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o r i g i n a l r e s a r c h thuyang tongbian汤剂在治疗功能便秘中的治疗机制：试点研究的见解
目的：通过观察其对肠道菌群组成的作用，肠道菌群的代谢功能，粪便短链脂肪酸（SCFA）水平和血清浓度TLR4，NF- - ，TLR4，TNF-κB，目的：探索朱正·汤比汤（ZTD）在治疗功能便秘（FC）中的机制。 FC。 患者和方法：40例FC患者被随机分为对照组和治疗组，每组20例。 在同一时期招募了和20名健康志愿者。 对照组给予乳乳糖，而治疗组则用ZTD处理。 16S RNA测序技术用于比较治疗前后患者肠道菌群的结构和多样性的变化。 分析了血清中粪便中SCFA水平的变化以及TLR4，NF-κB，TNF-α和IL-6的水平。 宏基因组学测序评估的微生物群代谢功能。 结果：治疗组显示有益细菌的相对丰度显着增加，包括双歧杆菌，乳酸杆菌和粪便核酸杆菌_prausnitzii（p <0.05），而desulfobacterota和desulfobacterota和ruminococcus显着降低（p <0.05）。 值得注意的是，治疗组的粪便和丙酸水平明显更高（p <0.05）。 血清生物标志物TLR4，NF-κB，TNF-α和IL-6显着降低（P <0.05）。 宏基因组测序表明，碳水化合物的代谢，辅因子和维生素的代谢以及C5分支的二丁二酸代谢代谢的功能丰度显着增加（p <0.05）。目的：探索朱正·汤比汤（ZTD）在治疗功能便秘（FC）中的机制。 FC。患者和方法：40例FC患者被随机分为对照组和治疗组，每组20例。和20名健康志愿者。对照组给予乳乳糖，而治疗组则用ZTD处理。16S RNA测序技术用于比较治疗前后患者肠道菌群的结构和多样性的变化。分析了血清中粪便中SCFA水平的变化以及TLR4，NF-κB，TNF-α和IL-6的水平。宏基因组学测序评估的微生物群代谢功能。结果：治疗组显示有益细菌的相对丰度显着增加，包括双歧杆菌，乳酸杆菌和粪便核酸杆菌_prausnitzii（p <0.05），而desulfobacterota和desulfobacterota和ruminococcus显着降低（p <0.05）。值得注意的是，治疗组的粪便和丙酸水平明显更高（p <0.05）。血清生物标志物TLR4，NF-κB，TNF-α和IL-6显着降低（P <0.05）。宏基因组测序表明，碳水化合物的代谢，辅因子和维生素的代谢以及C5分支的二丁二酸代谢代谢的功能丰度显着增加（p <0.05）。结论：ZTD明显改善了肠道菌群组成和肠道菌群代谢功能，调节SCFA水平，并减少FC患者的炎症标记。菌株Faecalibacterium_prausnitzii在调节肠道炎症方面显示出显着的潜力，并且可能在ZTD对FC的治疗功效中起关键作用。关键字：朱阳汤比汤，功能便秘，肠道菌群，代谢物，肠炎
甘蔗渣水解液绿色生产咖啡酸的共培养体系开发
咖啡酸（CA）是一种广泛用于药物和食品领域的酚酸化合物。然而，CA 的有效合成通常受限于单个微生物平台的资源。本文开发了一个跨界微生物联盟，以大肠杆菌和甘油假丝酵母为底盘，从甘蔗渣水解液中合成 CA。在上游大肠杆菌模块中，通过强化莽草酸合成途径和阻断莽草酸代谢来提高莽草酸的积累，为下游 CA 合成模块提供前体。在下游甘油假丝酵母模块中，通过增加胞质辅因子 FAD(H 2 ) 的供应来提高对香豆酸向 CA 的转化。此外，ABC 转运蛋白相关基因的过表达促进了 CA 的外排并增强了菌株对 CA 的抗性，使 CA 滴度从 103.8 mg/L 显著提高到 346.5 mg/L。随后，通过优化该跨界微生物联合体中菌株SA-Ec4和CA-Cg27的接种比例，CA产量提高至871.9 mg/L，较单培养菌株CA-Cg27提高了151.6%。最终，在5 L生物反应器中，以混合糖和甘蔗渣水解液为原料，通过优化共培养体系，获得CA产量分别为2311.6和1943.2 mg/L，较出发菌株提高了17.2倍和14.6倍。本研究开发的跨界微生物联合体为利用廉价原料生产其他芳香化合物提供了参考。
