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基于基因表达的表型预测深神经网络的生物学解释
摘要背景：使用预测基因标志来协助临床决策变得越来越重要。深度学习在基因表达谱的表型预测中具有巨大的潜力。但是，神经网络被视为黑匣子，在没有任何解释的情况下，提供了准确的预测。这些模型变得可解释的要求正在增加，尤其是在医学领域。结果：我们专注于解释由基因表达数据构建的深神经网络模型的预测。影响预测的最重要的神经元和基因被鉴定出来并与生物学知识有关。我们对CAN-CER预测的实验表明：（1）深度学习方法优于大型训练集的经典机器学习方法； （2）我们的方法产生的解释与生物学比最先进的方法更连贯； （3）我们可以对生物学家和医生的预测提供全面的解释。结论：我们提出了一种原始方法，用于从基因表达数据中对表型预测深度学习模型的生物学解释。由于模型可以找到表型和基因表达之间的关系，因此我们可以假设已鉴定的基因与表型之间存在联系。因此，解释可以导致生物学家研究新的生物学假设。
PROX1抑制PDGF-B表达以防止心脏瓣膜的粘液性变性
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。该版本的版权持有人本版本发布于2023年5月15日。 https://doi.org/10.1101/2023.05.10.540284 doi：Biorxiv Preprint
rect重组酶表达可以在肠球菌中有效基因编辑
摘要：欧洲人群中黑死亡大流行的毁灭性程度（1346-53）是从文献来源及其细菌来源从古代病原体DNA的研究中阐明的。在中世纪社区的社会分层的背景下，大流行对当地规模的人类流动性和遗传多样性的影响。在这里，我们研究了275个新报道的中世纪和中世纪后剑桥郡的古代基因组，这些基因组来自黑人死亡之前，期间和之后被埋葬的人。大多数被检查的人都有局部遗传祖先。与机构的功能一致，我们发现，与他们在城市和农村教区社区中的丰富相反，医院和医院的囚犯之间缺乏近亲。考虑到高度的遗传成分，可以突出根据长骨头估计的地位的社会群体之间的差异，作为健康和生活质量的代表。我们检测到剑桥郡的局部遗传血统的长期转变，无论是在黑死病前还是在黑死亡之前，我们都没有发现遗传血统发生了重大变化的证据，也没有与最近的主张相比，在黑死亡之前和之后生活的同胞之间的免疫基因群的更高分化。
果蝇中的定量，全基因组分析揭示了转座元件对基因表达的影响是物种特异性
寡糖是具有广泛应用的重要类别。生物学，寡糖是活细胞上的识别或鉴定位点，被认为具有生物学活性和潜在的治疗作用（Muanprasat和Chatsudthipong 2017）。，此外，寡糖已被用作多糖的模型化合物：大提琴或奇托 - 寡聚物的单晶提供了纤维素和几丁质晶体结构的必要信息（Buleon和Chanzy 1978； Cartier等1978； Cartier等。1990; Persson等。 1992; Helbert and Sugiyama 1998）。 尤其是，Chanzy及其同事清楚地表明了基于电子显微照片和电子衍射图在由纤维素，几丁质和奇托斯氏菌低聚物制成的单晶上的链条取向（Buleon和Chanzy 1978; Cartier Cartier1990; Persson等。1992; Helbert and Sugiyama 1998）。尤其是，Chanzy及其同事清楚地表明了基于电子显微照片和电子衍射图在由纤维素，几丁质和奇托斯氏菌低聚物制成的单晶上的链条取向（Buleon和Chanzy 1978; Cartier
CRISPR-CAS9编辑和转录组的联合单细胞分析揭示了广泛的脱靶事件及其对基因表达的影响
具有CRISPR-CAS9的基因组工程中的长期障碍一直无法衡量Cas9编辑结果及其在单细胞分辨率下的功能效应。在这里，我们提出了Superb-Seq，这是一种利用T7原位转录和单细胞RNA测序的新技术，以共同测量靶向靶标Cas9编辑及其对基因表达的影响。我们在10,000 k562细胞上进行了高级seq，靶向了四个用七个引导RNA的染色质重塑基因。Superb-Seq在所有七个目标站点和其他36个非目标位点上确定了11,891个编辑事件。尽管选择了七个指南的高特异性，但其中有六个导致靶向脱靶编辑，频率从0.03％到18.6％的细胞范围不等。在USP9X的第一个内含子中，明显的脱靶编辑破坏了该基因的表达和超过150个下游基因。总而言之，由于罕见和常见的编辑事件的结合，CAS9非目标是普遍存在的，主要发生在靶向基因的内含子内，并且可以对基因表达产生广泛的影响。Superb-Seq使用现成的套件，标准设备，并且不需要病毒，这将使全基因组CRISPR屏幕能够在不同的细胞类型中以及与临床相关的指南的功能表征。
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The Ministry of Disabled People – Whaikaha (the Ministry) is updating the current New Zealand Disability Strategy (2016-2026) – which you can find here: https://www.whaikaha.govt.nz/about-us/programmes-strategies-and- studies/programmes-and-strategies/new-zealand-disability-strategy or here https://tinyurl.com/4rwbv4f8。随着当前的残疾策略将近10年的历史，是时候进行刷新了。我们正在寻求残疾人，聋人，塔尼卡哈毛利人，whanauhauā，turi毛利人，太平洋人和家庭的声音和经历，以成为影响新西兰残疾策略的工作组的一部分。我们是一个多元化的国家，您的经历，需要您的声音。在2025年期间，政府将以多种方式与残疾人社区（残疾人和家人，tāngatawhaikaha毛利人及其Whānau）进行互动，以更新NZ残疾策略的多种方式。
TET调节的表达和光学清除，用于遗传编码的嵌合DCAS9/荧光蛋白探针的体内可视化
