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World File Search System近交
使用纯合性和机器学习的运行来解除近交和推断自我施肥率的来源
纯合性（ROHS）的运行表明，由于12个密切相关的个体的交配，纯合性和近交表明。自我施用可能是近交的主要来源，它可以提高基因组-13宽的纯合性，因此也应该产生长的ROH。在保护和选择性育种的背景下，ROH经常用于14个摊位，以及15个人群及其人口统计学历史的血缘关系，但尚不清楚ROH特征如何通过16个SELFIF改变，并且是否会因人口统计学变化而引起的期望的杂交签名。使用Simu-17恋爱，我们研究了繁殖模式和人口统计学历史对ROHS的影响。我们应用18个随机森林来识别ROH的独特特征，这表明近交源不同。19，我们指出了ROH的不同特征，可用于更好地表征20个近代人的类型，并预测脱落率和复杂的人口统计学历史。使用21个额外的模拟和四个经验数据集，两个来自高度构成物种，两个来自22个均值，我们预测率率并验证我们的估计。我们发现，即使有复杂的人口统计学，自我剥夺率也成功识别出23个。人口遗传汇总统计数据提高了24算法的准确性，特别是在存在额外的近交（例如，人口瓶中25颈）的情况下。我们的发现强调了ROHS在解散与26种近交源相关的混杂因素中的重要性，并证明了无法区分这些来源的情况。27此外，我们的随机森林模型还为社区提供了一种新的工具，用于使用基因组数据推断出率28。29
定量性状基因座和候选基因，这些基因控制着大豆“ Forrest”中的种子糖含量，由“ Williams 82”重组近交系数
1伊利诺伊州南部伊利诺伊大学农业科学学院，美国伊利诺伊州卡本代尔，伊利诺伊州62901； dounya.knizia@siu.edu（d.k.）; naoufal.lakhssassi@siu.edu（N.L.）; erdem.anil@siu.edu（E.A.）; mohamed.embaby@siu.edu（M.E.）; meksem@siu.edu（k.m.）2 USDA，美国农业研究服务部，农作物研究部，美国MS 38776，实验站路141号； nacer.bellaloui@usda.gov 3植物基因组学和生物技术实验室，生物学和法医学系，费耶特维尔州立大学，美国北卡罗来纳州28301，Fayetteville State University； jyuan@uncfsu.edu 4美国密苏里州密苏里大学植物科学技术部，美国密苏里州65211； vuongt@missouri.edu（t.v.）; nguyenhenry@missouri.edu（H.T.N。）5 USDA，农业研究服务，作物遗传学研究部门，605 Airways Blvd，Jackson，TN 38301，美国； alemu.mengistu@usda.gov *通信：mkassem@uncfsu.edu
在七个环境下，在重组培养花生的重组近交系种群中，在七个环境下为数百种子重量的定量性状基因座（QTL）绘制定量性状基因座（QTL）（Arachis hypogaea L.）
摘要：耕种的花生（Arachis hypogaea L.）是全球重要的油和现金作物。一百个烟和种子的重量是花生产量的重要组成部分。在当前的研究中，为了揭开一百个pod重量（HPW）和百分子重量（HSW）的遗传基础，从JH5（JH5，大豆荚和种子重量和种子重量）之间的十字架开发了一个重组近交系（RIL）人群，并使用M130（小荚和种子重量）（小荚和种子重量），并用来识别QTLS和HPW和HPW。使用SSR，AHTE，SRAP，TRAP和SNP标记构建了一个集成的遗传链接图。该地图由3130个遗传标记组成，分配给20个染色体，并覆盖1998.95 cm，平均距离为0.64 cm。在此基础上，HPW和HSW的31个QTL位于7个染色体上，每个QTL占表型方差的3.7–10.8％（PVE）。其中，在多个环境下检测到了七个QTL，并且在B04和B08上发现了两个主要的QTL。值得注意的是，染色体A08上的QTL热点在2.74 cm的遗传间隔内包含7个QTL，其中包括0.36 MB物理图，包括18个候选基因。Arahy.d52S1Z，Arahy.ibm9rl，Arahy.W18Y25，Arahy.cplc2w和Arahy.14H.14H可能在调节花生荚和种子重量中发挥作用。这些发现可以促进进一步研究培养花生中影响豆荚和种子重量的遗传机制。
