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World File Search System计算方法
分子生物学药物发现计算方法的新兴趋势
高通量筛选 (HTS) 是一种广泛使用的传统药物发现方法，该方法涉及针对特定生物靶标或检测方法测试大量化合物库 [4]。HTS 可以快速筛选数千至数百万种化合物以确定潜在的药物线索。它涉及几个关键步骤，包括化合物库制备和检测方法开发。HTS 需要多样化且具有代表性的化合物集合，即化合物库 [5]。这些库可以包含数千到数百万个小分子或天然产物提取物。库中的化合物通常是根据其结构多样性、药物相似性和商业可用性来选择的。化合物库可以从不同的供应商处采购，也可以在内部合成，也可以从天然产物提取物中衍生 [5]。相比之下，检测方法开发涉及设计和优化强大的生物或生化检测方法，以测量与目标疾病或病症相关的特定靶标或活性 [4, 5]。检测方法的选择取决于靶标和药物的预期作用方式。检测范围包括基于酶的检测、基于受体结合的检测、基于细胞的检测以及表型检测。
使用计算方法进行个人在线剂量测定
被动全身；四肢和眼晶状体剂量计 主动剂量计 .... 仍未覆盖身体所有部位（未来可能需要大脑、心脏） 剂量计的使用并非总是恰当：定位错误、未佩戴 收到结果的时间 剂量计丢失 个人剂量计的技术限制。 放射量和要求的变化……
经济学社会研究中的定量和计算方法
首先，近几十年来出现的一组定量和计算方法既大又多样。本集不仅包括经典统计的方法，还包括网络分析，自然语言处理以及与当代数据科学相关的其他计算方法。这些方法今天很容易访问，并且已经在社会科学和人文科学中广泛使用（Weingart，2015； Nelson，2020； Do等，2022； Grimmer等，2022）。它们已用于研究有关经济学的各种问题。这种方法的一个例子是锻炼，它允许对特定的研究领域，期刊，机构和时期进行统计分析（请参阅美国经济协会的Hoover andSvorenčík，2023年； Rossier和Benz，2021年，Swiss经济学家；勒巴伦和Dogan，2020年，在中央银行家）。另一个例子是越来越多地用于映射学科发展和学术领域的相互关系（Claveau and Gingras，2016; Truc，2022）或研究特定经济问题（例如通货膨胀（GoutsMedt，2021）和个人科学贡献（Andrada，2017年））的文献计量方法。网络分析已被证明是研究思想循环（Herfeld and Doehne，2019年），专业关系（Goutsmedt等，2021）以及经济学家与政策机构之间的联系（Helgadóttir，2016; Flickenschild and Afonso，2019年）。最后，诸如文本挖掘之类的工具还为解决经济学社会研究中的研究问题（例如特定概念的发展（Cherrier andSaïdi，2018），《经济学的分散》（Ambrosino等，
利用靶向RNA的药物发现的计算方法
RNA分子由于细胞在细胞中的功能和调节作用而导致了有希望的治疗靶标。靶向RNA的药物发现中的计算建模为加快新型小分子化合物的发现提供了重要的机会。然而，与蛋白质靶向药物设计相比，该领域遇到了独特的挑战，这主要是由于实验数据的有限和当前模型无法充分解决RNA在配体识别过程中的构象灵活性。尽管存在这些挑战，但使用基于结构的方法或定量结构 - 活性关系（QSAR）模型成功地鉴定了涉及RNA的活跃化合物。本综述概述了建模RNA-MALL分子相互作用的最新进步，强调了计算方法在RNA靶向药物发现中的实际应用。此外，我们调查了现有的数据库，以分类核酸 - 小分子相互作用。随着对RNA-MALL分子相互作用的兴趣会增长并策划数据库扩大，该领域预计快速发展。新颖的计算模型有助于增强有效和选择性的小分子调节剂的识别，以满足治疗需求。
核小体的 DNA 损伤与修复：来自计算方法的见解
细胞 DNA 不断暴露于可诱发损伤的内源性或外源性因素。已描述了几种类型的损伤，它们可能是由紫外线/电离辐射、氧化应激或自由基等引起的。为了克服此类损伤的有害影响，即致突变性或细胞毒性，细胞拥有高度复杂的 DNA 修复机制，包括通过专用细胞通路针对特定类型损伤的修复酶。此外，DNA 在细胞核中高度压缩，第一级压缩由约 147 个 DNA 碱基对组成，这些碱基对缠绕在组蛋白核心周围，即所谓的核小体核心颗粒。在这种复杂的环境中，DNA 结构受到高度限制，需要涉及重塑过程的微调机制来将 DNA 暴露给修复酶并促进损伤去除。然而，这些核小体特异性机制仍然不太为人所知，计算方法最近才成为研究核小体等复杂系统中 DNA 损伤的有力工具。在这篇小型评论中，我们总结了该领域计算方法带来的最新进展，为核小体背景下的 DNA 损伤和修复研究开辟了新的令人兴奋的视角。