摘要：Cas9（DCAS9）核酸内切酶的催化无效突变体具有多种生物医学应用，最有用的是转录的激活/抑制。dcas9家族成员也正在成为潜在的实验工具，用于在独立活细胞和完整组织的水平上进行基因映射。我们对CAS9介导的核室可视化的一组工具进行了初步测试。我们研究了doxycycline（DOX） - 可诱导（TET-ON）的细胞内分布，这些构建体的构造中编码DCAS9直系同源物（ST）（ST）和脑膜炎N.脑膜炎（NM）与EGFP和MCHERRY FOLORESCENT蛋白（FP）融合的人类A549细胞。我们还研究了这些嵌合荧光构建体的时间依赖性表达（DCAS9-FP）在活细胞中诱导中的诱导中，并将其与实验性DCAS9-FP表达的时间过程进行了比较灌注。在诱导后24小时内，肿瘤异种移植物发生了麦克利 - 奇氏菌表达的体内诱导，并通过使用皮肤的光学清除（OC）来可视化。OC通过局部应用Gadobutrol启用了肿瘤异种移植物中FP表达的高对比度成像，因为红色和绿色通道的FI增加了1.1-1.2倍。
使用优化的yarrowia脂溶液表达系统
yarrowia lipolytica是异源蛋白质产生的替代酵母。Based on auto-cloning vectors, a set of 18 chromogenic cloning v ectors w as dev eloped, each containing one of the excisa b le auxotr ophic selecti v e markers URA3 e x, LYS5 e x, and LEU2 e x, and one of six different promoters: the constitutive pTEF, the phase dependent hybrid pHp4d, and the来自PEYK1和PEYL1 deri v ati v es的红氨酸诱导启动子。这些V eTor允许提高感兴趣基因的克隆速度。同时，通过废除细丝并引入了赖氨酸（LYS-）的合理性，开发了一种新的RPROT受体菌株JMY8647，这是基因工程的附加标记。使用此克隆str at gy，这是根茎的最佳靶向序列，如确定。与用野生型ROL信号序列相比，在八个靶向序列中，SP6信号序列在脂肪酶活性中提高了23％。使用杂种Ythritol-inducib le pr opters phu8eyk和peyl1-5ab（1.9和2.2次）与constituti v e ptef pr emoter进行比较时，使用YTHRITOL-Inducib le premoters phu8eyk和Peyl1-5ab（Peyl1-5ab）进行。 两次拷贝str ains在PTEF单子镜菌株上产生3.3倍的脂肪酶活性（266.7对79.7 mu/mg）。。两次拷贝str ains在PTEF单子镜菌株上产生3.3倍的脂肪酶活性（266.7对79.7 mu/mg）。
偏斜的X染色体失活驱动DNAAF6缺陷气道纤毛的比例和原发性纤毛运动障碍的可变表达性
1 Childhood Genetic Diseases, Sorbonne University, Inserm, Armand-Trousseau Hospital, Paris, F-75012, France 2 Genomic Medicine Service, Public Assistance Hospitals de Paris (AP-HP), University of Paris, Cochin Hospital, Paris, F-75014, France 3 Service of Oto-Rhin-Laryngology and Cervico-Facial Surgery, AP-HP, Bicêtre Le Kremlin-Bicêtre医院，F-94270，法国4 Institut Mondor de Recherche Biomedique，Paris-Paris-Es-Créteil大学，INSERM U955，CNRS ERL7240，Hénri-Mondor Hospital，Créteil，France france france for Persir forsir forsir forsir forsity persisy for Persir persiration persir persirice crame，crénri-bord Hospital，france for persir cumpiritiation pessir， AP-HP，Sorbonne University，Armand-Trousseau医院，巴黎，F-75012，法国6儿科，Chu Grenoble Alpes，Grenoble，Grenoble，F-38500，F-38500，F-38500，7肺气学和儿科过敏症服务法国克雷特尔市CréteilIntermunal医院中心，法国94000，9分子遗传学，AP-HP，AP-HP，Armand-Trousseau医院，巴黎，F-75012，巴黎10号，巴黎10染色体遗传学，AP-HP，AP-HP，Trousseau，Trousseau医院，巴黎，HONT HOSTER CERMENT，FRASE HOSTER SURM SUUN SUUN Surry Surry intercortial Surrim intercorter Intercorment Intercorment Interri criri-cerrim criri surry-criri-criri-criri-criri incer intercrien incrigh克雷特尔（Créteil），克雷特尔（Créteil），F-94000，法国
1个标题LRP2在黑色素瘤中的表达与...
Anders Etzerodt 1，Jakob S. Pedersen 3,4,6，Russell W. Jenkins 7.8.9，SørenE. Degn 1，SørenK. Moestrup 1，Anders Etzerodt 1，Jakob S. Pedersen 3,4,6，Russell W. Jenkins 7.8.9，SørenE. Degn 1，SørenK. Moestrup 1，