TNPSC - 课程大纲 生物化学 (PG
脂蛋白血症。前列腺素代谢 - COX 和 LOX 途径。脂质累积病和脂肪肝。牛奶脂质：分类和物理特性。自氧化、自氧化的副产物、影响因素、预防和测量；抗氧化剂 - 酶和非酶抗氧化剂。 第三单元：碳水化合物、矿物质和维生素 碳水化合物：不同碳水化合物的分类和特性。纤维素、糖原、半纤维素和果胶。葡聚糖和麦芽葡聚糖的生产。醛糖和酮糖。差向异构体。乳糖：存在、异构体、分子结构。牛奶寡糖、结构、技术方面和健康促进方面。糖酵解和糖异生概述 - 调节。柠檬酸循环和调节。戊糖磷酸途径和糖醛酸途径。糖原代谢和调节。糖原累积病。半乳糖血症。果糖不耐症和果糖尿症。乙醛酸循环。科里循环。光合作用——光反应、循环和非循环光合磷酸化。暗反应——卡尔文循环。矿物质：主要矿物质和次要矿物质。水溶性维生素：硫胺素；核黄素；烟酸；泛酸；吡哆醇；生物素；叶酸和氰钴胺素。脂溶性维生素——维生素 A 和 D。第四单元：酶酶——分类和一般特性。pH、温度和底物浓度的影响。酶抑制——竞争性、非竞争性和非竞争性抑制剂的影响。辅酶和辅因子。酶的调节——反馈抑制和共价修饰。抗体酶、核酶、DNA 酶。固定化酶——固定化方法、应用。参考 T4 溶菌酶的酶工程。酶电极。工业和
NF-κBp52同二聚体-DNA复合物的结构...
摘要哺乳动物NF-κBp52：p52同型二聚体及其辅因子Bcl3激活了具有中央G/c碱基对（BP）的κB位点的转录，而其对κB位点不活跃，具有中央A/T BP。To understand the molecular basis for this unique property of p52, we have deter- mined the crystal structures of recombinant human p52 protein in complex with a P-selectin(PSel)- κ B DNA (5 ′ -GGGGTGACCCC-3 ′ ) (central bp is underlined) and variants changing the central bp to A/T or swapping the flanking bp.与当前所有具有中央A/T BP的NF-κB-DNA复合物结构相比，DNA中央区域的结构显示了将近两倍的小凹槽。Microsecond molecular dynamics (MD) simulations of free DNAs and p52 bound complexes reveal that free DNAs exhibit distinct preferred conformations, and p52:p52 homodimer induces the least amount of DNA conformational changes when bound to the more transcriptionally active natural G/C-centric PSel- κ B, but adopts closed conformation when bound to the mutant A/T and swap DNAs due to their狭窄的小凹槽。我们的结合测定进一步表明，熵偏爱的快速动力学与较高的转录活性相关。总体而言，我们的研究揭示了与NF-κB复合物中κBDNA的新颖构象，并指出了由DNA构象和动态状态决定的结合动力学的重要性，在控制NF-κB的转录激活中。
细菌和线粒体超氧化物歧化酶之间的序列同源性
