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World File Search System表型
适应植物表型的视觉基础模型
基础模型是对大量数据进行预训练的大型模型。通常可以以最小的努力来适应各种下游任务。但是，由于基础模型通常是在从互联网中提出的图像或文本上进行预培训的，因此它们在植物表型等植物域中的性能受到质疑。此外，完全调整基础模型是耗时的，需要高计算能力。本文研究了植物表型设置和任务的基础模型的有效适应。我们对三个基础模型（MAE，Dino和Dinov2）进行了大量实验，对三个必需的植物表型任务：叶子计数，实例阶段和疾病分类。特别是，预先训练的骨干被冷冻，同时评估了两种不同的调整方法，即适配器调整（使用lora）和解码器调整。实验结果表明，基础模型可以充分地适应植物表型任务，从而产生与针对每个任务的最先进的模型（SOTA）模型相似的性能。尽管在不同任务上表现出很高的传递能力，但在某些情况下，精细调整的基础模型的表现比SOTA任务特定的模型稍差，这需要进一步研究。
利用高通量作物表型分析取得进展...
十多年前，无人机 (UAV) 被视为农业的新纪元 (Zarco-Tejada，2008)。从今天的角度来看，无人机在农业中的应用最大的影响体现在高通量田间表型分析上。田间表型分析是指对植物在自然环境中的表型（即其解剖、个体发育、生理和生化特性）进行定量描述 (Walter et al.，2015)。在育种方面，需要筛选数百甚至数千种不同的基因型来研究它们对植物性状和性能的影响，高通量田间表型分析可以在育种的早期阶段及时快速地筛选多种性状。这有可能缩短育种周期，并避免因连锁拖累而丢失潜在的重要等位基因（Araus 和 Cairns，2014 年；Furbank 和 Tester，2011 年；Rebetzke 等人，2019 年）。由于无人机系统作为遥感平台已经成熟（Aasen 等人，2018 年），几乎所有田间表型分析领域的“大玩家”（研究团体、公司和其他组织）都已开始使用无人机进行
同种型柠檬酸可治愈肺炎克雷伯菌的 NifV 表型
固氮酶催化 N2 还原为铵 (1)。固氮酶由两种蛋白质组成，即二氮酶 (组分 I，Mo-Fe 蛋白) 和二氮酶还原酶 (组分 II，Fe 蛋白) (1, 3)。二氮酶含有一个独特的辅基，即铁钼辅因子 (FeMo-co)，由 Fe、Mo 和 S (15) 组成。生化和遗传研究表明，至少有六种 nif (固氮) 基因产物参与了 FeMo-co 的生物合成。含有 nifB、nifN 或 nifE 突变的肺炎克雷伯菌菌株无法合成 FeMo-co (12, 15)。在含有低水平钼酸盐的培养基中，当固氮酶被解除抑制时，nifQ 突变的菌株不会合成 FeMo-co (8)。某些含有 nifH（编码二氮酶还原酶）突变的肺炎克雷伯菌和棕色固氮菌菌株无法积累 FeMo-co（2, 13）。从含有 nifV 突变的肺炎克雷伯菌菌株中分离出的二氮酶表现出改变的底物亲和力和抑制剂敏感性（10）。进一步的研究表明，NifV 突变体在 FeMo-co 合成方面存在缺陷（4）。最近，描述了一种体外合成 FeMo-co 的系统，该系统需要 ATP、钼酸盐、nifB、nifN 和 nifE 的基因产物（17）、二氮酶还原酶（未发表的数据）和同型柠檬酸（6）。肺炎克雷伯菌对同型柠檬酸的积累与功能性 nifV 基因的存在有关，该基因显然编码同型柠檬酸合酶（7）。在解除固氮酶抑制期间，发现高柠檬酸在肺炎克雷伯氏菌培养物培养基中积累 (6)。我们在此报告，向肺炎克雷伯氏菌 NifV 突变体培养基中添加高柠檬酸可治愈该表型。肺炎克雷伯氏菌 UN 是从菌株 M5al 中重新分离的野生型菌株，该菌株最初来自 PW Wilson 的收藏。菌株 UN1991 (nifV4945) 是一种稳定的 NifV 突变体，回复频率为 3 x 10-10（T. MacNeil，博士论文，威斯康星大学麦迪逊分校，1978 年），之前已有描述 (9)。肺炎克雷伯氏菌突变体中的生长和固氮酶解除抑制已被描述 (8)。从肺炎克雷伯菌 (6) 培养物的去阻遏培养基中分离出 (R)-2-羟基-1,2,4-丁烷三羧酸 (高柠檬酸)。将高柠檬酸添加到 UN1991 培养物中，最终浓度约为 83 mg * 升-' (0.4 mM)。用 DEAE-纤维素色谱法 (14) 从菌株 UN、UN1991 和 UN1991 中纯化二氮酶，这些菌株在高柠檬酸存在下已对固氮酶进行了去阻遏。已描述了乙炔和 N2 还原测定
