概述. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 从 BAM 中提取 UMI. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 8 执行适配器修剪和质量过滤. . . . . . . . . . . . . . 9 从 FASTQ 文件中选择读取的子样本. . . . . . . . . . . 10 将读取映射到参考基因组. . . . . . . . . . . . . . . . . 10 将 UMI 信息添加到 BAM 中的读取. . . . . . . . . . . . . 11 识别和分组来自同一源分子的读取. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 15 将共识读取映射到参考基因组. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 20 注释变体. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 VCF 到表格. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 21 纵向突变分析. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 22 生成背景面板和阻止列表 . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 29 计数光学重复. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ...
b。在待机模式中,输出处于高阻抗状态,而不是OE#输入。自动睡眠模式该设备具有自动睡眠模式,可最大程度地减少功耗。当地址总线的状态保持稳定为T ACC + 30N时,设备将自动进入此模式。DC特征表中的 ICC 4显示了当前规范。 使用标准访问时间,当地址更改时,设备将输出新数据。 读取模式,将设备自动设置为读取设备加电或硬件重置后的数组数据。 检索数据不需要命令。 该设备还可以在完成嵌入式程序或嵌入式擦除算法后读取数组数据。 设备接受扇区擦除悬挂命令后,该设备将进入扇区擦除悬挂模式。 系统可以使用标准读取时间读取数组数据,除了它在擦除悬浮扇区中的地址读取,设备会输出状态数据。 在扇区擦除悬挂模式下完成编程操作后,系统可以再次读取数组数据,并具有相同的例外。 有关更多其他信息,请参见“部门擦除暂停/简历命令”。 系统必须发出重置命令,以重新启用DQ5较高或在自动选择模式时读取数组数据的设备。 有关其他详细信息,请参见“重置命令”。 OE#引脚处于逻辑高级别时输出禁用模式(V B IHICC 4显示了当前规范。使用标准访问时间,当地址更改时,设备将输出新数据。读取模式,将设备自动设置为读取设备加电或硬件重置后的数组数据。检索数据不需要命令。该设备还可以在完成嵌入式程序或嵌入式擦除算法后读取数组数据。设备接受扇区擦除悬挂命令后,该设备将进入扇区擦除悬挂模式。系统可以使用标准读取时间读取数组数据,除了它在擦除悬浮扇区中的地址读取,设备会输出状态数据。在扇区擦除悬挂模式下完成编程操作后,系统可以再次读取数组数据,并具有相同的例外。有关更多其他信息,请参见“部门擦除暂停/简历命令”。系统必须发出重置命令,以重新启用DQ5较高或在自动选择模式时读取数组数据的设备。有关其他详细信息,请参见“重置命令”。OE#引脚处于逻辑高级别时输出禁用模式(V B IH
传感器使用 I 2 C 标准进行数字通信,从地址在图 4 中的术语和订购指南中指定。传感器通电后,图 9 中所示的前两个读取序列中的每一个都将以唯一的 4 字节序列号中的 2 个字节响应。通电后的第一次读取将以序列号的两个最高有效字节响应,而第二次读取将以序列号的两个最低有效字节响应。为了获得可靠的性能,在执行第一次读取之前,请让传感器通电以进行传感器启动,然后在执行第二次读取之前留出 10 毫秒的命令响应时间。
从 TMP108 读取时,写入操作存储在指针寄存器中的最后一个值用于确定读取操作读取哪个寄存器。要更改读取操作的寄存器指针,必须将新值写入指针寄存器。此操作通过发出 R/W 位为低的从属地址字节,然后发出指针寄存器字节来完成。无需其他数据。然后,主机可以生成启动条件并发送 R/W 位为高的从属地址字节以启动读取命令。有关此序列的详细信息,请参见图 3。如果需要从同一寄存器重复读取,则无需连续发送指针寄存器字节,因为 TMP108 会存储指针寄存器值,直到下一次写入操作更改它为止。
从 TMP108 读取时,写入操作存储在指针寄存器中的最后一个值用于确定读取操作读取哪个寄存器。要更改读取操作的寄存器指针,必须将新值写入指针寄存器。此操作通过发出 R/W 位为低的从属地址字节,然后发出指针寄存器字节来完成。无需其他数据。然后,主机可以生成启动条件并发送 R/W 位为高的从属地址字节以启动读取命令。有关此序列的详细信息,请参见图 3。如果需要从同一寄存器重复读取,则无需连续发送指针寄存器字节,因为 TMP108 会存储指针寄存器值,直到下一次写入操作更改它为止。
RFID 和条形码是两种适用于不同应用的不同技术,有时会重叠。在许多情况下,RFID 比传统条形码更具优势,因为条形码需要直接视线读取,而 RFID 则不需要。也就是说,扫描仪必须“看到”条形码才能读取,这意味着人们通常必须将条形码朝向扫描仪才能读取。由于 RFID 技术不需要直接视线,因此当多个唯一编号的标签穿过无线电波供电的场地时,可以读取它们。无源(或非电池供电)RFID 技术可以在 35 英尺以上的距离读取场地中的数百个标签。这项技术在许多方面为用户带来了巨大的价值,并允许公司在收集重要数据的同时使用现有的工作流程来更有效地管理宝贵的资产。同时,由于 RFID 不需要人工干预(读取条形码),因此准确性更高,劳动力成本更低。
摘要 — 采用 96 字线层技术开发了一款 128 Gb 1 位/单元 3-D 闪存芯片。一种具有较少字线和位线时间常数的新型芯片布局结构实现了快速读取访问时间。新引入的程序序列即使在写入/擦除循环后也能实现更高的可靠性和更少的读取重试。还采用了外部 VPP 电源 (12 V)、电流模式参考分布和自动温度代码刷新来提高芯片的性能。新的占空比校正器成功获得了更宽的 DQS 单位间隔。因此,所提出的芯片具有 4 µ s 的读取访问延迟和 75 µ s 的编程时间,比采用相同技术的传统 3-D 闪存快 12-13 倍和 4-5 倍 [Maejima et al. , (2018)]。随机读取延迟(tRRL)估计小于 50 µ s,这使得能够减少固态硬盘(SSD)系统的总读取访问时间。
BAM文件(*.bam)是用于表示对齐序列的SAM文件的压缩二进制版本。BAM文件存储的对齐序列数据,其中包括有关每个读取映射到参考基因组的信息。BAM文件包含标头部分和一个对齐部分:标题 - 包含有关整个文件的信息,例如示例名称,示例长度和对齐方式。对齐与标题部分中的特定信息相关联。对齐 - 包含读取名称,读取顺序,读取质量,对齐信息和自定义标签。读取名称包括染色体,启动坐标,对齐质量和匹配描述符字符串。
18补充图1。通过半对准读数的软剪切引入的偏差。显示了六个读取与包含A/T变体的参考序列的比对。Bold Black T和Red A分别表示参考和替代等位基因。软剪裁由罢工表示。无软剪切,三个读数将支持参考(t)和替代(a)等位基因,从而导致无偏变体等位基因频率(VAF)为3/6 = 0.5。(a)读取R3被软剪切,直到获得参考的连续五次匹配为止。剪辑后,只有两个读数支持备用等位基因(a),而三个读取支持参考等位基因(t),导致偏置2/5 = 0.4的偏置VAF。(b)FIXVAF剪辑所有读数均按五个基础读取,无论它们是否包含变体位点还是支持参考或替代等位基因。读取支持参考等位基因和备用等位基因的读取现在被五个基部夹住。在此示例中,FIXVAF将计算2/4 = 0.5的VAF,因此消除了偏差。