1969 年，人们发现一种以前未知功能的牛红细胞蛋白具有催化超氧化物自由基歧化活性 (1-3)。这种酶，即超氧化物歧化酶，是一种金属蛋白，每分子含有 2 (1.8-2.0) 个铜原子和 2 (1.7-1.9) 个锌原子，分子量为 33,000，由两个大小相同的亚基组成 (4, 5)。从其他真核生物中纯化的铜锌歧化酶在分子量、亚基结构、氨基酸组成、铜锌含量以及对纯化所用的氯仿-乙醇混合物的稳定性方面与牛红细胞歧化酶相似 (2, 3)。细菌来源的酶代表一类独特的超氧化物歧化酶，其每个分子含有 1-2 个锰原子作为金属辅因子，对氯仿-乙醇处理不稳定，其氨基酸组成与铜锌歧化酶明显不同（2、3、6-8）。细菌酶的分子量约为 40,000，每个酶含有两个分子量为 20,000 的亚基。最近又分离出两种超氧化物歧化酶，其稳定性、纯化特性和氨基酸组成与细菌锰歧化酶相似。一种来自鸡肝线粒体（8）的超氧化物歧化酶每个分子含有 2.3 个锰原子，虽然它是四聚体，但其亚基分子量与细菌含锰酶相同。另一种是含有铁（每个分子约 1 个原子）而不是锰的，已从大肠杆菌中分离出来（9），是一种二聚体，其亚基大小相同（分子量 19,000）。已在各种需氧、厌氧和耐氧厌氧微生物中测量了超氧化物歧化酶活性水平（10）。从观察到的相关性来看，
能量限制对长期功能和恢复力的影响
摘要 光系统 II (PSII) 利用红光的能量分解水并还原醌，这是一个基于叶绿素 a (Chl-a) 光化学的耗能过程。两种蓝藻 PSII 可以使用叶绿素 d (Chl-d) 和叶绿素 f (Chl-f) 进行相同的反应，但需要使用能量较低的远红光。Acaryochloris marina 的 PSII 的 35 个 Chl-a 中除了一个以外全部被 Chl-d 取代，而兼性远红光物种 Chroococcidiopsis thermalis 的 PSII 只有 4 个 Chl-f、1 个 Chl-d 和 30 个 Chl-a。从生物能量学角度考虑，远红光 PSII 预计会失去光化学效率和/或对光损伤的恢复能力。在这里，我们比较了 Chl-f-PSII、Chl-d-PSII 和 Chl-a-PSII 中的酶周转效率、正向电子转移、逆反应和光损伤。我们表明：(i) 所有类型的 PSII 都有相当的酶周转效率；(ii) Chl-d-PSII 受体侧的能隙改变有利于通过 P D1 + Phe - 重新填充进行重组，导致单线态氧产生增加，并且与 Chl-a-PSII 和 Chl-f-PSII 相比对高光损伤更敏感；(iii) Chl-f-PSII 中受体侧的能隙经过调整以避免有害的逆反应，有利于对光损伤的恢复而不是光利用效率。结果可以通过电子转移辅因子 Phe 和 QA 的氧化还原调节差异以及与主要电子供体共享激发能的叶绿素的数量和布局差异来解释。 PSII 通过两种不同的方式适应较低的能量，每种方式都适合其特定的环境，但具有不同的功能惩罚。
新生儿癫痫是先天性代谢缺陷的发病原因（...
摘要 新生儿癫痫 (NS) 发生在出生后 28 天内；这是一种重要的紧急情况，需要快速诊断检查以开始及时治疗。NS 最常见的原因包括：脑室内出血、缺氧缺血性脑病、低血糖、电解质失衡、新生儿中风或中枢神经系统感染。尽管如此，在 NS 的情况下，尤其是当这些 NS 对常见的抗癫痫药物 (ASD) 有抵抗力并且代谢失代偿时，应该怀疑是先天性代谢错误 (IEM)。如今，扩大新生儿筛查 (ENS) 已经改变了一些 IEM 的自然病史，可以快速诊断并及时开始特定治疗；尽管如此，并非所有 IEM 都能通过这种筛查发现（例如钼辅因子缺乏症、低磷酸酯酶症、GLUT1 缺乏综合征），因此新生儿科医生必须在 NS 的诊断检查中筛查这些疾病。对于 IEM，没有特定的癫痫发作和脑电图模式的症状学。在此，我们报告了一项关于导致新生儿期 NS 和癫痫的 IEM 的系统综述，仅研究了那些未包含在具有串联质量的 ENS 中的 IEM，提示了临床、生化特征和诊断检查。值得注意的是，我们观察到，与主要接受针对潜在代谢疾病的特定抗惊厥治疗（例如生酮饮食、维生素 B6）的婴儿相比，仅接受常见 AED 治疗癫痫发作的婴儿的神经系统结果更差。因此，我们强调早期诊断的重要性，以便及时进行有针对性的治疗，而不是等到出现耐药性。
工程化蛋氨酸腺苷转移酶级联用于活细胞中单个 DNA 甲基化的代谢标记
