摘要 蛋白质是细胞中的关键分子,其丰度不仅在基因表达水平而且在转录后水平受到广泛调控。在这里,我们描述了一种酵母基因筛选方法,该方法能够系统地表征蛋白质丰度调控在基因组中的编码方式。该筛选方法结合了 CRISPR/Cas9 碱基编辑器来引入点突变,并对内源性蛋白质进行荧光标记以方便流式细胞仪读数。我们首先使用单个 gRNA 以及正向和负向选择筛选对酵母中的碱基编辑器性能进行了基准测试。然后,我们研究了 16,452 种基因扰动对代表各种细胞功能的 11 种蛋白质丰度的影响。我们发现了数百种调控关系,包括 GAPDH 同工酶 Tdh1/2/3 与 Ras/PKA 通路之间的新联系。许多已识别的调节因子特定于这 11 种蛋白质中的一种,但我们还发现了一些基因,这些基因在受到扰动时会影响大多数测试蛋白质的丰度。虽然更具体的调控因子通常作用于转录,但广泛的调控因子往往在蛋白质翻译中发挥作用。总的来说,我们的新筛选方法为蛋白质调控网络的组成部分、规模和连通性提供了前所未有的见解。
植物对渗透压的适应性 - 干旱,盐度和其他非生物压力的结果 - 鉴于其对农业生产力和粮食安全的影响,是植物生物学的关键重点(Lim等,2015; Zareen等,2024)。在信号转导网络中,从应力信号的感知到应激响应性基因表达,各种转录因子和应力反应性启动子中的顺式调节元件在植物适应对非生物胁迫的适应中起着关键作用。此外,基因表达的转录后调节是由RNA代谢介导的(Lee等,2006; Kim等,2017; Park等,2024)。转录激活因子和阻遏物之间的平衡对于适当的基因表达和对非生物应激的反应至关重要(Seok等,2022)。该研究主题巩固了在理解渗透压力反应背后的遗传调节机制方面的最新进展,其中包含七项研究探索植物适应性的分子,生化和基因组维度的研究。
在微级量表上控制pH值可能对研究,医学和行业的应用很有用,因此代表了合成生物学和微流体的宝贵应用。提出的囊泡系统将不同的颜色转化为周围溶液中特定的pH值变化。它可以与两个轻驱动的质子泵细菌紫红质和蓝色的光吸收蛋白淡淡的蛋白质Med12一起使用,它们在脂质膜上以相反的方向定向。计算机控制的测量设备实现了一个反馈循环,以自动调整和维护所选的pH值。可以建立跨越两个单元的pH范围,从而提供时间和pH分辨率。作为一个应用示例,呈pH敏感的酶反应,在浅色控制反应进展的情况下。总而言之,使用工程蛋白质体的浅色控制的pH调节为在微级别的不同情况下(例如合成生物学应用中)打开了新的可能性,以在微层尺度上控制过程。
欧盟访问和交货的机构参考访问www.ema.europa.eu/how-to-find-us向我们发送问题,请访问www.ema.europa.eu/contact电话+31(0)88 781 6000
结果:出生时,包括原型CD4+FOXP3+和CD4+FOXP3+CD25+的3个Treg子集的频率高于117 Huus的频率,而3个子集的频率更高。在28和62周龄时,huus中有5个TREG/TICI子集的比例高。出生时Heus和Huus之间发散的Treg/ TICI子集的频率与母体肠道微生物组中细菌分类群的差异相对丰度相关。随后访问时具有显着不同频率的Treg/TICI子集与婴儿肠道微生物组的并发组成相关。在体外,用细菌分类群(PBMC)处理HUU外周血单单核细胞(PBMC)在heus中最丰富的细菌分类群扩展了huus的treg/tiCi亚群,其经频率高于Huus,从而概括了体内相关性。相反,对HEU PBMC的体外治疗不会增加Treg/TICI频率。与Treg/TICI频率增加相关的其他因素
1 Key Laboratory of Arti fi cial Organs and Computational Medicine of Zhejiang Province, Shulan (Hangzhou) Hospital, Shulan International Medical College, Zhejiang Shuren University, Hangzhou, China, 2 State Key Laboratory for Diagnosis and Treatment of Infectious Diseases, First Af fi liated Hospital, School of Medicine, Zhejiang University, Hangzhou, China, 3 Shulan International Medical中国杭州钟湖大学学院,中国基础医学与癌症研究所(IBMC),中国康甘癌医院4号,中国科学院(IBMC),中国杭州,中国杭州,中国杭州,第5次感染疾病。中国杭州省舒兰国际医学院智省省的干预
