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World File Search System遗传变异
与HIV-1载荷附近的非洲特异性人遗传变异
HIV-1仍然是全球健康危机1，强调了确定疗法新目标的必要性。在这里，在非洲的HIV-1负担不成比例并明显人类基因组多样性2，我们评估了3,879名患有HIV-1的非洲祖先的Setpoint病毒负荷控制的遗传决定因素参与了HIV 3的国际基因组学国际合作。我们在1号染色体上确定了先前未描述的关联信号，其中峰值变体辅助每毫升每毫升较低的设定点病毒载荷每个小等位基因副本均具有大约0.3 log 10转化的副本，并且针对非洲下降的种群。顶部相关的变体是基因间的，位于长的基因间非编码RNA（Linc00624）和编码基因CHD1L之间，该基因CHD1L编码与DNA修复有关的解旋酶4。在IPS细胞衍生的巨噬细胞和其他永生的细胞系中的感染分析显示，CHD1L敲低和CHD1L-敲除细胞中HIV-1复制增加。 我们提供了人群遗传研究的证据，表明CHD1L附近的非洲特异性遗传变异与体内的HIV复制相关。 尽管实验研究表明，CHD1L能够限制某些细胞类型中的HIV感染，但需要进一步研究以了解我们观察到的基础机制，包括CHD1L对基于细胞基于细胞的测定的HIV散布的任何潜在间接影响，以致我们的基于细胞的测定无法概括。在IPS细胞衍生的巨噬细胞和其他永生的细胞系中的感染分析显示，CHD1L敲低和CHD1L-敲除细胞中HIV-1复制增加。我们提供了人群遗传研究的证据，表明CHD1L附近的非洲特异性遗传变异与体内的HIV复制相关。尽管实验研究表明，CHD1L能够限制某些细胞类型中的HIV感染，但需要进一步研究以了解我们观察到的基础机制，包括CHD1L对基于细胞基于细胞的测定的HIV散布的任何潜在间接影响，以致我们的基于细胞的测定无法概括。
常见的遗传变异会影响大脑的压力反应
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。该预印本版的版权持有人于2023年12月28日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.12.27.573459 doi：Biorxiv Preprint
II型糖尿病和脂质调节中Nat2遗传变异的Nat2遗传变化的临床意义
背景：N-乙酰基转移酶2（NAT2）酶是一种代谢不同化合物的II期药物代谢酶。Nat2中遗传变异会影响酶的活性，并可能导致某些疾病的发展。 目的：本研究旨在研究NAT2变体与约旦患者的II型糖尿病（T2DM）和脂质概况的风险。 方法：我们使用Sanger的方法在45名约旦T2DM患者和50名对照组的样本中使用Sanger的方法对整个蛋白质编码区进行了测序。 此外，我们分析了患者的脂质谱，并检查了与Nat2变体的任何潜在关联。 结果：这项研究表明，在T2DM（44％）中，杂合NAT2*13 C/T基因型比非T2DM受试者（23.5％）更为常见（P = 0.03）。 此外，与非T2DM受试者（11％）相比，T2DM患者的纯合NAT2*13 T/T基因型的频率明显更高（P = 0.03）（26.7％）。 在T2DM患者（11.1％）中仅观察到杂合Nat2*7 g/A基因型，在对照非T2DM组中不存在。 此外，在T2DM患者中，具有纯合NAT2*11 T/T基因型的患者在甘油三酸酯（381.50±9.19 ng/dl）中表现出明显更高的水平，P值为0.01，与具有杂合NAT2*11 C/T（136.23-.23-23-yg 2 ng或wriel of nat2*11 c/t）相比C/C（193.65±109.89 ng/dl）基因型。 结论：这项研究的发现表明，Nat2基因是约旦人中T2DM发展和甘油三酸酯水平变化的潜在生物标志物。遗传变异会影响酶的活性，并可能导致某些疾病的发展。