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World File Search System蛋白组
1上的RNA膜型蛋白组Michael Yarus ...
选定的核糖核苷酸序列与zwitterionic磷脂双层膜良好结合，尽管随机RNA却没有。在选定的膜结合RNA中没有明显的重复序列。这意味着负责膜亲和力的小小的和多样化的图案。此类子序列已被部分定义。绑定的RNA需要Mg 2+和/或Ca 2+之类的分隔线，更喜欢有序的磷脂：凝胶，波纹或筏膜，以此顺序。rNA还结合并稳定弯曲或急剧变形的双层。相比之下，没有二线的RNA结合扩展到由简单的阴离子磷脂形成的负电荷的膜，并具有合理的益生元脂肪酸双层。RNA膜还保留RNA功能，例如碱基配对，色氨酸的被动转运，对肽侧链（如精氨酸）的特异性亲和力以及核糖酶连接酶的催化。具有生化功能的多个膜结合的RNA，通过特定的碱基对链接。鉴于这些实验事实，遗传效应似乎是合理的。RNA的功能通常驻留在几个核苷酸中，并且很容易连接在一个小的RNA中。这些基础对基团可以演变为有目的的，连接相关的RNA函数。这样的RNA组允许复杂的基因组功能，但仅需要复制短RNA。RNA膜促进细胞分裂的精确RNA分离，并通过附加新的碱基配对功能迅速发展。因此，古代RNA-膜可以充当原始组，支持在DNA和DNA基因组之前有序编码的RNA表达，遗传和进化。
使用突变对癌症蛋白组件的突变预测免疫疗法反应
免疫检查点抑制剂已彻底改变了癌症治疗，但许多患者的预后较差。在这里，我们在膀胱和非小细胞肺癌中显示了免疫疗法反应，可以通过将肿瘤突变负担（TMB）的特定蛋白质组件负担来预测。这种方法确定了13个蛋白质组件，而组装级突变负担（AMB）可以预测治疗结果，可以将其组合起来，以有力地将反应者与多个队列中的无反应者分开（例如，76％对37％的Bladder Cancer Cancer 1年生存）。这些结果通过（i）预测组件中的工程干扰来证实，这些干扰调节小鼠的免疫疗法反应，以及（ii）组织化学表明预测的响应者炎症升高。13个组件在DNA损伤检查点，氧化应激或Janus激酶/信号传感器和转录信号的激活剂中具有不同的作用，其中包括突变影响治疗反应的意外基因（例如PIK3CG和FOXP1）。这项研究提供了使用肿瘤细胞生物学来考虑突变对免疫反应的影响的路线图。
多路复用DNA-Paint成像晚期/溶酶体蛋白组成的异质性
晚期内体/溶酶体（LELS）对于许多生理过程至关重要，它们的功能障碍与许多疾病有关。蛋白质组学分析已经鉴定出数百种LEL蛋白，但是，这些蛋白是否均匀地存在于每个LEL上，或者是否存在具有独特蛋白质组成的细胞类型依赖性LEL亚群，尚不清楚。我们采用了定量的多重DNA-油漆超分辨率方法来检查单个LELS上六种关键LEL蛋白（Lamp1，Lamp2，CD63，TMEM192，NPC1和LAMTOR4）的分布。虽然LAMP1和LAMP2在LEL中含量丰富，但标志着公共种群，大多数分析的蛋白质与特定的LEL亚群有关。我们的多重成像方法基于其独特的膜蛋白组成，最多鉴定出多达八个不同的LEL亚群。此外，我们对这些亚群和线粒体之间的空间关系的分析表明，NPC1阳性LELS的细胞类型特异性趋势与线粒体紧密地位。我们的方法将广泛适用于在许多生物学环境中用单细胞器分辨率来确定细胞器异质性。
分泌蛋白组作为心力衰竭的生物标志物和功能剂
心力衰竭 (HF) 是一种复杂且多因素的疾病。最近，人们在理解 HF 发病机制所涉及的潜在分子过程方面取得了进展。这些科学进步揭示了分泌蛋白组的重要性。本文全面概述了分泌蛋白组在 HF 的发病、进展以及改善诊断和治疗干预的可能性方面的科学现状。我们探讨了各种类型的分泌因子，包括新型蛋白质、生长因子、细胞因子和微小 RNA。我们还讨论了它们如何影响 HF 中的细胞信号传导、血管生成、纤维化、病理性心脏重塑和炎症。此外，我们还研究了分泌蛋白组在心脏保护和心脏毒性中的作用。本综述强调了分泌蛋白组在生物标志物发现方面的潜力。这可能有助于更好地诊断 HF、进行风险分层、监测和治疗。本综述还讨论了研究分泌因子作用的困难以及分泌蛋白组研究的新方向。它强调了其作为新治疗方法和生物标志物开发目标的潜力。
通过药物诱导的分泌蛋白组产生靶向治疗耐药性……
1 韩国大田韩国科学技术院 (KAIST) 化学与生物分子工程系；2 韩国大田韩国科学技术院生物科学系；3 韩国首尔国立大学兽医学院生物化学系；4 韩国首尔国立大学比较医学疾病研究中心 (CDRC)；5 韩国首尔国立大学 BK21 PLUS 创意兽医科学研究计划和兽医科学研究所；6 韩国大田韩国科学技术院生物与脑工程系；7 德国马丁斯里德马克斯普朗克生物化学研究所计算系统生物化学研究组；8 韩国大田韩国科学技术院电气工程系；9 韩国首尔国立大学医院内科系；10 韩国首尔国立大学医学院癌症研究所； 11 韩国首尔国立大学医学院首尔国立大学医院病理学系；12 韩国城南市首尔国立大学盆唐医院胸心血管外科；13 韩国大田韩国科学技术研究院健康科学技术研究所 (KIHST)；14 韩国大田韩国科学技术研究院生物世纪研究所 (KIB)；15 韩国大田韩国科学技术研究院生物过程工程研究中心和生物信息学研究中心
