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高型物质的读取级甲基化模式提取...
DNA甲基化的异常变化与癌变的早期阶段有关。确定循环肿瘤DNA（CTDNA）中这些表观遗传变化可以揭示潜在的生物标志物来早期诊断各种癌症。然而，分析此类数据会带来生物信息学挑战，因为在检测活检样本中低丰度的CTDNA信号方面缺乏灵敏度，这些ctDNA信号通常被包含数百个目标区域的库的复杂性所淹没。读取水平的甲基化分析有望由于稀有信号的广泛覆盖范围和高灵敏度，因此有望进行更深入的DNA甲基化检测。但是，由于缺乏能够生成适合基准科学家和专业生物信息学家的可解释报告的标准化工作流的缺乏，这种方法受到了阻碍。在这里，我们提出了一个生物信息学工作流，该工作流程检查下一代测序（NGS）数据并表征扩增子的读取级甲基化模式。与当前可用的其他工具相比，我们的方法旨在与高型，大规模的目标测定法一起使用。它有效地消除了从测序副产品（例如False CpG调用，二聚体和脱靶比对）得出的不希望的噪声。此外，为了容纳最新的NGS平台生成的大量数据，该工作流程可以并行处理与基于云的基于云和本地计算资源兼容的样品。此工作流程提供了DNA甲基化模式的全面可视化，并报告了读取水平的甲基化在“模式为a-a-a-a-feature”表中。在此表中，每个样品的扩增子层型单倍型（图案）的出现表示为“特征列”，并与实验中发现的所有模式一起汇总。这些读取级别的模式以及其他信息可用于开发机器学习算法，以重复收获真正的预测特征，并在预测癌症诊断时惩罚混淆信号。
MC3330xr UHF RFID读取器
介绍了我们成功的MC3300R综合UHF/Rain RFID读者的下一个演变。MC3330XR包含功能，为库存和资产管理应用程序带来了新的效率和准确性。您获得了相同的重量符合人体工程学设计和出色的RFID阅读性能，现在具有Zebra最新，最强大，最安全的Android体系结构。超功能的处理器，集成的NFC读取器和35％的大容量电池可提高任务速度和易用性。斑马的签名坚固设计可确保最大的正常运行时间。您可以创建使用MC3330XR功能强大的计算平台，大触摸屏和物理键盘的直观的Android应用程序。MC3330XR - 手持式UHF/Rain RFID读取器中的下一个演变。
从全局表示对象跟踪中读取相关功能
来自模板或历史框架的参考特征对于视觉对象跟踪至关重要。先验工作利用固定模板或内存的所有功能进行视觉对象跟踪。然而，由于视频的动态性质，在不同时间步骤下，不同搜索区域所需的参考历史信息也不一致。因此，使用模板中的所有功能和内存都会导致冗余并损害跟踪性能。为了减轻此问题，我们提出了一种新颖的跟踪范式，包括相关的注意机制和全球表示记忆，可以自适应地帮助搜索区域从参考特征中选择最相关的历史信息。具体来说，这项工作中提出的相关性注意机制与以前的方法不同，因为它可以通过在全球访问跨框架信息来动态选择和构建当前帧的最佳全局表示内存。此外，它可以灵活地读取构造记忆中的相关历史信息，以减少冗余并抵消有害信息的负面影响。广泛的实验验证了所提出的方法的有效性，并在71 fps的五个挑战数据集上实现了竞争性能。
Gatekeeper-GPU：简短读取映射中快速准确的预订过滤
摘要 - 在简短读取映射的最后一步中，验证了参考基因组上读取的候选位置，以使用序列比对算法从相应的参考段中计算它们的差异。计算两个序列之间的相似性和差异在计算上仍然很昂贵，因为传统上近似的字符串匹配技术继承了具有二次时间和空间复杂性的动态编程算法。我们介绍了Gatekeeper-GPU，这是一种快速准确的预一致过滤器，可有效地减少对昂贵序列比对的需求。Gatekeeper-GPU提供了两个主要贡献：首先，提高了网守的过滤精度（轻巧的预先对准过滤器），其次，利用了由现代GPU的大量GPU螺纹提供的巨大平行性，以快速检查众多序列。通过减少工作，Gatekeeper-GPU提供2.9倍的加速度至序列比对，最高为1。4×加速到全面阅读映射器（MRFAST）的端到端执行时间。Gatekeeper-GPU可从https://github.com/bilkentcompgen/gatekeeper-gpu
如何读取应变数据表
CECT 9999 CECT细菌中的登录数 /细菌 /细菌 /酵母 /丝状真菌型应变，如果应变是命名型型CECT CECT CECT验证的菌株，仅可用于CECT经过验证的菌株。提供了指定应变概况（小型化系统（如API测试和选择性和差异培养媒体上的增长）的概况的报告链接，如果库存出现的库存显示，如果劳力目前缺货（大约1个月），该物种的名称是该物种的科学名称，则应通过作者名称和本性名称的定期来指示。物种虽然该名称未有效出版。在真菌的情况下，由于活真菌培养物不能具有类型标本的形式命名命名状态，因此从类型标本中得出的任何分离物的真实性或产生干燥类型培养物（EX-Type）的真实性如下：T = t = ex type株（通常）； HT = Ex Holotype菌株（如果要明确指示相关样品的整型状态）； nt = ex neotype菌株； lt =外型应变； it = ex iSotype; st = ex syntype; pt = ex Paratype; ptt = pathotype; aut =正宗应变；或=原始应变；参考=参考应变品种，血清型，血清，血清，Biovar同义词的其他名称的其他名称名称是由存款人提供的应变的菌株名称名称，其他集合中的其他集合登录号和/或WDCM参考菌株分类目录访问（原位）采样数据。