研究论文在2型糖尿病小鼠中的骨质疏松症的整合表型和转录组分析
1。西北大学生命科学学院，西安，Shaanxi 710069，中国。 2。 国家颌面重建和再生的国家主要实验室，国家口腔疾病临床研究中心，Shaanxi International International International口腔疾病联合研究中心，纸巾工程中心，口腔学院，第四届军事医学院，第四届军事医学院，XI'AN，Shaanxi 710032，中国。 3。 XI'AN的主要细胞和再生医学主要实验室，西北理工大学医学研究所，XI'AN，Shaanxi 710072，中国。 4。 牙齿牙科学院牙本质学院，第四届军事医科大学，西安克斯，Shaanxi 710032，中国。 5。 中国第四届军事医科大学的口腔植入学系，口腔植入学院，中国西安克西710032。 6。 中国北京100039北京中国PLA综合医院第一医疗中心的口腔学系。 7。 中国西部的资源生物学和生物技术的主要实验室，西北大学医学院，西安，西安克斯，Shaanxi 710069，中国。 8。 基础医学院，Shaanxi TCM物理宪法研究的关键研究实验室，预防与治疗，Shaanxi中医大学，Xianyang，Shaanxi 712046，中国。 9。 中医系，第四届军事医科大学第一家附属医院，中国西安克斯710032。西北大学生命科学学院，西安，Shaanxi 710069，中国。2。国家颌面重建和再生的国家主要实验室，国家口腔疾病临床研究中心，Shaanxi International International International口腔疾病联合研究中心，纸巾工程中心，口腔学院，第四届军事医学院，第四届军事医学院，XI'AN，Shaanxi 710032，中国。3。XI'AN的主要细胞和再生医学主要实验室，西北理工大学医学研究所，XI'AN，Shaanxi 710072，中国。 4。 牙齿牙科学院牙本质学院，第四届军事医科大学，西安克斯，Shaanxi 710032，中国。 5。 中国第四届军事医科大学的口腔植入学系，口腔植入学院，中国西安克西710032。 6。 中国北京100039北京中国PLA综合医院第一医疗中心的口腔学系。 7。 中国西部的资源生物学和生物技术的主要实验室，西北大学医学院，西安，西安克斯，Shaanxi 710069，中国。 8。 基础医学院，Shaanxi TCM物理宪法研究的关键研究实验室，预防与治疗，Shaanxi中医大学，Xianyang，Shaanxi 712046，中国。 9。 中医系，第四届军事医科大学第一家附属医院，中国西安克斯710032。XI'AN的主要细胞和再生医学主要实验室，西北理工大学医学研究所，XI'AN，Shaanxi 710072，中国。4。牙齿牙科学院牙本质学院，第四届军事医科大学，西安克斯，Shaanxi 710032，中国。5。中国第四届军事医科大学的口腔植入学系，口腔植入学院，中国西安克西710032。6。中国北京100039北京中国PLA综合医院第一医疗中心的口腔学系。7。中国西部的资源生物学和生物技术的主要实验室，西北大学医学院，西安，西安克斯，Shaanxi 710069，中国。8。基础医学院，Shaanxi TCM物理宪法研究的关键研究实验室，预防与治疗，Shaanxi中医大学，Xianyang，Shaanxi 712046，中国。9。中医系，第四届军事医科大学第一家附属医院，中国西安克斯710032。
2型糖尿病子表型及其与