R 环是一种非典型的三链核酸结构,包含一段 RNA:DNA 杂合体和一个不成对的单链 DNA 环。R 环具有生理相关性,可作为基因表达、染色质结构、DNA 损伤修复和 DNA 复制的调节剂。然而,非计划和持续的 R 环具有诱变性,可介导复制-转录冲突,如果不加以控制,会导致 DNA 损伤和基因组不稳定。详细的转录组分析表明,85% 的人类基因组(包括重复区域)都具有转录活性。这预示着 R 环管理在基因组的调控和完整性中起着核心作用。预计此功能对占人类基因组 75% 的重复序列具有特别的相关性。在这里,我们回顾了 R 环对着丝粒、端粒、rDNA 阵列、转座因子和三联体重复扩增等重复区域的功能和稳定性的影响,并讨论了它们与相关病理状况的相关性。
基因选择性转录因子通过与其靶基因调节区域内的特定DNA元件结合(1)。但是,并非完全定义此DNA结合的序列要求。几个参数,例如蛋白质 - 蛋白质相互作用与相邻结合的因素,DNA结构的影响(弯曲等)。),重要的是,结合位点与认知因子的比率确定给定转录因子是否可以有效地与相应的结合位点相互作用。体外和大概也在体内也是如此,对于确定转录因子是否会与其最佳识别序列的变体结合,因此,它的基因调节。在这些考虑因素中提示,我们询问是否存在一种蜂窝机制,该机制是否存在在转录因子活动和可用目标位点的繁琐之间保持平衡。对AP-1家族成员的特征良好转录因子C-Jun进行了实验(2-4)。包含AP-1结合位点的启动子是C-Jun调节的目标。C-Jun的活性受到多种机制的紧密控制,并且对蛋白质的异常调节会导致恶性转化和致癌作用(5)。在这项研究中,我们描述了一种机制,该机制通过改变其磷酸化态的DNA结合活性,取决于细胞中存在的C-Jun结合位点的浓度。这种机制可以用来设置和微调C-Jun与其结合位点的比率。有趣的是,与这种现象有关的磷酸化位点与以前据报道经历信号依赖性去磷酸化相同。
©作者2024。Open Access本文是根据Creative Commons Attribution 4.0 International许可获得许可的,该许可允许以任何媒介或格式使用,共享,适应,分发和复制,只要您对原始作者和来源提供适当的信誉,请提供与创意共享许可证的链接,并指出是否进行了更改。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中,除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料,并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途,则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本,请访问http://创建ivecommons。org/licen ses/by/4。0/。
同种异体造血干细胞移植(Allo-HSCT)是许多血液学恶性肿瘤的唯一治疗疗法,因此,移植 - 白细胞(GVL)效应在控制复发中起着关键作用。然而,GVL的成功受到移植物抗宿主病(GVHD)的阻碍,其中供体T细胞攻击受体中健康的组织。自然调节T细胞(TREG)抑制免疫反应的能力已被用作针对GVHD的治疗选择。仍然,评估Treg抑制GVHD的能力是否不会损害GVL的益处至关重要。动物模型中的初步研究表明,Treg可以在保存GVL时衰减GVHD,但根据肿瘤类型而变化。使用Treg作为GVHD预防或治疗的人类试验显示出令人鼓舞的结果,这强调了输注时间和Treg/TCON比率的重要性。在这篇综述中,我们讨论了可以使用旨在增强Treg输注后GVL的策略,以及提出的维持GVL对收养Treg转移效应的机制。为了优化Allo-HSCT中TREG给药的治疗结果,未来的努力应着重于为输注和评估其特异性抗原介导GVHD的抗原源,同时保留GVL响应。