避免最小输入量,以防止连接损害,降低产量和图书馆质量的不一致性和较低的图书馆复杂性。最小样本输入量增加了库的准备失败率。它们还需要更多的PCR周期,导致高百分比重复率和降低的映射率。低样品浓度在准确的定量和归一化方面构成了挑战,尤其是在RNA污染中,这可能会偏向归一化的努力并引入噪声(所有样品的关键点,但对于低输入和低质量样品(如FFPE)尤其如此)。
用途:EpiNext™ DNA 文库制备试剂盒 (Illumina) 适用于使用 Illumina 测序仪为下一代测序应用制备 DNA 文库,包括基因组 DNA 测序、ChIP 测序、MeDIP/hMeDIP 测序、亚硫酸盐测序和靶向重测序。该试剂盒的优化方案和组件允许快速构建非条形码 (单重) 和条形码 (多重) DNA 文库,并减少偏差。起始材料和输入量:起始材料可以包括从各种组织或细胞样本中分离的碎片 dsDNA、从 ChIP 反应、MeDIP/hMeDIP 反应或外显子捕获中富集的 dsDNA。DNA 应相对不含 RNA,因为大量的 RNA 会损害末端修复和 dA 尾部,从而降低连接能力。DNA 的输入量可以是 5 ng 到 1 ug。为了获得最佳制备效果,输入量应为 100 ng 到 200 ng。对于无扩增,需要 500 ng 或更多。注意事项:为避免交叉污染,请小心地将样品或溶液移入试管/小瓶中。使用气溶胶屏障移液器吸头,并在液体转移之间始终更换移液器吸头。整个过程中都要戴手套。如果手套和样品接触,请立即更换手套。
用途:EPINEXT™DNA库制备试剂盒(Illumina)适合使用Illumina Sequencer制备下一代测序应用的DNA库,其中包括基因组DNA-SEQ,chip-seq,chip-seq,medip/hmedip-seq,bisulfite-seq,bisulfite-seq,bisulfite-seq,targeted reparted reqe reqecencess。该套件的优化协议和组件允许使用偏置减少的偏差快速构建非标语(单个复合)和条形码(多重)DNA库。起始材料和输入量:起始材料可以包括从各种组织或细胞样品中分离出的碎片dsDNA,从芯片反应,MEDIP/HMEDIP反应或外显子捕获中富集的dsDNA。DNA应该相对不含RNA,因为大的RNA部分会损害末端修复和DA尾巴,从而降低了连接能力。DNA的输入量可以从5 ng到1 ug。为了获得最佳准备,输入量应为100 ng至200 ng。对于无扩增,需要500 ng或更多。预防措施:避免交叉污染,将样品或溶液仔细移液管中。使用气溶胶式移液器尖端,并始终在液体转移之间更改移液器。在整个过程中戴上手套。如果手套与样品之间接触,请立即更换手套。
用途:EpiNext™ CUT&LUNCH 检测试剂盒是一套完整的优化试剂,旨在快速从细胞中直接富集蛋白质(组蛋白或强结合转录因子)特异性 DNA 复合物,以通过 qPCR 或使用 Illumina 平台的下一代测序分析蛋白质与 DNA 之间的相互作用。起始材料:起始材料可以包括各种哺乳动物细胞样本,例如来自烧瓶或培养皿的培养细胞、原代细胞或从血液、体液、新鲜/冷冻组织中分离的稀有细胞群,以及从整个细胞群和胚胎细胞中分选的特定细胞等。细胞输入量:每个反应的细胞量可以是 2 x 10 3 到 5 x 10 5 个细胞。为了获得最佳制备效果,细胞输入量应为 2 x 10 5 ,尽管只需 500 个细胞即可获得修饰组蛋白的结果。抗体:抗体应为 ChIP 级,以识别与 DNA 或其他蛋白质结合的蛋白质。如果您使用的抗体尚未经过 ChIP 验证,则应使用适当的对照抗体(例如抗 RNA 聚合酶 II、抗 H3K4me3 或抗 H3K9me3)来证明这些抗体适合 ChIP。
用途:EpiNext™ CUT&RUN Fast Kit 旨在从低输入细胞/染色质中快速富集与蛋白质(组蛋白或转录因子)复合的特定 DNA,并通过下一代测序使用 Illumina 平台或 qPCR 等其他方法识别或绘制体内蛋白质-DNA 相互作用。该试剂盒的创新工作原理、优化的协议和组件允许在最小化非特异性背景水平的情况下捕获目标蛋白质/DNA 复合物。捕获的 DNA 特别适合构建非条形码(单重)和条形码(多重)文库,以更少的偏差和更高的分辨率绘制目标蛋白质-DNA 相互作用区域。输入量:对于细胞,通常,每个反应的量可以是 2 x 10 3 到 2 x 10 5 个细胞。为了获得最佳制备效果,细胞输入量应为 1 x 10 5 ,尽管从 EpiNext™ CUT&RUN Fast Kit 获得的修饰组蛋白测序数据只需 500 个细胞即可获得。