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World File Search System遗传力
研究文章一种基于CRISPR的转录激活的病毒指南RNA输送系统和拟南芥中的靶向DNA脱甲基化
植物RNA病毒被用作在病毒繁殖和运动期间高水平积累和有效扩散的递送向量。利用了这一概念，可以开发用于CRISPR-CAS9基因组编辑的几个基于病毒的指南RNA输送平台。CRISPR-CAS9系统也已改编成表观基因组编辑。虽然已经为基于CRISPR-CAS9的基因激活或位点特异性DNA去甲基化而开发了系统，但导致RNA的病毒传递仍有待开发。为了解决这一差距，我们开发了一种基于拟南芥的表观基因组编辑的基于烟叶病毒（TRV）的单个指南RNA输送系统。由于已证明tRNA样序列可以促进植物中RNA的细胞向细胞运动，因此我们使用tRNA指示RNA表达系统来表达从病毒基因组中引导RNA，以促进可遗传的表观基因组编辑。我们证明，具有TRV的tRNA-GRNA系统可用于拟南芥中开花wageningen基因的转录激活和靶向DNA脱甲基化。我们在接种植物的后代中诱导的脱甲基表型的遗传力达到了〜8％。我们没有在下一代中检测到病毒，表明从植物组织中对病毒有效清除。因此，TRV递送与特定的trna-grna结构相结合，提供了快速有效的表观基因组编辑。
全身性红斑狼疮患者的静脉血栓形成事件的风险：遗传见解
各种研究报告了不同自身免疫性疾病或感染介导的疾病与静脉血栓栓塞（VTE）的风险增加之间的密切关联。尤其是类风湿关节炎（RA）[1,2]，强直性脊柱炎（AS）[3]和银屑病关节炎（PSA）[4] [4]患者与VTE相关。上述研究提出了一个有趣的问题，该问题涉及共享遗传背景的推定作用，与VTE与RA的同时存在AS或PSA有关。在这种情况下，我们通过进行扩展的文献搜索[5-7]，最近设法阐明了这个问题。vte是冠状动脉心脏病（CHD）和中风，代表了第三种常见的心血管疾病，是一种多因素血管疾病，代表了影响各个年龄，性别和种族的人的全球健康问题，表现出2个主要子类型，展示了2个主要的静脉息肉（DVT）和肺部和肺部内骨骼（PE）[8] [8] [8] [8]。尤其是，VTE发病机理包括在腿部和手臂的静脉（称为DVT）中形成的凝块，或者栓塞并传播到肺部，称为肺栓塞PE。基于组织学和电子显微镜研究的数据表明，静脉血栓具有更多的纤维蛋白和红细胞，而动脉血栓具有更多的血小板[9]。vte是一种具有明显遗传性易感性的疾病，其遗传力在家庭，双胞胎，兄弟姐妹和半兄弟姐妹的研究中约为50％[10]，而如果另一个兄弟姐妹的VTE为2.5倍，则出现兄弟姐妹的风险[11]
遗传相互作用会影响酒精使用障碍
酒精使用障碍（AUD）已知具有重要的遗传成分，但其遗传力与全基因组关联研究的发现之间仍然存在很大的差距。有助于这一差距的一个潜在因素可能是遗传相互作用，或者是遗传相互作用，这在AUD的背景下在很大程度上没有探索。这项研究的目的是调查上毒在美国印第安人的易感性和严重性中的作用，美国印第安人在美国所有族裔中表现出最高的AUD率，我们首先确定了先前与酒精依赖性和AUD相关的基因，然后通过生物学网络扩展了该基因，最终构成了3,736 Genes and Congulation elements and Interialts。最终基因集被映射到742个人的美洲印第安人队列中的476K变体。，我们对变体集进行了成对的遗传相互作用关联分析，然后进行了双集群程序，将相互作用的SNP对分组为相互作用的间隔。总共确定了114对基因相互作用对，并确定调节元素与AUD严重程度显着相关。这些基因富含免疫系统，细胞粘附，神经元和疾病途径。他们的表情在中脑GABA能神经元中特别丰富。我们的研究代表了任何人群中AUD的首次大规模遗传相互作用研究。我们的发现表明，上毒可能有助于AUD的发展和发展。
精神病性格特征压力免疫和社会效能减轻了抑郁症的情感能力与认知功能之间的关系