人类病毒基因组重建计算方法的比较评估
病毒序列的日益普及导致了许多优化的病毒基因组重建工具的出现。鉴于新工具的数量在稳步增加，识别能够在准确性和计算资源之间取得平衡的功能性和优化工具以及每种工具提供的功能变得非常复杂。在本文中，我们调查了用于人类病毒基因组重建的开源计算工具（包括流程），确定了这些工具之间的具体特性、特点、相似之处和不同之处。为了进行定量比较，我们基于病毒数据创建了一个开源重建基准。该基准测试是使用合成数据集和真实数据集执行的。对于前者，我们评估了使用具有模拟突变率、污染和线粒体 DNA 包含以及不同覆盖深度的不同人类病毒对重建过程的影响。我们还使用真实数据集评估了每个重建程序，以展示它们在现实场景中的表现。评估指标包括重建前后基因组之间的同一性、归一化压缩半距离和归一化相对压缩，以及重建基因组的长度、每个工具所花费的计算时间和资源的指标。该基准完全可重现，可在 https://github.com/viromelab/HVRS 免费获取。
一种用于检测倍数和有问题特征的计算方法
摘要补体系统通过诱导强大的消除反应来快速和广泛地对微生物入侵者，凋亡细胞和其他威胁的能力，对于它作为宿主防御和监视系统的作用是必不可少的。然而，补体的危险感知能力可能会以各种免疫，炎症，与年龄相关或生物材料诱导的疾病的患者的价格高昂。误导了对细胞碎屑或移植物的识别，微生物或受损的宿主细胞过度激活，自身免疫事件以及补体反应失调可能会引起效应的功能，而不是保护宿主组织。尽管补体长期以来一直与疾病有关，但补体参与病理过程的普遍性，影响和复杂性才被完全认识到病理过程。虽然补体很少构成疾病的唯一驱动力，但它是许多疾病中的发起者，贡献者和/或加剧者。确定在疾病中，尖锐的平衡从保护性到破坏性影响的因素继续证明具有挑战性。幸运的是，分子对补体功能，改善疾病模型以及日益增长的临床经验的洞察力大大提高了人们对补体病理方面的理解。鉴定了新型补体介导的指示以及第一种治疗性抑制剂的临床可用性也引发了人们对开发针对补体的药物的重新兴趣，同时导致了新的批准和有希望的候选人在晚期评估中。描述了一个多世纪后，补充现已真正到达了诊所，最近的发展对诊断和治疗都充满希望。
一种用于检测倍数和有问题特征的计算方法
摘要在金属添加剂制造中，具有高纵横比（AR）特征的几何形状通常与由热应力和其他相关构建故障引起的缺陷有关。理想情况下，将在设计阶段检测和删除过高的AR功能，以避免制造过程中不必要的故障。但是，AR是规模和方向独立的，并且在所有尺度和方向上识别特征非常具有挑战性。此外，并非所有高AR特征都像薄壁和细小的针头一样容易识别。因此，在添加剂制造过程的有问题特征检测领域的进一步发展需要进一步发展。在这项工作中，提出了基于从三角形的网格几何形状提取的两个距离指标的无量纲比率（d 1/ d 2）。基于此方法，具有不同特征的几何形状（例如薄壁，螺旋和多面体），以产生与AR相似的指标。将预测结果与典型几何的已知理论AR值进行了比较。通过将此度量与网格分割结合在一起，进一步扩展了该方法以分析具有复杂特征的几何形状。所提出的方法提供了一种强大，一般且有前途的方法，可以自动检测高AR功能并在制造前解决相关的缺陷问题。
草地固碳增汇技术评价规范
1) 计算权重在软件中可选择熵值法、层次分析法等计算方法； 2) 也可对定性指标进行权重计算。 d) 综合评价 — TOPSIS 分析。 根据软件运行结果，选择评价对象与最优方案接近程度最大的值，该值越大说明越接近最优方案 （系统会根据值的大小自动排序）。
用于发现新型天然抗癌化合物的先进计算方法
天然化合物因其程序性坏死特性而受到广泛研究。筛选此类化合物的传统方法之一是使用浓缩植物提取物而不分离活性部分来了解药理活性。在过去的二十年里，现代医学主要依赖于一两种复杂的活性和异构体化合物的分离和纯化。多靶点药物的概念从 2000 年代初首次提出的创新模式迅速而令人印象深刻地发展成为 2021 年药物开发的流行趋势之一。或者，基于片段的药物发现也被用于确定有效的天然抗癌剂的靶点药物发现，它基于明确的片段，而不是使用天然混合物。本综述总结了天然抗癌化合物的当前关键进展；计算机辅助/基于片段的结构解析和用于探索天然化合物的多靶点方法。