靶向核酸酶聚集、规律间隔的短回文重复序列/CRISPR 相关蛋白 (CRISPR/Cas) 系统最近已成为一种重要的基因操作方法。由于它易于在各种生物体中通过 RNA 编程靶向 DNA/蛋白质结合,因此这种原核生物防御系统是一种多功能工具,在研究领域具有许多应用,并且在农业和临床改进方面具有很高的潜力。本综述将简要介绍导致其发现和适应的历史。我们还介绍了它的一些限制,以及为克服这些限制而进行的修改,特别关注最常见的 CRISPR/Cas9 介导的非同源末端连接修复。[BMB 报告 2020;53(7):341-348]
CRISPR(成簇的规律间隔的短回文重复序列)为基因编辑提供了一种精确而强大的工具,彻底改变了基因工程。切割和修改特定 DNA 区域的能力在医学、农业和生物技术等领域具有巨大的潜力。然而,与任何技术一样,CRISPR 也存在挑战——尤其是在脱靶效应方面,即基因组的非预期部分被改变。为了应对这些挑战,人工智能 (AI) 发挥着越来越重要的作用,提高了基于 CRISPR 的基因编辑的准确性、效率和可预测性。本文探讨了 AI 和 CRISPR 如何协同工作以改善基因编辑结果,并讨论了这种动态组合的未来潜力 [1]。
睡眠不是可有可无的!人类已经进化到在 24 小时内睡眠 7 到 9 小时时,身体机能最佳。但是,您一生中所需的睡眠量会发生变化。例如,婴儿和青少年通常需要最多的睡眠,年龄越大,所需的睡眠越少。睡眠的目的对人类健康极为重要。睡眠不仅有助于记忆储存,还能让您的身心重新充电,让您醒来时精神焕发、警觉。健康的睡眠有助于身体保持健康并预防疾病。睡眠不足,大脑就无法正常运作。研究表明,尝试解决睡眠问题的第一步应该是遵循行为矫正和睡眠卫生指南。 保持规律的睡眠时间——每天在同一时间睡觉和起床(+/- 20 分钟)
摘要:成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR) 相关内切酶 9 (CRISPR/Cas9) 基因编辑系统在许多细菌和古菌中发挥免疫抑制作用,具有高效、多样性和模块化等多种优势。它现在被广泛用于提高作物的质量和数量以满足全球粮食需求。尽管这些前景很诱人,但仍需要更深入的了解来提高其效率和安全性。因此,对这一特殊系统的概述非常重要。在这篇综述中,简要介绍了目前对不同类型的 CRISPR/Cas 系统的了解以及它们的机制、在作物育种中的应用和局限性,为未来的利用提供基本理解和指导。
支原体是一种成功的致病菌,可导致人类和各种动物宿主的衰弱性疾病。尽管支原体基因组极其精简,但它们已经进化出特殊的机制来从宿主细胞中获取必需的营养物质。用于操纵支原体基因组的遗传工具的匮乏阻碍了对致病菌种的毒力因子和营养物质获取机制的研究。本文总结了几种编辑支原体基因组的策略,包括同源重组、转座子、成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR)/Cas 系统和合成生物学。此外,本文还讨论了不同工具的机制和特点,以期为高效操纵支原体基因组提供参考和未来方向。
摘要:基于成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR) 的基因组编辑技术彻底改变了生物学、生物技术和医学,并促进了新治疗方式的发展。然而,CRISPR 技术的安全使用仍然存在一些障碍,例如意外的脱靶 DNA 切割。小分子是解决这些问题的重要资源,因为它们具有简便的递送和快速的作用,可以实现对 CRISPR 系统的时间控制。在这里,我们全面概述了可以精确调节 CRISPR 相关 (Cas) 核酸酶和引导 RNA (gRNA) 的小分子。我们还讨论了新兴基因组编辑器(例如碱基编辑器)和抗 CRISPR 蛋白的小分子控制。这些分子可用于精确研究生物系统和开发更安全的治疗方式。
我们建议在生成器模型的潜在空间中学习基于能量的模型 (EBM),以便 EBM 充当基于生成器模型自上而下网络的先验模型。潜在空间 EBM 和自上而下网络都可以通过最大似然法联合学习,这涉及从潜在向量的先验和后验分布中进行短期 MCMC 采样。由于潜在空间的低维数和自上而下网络的表现力,潜在空间中的简单 EBM 可以有效地捕获数据中的规律,而潜在空间中的 MCMC 采样效率高且混合良好。我们表明,学习到的模型在图像和文本生成以及异常检测方面表现出色。一页代码可以在补充材料中找到。
描述 设计用于 CRISPR/Cas9 基因组编辑的指导序列,并提供与指导效率相关的序列特征信息。序列特征包括用户选择的基因组中注释的脱靶预测和基于 Doench 等人 (2016) < doi:10.1038/nbt.3437 > 中描述的模型的预测效率分数。用户可以导入其他基因组和基因组注释文件,以便在搜索和注释脱靶命中时使用。所有指导序列和脱靶数据都可以通过带有 sgRNA_Design() 的“R”控制台或带有 crispRdesignRUI() 的“crispRdesignR”用户界面生成。CRISPR(成簇的规律间隔的短回文重复序列)和相关蛋白质 Cas9 是指用于基因组编辑的技术。
bp:碱基对 CRISPR:成簇的规律间隔的短回文重复序列 Cas:CRISPR 相关系统 DNA:脱氧核糖核酸 DSB:双链断裂 GE:基因工程 GEd:基因编辑 EPA:环境保护法 HDR:同源定向修复 HR:同源重组 Indel:插入/删除 kbp:千碱基对 MN:巨核酸酶 NHEJ:非同源末端连接 nt:核苷酸 ODM:寡核苷酸定向诱变 PN:可编程核酸酶 rDNA:重组 DNA RGENs:RNA 引导的工程核酸酶 SSB:单链断裂 SDN:定点核酸酶 TALEN:转录激活因子样效应核酸酶 ZFN:锌指核酸酶 ZFP :锌指蛋白
人类语言最引人注目的特征之一是它们的极端变化。更加惊人的是,在统治其形式和功能的强烈代表性和认知规律的明显变化背后的存在:语言普遍性。我们在这里讨论我们小组的一些最新工作,其中大规模,数据密集型计算建模技术用于解决有关语言规律性的基本语言问题。在单词顺序区域中,我们在此处报告工作,这些工作利用大量单语和平行语料库数据来开发名词短语(通用20)和一般结构最小化原则的内部结构的计算模型。在事件持续时间的领域,我们报告的工作利用了深厚的相似性和表面差异来开发真正的跨语言自然语言处理工具。