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World File Search System转座子
1个转座子以呈现相位的结果...
圣地亚哥，加利福尼亚州，2024年12月3日 - 一家生物技术公司Transposon Therapeutics开发了一个新颖的口服，口服治疗的平台，用于治疗神经退行性疾病和与衰老有关的疾病，包括阿尔茨海默氏病，包括阿尔茨海默氏病，包括其TPN-101 In amys and and and and the and and tpn and and and the and and and the and and and and and and scrip的结果（与六核苷酸重复膨胀有关的额颞痴呆（FTD）（C9ORF72基因（C9ORF72相关的ALS/FTD））将在第35届ALS/MND国际研讨会上介绍。研讨会将于2024年12月6日至8日在加拿大蒙特利尔举行。
快速选择的4.3kb转座子关联...
揭示控制疟疾媒介杀虫剂抗性的进化力量仍然是设计分子工具以检测和评估抗性对控制工具的影响的先决条件。在这里，我们证明含有 4.3kb 转座子的结构变异与中非/东非疟疾媒介按蚊种群的拟除虫菊酯抗性有关。在本研究中，我们分析了合并模板测序数据和直接测序，以确定在乌干达疟疾媒介按蚊的两个 P450 CYP6P5 - CYP6P9b 基因间区域插入一个含有假定逆转录转座子的 4.3kb 片段。然后，我们设计了一种 PCR 检测方法来追踪其在时间和区域上的传播，并揭示其在杀虫剂抗性中的作用。该插入片段起源于东非乌干达或附近地区，在那里它被固定下来并已在中非国家喀麦隆高频率传播，但在西非仍然频率较低，在南部非洲则不存在。在喀麦隆，4.3kb-SV 的频率从 2014 年的 3% 增加到 2021 年的 98%，这是一种明显而快速的选择。这种 SV 与野外种群的拟除虫菊酯抗性之间存在密切关联，并且正在降低仅使用拟除虫菊酯的蚊帐的功效。遗传杂交和 qRT-PCR 显示，这种 SV 增强了 CYP6P9a/b 的表达，但没有增强 CYP6P5 的表达。在这个结构变体 (SV) 中，我们确定了与调节解毒基因相关的转录因子的假定结合位点。4.3kb SV 与疟原虫感染之间存在负相关性，这表明缺乏 4.3kb SV 的蚊子比拥有它的蚊子更容易被感染。我们的研究结果强调了 SV 在杀虫剂抗性进化中尚未得到充分探索的作用和快速传播，并为杀虫剂抗性的分子监测提供了额外的工具。
1个转座子宣布了第2阶段的最终结果...
SAN DIEGO, California, July 24, 2024 – Transposon Therapeutics, a biotechnology company developing a platform of novel, orally administered therapies for the treatment of neurodegenerative and aging-related diseases, including Alzheimer's disease, today announced final results from its Phase 2 study of TPN-101 in patients with amyotrophic lateral sclerosis (ALS) and/or与C9ORF72基因（C9ORF72相关的ALS/FTD）中六核苷酸重复扩张有关的额颞痴呆（FTD）。这项研究的最终结果证实了TPN-101的出色安全性，并显示出对这些疾病患者的疾病调整作用的临床迹象，这些疾病与先前报道的进行性上核瘫痪（PSP）患者的安全性和治疗活性保持一致。这些发现与TPN-101通过阻止Line-1的活性来减少神经炎症和神经退行性，这是一种人类特异性的逆转转座子，在许多神经退行性疾病和衰老中不再充分抑制。
CRISPR 相关转座子的宏基因组学发现
摘要 CRISPR 相关转座子 (CAST) 会将 Cas 基因纳入 RNA 引导的转座。CAST 在基因组数据库中极为罕见；最近的调查报告称，Tn7 样转座子会将 IF、IB 和 VK 型 CRISPR 效应子纳入。在这里，我们通过对宏基因组数据库进行生物信息学搜索来扩展已报告的 CAST 系统的多样性。我们发现了所有已知 CAST 的新架构，包括级联效应子的新排列、新的自靶向模式和最小 VK 系统。我们还描述了已将 IC 型和 IV 型 CRISPR-Cas 系统纳入的新 CAST 家族。我们对非 Tn7 CAST 的搜索确定了将 Cas12a 纳入水平基因转移的推定候选者。这些新系统揭示了 CRISPR 系统如何与转座酶共同进化并扩展了可编程基因编辑工具包。
用于高通量筛选的标准化转座子工具
随着合成生物学研究的规模越来越大，在活细胞中设计预定义功能需要越来越精确的工具。此外，遗传构建体表型性能的表征需要细致的测量和广泛的数据采集，以便在设计-构建-测试生命周期中为数学模型提供信息并匹配预测。在这里，我们开发了一种简化高通量转座子插入测序 (TnSeq) 的遗传工具：携带 Himar1 Mariner 转座酶系统的 pBLAM1-x 质粒载体。这些质粒源自 mini-Tn5 转座子载体 pBAMD1- 2，并按照标准欧洲载体结构 (SEVA) 格式的模块化标准构建。为了展示它们的功能，我们分析了 60 个土壤细菌 Pseudomonas putida KT2440 克隆的测序结果。新的 pBLAM1-x 工具已经包含在最新的 SEVA 数据库版本中，我们在这里使用实验室自动化工作流程描述了它的性能。
转座子相关的 TnpB 是一种可编程的 RNA-...
