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靶向核糖体编辑在连接性大疱性表皮松解症中补充皮肤锚蛋白 LAMB3
严重交界性大疱性表皮松解症是一种罕见的遗传性产后致死性皮肤病，主要由 LAMB3 基因中的无义/过早终止密码子 (PTC) 序列变体引起。LAMB3 编码 LAMB3，即表皮 e 真皮皮肤锚定层粘连蛋白 332 的 b 亚基。PTC mRNA 的大多数翻译读段都会产生截短的、无功能的蛋白质，而内源性 PTC 读通机制会产生最低水平和不足的全长蛋白质。传统的翻译读通诱导药物会放大内源性 PTC 读通；然而，翻译读通诱导药物要么具有蛋白毒性，要么是非选择性的。核糖体编辑是一种更具选择性且毒性较小的策略。该技术确定了核糖体蛋白 L35/uL29（即 RpL35）和 RpL35 配体可再利用药物青蒿琥酯和阿扎那韦作为增加全长 LAMB3 产量的分子工具。为了评估活细胞中的配体活性，我们通过双荧光素酶报告基因检测监测了青蒿琥酯和阿扎那韦的治疗。青蒿琥酯治疗后全长 LAMB3 的产量水平增加高达 200%，阿扎那韦治疗后增加高达 150%，在降低药物剂量的情况下与 RpL35 配体联合治疗后增加高达 170%，而不相关的 PTC 报告基因无反应。RpL35 配体在选择性增加全长 LAMB3 方面的生物活性证明为补充严重交界性大疱性表皮松解症中的 LAMB3 的替代靶向治疗途径提供了基础。
免登记植物保护资材补助商品-销售通路一览表(114年1月版)
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发行说明代理3.0.6
•尖叫（共识读套件），这是一种新的分子条形码感知的PCR重复工具，用于SUELESELECT XT HS和XT HS2数据，可代替SURESELECT分析的Locatit。•吱吱作响专门解决了Locatit应用程序中的大型内存资源需求，并使用户能够处理与LoCatit相比的内存较少的数据。•尖叫还增加了一种可用于处理嵌合对齐的鲁棒算法，该嵌合对齐由读取段组成，这些片段在同一染色体或不同染色体上彼此之间彼此远远遥不可及。•尖叫报告的基本统计信息具有明确的定义，可以直接追溯到输出BAM文件中的读取。Statistics include: number of processed reads, number of reads passing the filter steps, number of correctly paired reads, number of read pairs flagged as duplicates in the input file, number of read pairs with at least one unmapped mate, number of chimeric read pairs, number of read pairs called as single consensus, number of read pairs called as duplex consensus, number of read pairs called as chimeric consensus, total duplicates确定的，失败的共识过滤器的读对数，读对的数量称为单个共识，在双工模式下质量过滤器失败。
N6-甲基读丹代氨酸读取器IGF2BP2修饰HMMR ...
睾丸负责精子产生和雄激素合成。睾丸发育和功能的异常导致性发展和男性不育症的疾病。当前，没有用于对睾丸进行建模的体外系统。在这里，我们使用Transwell插入物从新生小鼠初级睾丸细胞中产生睾丸类器官，并表明这些类型器可以生成类似小管的结构和类似于体内睾丸的细胞组织。基因表达分析表明了一种概括体内睾丸中观察到的特征。胚胎睾丸细胞，但没有成年睾丸细胞也能够形成器官。这些类器官可以在培养物中维持8-9周，并显示出进入减数分裂的迹象。我们进一步开发了定义的培养基组成，这些培养基组成促进了未成熟的Sertoli细胞和Leydig细胞状态，从而在体外实现了器官成熟。这些睾丸类器官是一种有前途的模型系统，用于睾丸发育和功能的基础研究，并在阐明和治疗发育性疾病和不育的情况下进行了翻译应用。
基于纳米孔的人类老年人大脑DNA长读测序分析
摘要 衰老会破坏 DNA 修复和表观遗传控制等细胞过程，导致基因组改变的逐渐积累，从而对有丝分裂后细胞产生有害影响。基因组中富含重复序列的区域的基因组变异通常被称为“暗位点”，使用传统测序方法很难解决。新的长读技术为探索以前无法访问的基因组区域提供了有希望的途径。使用基于纳米孔的长读全基因组测序从 18 岁人类大脑中提取的 DNA，我们确定了重复 DNA 中以前未报告的结构变异和甲基化模式，重点关注转座因子（“跳跃基因”）作为变异的关键来源，特别是在暗位点中。我们的分析揭示了潜在的体细胞插入变异，并为许多逆转录转座子家族提供了 DNA 甲基化频率。我们进一步展示了该技术在研究阿尔茨海默病患者大脑中这些具有挑战性的基因组区域方面的实用性，并确定了病理正常大脑与阿尔茨海默病患者大脑中 DNA 甲基化的显著差异。为了突出这种方法的强大功能，我们发现了具有改变的 DNA 甲基化模式的特定多态性逆转录转座子。这些逆转录转座子位点有可能导致病理学，值得在阿尔茨海默病研究中进一步研究。总之，我们的研究首次基于长读 DNA 测序分析了阿尔茨海默病神经病理学中衰老大脑的逆转录转座子序列、结构变异和 DNA 甲基化。
无扩增长读测序揭示了不可预见的 CRISPR-Cas9 脱靶活性
。CC-BY-NC 4.0 国际许可证永久有效。它以预印本形式提供（未经同行评审认证），作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。此版本的版权持有者于 2020 年 2 月 9 日发布。；https://doi.org/10.1101/2020.02.09.940486 doi: bioRxiv preprint
使用短读和长读全基因组测序对转基因微生物进行表征，揭示了多种商业食品酶产品中相关来源的污染
摘要：尽管转基因 (GM) 微生物未经授权进入欧洲市场，但各种商业微生物发酵产品中屡屡出现此类污染报告。其中一些污染与用于合成食品蛋白酶的转基因 Bacillus velezensis 有关，目前该菌株的基因组特征仍不完整，尚不清楚这些污染是否有共同的来源。在本研究中，通过短读和长读全基因组测序 (WGS) 对来自多种食品酶产品的转基因 B. velezensis 分离株进行了表征，表明它们含有携带抗菌素耐药性基因的游离重组 pUB110 衍生质粒。此外，单核苷酸多态性 (SNP) 和全基因组比较分析表明，这些分离株可能来自同一亲本转基因菌株。这项研究强调了混合 WGS 方法对 GMM 的精确基因组表征（例如，转基因构建体的基因组位置）的附加价值，以及基于 SNP 的系统基因组学分析对 GMM 的源追踪的附加价值。
辉瑞治疗后出现局灶节段性肾小球硬化症...
2019 冠状病毒病 (COVID-19) 疫苗表现出了出色的安全性。最常见的短期副作用是注射部位反应、发烧、疲劳和头痛，而严重不良反应的报道很少 [1]。然而，自大规模接种疫苗以来，已报告了几种免疫介导反应（包括心肌炎和新发或复发性肾小球肾炎 [GN]）[1]。据报道，COVID-19 疫苗还可诱导 T 细胞活化 [2]。在这方面，接种 COVID-19 疫苗后发生肾脏疾病可能与其对病毒信使 RNA (mRNA) 产生的 T 细胞介导的免疫反应有关，而这种免疫反应可引发足细胞损伤 [2]。在此，我们报告了一例局灶性节段性肾小球硬化 (FSGS) 病例，该病例在接种第一剂辉瑞-BioNTech COVID-19 疫苗后出现节段性小叶塌陷和足细胞增生，模仿 FSGS 的细胞病变。