抑郁症是一种情感障碍，包括情绪低落，兴趣和欢乐减少，认知功能恶化以及伴随的营养症状，例如睡眠或食欲不振（1）。抑郁症状主要在情绪和认知领域中发现。例如，最近的研究表明，抑郁症患者对厌恶刺激的情绪反应性降低（2），情绪调节的困难（例如3，4）或对面部情绪表达的负面反应偏见（5）。同时，在创伤经历后，更好地调节情绪的能力与对抑郁症的韧性相关（6）。关于认知功能，有积累的证据表明抑郁症患者的认知恶化；例如，抑郁症与执行功能，注意力（7），精神运动速度，学习，视觉记忆（8），工作记忆和长期记忆的认知缺陷有关（9）。还研究了抑郁症中认知功能与情绪之间的联系。对抑郁症，认知和情绪调节的几项研究进行了一项综述，表明认知偏见（在注意力，记忆和认知控制中）朝着抑郁症的负面刺激，这会导致更适应性地重新诠释情况的能力受损（例如，重新评估），而增加了适应性认知策略的使用（E. g.g.g. g.g. 3）。尽管如此，没有一个机制可以完全解释抑郁症的所有方面，因此在病因学中需要考虑几个因素。可以将抑郁症状分配到许多不同的方面，导致其发展的因素是环境方面（例如，儿童虐待和压力事件）和遗传力（1）。人格特征已被证明有助于抑郁的发展（例如10）。
PDF 1.27 M-环境，生物多样性和土壤安全
ighen引入了水稻基因型以及两个局部品种的2020年和2021年的两个局部品种，在Sakha农业研究站的实验农场，Sakha，Sakha，Kafr El-Sheikh，埃及，谷物产量和相关的农艺学特征。方差分析显示，在评估的所有生长参数中，水稻基因型之间存在非常显着的差异。大多数研究的水稻基因型的谷物产量高于支票品种，AFR0280，AFR278-2-2和AFR278-8分别在两个季节下平均产量为14.26、14.03和14.00（T/HA）。基因型方差大于环境方差。表型变异系数（PCV）接近基因型系数变异（GCV），这表明遗传因子对所研究特征表达的影响。对所有研究字符观察到的高宽义遗传力（> 85％），这表明这些特征是通过加性基因作用遗传的，并且可以通过直接选择来增强。谷物的产量与植物高度，叶（长度和宽度），叶片面积，圆锥花序长，初级分支，圆锥花序，每个圆锥花序的尖峰和每个圆锥花序填充的晶粒。根据簇分析获得的树状图将二十种水稻基因型根据产量及其成分性状分为四个簇。因此，建议这些字符可以用作在水稻育种程序中选择理想基因型的表型标记。
![arxiv：2502.07366v1 [stat.me] 2025年2月11日](/simg/8\89b2f180849147a459f426aef53f9e4f9cb4c95f.webp)
arxiv：2502.07366v1 [stat.me] 2025年2月11日
holobiont由宿主有机体及其微生物群组成。在动物育种的背景下，因为可以将Holobiont视为选择运行的单个单元，因此将微生物群数据整合到基因组预测模型中可能是改善表型和遗传值的预测的有希望的方法。尽管如此，全息型跨代数据很少来解决这一假设，因此填补了这一空白，我们提出了一个新的仿真框架。我们的方法是基于跨代全息素模型的模拟器（RITHMS）的R实现，是一个开源软件包，它在MOBPS软件包上构建，并结合了微生物群的独特特征，尤其是垂直和水平传输以及由于环境和宿主基因的调制。此外，Rithms可以考虑各种选择策略，并且适合不同的遗传体系结构。我们在各种情况下使用RITHM模拟了跨代全息学数据，改变了遗传力，微生物性和微生物群。我们发现，模拟数据准确地反映了预期特征，特别是基于微生物多样性指标，分类单元之间的相关性，垂直和水平传播的调节，对环境效应的响应以及根据选择策略的演变的演变。我们的结果支持我们的仿真框架的相关性，并说明了其在构建选择指数平衡遗传增益和微生物多样性的可能用途。RITHMS是一种高级，灵活的工具，用于生成跨代全息素数据，该数据结合了遗传学，微生物群和环境之间的复杂相互作用。
关于植物利用基因组选择和高通量技术适应气候变化的研究主题的社论
气候变化将对主食（主要或孤儿）作物的产量和营养质量产生负面影响。此外，气候现象（频率、强度）的不确定性使得加快开发适应新条件的品种至关重要（Owino 等人，2022 年）。GWAS（全基因组关联研究）和 GS（基因组选择）是研究标记-性状关联并减少育种时间和成本的有效方法。然而，这些方法的效率受到遗传力和遗传结构的影响，而且它们并不总是完全成功。因此，需要新的方法来补充这些方法并在更短的时间内实现目标。高通量技术的快速发展为开发新的植物育种替代方案提供了机会。例如，越来越多的证据表明组学数据提高了基因组预测的性能。此外，将基因组和功能组学数据与遗传和表型信息相结合可以发现负责关键农学表型的基因和途径。上述方法产生的大量数据主要通过机器学习和深度学习等新兴分支与表型相关联。该学科可以处理数据的维度和复杂性，将生物学知识和组学数据转化为精确设计的植物育种（尽管这项任务并不总是能够实时解决）。本研究主题中提出的工作涵盖了应对气候变化带来的挑战的广泛解决方案，我们相信它们将对该领域的研究人员有所帮助。栽培马铃薯（Solanum tuberosum）对干旱的敏感性对种植者构成了重大挑战，尤其是在气候变化和干旱事件发生频率不断增加的背景下。Fofana 等人评估了一组 384 个乙基
