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SARS-CoV-2 核衣壳组装抑制剂
图 5：福沙那韦停靠在 SARS-CoV2 核衣壳蛋白的 N 端结构域中。A. 福沙那韦的最佳拟合 3D 结合口袋。B. 相互作用的氨基酸侧链，标明键长。C. 相互作用的二维显示。
通过免疫信息学设计针对 nCOVID-19 的核衣壳磷蛋白 (N) 和刺突糖蛋白 (S) 的多肽疫苗
核衣壳蛋白 QIGYYRRATRRIRGG HLA-DRB1*11:01 IGYYRRATRRRGGD HLA-DRB1*11:01 GYYRRATRRRIGGDG HLA-DRB1*11:01 TPSTWLTYTGAIKL HLA-DRB1*07:01 DQIGYYRRATRRIRG HLA-DRB1*11:01 PQIAQFAPSASAFFG HLA-DRB1*09:01 WPQIAQFAPSASAFF HLA-DRB1*09:01 QIAQFAPSASAFFGM HLA-DRB1*09:01 IAQFAPSASAFFGMS HLA-DRB1*09:01 AALALLLLDRLNQLE HLA-DRB4*01:01，HLA-DPA1 03:01/DPB1*04, HLA-DRB3*01:0, HLA-DRB1*13:02, HLA-DRB1*11:0, HLA-DRB1*04:04, HLA-DRB1*01:01, HLA-DRB1*04, HLA-DPA1*02:01/DPB1*01:01, HLA-DPA1*01:03/DPB1*02:01, HLA-DRB1*04:05, HLA-DRB1*03:01, HLA-DRB1*08:02, HLA-DRB1*15:01, HLA DQA1*01:01/DQB1*05:01 ALALLLLDRLNQLES HLA-DRB4*01:01, HLA-DPA1*03:01/DPB1*04:02, HLA-DRB3*01:01、HLA-DRB1*13:02、HLA-DRB1*11:01、HLA-DRB1*04:04、HLA-DRB1*04:01、HLA-DRB1*01:01、HLA-DRB1*03:01、HLA-DRB1*04:05、HLA-DPA1*02:01/DPB1*01:01、HLA-DPA1*01:03/DPB1*02:01、HLA-DRB1*08:02、HLA-DRB1*15:01、HLA-DQA1*01:01/DQB1*05:01 PRWYFYYLGTGPEAG HLA-DRB1*07:01 RWYFYYLGTGPEAGL HLA-DRB1*01:01尖峰糖蛋白 AAEIRASANLAATKM HLA-DQA1*05:01/DQB1*03:01 NAQALNTLVKQLSSN HLA-DRB1*11:01 EVFNATRFASVYAWN HLA-DPB1*02:01、HLA DPB1*04:02、HLA-DPB1*05:01、 HLA-DQA1*01:02、HLA-DQA1*05:01、HLA-DQB1*03:01、HLA-DQB1*06:02、HLA-DRB1*01:01、HLA-DRB1*04:04、HLA-DRB1*04:05、HLA-DRB1*07:01、 HLA-DRB1*08:02、HLA-DRB1*09:01、 HLA-DRB1*11:01, HLA-DRB1*15:01, HLA-DPA1*03:01, HLA-DPB1*01:01, HLA-DPA1*01:03, HLA-DPA1*02:01 VFRSSVLHSTQDLFL HLA-DRB1*07:01, HLA-DRB1*01:01, HLA-DRB1*09:01, HLA-DRB1*04:05, HLA-DRB1*04:01, HLA-DRB1*03:01, HLA-DQA1*01:02/DQB1*06:02, HLA-DPA1*03:01/DPB1*04:02, HLA-DRB1*13:02, HLA-DPA1*02:01/DPB1*01:01、HLA-DRB4*01:01、HLA-DQA1*05:01/DQB1*02:01、HLA-DRB1*04:04、HLA- DPA1*01:03/DPB1*02:01、HLA-DQA1*05:01/DQB1*03:01 等位基因 HLA-DRB3*01:01、HLA-DRB4*01:01、HLA-DRB5*01:01 不可用，因此未将其纳入计算。
AAV 衣壳和 Cas9 的免疫正交直系同源物可规避基因治疗引起的免疫反应
基于蛋白质的疗法可以激活适应性免疫系统，导致中和抗体的产生以及细胞毒性 T 细胞介导的治疗细胞清除。本文表明，连续使用 CRISPR 相关蛋白 9 (Cas9) 和腺相关病毒 (AAV) 的免疫正交直系同源物可以避开适应性免疫反应，并能够通过重复给药实现有效的基因编辑。我们比较了 284 种 DNA 靶向和 84 种 RNA 靶向 CRISPR 效应物以及 167 种 AAV VP1 衣壳蛋白直系同源物与 I 类和 II 类主要组织相容性复合体蛋白的总序列相似性和预测结合强度。我们预测 79% 的 DNA 靶向 Cas 直系同源物不会产生交叉反应性免疫反应，我们在小鼠中对三种 Cas9 直系同源物进行了验证，但预计 AAV 血清型之间存在广泛的免疫交叉反应。我们还表明，在体内有效