目的：本研究旨在研究NAT2变体与约旦患者的II型糖尿病（T2DM）和脂质概况的风险。方法：我们使用Sanger的方法在45名约旦T2DM患者和50名对照组的样本中使用Sanger的方法对整个蛋白质编码区进行了测序。此外，我们分析了患者的脂质谱，并检查了与Nat2变体的任何潜在关联。结果：这项研究表明，在T2DM（44％）中，杂合NAT2*13 C/T基因型比非T2DM受试者（23.5％）更为常见（P = 0.03）。此外，与非T2DM受试者（11％）相比，T2DM患者的纯合NAT2*13 T/T基因型的频率明显更高（P = 0.03）（26.7％）。在T2DM患者（11.1％）中仅观察到杂合Nat2*7 g/A基因型，在对照非T2DM组中不存在。此外，在T2DM患者中，具有纯合NAT2*11 T/T基因型的患者在甘油三酸酯（381.50±9.19 ng/dl）中表现出明显更高的水平，P值为0.01，与具有杂合NAT2*11 C/T（136.23-.23-23-yg 2 ng或wriel of nat2*11 c/t）相比C/C（193.65±109.89 ng/dl）基因型。结论：这项研究的发现表明，Nat2基因是约旦人中T2DM发展和甘油三酸酯水平变化的潜在生物标志物。T2DM纯合NAT2*12 g/g基因型的患者的甘油三酸酯水平明显高于甘油三酸酯水平（275.67±183.42 ng/dl）比杂合子Nat2*12 a/g（140.02±49.53 ng/dl）和109. 12 a/g（140.02±49.53 ng/dl） ng/dl）。但是，重要的是要注意我们的样本量有限。因此，需要进行较大队列的进一步临床研究以验证这些发现。关键字：II型糖尿病，N-乙酰基转移酶2，Nat2，甘油三酸酯，遗传变异，约旦人口
具有主要编辑传感器库的遗传变异的高吞吐量评估
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零星营养性侧硬化症的遗传变异性
随着基因疗法的出现，肌萎缩性侧索硬化症（ALS），基因测试激增了这种缓解。尽管在家族性ALS中，C9orf72，SOD1，FUS和TARDBP的基因测试经验丰富，但探索所有ALS相关基因（SALS）中所有ALS相关基因的遗传变异的大型研究仍然很少。鉴于SAL的复杂遗传结构，在诊断环境中的基因测试是具有挑战性的，其中有一些遗传变异型具有较大和小的效应大小。缺乏基因面板中遗传变异和患者律师律师的解释指南。我们旨在通过将美国医学遗传学和基因组学学院（ACMG）标准应用于全基因组测序数据，从6013个零星ALS患者和2411个匹配的Project Project对照组中，对ALS基因的遗传变异性进行了彻底的表征。我们研究了90个ALS相关基因的遗传变异，并应用了定制的ACMG标准来鉴定病原体IC和可能的致病变异。的变体。此外，我们使用扩展猎人工具确定了C9orf72，ATXN1，ATXN2和NIPA1中重复扩展的长度。我们发现C9orf72在5.21％的SALS患者中重复扩张。在50个ALS相关的基因中，我们没有识别出任何致病性或可能的致病性变异。在5.89％中发现了一种致病性或可能的致病变体，大多数在SOD1，TARDBP，FUS，NEK1，OPTN或TBK1中发现了大多数。在17.33％的病例中检测到ATXN1，ATXN2，NIPA1和/或UNC13A中的孤立危险因素。明显更多的病例至少携带了一种致病性或可能的致病性变异（优势比1.75; p值1.64×10-5）。在71.83％的情况下，我们没有找到任何遗传线索。 发现了2.88％的变体。 这项研究提供了大量萨尔群体中的致病性和可能致病性遗传变异的清单。 总体而言，我们在38个已知ALS基因中发现了11.13％的ALS患者中的病原和可能的致病变异。 与寡聚假说一致，我们发现在对照组合的情况下，变体的组合明显更多。 