XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search System表型
共vid-19 ...失败表型
通过超声心动图测量的射血分数，门控单光子发射计算的tomog-raphy和冠状动脉疾病患者和左心室功能障碍的患者的心脏磁共振共鸣。JAMA NetW Open。 2018; 1（4）：E181456。 https://doi.org/10.1001/jamanetworkopen。 2018.1456JAMA NetW Open。2018; 1（4）：E181456。 https://doi.org/10.1001/jamanetworkopen。 2018.14562018; 1（4）：E181456。https://doi.org/10.1001/jamanetworkopen。 2018.1456https://doi.org/10.1001/jamanetworkopen。2018.1456
基于人工智能的复杂生物表型分析
我们说明了两种不同类型的 AI 在评分剂量反应关系中的应用。第一种用于分类，以区分活细胞、死细胞和碎片。这种 AI 用于根据细胞活力对检测进行评分。第二组 AI 是根据检测中的化合物浓度进行训练的，每种化合物训练一个 AI。第二组 AI 根据每个细胞（或球体中的“块”）与用不同药物浓度处理的细胞的平均相似性，为每个细胞分配一个连续变量分数。在计算此分数或对细胞进行分类时，没有先验选择要考虑哪些图像属性。为每个细胞或图像区域计算的数值图像描述符集始终相同，它是自动 AI 训练过程的一部分，用于确定哪些描述符对于给定的成像问题最有用。
通过表型方法发现强效 G ...
摘要：G-四链体 (G4) 序列可以折叠成更高级的 G4 结构，在人类基因组中含量丰富，并且在许多与人类癌症起始、进展和转移有关的基因的启动子区域中过度表达。它们是 G4 结合小分子的可能靶标，在启动子 G4 的情况下，会导致这些基因的转录下调。然而，目前只有极少数 G4 及其配体复合物的结构信息可用。这一限制，加上目前与大多数复杂人类癌症有关的含 G4 基因的信息有限，导致了以表型为主导的 G4 配体药物发现方法的发展。这种方法通过几代三取代和四取代萘二酰亚胺 (ND) 配体的发现得到说明，这些配体被发现在胰腺癌细胞系中表现出强大的生长抑制作用，并且在这种难以治疗的疾病的体内模型中活跃。经过多次探索，最终研发出了一种高效四取代 ND 衍生物 QN-302，目前正在进行 1 期临床试验评估。这里列出了 QN-302 下调表达的主要基因：所有基因均具有 G4 倾向，并且已发现在人类胰腺癌中上调。其中一些基因在其他人类癌症中也上调，支持了 QN-302 是一种泛 G4 药物的假设，该药物在胰腺癌之外具有潜在用途。
心肌细胞的表型和功能变化
对 15 只确诊为 fHCM 的猫（11 只雄性，4 只雌性；平均年龄 8.93 岁）和 31 只对照猫（16 只幼年对照猫（8 只雄性，8 只雌性；平均年龄 1.5 岁）和 15 只成年对照猫（10 只雄性，5 只雌性））的心脏进行 RT-PCR，检测一系列表明心肌细胞功能适应和改变的标志物，在我们最近对第 1 组的 RNA 测序研究中检测到了这些标志物的上调。对于每个基因，建立了基于 TaqMan 的两步 RT-qPCR 方案。统计分析包括 Shapiro-Wilk 检验以检查正态性，以及对数变换以满足正态性假设。建立了包括组别和性别的主效应及其相互作用的方差分析模型。如果组别和性别的相互作用的 F 检验显著，则进行 Tukey 事后检验以进行成对比较。
基因组到表型组工具 - NSF-PAR
牡蛎被认为是生态系统的建设者，它通过循环颗粒物和浮游植物来稳定脆弱的河口养分循环并促进更高营养级的生长 [1,2]。此外，牡蛎养殖业是沿海地区的宝贵经济资源 [3]。水产养殖的发展往往伴随着疾病的爆发，造成经济损失和海洋生态系统的紊乱 [4-8]。血细胞是抵御病原体的主要防线 [9-12]，也参与许多其他生理事件，包括营养物运输、解毒和伤口修复（参见参考文献 [13]）。原生动物寄生虫海洋帕金森病是“皮肤病”的罪魁祸首 [14]。 P. marinus 利用半乳糖凝集素 CvGal1 进入血细胞 [ 10 ， 12 ， 15 ， 16 ] ，并利用粘膜血细胞的跨上皮迁移进入循环血淋巴 [ 17 ， 18 ] 。由于缺乏遗传上可处理的系统，对血细胞在这些过程中的作用的理解受到阻碍。对于遗传上可处理的系统来产生机制假设和遗传传递系统来在细胞水平上检验这些假设来说，一个注释良好的基因组是必不可少的。随着 Crassostrea virginica 基因组 (C_virginica-3.0; GCF_002022765.2) 的现成可用 [ 19 ]，强大的遗传传递系统将为从基因组到表型组提供独特的机会。将遗传物质导入牡蛎原代细胞培养物和胚胎的开创性工作是在 20 多年前进行的，当时使用的是异源启动子和可用的商业