转座在重塑所有生物体的基因组中起着关键作用 1 。IS200/IS605 和 IS607 家族 2 的插入序列是最简单的移动遗传元件之一，仅包含其转座及其调控所需的基因。这些元件编码 tnpA 转座酶，这对于动员至关重要，并且通常携带辅助 tnpB 基因，而该基因对于转座而言并非必需。尽管 TnpA 在 IS200/IS605 转座子动员中的作用已得到充分证实，但 TnpB 的功能仍然很大程度上未知。有人提出 TnpB 在转座调控中发挥作用，尽管尚未确定相关机制 3–5 。生物信息学分析表明 TnpB 可能是 CRISPR–Cas9/Cas12 核酸酶的前身 6–8 。然而，尚未发现 TnpB 具有任何生化活性。我们在此表明，耐辐射奇球菌 ISDra2 的 TnpB 是一种 RNA 引导的核酸酶，受来自转座子右端元件的 RNA 引导，切割 5′-TTGAT 转座子相关基序旁的 DNA。我们还表明，TnpB 可以重新编程以切割人类细胞中的 DNA 靶位。总之，这项研究通过强调 TnpB 在转座中的作用扩展了我们对转座机制的理解，通过实验证实了 TnpB 是 CRISPR-Cas 核酸酶的功能性前体，并将 TnpB 确立为基因组编辑新系统的原型。
基于转座子的汽车T细胞疗法的系统
改进的SB Transposon平台Magnani CF（2016）Oncotarget 7（32）：51581-51597;EP20140192371“改进了产生转基因细胞的方法”； Turazzi（2018）Br J Haematol 182（6）：939-943; Magnani CF（2018）Hum gen ther 29（5）：602-613; Rotiroti MC等人，在印刷中，分子治疗2020
核CRISPR相关的转座子的宏基因组发现
CRISPR相关的TN7转座子（铸造）共同OPT CAS基因用于RNA引导的转座。在基因组数据库中极为罕见。最近的调查报道了类似TN7样的转座子，该座子选择了I型I-F，I-B和V-K CRISPR效应子。在这里，我们通过对元基因组数据库的生物信息学搜索扩展了报告的铸造系统的多样性。我们发现了所有已知铸件的体系结构，包括级联效应器的布置，目标归巢方式和最小V-K系统。我们还描述了选择了I型I-C和IV型CRISPR-CAS系统的铸造家族。我们对非TN7施放的搜索确定了包括核酸酶死亡CAS12的候选者。这些系统阐明了CRISPR系统如何与转型共同发展并扩展可编程基因编辑工具包。
DNA转座子通过富集转录因子结合基序
从基因组的非编码区域通过突变依次出现。除其他外，此类突变分析转录并创建一个新的开放阅读框（ORF）。尽管ORF出现的机制有充分的文献证明，但对实现新转录事件的机制知之甚少。然而，在许多物种中，已经报道了基因组所有区域的缺乏和非常突出的转录之间的连续体。在这项研究中，我们使用新组装的基因组和七个果蝇的近交系列的转录组和转录组搜索了从头转录本，该基因组和一个来自六个欧洲和一个非洲人口的近交系列。此设置使我们能够检测Sam ple特定的从头转录本，并将其与其他样品中的同源非转录区以及遗传和基因间控制序列进行比较。我们研究了与转换元件（TES）的关联，并富集了从头开始出现的转录本上游的转录因子基序，并将其与调节元素进行了比较。我们发现，从头的成绩单与TES重叠的频率比偶然性的频率更高。新转录本的出现cor与高鸟嘌呤 - 环蛋白含量和TE表达的区域有关。此外，从头转录本的上游区域高度丰富了调节基序。这种基序在与TES（尤其是DNA TES）重叠的新转录物中更丰富，并且比上游的“非转录同源物”更保守上游。总体而言，我们的研究表明，TE插入对于转录本的出现很重要，部分是通过引入DNA te家族的新调节图案。