高速（高达450 µm/s）的细胞和外膜vesi-Cles cliefers cintimeters，并有助于根除竞争性物种葡萄球菌的菌落。开放的通道让人联想到用于货物运输的人制品运河，通道流是由细胞分泌的生物表面活性剂介导的界面张力驱动的。开放通道中流体流的时空动力学是通过流量谱测量和数学建模定性描述的。我们的发现表明，界面力和生物表面活性剂动力学之间的机械化学耦合可以协调以原始生命形式的大规模材料运输，这表明了工程师自组织的微生物群落的新原理。
使用...
摘要：现代生物学，尤其是合成生物学，在很大程度上依赖于DNA元素的结构，通常是以质粒的形式进行的。质粒用于多种应用，包括用于随后纯化的蛋白质的表达，用于生产有价值化合物的异源途径的表达以及对生物学功能和机制的研究。对于所有应用，构建质粒后的关键步骤是其序列验证。传统的序列确定方法是Sanger测序，每反应限制约为1000 bp。在这里，我们提出了一种高度可扩展的内部方法，用于使用长阅读纳米孔测序快速验证放大的DNA序列。我们开发了两步扩展和转座酶策略，为双条形码测序提供了最大的灵活性。我们还提供了一个自动分析管道，以快速可靠地分析测序结果，并为每个样本提供易于解释的结果。用户友好的duba.Flow开始到虚拟管道广泛适用。此外，我们表明，使用duba.Flow的构造验证可以通过条形码菌落PCR扩增子测序进行，从而加速了研究。关键字：合成生物学，长阅读测序，DNA构造验证，菌落PCR，实验室自动化，双条形码扩增子测序■简介