培养基的组成与培养物中的数量有关。在名古屋方案的背景下，在生态系统和自然栖息地中存在遗传资源的样本，以及在驯养或耕种物种的情况下，在他们开发出独特特性的环境中。包括（如果有），包括来源，位置，人员/机构和访问年份隔离数据数据，涉及与原始样品隔离的隔离。包括（如果有），包括位置，人员/机构和隔离的年度历史历史记录在cect中。从CECT收到压力的年份开始，然后在存款时，在括号中的菌株的科学名称，当时与当前的科学名称生长条件培养培养基和生长条件不同，这确保了应变的良好恢复和生长。还提供了有关该领域的更多详细信息的文档“培养条件”的链接
通过高通量FTIR分析与微孔板读取器
抽象的FTIR光谱识别是当今的金标准分析程序，用于塑料污染材料表征。高通量FTIR技术已经用于小型微型塑料（10-500 µm），但对于大型微塑料（500-5 mm）和大型塑料（> 5 mm）而言，较少的。通常使用ATR分析这些较大的塑料，该塑料是高度手动的，有时会破坏感兴趣的颗粒。此外，由于昂贵的光谱数据收集，由于参考材料和光谱收集模式的种类有限，光谱库通常是不足的。我们使用FTIR微板读取器来测量大型颗粒（> 500 µm），推进了一种新的高通量技术来解决这些问题。我们创建了一个新的参考数据库，其中包括6000多个光谱，用于传输，ATR和反射频谱收集模式，其与塑料污染研究相关的600多个塑料，有机和矿物参考材料。我们还通过创建一个新的粒子支架来使用现成的零件创建用于传输测量的新粒子读取器中的未来分析，并为存储颗粒制造非塑料96孔微孔板。我们确定应将颗粒呈现给读取器，因为较厚的颗粒会导致质量不佳的光谱和鉴定，因此应尽可能薄。我们使用Open Specy验证了新数据库，并证明了光谱库中需要其他传输和反射光谱参考数据。
N6-甲基读丹代氨酸读取器IGF2BP2修饰HMMR ...
睾丸负责精子产生和雄激素合成。睾丸发育和功能的异常导致性发展和男性不育症的疾病。当前，没有用于对睾丸进行建模的体外系统。在这里，我们使用Transwell插入物从新生小鼠初级睾丸细胞中产生睾丸类器官，并表明这些类型器可以生成类似小管的结构和类似于体内睾丸的细胞组织。基因表达分析表明了一种概括体内睾丸中观察到的特征。胚胎睾丸细胞，但没有成年睾丸细胞也能够形成器官。这些类器官可以在培养物中维持8-9周，并显示出进入减数分裂的迹象。我们进一步开发了定义的培养基组成，这些培养基组成促进了未成熟的Sertoli细胞和Leydig细胞状态，从而在体外实现了器官成熟。这些睾丸类器官是一种有前途的模型系统，用于睾丸发育和功能的基础研究，并在阐明和治疗发育性疾病和不育的情况下进行了翻译应用。
评估HIFI长读取测序与整个基因组Bisulfite测序和甲基化史诗般的Beadchip阵列：利用DNA
DNA甲基化是最丰富，最广泛研究的表观遗传修饰之一，在各种生物学过程中起着至关重要的作用，例如发育，癌症，衰老和复杂疾病。在癌症基因组图集（TCGA）等大型队列研究中，Illumina阵列已被广泛用作高通量筛查的经典平台。但是，这种类型的阵列覆盖了人类基因组中的CpG位点的3％。最新一代的DNA测序技术以PACBIO HIFI系统为例，具有产生长序列读数的独特能力，最高为25千碱基。太平洋生物科学（PACBIO）的最新进步致力于提高每碱基准确性和检测DNA修饰的能力。在这项研究中，我们使用DNA甲基化标准评估了PACBIO HIFI测序的性能。由人DNA在CpG部位酶甲基化的DNA标准和未甲基化的人DNA源自HCT116 DKO细胞系。1 ug。样品被测序为约8倍覆盖范围。DNA甲基化数据，并使用PB-CPG-Tools从BAM文件中提取甲基化值。然后，我们比较了从PACBIO HIFI测序获得的结果与由史诗阵列和整个基因组亚硫酸盐测序（WGB）产生的结果。我们发现WGB和PACBIO HIFI天然DNA甲基化调用表现出很高的一致性，表现优于史诗般的阵列，这两种史诗阵列都与甲基化标准和报道的CPG数量一致。使用甲基化的标准样品，HIFI数据报告约有85％的CpG位点的甲基化比大于90％，平均基因组宽93％。同样，WGBS数据显示了约85％的CpG位点的甲基化比大于90％，平均基因组宽95％。相比之下，Epic阵列仅报告40％的CpG位点的甲基化比大于90％，而整个基因组中平均为87％。这些结果表明，HIFI长读取测序可以准确检测到接近100％甲基化的区域的DNA甲基化信号。我们的研究提供了对检测DNA甲基化模式的PACBIO HIFI测序表现的见解及其作为史诗阵列的替代方案的潜力。这项研究的发现说明了如何将DNA甲基化标准用作评估DNA甲基化调用模型的基础真实参考。
NSPGS2/...的I2C数据读取和自定义地址
本应用笔记介绍了NSPGS2/NSPGD1/NSPDSx系列产品的I2C接口，并提供了读取压力、温度数据及通信地址的详细配置方法，方便客户应用。