许多未知意义的变体可能会导致ALS风险，但是缺乏可靠识别和称重的诊断算法。 这项工作可以作为咨询和ALS基因面板组装的资源。 鉴于对ALS的基因测试的兴趣日益增长，需要进一步表征SAL的遗传结构。在71.83％的情况下，我们没有找到任何遗传线索。发现了2.88％的变体。这项研究提供了大量萨尔群体中的致病性和可能致病性遗传变异的清单。总体而言，我们在38个已知ALS基因中发现了11.13％的ALS患者中的病原和可能的致病变异。与寡聚假说一致，我们发现在对照组合的情况下，变体的组合明显更多。许多未知意义的变体可能会导致ALS风险，但是缺乏可靠识别和称重的诊断算法。这项工作可以作为咨询和ALS基因面板组装的资源。鉴于对ALS的基因测试的兴趣日益增长，需要进一步表征SAL的遗传结构。
MBD5中与严重癫痫和智力残疾相关的一种新型遗传变异：对神经原发性纤毛的潜在影响
1 Coimbra大学神经科学与细胞生物学中心（CNC），3004-504 Coimbra，葡萄牙2药学学院，Coimbra大学3000-548 Coimbra，葡萄牙3，葡萄牙3研究院，3030-789 COIMBRA，PORTUGIAL 4.科尼布拉大学医学学院牙科研究所，葡萄牙6 Coimbra，葡萄牙6口腔科学创新与研究中心（CIROS），科尼布拉大学医学院，3000-075 Coimbra，Coimbra，Coimbra，Coimbra，葡萄牙7大学诊所ICAR培训中心，儿科医院，医院中心和大学至里约热内弗（CHUC），3000-602 Coimbra，Coimbra，Coimbra 9 Life Sciences，Coimbra University of Coimbra，3000-456 Coimbra，葡萄牙 *通信 *通信：jpeca@cnc.uc.cp.pt（J。） cseabra@cnc.uc.pt（c.m.s.）
使用机器学习将跨哺乳动物的增强子遗传变异与复杂表型相关联
*通讯作者。ikaplow@cs.cmu.edu（i.m.k.）; apfenning@cmu.edu（a.r.p.）。†这些作者为这项工作做出了同样的贡献。•目前的地址：美国马萨诸塞州剑桥市史丹利精神病学研究中心。§§地址：美国华盛顿州西雅图的艾伦脑科学研究所。¶刊登地址：美国马萨诸塞州剑桥大学的癌症计划。#Present地址：美国爱荷华州爱荷华州法学院，美国爱荷华州，美国。**动物联盟合作者和分支机构在本文的结尾列出。作者贡献：I.M.K.，A.J.L。和D.E.S.以姓氏为单位的顺序被列为联合第一作者，因为它们对手稿也同样贡献。概念化：I.M.K。和A.R.P.数据策划：I.M.K.，C.S.，B.N.P.，A.J.L.，W.K.M.，K.F。和D.P.G.正式分析：I.M.K.，D.E.S.，A.J.L.，C.S.，H.H.S.和B.N.P. 资金收购：A.R.P.，A.J.L.，B.N.P.，E.K.K.，D.P.G。和K.L.-T。调查：I.M.K.，A.J.L.，D.E.S.，C.S.，M.E.W.，H.H.S.，B.N.P.，K.P.，A.R.B。和A.R.P. 方法论开发：I.M.K.，A.J.L.，D.E.S.，C.S。和A.R.P. 监督：I.M.K.，A.R.P.，A.J.L.，M.E.W.，E.K.K。和K.L.-T。软件实施：D.E.S.，I.M.K.，A.J.L.，C.S.，H.H.S.，M.E.W.，W.K.M.，X.Z.和K.F. 可视化：I.M.K.，D.E.S.，C.S.，A.J.L.，H.H.S.和A.R.P. 手稿准备：I.M.K.，D.E.S.，A.J.L.，A.R.P.，C.S。和H.H.S. 手稿评论和编辑：所有作者。正式分析：I.M.K.，D.E.S.，A.J.L.，C.S.，H.H.S.和B.N.P.资金收购：A.R.P.，A.J.L.，B.N.P.，E.K.K.，D.P.G。和K.L.-T。调查：I.M.K.