Kan Wang PhD 1,2,3，Raymond Noordam PhD 4,5，Stella Trompet PhD 4,6，Julie A.E. van 3 Oortmerssen MD 1 , J. Wouter Jukema PhD 6,7 , M.Kamran Ikram PhD 1,8 , Jana Nano PhD 9 , 4 Christian Herder PhD 10,11,12 , Annette Peters PhD ,9,13,14,15 , Christian Gieger PhD 9,15,16 , Barbara 5 Thorand PhD 9,13,15 , Maryam Kavousi博士1，法里巴·艾哈迈迪扎尔（Fariba Ahmadizar）博士17,18 6 7 1。 鹿特丹Erasmus MC大学医学中心流行病学系8荷兰9 2。 内分泌和代谢疾病系，上海内分泌研究所和10种代谢性疾病，鲁伊因医院，上海乔顿大学医学院医学院，上海11上海，中国11号12 3。 国家卫生委员会的13个内分泌和代谢性疾病的主要实验室国家临床研究中心（上海），国家卫生委员会，国家研究中心14研究中心，医学基因组国家主要实验室，上海乔蒂亚·乔·汤汤汤汤汤汤，康吉·汤汤大学医学学院 内科系，老年医学和老年医学科，莱顿大学17荷兰莱顿医学中心18 5。Kan Wang PhD 1,2,3，Raymond Noordam PhD 4,5，Stella Trompet PhD 4,6，Julie A.E.van 3 Oortmerssen MD 1 , J. Wouter Jukema PhD 6,7 , M.Kamran Ikram PhD 1,8 , Jana Nano PhD 9 , 4 Christian Herder PhD 10,11,12 , Annette Peters PhD ,9,13,14,15 , Christian Gieger PhD 9,15,16 , Barbara 5 Thorand PhD 9,13,15 , Maryam Kavousi博士1，法里巴·艾哈迈迪扎尔（Fariba Ahmadizar）博士17,18 6 7 1。鹿特丹Erasmus MC大学医学中心流行病学系8荷兰9 2。内分泌和代谢疾病系，上海内分泌研究所和10种代谢性疾病，鲁伊因医院，上海乔顿大学医学院医学院，上海11上海，中国11号12 3。国家卫生委员会的13个内分泌和代谢性疾病的主要实验室国家临床研究中心（上海），国家卫生委员会，国家研究中心14研究中心，医学基因组国家主要实验室，上海乔蒂亚·乔·汤汤汤汤汤汤，康吉·汤汤大学医学学院内科系，老年医学和老年医学科，莱顿大学17荷兰莱顿医学中心18 5。卫生校园海牙/公共卫生和初级保健部，莱顿19大学医学中心，荷兰海牙20 6。荷兰莱顿莱顿大学医学中心心脏病学系21 7。荷兰心脏研究所，荷兰乌得勒支22 8。荷兰鹿特丹伊拉斯mc MC大学医学中心神经病学系23 9.德国糖尿病研究中心（DZD），合作伙伴杜塞尔多夫，德国诺伊尔伯格29 12.流行病学研究所，HelmholtzZentrumMünchen，德国25环境健康研究中心（GmbH），IngolstaedterLandstraße1，D-85764，Neuherberg，德国，德国26 10。莱布尼兹糖尿病中心临床糖尿病学研究所医学院和大学医院内分泌与糖尿病学系30Düsseldorf，Heinrich HeineUniversität，杜塞尔多夫，德国，德国31 13。 医学信息处理，生物特征和流行病学研究所（IBE），32医学学院，LMU慕尼黑，彼得滕科弗公共卫生学院，德国慕尼黑，德国33 14。 德国心血管研究中心（DZHK），合作伙伴网站慕尼黑心脏联盟，德国慕尼黑34号35 15. 德国糖尿病研究中心（DZD），合伙人慕尼黑 - 尼尔伯格，Neuherberg，36德国37 16。 研究部门分子流行病学，HelmholtzZentrumMünchen，德国研究38环境卫生中心（GMBH），Ingolstaedter Landstr。 1，D-85764 Neuherberg，39德国40医学院和大学医院内分泌与糖尿病学系30Düsseldorf，Heinrich HeineUniversität，杜塞尔多夫，德国，德国31 13。医学信息处理，生物特征和流行病学研究所（IBE），32医学学院，LMU慕尼黑，彼得滕科弗公共卫生学院，德国慕尼黑，德国33 14。德国心血管研究中心（DZHK），合作伙伴网站慕尼黑心脏联盟，德国慕尼黑34号35 15.德国糖尿病研究中心（DZD），合伙人慕尼黑 - 尼尔伯格，Neuherberg，36德国37 16。研究部门分子流行病学，HelmholtzZentrumMünchen，德国研究38环境卫生中心（GMBH），Ingolstaedter Landstr。1，D-85764 Neuherberg，39德国40