通过群体脑成像发现表型
神经影像学可以对大脑进行无创的详细研究。通过数据驱动发现大脑群体变异模式，可能对早期疾病诊断和了解大脑非常有价值。由此产生的模式可以用作成像衍生表型 (IDP)，并可以补充现有的专家整理的 IDP。然而，群体数据集包含来自数千名受试者的许多不同结构和功能成像模式，带来了以前从未解决的计算挑战。这里，首次提出了一种多模态独立成分分析方法，该方法可扩展用于完整英国生物库 (UKB) 数据集中体素级神经影像数据的数据融合，该数据集很快将达到 100,000 个成像对象。这种新的计算方法可以估计群体变异模式，从而增强使用来自 UKB 和人类连接组计划的数据预测数千个表型和行为变量的能力。与广泛使用的分析策略、单模态分解和现有的 IDP 相比，高维分解实现了更高的预测能力。在 UKB 数据（14,503 名受试者，47 种不同的数据模态）中，确定了许多与非成像表型的可解释关联，包括与流体智力、惯用手和疾病相关的多模态空间图，在某些情况下，基于 IDP 的方法会失败。
帕金森氏症的精密医学的深度表型...
医学基因组学的一个主要挑战是要了解为什么患有相同疾病的人有不同的临床症状，以及那些携带相同突变的人可能会受到不同疾病的影响。在每种复杂疾病中，确定不同遗传和非遗传危险因素的贡献是理解疾病机制的关键障碍。遗传研究依赖于精确的表型，并且在表型不精确时无法发现对疾病的遗传贡献。为了应对这一挑战，已经开发了深厚的表型队列，以收集详细的细粒度数据。这些队列帮助我们调查潜在的生物学途径和危险因素，以识别治疗靶标，从而推进精度医学。神经退行性疾病帕金森氏病具有多样的表型表现和适度的遗传力，其潜在的疾病机制仍在争论中。因此，已经做出了大量努力，为这种疾病开发了深刻的表型队列。在这里，我们专注于帕金森氏病，并探讨如何深入的表型可以帮助应对遗传和表型异质性提出的挑战。我们还讨论了数据收集和计算的最新方法，以及必须克服的方法学挑战。
扩大了男性MECP2变体的表型
摘要背景：MECP2变体引起X染色体相关的罕见发育综合征。通常，该突变是零星的，发生在女性中，对男性致命。准确的遗传和临床诊断被认为是症状管理和新疗法的发展所必需的。这些目标可能很难在更多的因素中涉及携带同一MECP2变体的患者的高度可变临床图片中的因素。我们描述了两个兄弟携带相同MECP2变体的临床图片，并将其与文献中发表的病例进行了比较。方法：已知大多数MECP2突变是从头突变，这就是为什么夫妻俩其他孩子中突变的复发的原因。出乎意料的是，我们的常规基因检测表明，一名23岁男子（P1）和他的弟弟（P2）携带同样的半细胞病原失误变体C.419c> t，p。（ALA140VAL）（Transcript NM_004992.3）MECP2的MECP2，MECP2的MECP2是MECP2的，它是从他们的母亲身上遗传而来的。因此，认为有必要进一步的临床评估和与文献案例进行比较。结果：P1患有严重的综合症智力障碍（ID），而他的兄弟的ID基本上限于口头技能问题。P1和他的弟弟都没有被诊断出患有RETT综合征。P1（与他的弟弟不同）有几个舌，社交和运动困难；破坏性行为是治疗最困难的症状。P1对几项医学和非医疗治疗试验的反应仍然不足，因此要求患者长期住院。文献综述表明，除我们的家庭外，还有其他五个家庭，其中一个以上雄性携带相同的MECP2 P.Ala140Val突变，例如P1和P2。来自我们的所有24名男性（n = 2）和其他（n = 22）的表型，大概是非致命的突变显示出很大的可变性。结论：男性MECP2的P.Ala140Val突变与罕见的X染色体发育障碍有关，具有高度可变的表型。需要进一步的研究来更好地理解所有可以解释同一基因型内表型差异以找到最佳药物疗法的影响因素。