对于从细胞或组织中分离的染色质,每个反应的量可以是 0.1 µg 至 5 µg 的染色质。为了获得最佳制备效果,染色质输入量应为 2 µg。起始材料:起始材料可以包括各种哺乳动物细胞样本,例如来自烧瓶或培养皿的培养细胞、原代细胞或从血液、体液、新鲜/冷冻组织(预制备的染色质)中分离的稀有细胞群,以及从整个细胞群和胚胎细胞中分选出的特定细胞等。抗体:抗体应为 ChIP 级,以便识别与 DNA 或其他蛋白质结合的蛋白质。如果您使用的抗体尚未经过 ChIP 验证,则应使用适当的对照抗体(例如抗 RNA 聚合酶 II、抗 H3K4me3 或抗 H3K27me3)来证明抗体适用于 ChIP。内部对照:此试剂盒中提供了阴性和阳性 ChIP 对照。注意事项:为避免交叉污染,请小心地将样品或溶液移入 PCR 管中。使用气溶胶屏障移液器吸头,并在液体转移之间始终更换移液器吸头。整个过程中都要戴手套。如果手套和样品接触,请立即更换手套。
用途:EpiNext™ CUT&RUN Fast Kit 旨在从低输入细胞/染色质中快速富集与蛋白质(组蛋白或转录因子)复合的特定 DNA,并通过 Illumina 平台的下一代测序或 qPCR 等其他方法识别或绘制体内蛋白质-DNA 相互作用。该试剂盒的创新工作原理、优化的协议和组件允许在最小化非特异性背景水平的情况下捕获目标蛋白质/DNA 复合物。捕获的 DNA 特别适合构建非条形码(单重)和条形码(多重)文库,以更少的偏差和更高的分辨率绘制目标蛋白质-DNA 相互作用区域。输入量:对于细胞,通常,每个反应的量可以是 2 x 10 3 到 2 x 10 5 个细胞。为了获得最佳制备效果,细胞输入量应为 1 x 10 5 ,尽管从 EpiNext™ CUT&RUN Fast Kit 获得的修饰组蛋白测序数据只需 500 个细胞即可获得。对于从细胞或组织中分离的染色质,每个反应的量可以是 0.1 µg 至 5 µg 的染色质。为了获得最佳制备效果,染色质输入量应为 2 µg。起始材料:起始材料可以包括各种哺乳动物细胞样本,例如来自烧瓶或培养皿的培养细胞、原代细胞或从血液、体液、新鲜/冷冻组织(预制备的染色质)中分离的稀有细胞群,以及从整个细胞群和胚胎细胞中分选出的特定细胞等。抗体:抗体应为 ChIP 级,以便识别与 DNA 或其他蛋白质结合的蛋白质。如果您使用的抗体尚未经过 ChIP 验证,则应使用适当的对照抗体(例如抗 RNA 聚合酶 II、抗 H3K4me3 或抗 H3K27me3)来证明抗体适用于 ChIP。内部对照:此试剂盒中提供了阴性和阳性 ChIP 对照。注意事项:为避免交叉污染,请小心地将样品或溶液移入 PCR 管中。使用气溶胶屏障移液器吸头,并在液体转移之间始终更换移液器吸头。整个过程中都要戴手套。如果手套和样品接触,请立即更换手套。
★ 更新要点 ★ 本产品是SMART-Seq ® v4 PLUS Kit 和SMART-Seq ® v4 Ultra Low Input RNA Kit for Sequencing的产品名称变更。 除产品名称外,还进行了以下细微更改,但它们不会影响协议或性能: 1. SeqAmp PCR 缓冲液已更新为 SeqAmp CB PCR 缓冲液,这提高了 DNA 清理过程中珠子的沉淀和重新悬浮的简易性。 2. 本产品不含AfaI、10X AfaI Buffer、或0.1% BSA。 3. 总RNA输入量的上限由10 pg - 10 ng修改为10 pg - 100 ng。
然后解析数据文件并加载其中的所有数字。数值可以按照用户方便的任何方式排列在文件中 — 每行一个或多个 — 但必须用任何非数字字符或非数字字符串分隔开(整个文件中不必相同)。数字可以以十进制或科学计数法表示,在本例中使用 e 或 E 表示适当的十的幂。例如,1983.76 也可以写成 1.98376e3 或 1.98376E3 。文件解析完成后,将显示已加载的值的数量以确保其符合用户的期望。以这种方式提供的样本值总数(对所有提供样本的输入量求和)不能超过大约 2400000。如果达到此限制,则计算开始后就会出现错误消息。
Illumina DNA准备富集的功能是Illumina富集作品集中最快的工作流程。用户友好,兼容自动化的解决方案支持所有经验级别的用户,并为各种实验设计提供了共同的工作流程,包括固定面板,自定义面板和全外观测序。珠子上标记可以使用多种DNA输入量和各种样本类型。具有富集的Illumina DNA准备与Illumina和第三方富集探针/面板兼容,从而实现了内容可移植性。具有富集溶液结合Illumina SBS Chemistry的创新Illumina DNA Prep,提供了最佳的靶向富集和外显子组测序体验。