鳞状细胞癌表型的未知主要癌症作为分离的腋质量
一名71岁的女性从未吸烟，患有乳腺癌的家族史（60年代初的母亲和妹妹），向她的初级保健医生出现，左臂和乳房疼痛。她在两周前在左臂上咬了一口，并接受了预防性强力霉素。体格检查显示2厘米温和嫩，左腋窝中没有皮肤病变，皮疹或乳房肿块。没有其他肿胀的腺体，其余的身体检查是正常的。她的初级保健医师考虑了莱姆病的诊断，并下令进行胸部X射线，完全的血液计数和莱姆抗体滴度，以进一步评估其他淋巴结肿大的原因。患者的病史对于大约一年前的右上臂0.4 cm x 0.7 cm原发基底细胞癌很重要，她进行了莫尔斯手术，具有阴性的表面和深层手术缘，没有复发的证据。她没有任何免疫抑制，暴露于过度紫外线辐射的病史或职业暴露会增加她患癌症的风险。她没有抽烟或喝酒。她的家族史对包括卵巢癌和结肠癌在内的其他癌症以及对母亲或妹妹的BRCA（乳腺癌基因）测试的结果是否定的。
MAP3K15的代谢作用：来自23andMe研究数据库和遗传驱动招募的遗传和表型见解
MAP3K15先前与2型糖尿病（T2D）的保护相关联，促使人们对MAP3K15抑制剂的发展感兴趣，这是糖尿病的潜在治疗选择。全面基因组跨基因组关联研究（GWAS）荟萃分析和功能丧失（LOF）负担测试方法，牵涉到与T2D的关联大大受益于大型样本量。直接面向消费者的基因测试公司23andMe，Inc。是世界上最大的研究同意基因数据库。我们利用各种遗传分析方法利用23andMe数据库进一步告知MAP3K15的代谢作用。我们发现，MAP3K15 LOF载体在高多基因风险的个体中的中位数诊断中表现出4.5岁的显着延迟，并发现了MAP3K15 LOF的新型负担关联与保护高胆固醇的负担。我们通过建立能力来扩大这些发现，以招募同意参与者的能力，因为他们未知的遗传学（特别是MAP3K15中的单个LOF变体，RS148312150），并获得了中位数胆固醇和LDL/HDL/HDL Rafier in Map3k15的临床实验室证据。我们的发现证明了23AndMe数据库的发现能力，包括同意参与者招聘以告知治疗发现和开发的可行性。
心脑连接：40,000心脏和脑磁共振图像的表型和遗传见解
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纤连蛋白通过EGR1在甲状腺癌中有助于BRAF抑制剂驱动的侵入性表型，可以通过抑制ERK1/2
BRAF中的突变在晚期乳头状和甲状腺甲状腺癌（PTC和ATC）中很常见。但是，BRAF突变的PTC患者目前缺乏针对此途径的疗法。尽管BRAF和MEK1/2对BRAF-突变ATC患者的批准组合，但这些患者经常进展。因此，我们筛选了一组BRAF突变甲状腺癌细胞系，以识别新的治疗策略。我们表明甲状腺癌细胞具有抗BRAF抑制作用（BRAFI）的侵袭增加，并且对BRAFI的反应促进侵入性分泌组。使用反相蛋白阵列（RPPA），我们确定了响应BRAFI治疗的细胞外基质蛋白（纤连蛋白）的表达增长近2倍，而纤连蛋白纤维蛋白分泌的相应增加了1.8至3.0倍。因此，外源性纤连蛋白的添加表现出Brafi诱导的侵袭增加，而抗纤维蛋白在抗性细胞中的耗竭导致侵袭增加。我们进一步表明，BRAFI诱导的侵袭可以通过抑制ERK1/2来阻止。在抗BRAFI的患者衍生异种移植模型中，我们发现对BRAF和ERK1/2的双重抑制减慢了肿瘤的生长和循环纤连蛋白的降低。使用RNA序列，我们将EGR1鉴定为响应BRAF/ERK1/2抑制作用的顶级下调基因，并且进一步表明，对于Brafi诱导的侵袭和纤维蛋白对BRAFI的响应而言，EGR1对于BRAFI诱导的诱导诱导是必要的。