社论：植物复杂性状遗传解析的统计方法进展
在实际数据分析中，最常用的全基因组关联研究（GWAS）方法往往会遗漏一些重要的位点和性状遗传力。针对这些挑战，Li等（2022a）基于压缩方差分量混合模型建立了一种创新方法3VmrMLM。在3VmrMLM中，数量性状核苷酸（QTN）、QTN与环境互作（QEI）和QTN与QTN互作（QQI）检测中的所有效应都被压缩到一个效应相关向量中，而所有多基因背景都被压缩到一个向量相关的多基因背景中。该方法特别适用于杂合基因型比例较高的物种，如人类、森林、菊花和草原。3VmrMLM能取代现有的方法吗？答案是否定的，尽管3VmrMLM表现出优于现有方法的优势。对于以加性效应为主导的位点的检测，现有方法仍然适用，如在水稻、小麦和大豆中观察到的。由于 GWAS 基于历史重组的连锁不平衡，因此方法之间存在互补性（Zhang et al., 2019 ）。然而，现有方法在检测显性效应和小等位基因替换效应方面面临挑战（Zhang et al., 2023 ）。在分析真实数据时，通货膨胀因子或分位数-分位数图是评估方法性能的常用指标。然而，这对于我们的 mrMLM 和 3VmrMLM 方法（Zhang et al., 2020 ; Li et al., 2022a ）并不重要，因为它们的全基因组扫描旨在选择潜在相关的标记，而不是识别
更改低
父母患有躁郁症（BD）或重度抑郁症（MDD）的后代对这些疾病的生物学风险（HR）高，鉴于其显着的遗传力。因此，研究HR-MDD和HR-BD年轻人的神经相关性对于了解情绪障碍发作之前的发展至关重要。低率波动（ALFF）和分数ALFF（Falff）的静止状态幅度显示出中度至高测试可靠性，这使其成为识别生物标志物的好工具。但是，这条途径仍未得到探索。使用健康的脑网络生物库，我们确定了150名儿童和青少年HR-MDD，50 HR-BD和150个没有任何精神疾病的风险（即对照组）。然后，我们检查了静止状态期间相对Alff/Falff信号的差异。与对照组相比，在校正后的阈值中，参与者HR-MDD在背侧尾状核中显示较低的静息ALFF信号。与对照组相比，HR-BD组在原发性运动皮层中显示出FALFF值增加。因此，在可能与重要情绪障碍，即精神运动迟缓和躁动有关的地区中注意到了牢固的差异。在未校正的阈值下，在中央孔皮层和小脑中发现了差异。数据库是一个社区引用的队列，就儿童的心理诊断和症状学而言，可能改变了结果。alff和Falff的结果，用于比较HR组与对照组重叠的，表现出良好的收敛性。需要进行更多的研究，以测量HR中的ALFF/FALFF来补充这些结果。
夏季研究计划2025 - 项目
描述：自闭症谱系障碍是一种复杂的神经发育障碍，其特征是社会沟通和互动中的持续困难以及受限制和重复的行为，利益或活动。该疾病具有很高的遗传力和复杂的遗传背景。在国际研究中，已知有几种遗传变异与该疾病有关。 这些变体如何影响卡塔里人群仍不清楚。 在这项研究中，我们将估计已知的自闭症病例和卡塔尔对照样本中的变体频率。 使用每种变体的估计风险，我们将为代表他或她患疾病风险的每个人产生多基因风险评分，这是个性化医学中可能的关键指标。 之后，我们将计算出这种风险评分在病例与对照组中的疾病的预测程度。 导师：高级科学家Jouke Jan Hottenga博士。 电子邮件：jhottenga@hbku.edu.qa在国际研究中，已知有几种遗传变异与该疾病有关。这些变体如何影响卡塔里人群仍不清楚。在这项研究中，我们将估计已知的自闭症病例和卡塔尔对照样本中的变体频率。使用每种变体的估计风险，我们将为代表他或她患疾病风险的每个人产生多基因风险评分，这是个性化医学中可能的关键指标。之后，我们将计算出这种风险评分在病例与对照组中的疾病的预测程度。导师：高级科学家Jouke Jan Hottenga博士。电子邮件：jhottenga@hbku.edu.qa