摘要：甲基化是一种广泛存在的天然修饰，具有多种调节和结构功能，由大量 S -腺苷-L -蛋氨酸 (AdoMet) 依赖性甲基转移酶 (MTases) 进行。AdoMet 辅因子由多聚体蛋氨酸腺苷转移酶 (MAT) 家族从 L -蛋氨酸 (Met) 和 ATP 产生。为了推进机制和功能研究，已经开发出重新利用 MAT 和 MTase 反应以接受来自相应前体的可转移基团的扩展版本的策略。在这里，我们使用结构引导的小鼠 MAT2A 工程，以便从合成的蛋氨酸类似物 S -(6-叠氮己-2-炔基)-L -同型半胱氨酸 (N 3 -Met) 生物催化生产扩展的 AdoMet 类似物 Ado-6-叠氮化物。三种工程化的 MAT2A 变体表现出对延伸类似物的催化能力，并且在没有和存在竞争性 Met 的情况下，都支持与 M. Taq I 和小鼠 DNMT1 的工程化变体在级联反应中进行 DNA 衍生化。然后，我们使用 CRISPR-Cas 基因组编辑将两种工程化变体作为 MAT2A-DNMT1 级联安装在小鼠胚胎干细胞中。所得细胞系在暴露于 N 3 -Met 且存在生理水平的 Met 时，保持正常的活力和 DNA 甲基化水平，并显示出 Dnmt1 依赖的 DNA 修饰和延伸叠氮化物标签。这首次展示了一种用于生物合成生产延伸 AdoMet 类似物的遗传稳定系统，该系统能够在活哺乳动物细胞中对 DNMT 特异性甲基化组进行轻度代谢标记。■ 简介
内含肽作为药物靶点和治疗工具
近年来，耐多药病原体备受关注。因此，在形势失控之前，迫切需要新的抗真菌和抗菌药物靶点。内含肽是一种多肽，它不需要辅因子或外部能量就能从外显肽自我剪接，从而导致外显肽片段的连接。内含肽存在于许多生物体中，包括人类病原体，如结核分枝杆菌、新型隐球菌、格特隐球菌和烟曲霉。由于内含肽元素不存在于人类基因中，因此它们是开发抗真菌和抗生素的有吸引力的药物靶点。到目前为止，已经报道了一些内含肽剪接抑制剂。金属离子如 Zn 2+ 和 Cu 2+ 以及含铂化合物顺铂通过与活性位点半胱氨酸结合来抑制结核分枝杆菌和新型隐球菌中的内含肽剪接。发现小分子抑制剂 6G-318S 及其衍生物 6G-319S 可抑制新生隐球菌和格特隐球菌中的内含肽剪接，MIC 为纳摩尔浓度。内含肽还用于许多其他应用。内含肽可用于使用小分子激活细胞内的蛋白质。此外，分裂内含肽可用于在实验性基因治疗中传递大基因，并利用毒素-抗毒素系统杀死混合微生物群中的选定物种。此外，分裂内含肽用于合成环肽和开发细胞培养模型，以在生物安全级 (BSL) 2 设施中研究包括 SARS-CoV-2 在内的传染性病毒。这篇小型评论讨论了内含肽在药物发现和治疗研究中的最新研究进展。
教学大纲
ns cc11-（th）-p01：生物分子，酶学和仪器生物分子：生命的化学基础 - 化学键合，涉及生物分子的力和构建块 - 大分子；信息大分子。蛋白质作为信息大分子；氨基酸的化学；多肽的一级，二级和三级结构；肽；肽亚基和第四纪结构， -helix，-薄片和胶原蛋白结构，蛋白质和氨基酸的代谢。碳水化合物的化学 - 单，二糖和多糖。DNA的分子结构，替代DNA结构，圆形和超螺旋DNA，DNA的变性和恢复，DNA的物理和化学稳定性。酶和反应动力学：酶的定义；活性位点，底物，辅酶，辅因子和不同种类的酶抑制剂；酶动力学，两种底物动力学，三种底物动力学，偏离线性动力学；配体结合研究；快速动力学；关联和解离常数；在酶动力学机理分析中使用同位素； pH，温度和同位素标记的底物对酶活性的影响；酶调节的变构模型；底物诱导酶的构象变化。电子显微镜：磁性和静电镜的理论及其焦距；电子显微镜的构造；限制分辨率和有用的放大倍数；对比形成；阴影和染色技术；扫描电子显微镜；标本准备技术；电子显微镜在细胞和分子生物学中的应用；嵌入和切割。仪器：生物系统光谱后的原理和应用：吸收光谱（UV-可见），荧光和磷光，圆形二色性（CD），红外光谱学（IR），共振拉曼光谱；电子旋转共振（ESR），液体闪烁计数器； pH计;超速离心，光学显微镜，光学显微镜；阶段，紫外线和干扰显微镜 - 其基本原理；光学系统和射线图 - 它们在细胞生物学中的应用；荧光显微镜；细胞和组织的微光照射法，荧光活化的细胞分辨率（FACS）。