，A.J.L.，D.E.S.，C.S.，M.E.W.，H.H.S.，B.N.P.，K.P.，A.R.B。和A.R.P.方法论开发：I.M.K.，A.J.L.，D.E.S.，C.S。和A.R.P.监督：I.M.K.，A.R.P.，A.J.L.，M.E.W.，E.K.K。和K.L.-T。软件实施：D.E.S.，I.M.K.，A.J.L.，C.S.，H.H.S.，M.E.W.，W.K.M.，X.Z.和K.F.可视化：I.M.K.，D.E.S.，C.S.，A.J.L.，H.H.S.和A.R.P. 手稿准备：I.M.K.，D.E.S.，A.J.L.，A.R.P.，C.S。和H.H.S. 手稿评论和编辑：所有作者。可视化：I.M.K.，D.E.S.，C.S.，A.J.L.，H.H.S.和A.R.P.手稿准备：I.M.K.，D.E.S.，A.J.L.，A.R.P.，C.S。和H.H.S.手稿评论和编辑：所有作者。
环氧树钠酸加工中的遗传变异...
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gwas和荟萃分析确定了临界covid-19 的49个遗传变异
gbA2抗糖基糖酶对降低糖脂脂的降低gbA3 a腹葡萄糖基酰胺酶，降低糖磷脂脂糖gpx1 ebselen谷胱甘肽过氧化物酶过氧化物酶诱导的氧化应激GPX2 EBSELENE粘液酶GPX2 EBSELENE氧化物GPX2 E氧气氧化剂GPX3 E氧化剂氧化剂氧化剂GPX3 induced oxidant stress GPX4 Ebselen Glutathione peroxidase induced oxidant stress GPX5 Ebselen Glutathione peroxidase induced oxidant stress GPX6 Ebselen Glutathione peroxidase induced oxidant stress GPX7 Ebselen Glutathione peroxidase induced oxidant stress HIF1A 2-deoxy-D-glucose glucose metabolism - hypoxia-inducible factor-1 𝛼 HRH2 Famotidine Histamine response in inflammation HTR1A Cyproheptadine Serotonin and histamine receptor binding HTR2A Cyproheptadine Serotonin and histamine receptor binding HTR3A Cyproheptadine Serotonin and histamine receptor binding HTR2C Cyproheptadine Serotonin and组胺受体结合
非编码遗传变异在心肌病中的作用
心肌病仍然是全球发病率和死亡率的主要原因之一。环境风险因素和遗传倾向是大多数心肌病病例。与所有复杂疾病一样，解释与心肌病相关的遗传变异的分子机制的解释中存在显着挑战。鉴于DNA序列技术的技术改进和成本降低，现在越来越多的患者正在接受基因检测，从而导致不断扩大的新型突变列表。然而，许多患者携带非编码遗传变异，尽管新兴证据支持其对心脏病的贡献，但他们在心肌病中的作用仍然在很大程度上得到了研究。在这篇综述中，我们总结了已发表的研究报告，该研究报告了不同类型的非编码变体与各种类型的心肌病的关联。我们专注于转录增强子，启动子，内含子位点和可能与心脏病相关的未翻译区域内的变体。鉴于该主题的广泛本质，我们提供了相对较新的研究概述，并且具有足够的证据来支持一定程度的因果关系。我们认为，对非编码遗传变异的额外验证的更多研究将为心脏疾病的发展提供进一步的机理见解，而非编码变体将越来越多地纳入未来的遗传筛查测试中。