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mRNA的表观遗传调节介导表型...
图S2。 通过蛋白质印迹评估的GADD45αshRNA的沉默效率。 gADD45α蛋白表达水平在（a）MHCC -97H和（b）用NC和三个靶向GADD45α的SHRNA后的HUH7细胞中。 基于GADD45α蛋白的表达，SH2的沉默是最重要的，用于随后的实验。 数据表示为平均值±SD（n = 3）。 ** p <0.01。 GADD45α，生长停滞和DNA损伤诱导α； NC，阴性对照； SH，短发夹。图S2。通过蛋白质印迹评估的GADD45αshRNA的沉默效率。gADD45α蛋白表达水平在（a）MHCC -97H和（b）用NC和三个靶向GADD45α的SHRNA后的HUH7细胞中。基于GADD45α蛋白的表达，SH2的沉默是最重要的，用于随后的实验。数据表示为平均值±SD（n = 3）。** p <0.01。GADD45α，生长停滞和DNA损伤诱导α； NC，阴性对照； SH，短发夹。
单个细胞中的关节谱系，转录组和表观基因组分析的高克隆条形码多样性的小鼠模型
细胞谱系历史及其分子状态编码组织发育和稳态的基本原理。当前的谱系录制小鼠模型的条形码多样性有限，单细胞谱系覆盖范围较差，从而排除了它们在由数百万个细胞组成的组织中的使用。在这里，我们开发了Darlin，这是一种改进的CAS9条形码小鼠系，它利用末端脱氧核苷酸转移酶（TDT）来增强30个CRISPR目标位点的插入事件，稳定地整合到3个不同的基因组基因座中。darlin是可诱导的，估计有〜10 18个层次条形码，并可以检测约60％的剖面单细胞中可用的条形码。使用Darlin，我们检查了发育中的造血干细胞（HSC）中的命运启动，并揭示了HSC迁移的独特特征。此外，我们为单个细胞中的共同介绍了一种方法来共同介绍DNA甲基化，染色质可及性，基因表达和谱系信息。darlin将在各种组织和生理环境中对谱系关系及其分子特征进行广泛的高分辨率研究。
在小儿软组织肉瘤中复杂阐明原始细胞：从概念到现实生活，通过表观遗传和转录重编程
摘要：软组织肉瘤（STS）包括一大批间充质恶性肿瘤，具有异质性细胞形态，增殖指数，遗传病变以及更重要的是临床特征。对这种广泛的多样性进行全面阐明仍然是改善其治疗管理和细胞 - 原始肿瘤的身份的核心问题，这些肿瘤是这种谜团的一部分。细胞重编程允许表型或身份之间成熟细胞的过渡，并代表肿瘤异质性的一个关键驱动力。在这里，我们讨论了驱动基因在STS中介导的细胞重编程如何深刻地重塑转化的细胞的分子和形态特征，并导致对其原始细胞的错误解释。本评论质疑必须将遗传改变的表观遗传环境视为STS肿瘤启动和进展的关键决定因素。重试癌症引发细胞及其克隆进化，尤其是通过表观遗传学方法，似乎是了解这些肿瘤起源并改善其临床管理的关键杠杆。
SMARCB1驱动的EGFR-GLI1表观遗传学改变在肺癌进展和治疗中被MEOX2和GLI-1
肺癌仍然是全球癌症相关死亡率的主要原因，诸如SMARCB1，MEOX2和GLI-1之类的基因在其恶性肿瘤中起着显着作用。尽管已知参与，但这些基因对肺癌进展的特定分子贡献，尤其是它们对EGFR和GLI-1的表观遗传修饰对Oncogenes序列的影响，以及它们对基于EGFR-TKI的疗法的反应，尚未得到充分探索。我们的研究揭示了MEOX2和GLI-1是GLI-1和EGFR遗传模式的关键分子调节剂，进而在转录和表观遗传上影响肺癌中的EGFR基因表达。此外，发现MEOX2显着促进体内肺肿瘤进展并降低EGFR-TKI疗法的有效性。相反，检测到MSWI/SNF衍生的亚基SMARCB1通过在GLI-1和EGFR遗传序列中诱导表观遗传修饰，从而抑制肿瘤生长并增强体内研究中的肿瘤治疗反应。此外，我们的结果表明，BRD9可能有助于激活肺癌Oncogenes GLI-1和EGFR。这样的发现表明，Smarcb1和Meox2可以作为人类肺癌疗法中重要的预后生物标志物和靶基因，为在肺部恶性疾病领域开发更有效和选择性治疗策略提供了新的机会。
RPE-1 的完整人类二倍体参考基因组从多组学数据中识别出阶段性的表观遗传景观
对最近的人类基因组组装的比较分析突出了显著的序列差异，这种差异在着丝粒等多态性位点内达到顶峰。这引发了一个问题，即依赖人类参考基因组来准确分析来自实验细胞系的测序数据是否合适。在这里，我们提出了一种称为“同基因组参考”的新方法，该方法利用匹配的参考基因组进行多组学分析。我们为人类视网膜上皮细胞 (RPE-1) 生成了一个新的二倍体基因组组装，RPE-1 是一种广泛使用的非癌症实验室细胞系，具有稳定的二倍体核型，呈现出完全跨越着丝粒的分阶段单倍型和染色体水平支架。利用该组装体，我们表征了 RPE- 1 独有的单倍型解析基因组变异，包括一个稳定的标记染色体 X，其中 73.18 Mb 的 10 号染色体片段重复易位至该细胞系特有的微缺失端粒 t(X q ;10 q )。比较分析揭示了着丝粒区域内的序列多态性，包括所有染色体单倍型之间的意外遗传和表观遗传多样性。使用我们的组装体作为参考，我们重新分析了我们自己的和公开的 RPE-1 中生成的测序、甲基化和表观遗传数据，这些数据之前已使用非匹配和非二倍体参考基因组进行分析。我们的结果表明，同基因组参考可改善比对，将映射质量提高高达 85%，同时将错配减少一半，从而导致与着丝粒相关的峰调用发生显著变化。我们的工作代表了一个概念验证，展示了匹配的参考基因组在多组学分析中的应用，并在规模上为全面组装实验相关细胞系以广泛应用同基因组参考基因组奠定了基础。关键词：人类参考；二倍体基因组；从头组装；基因组参考；着丝粒组装；实验室细胞系；多组学分析；表观遗传学；人类多态性；实验细胞系；同基因组参考。