设计的金属蛋白组装体中氧化还原和金属导向的结构多样化
人们对设计能够改变构象或改变组装状态以响应不同刺激的蛋白质产生了浓厚的兴趣，这些刺激包括配体结合、11、12 金属配位、13、14 磷酸化、15、16 和半胱氨酸氧化/还原。17、18 虽然确实存在几种此类人工多状态系统的例子，3、11–20 但设计对多种刺激作出反应的蛋白质或从单个蛋白质序列/结构中获得两种以上结构不同状态的能力却受到限制（图 1a）。21 这主要是因为大多数蛋白质设计策略都涉及实施广泛的非共价相互作用（特别是疏水堆积），以获得与深自由能最小值相对应的单一稳定结构。21–24 这种策略不仅限制了结构多样化的潜力，而且降低了所得蛋白质结构对刺激作出响应和可重构的潜力。
PKCδ调节果蝇边界细胞迁移期间领先细胞突起的肌动球蛋白组织
2.2.3腓骨染色................................................................................................................................................................................................................................................................................. 43
WAVE1 和 WAVE2 在控制前缘肌动蛋白组装方面具有不同且重叠的作用
摘要 SCAR/WAVE 蛋白和 Arp2/3 复合物在前缘组装分支肌动蛋白网络。SCAR/WAVE 的两种亚型 WAVE1 和 WAVE2 位于前缘，但它们是否发挥相似或不同的作用仍不清楚。此外，关于 WAVE1 对肌动蛋白丝伸长的 Arp2/3 独立生化活性的报道存在矛盾。为了在体内研究这一点，我们在 B16-F1 黑色素瘤细胞中分别和同时敲除 WAVE1 和 WAVE2 基因。我们证明 WAVE1 和 WAVE2 对于板状伪足的形成和运动是多余的。然而，WAVE2 KO 细胞的前缘肌动蛋白延伸率显著降低，而 WAVE1 KO 细胞的前缘肌动蛋白延伸率增加。WAVE1 KO 细胞中肌动蛋白延伸率的加快被更快的逆向流动所抵消，因此不会转化为更快的板状伪足突出。因此，WAVE1 限制了前缘肌动蛋白延伸的速度，并似乎将肌动蛋白网络与膜偶联以驱动突出。总体而言，这些结果表明 WAVE1 和 WAVE2 在促进 Arp2/3 依赖性肌动蛋白成核和板状伪足形成方面具有冗余作用，但在控制肌动蛋白网络延伸和利用网络生长进行细胞突出方面具有不同的作用。
针对 HPV16/18 基因型的双价治疗性疫苗，由人类纤连蛋白额外结构域 A 与 HPV16/18 E7 病毒抗原之间的融合蛋白组成
摘要背景 将人乳头瘤病毒 (HPV) 衍生的抗原体内靶向树突状细胞可能构成针对宫颈癌的有效免疫治疗策略。在之前的研究中，我们已经证明鼠纤连蛋白 (mEDA) 的额外结构域 A 可用于将抗原靶向表达 Toll 样受体 4 (TLR4) 的树突状细胞并诱导强烈的抗原特异性免疫反应。在本研究中，我们生产了一种由人类 EDA (hEDA) 与 HPV16 和 HPV18 的 E7 蛋白融合而成的双价治疗性疫苗候选物 (hEDA-HPVE7-16/18)，并评估了其作为宫颈癌治疗性疫苗的潜力。材料和方法 制备了包含与 hEDA 融合的 HPV16 和 HPV18 病毒亚型的 HPV E7 蛋白的重组融合蛋白，并在体外测试了它们结合 TLR4 和诱导人单核细胞和树突状细胞产生肿瘤坏死因子-α 或白细胞介素 (IL)-12 的能力。在患有皮下或生殖器原位 HPV16 TC-1 肿瘤的小鼠中评估了疫苗与顺铂或 TLR3 激动剂分子聚肌苷酸-聚胞苷酸 (Poly IC) 或 Poly ICLC 联合使用的免疫原性和潜在治疗活性。结果 hEDA-HPVE7-16/18 原型疫苗与人 TLR4 结合并刺激人单核细胞衍生的树突状细胞的 TLR4 依赖性信号通路和 IL-12 产生。接种 hEDA-HPVE7-16/18 可诱导强烈的 HPVE7 特异性细胞毒性 T 淋巴细胞 (CTL) 反应，并消除 TC-1 肿瘤模型中已建立的肿瘤。通过将融合蛋白与顺铂或 TLR-3 配体 Poly IC 以及尤其是与稳定化类似物 Poly ICLC 结合，抗肿瘤效果显著提高。此外，hEDA-HPVE7-16/18+Poly ICLC 可诱导 100% 携带原位生殖器 HPV 肿瘤的小鼠完全肿瘤消退。结论我们的结果表明，这种治疗性疫苗制剂可能是一种有效的治疗方法，可治疗对当前疗法无反应的宫颈肿瘤。