表观遗传学和寿命延长：表观遗传修饰在衰老和通过生活方式干预的逆转生物年龄
表观遗传学通过调节基因表达而不改变DNA序列在衰老和寿命中起着至关重要的作用。最近的研究表明，表观遗传修饰，例如DNA甲基化，组蛋白修饰和非编码RNA相互作用，会导致衰老过程，并且可能受到外部因素的影响。生活方式干预措施，包括饮食，体育锻炼，压力管理和睡眠优化，已通过调节表观遗传标记来逆转生物年龄的结果。本文探讨了表观遗传老化的机制，环境和生活方式因素的影响以及利用表观遗传可塑性的策略来实现健康和寿命。了解这些机制为开发有针对性的干预措施促进健康衰老并延长寿命铺平了道路。
基于 dCas9 的模块化组合表观基因组编辑招募平台
摘要 基于 CRISPR-dCas9 的靶向表观基因组编辑工具可实现对各种基因组修饰的精确操作和功能研究。然而，这些工具通常表现出相当大的上下文依赖性，靶基因和细胞类型之间的功效差异很大，这可能是由于染色质修饰的潜在差异造成的。虽然同时招募多个不同的“效应子”染色质调节剂可以提高功效，但这些系统通常无法控制哪些效应子结合及其空间组织。为了克服这个问题，我们创建了一个新的模块化组合表观基因组编辑平台，称为 SSSavi。该系统充当与 dCas9 融合的可互换和可重新配置的对接平台，可同时招募多达四种不同的效应子，从而可以精确控制和重新配置效应子组成及其结合的空间顺序。我们展示了 SSSavi 系统的活性和特异性，并将其与现有的多效应子靶向系统进行比较，以确定其功效。此外，通过改变效应子募集的空间顺序，在多个靶基因和细胞系中，我们证明了效应子募集顺序对于有效转录调控的重要性。总之，该系统提供了探索效应子共同募集到特定位点的能力，从而可能增强对之前对靶向表观基因组编辑有抵抗力的染色质环境的操纵。
将表观遗传药物与实体瘤的其他疗法相结合 - 过去的课程和未来的诺言
在过去的十年中，尤其是由于精确医学和免疫疗法方法的发展以及可用的治疗选择和策略的持续改进，已经取得了显着的进步。然而，癌症抵抗治疗的持续能力仍然是限制所有抗癌疗法的有效性的主要挑战。表观遗传失调在固体和血液学恶性肿瘤中的肿瘤发育，进展和获得治疗性抗性中具有重要作用1。迄今为止，“ epi-prugs”的功效 - 靶向参与基因组功能表观遗传调节的酶的药物（图1） - 主要局限于血液学癌2，也许部分是因为实体瘤往往是由较为分化的或终止分化的细胞引起的，并且能力降低了表观遗传重编程的能力。此外，在Epi-drugs的早期试验中缺乏用于患者选择的生物标志物，这在很大程度上是根据历史的“一种规模适合所有”方法进行的。这种策略可能阻碍了第一代和第二代的发展
2025; 15（8）：3345-3367。 doi：10.7150/thno.107908通过转录和表观遗传装甲
1。癌症中心，临床试验中心，西川大学，中国四川，四川，中国。2。分子与细胞生物学研究所（IMCB），科学，技术与研究机构（A ∗ Star），新加坡138673，新加坡。3。中国四川大学西川大学癌症中心癌症中心癌性多模式治疗部。 4。 中国四川大学四川大学癌症中心癌症中心腹部肿瘤多模式治疗师。 5。 癌症中心，国家医疗产品管理局临床研究和评估的关键实验室，中国四川大学，西丘德大学，中国四川，中国，中国。 6。 新加坡免疫学网络（标志），科学，技术与研究机构（A*Star），新加坡138648，新加坡。 7。 新加坡国立大学新加坡国立大学Yong Loo Lin医学院微生物与免疫学系117545，新加坡。中国四川大学西川大学癌症中心癌症中心癌性多模式治疗部。4。中国四川大学四川大学癌症中心癌症中心腹部肿瘤多模式治疗师。5。癌症中心，国家医疗产品管理局临床研究和评估的关键实验室，中国四川大学，西丘德大学，中国四川，中国，中国。6。新加坡免疫学网络（标志），科学，技术与研究机构（A*Star），新加坡138648，新加坡。7。新加坡国立大学新加坡国立大学Yong Loo Lin医学院微生物与免疫学系117545，新加坡。
表观遗传工具可预测男性激素暴露的持续时间
本研究的结果表明，激活雄激素时钟需要细胞中有足够的雄激素以及雄激素受体的表达。该工具具有临床和非临床应用潜力，从疾病筛查和监测到检测运动员滥用合成代谢雄激素类固醇的证据。来源：美国国家科学院院刊 (2025)。DOI：10.1073/pnas.2420087121