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FlowDock：生成蛋白质配体对接和亲和力预测的几何流量匹配
最近已经提出了动机的强大生成模型，但这些方法中很少有支持柔性蛋白质配体对接和亲和力估计。没有人可以直接对多种结合配体进行同时建模，也可以根据药理学相关的药物靶标进行严格的标准，从而阻碍了它们在药物发现工作中的广泛采用。 导致这项工作，我们提出了FlowDock，这是一种基于条件流量匹配的深几何生成模型，该模型学会了将其直接映射到其绑定的（Holo）对应物中，以将其映射到任意数量的结合配体中。 此外，Flowdock与其每种生成的蛋白质配体复杂结构中提供了预测的结构置信度评分和结合亲和力值，从而实现了新（多配体）药物目标的快速虚拟筛选。 对于常用的PoseBusters基准数据集，Flotdock使用Unbound（APO）蛋白质输入结构实现了51％的盲区对接成功率，而没有任何来自多个序列比对的信息，并且对于具有挑战性的新Dockgen-E数据集，FlotDock与单次序列Chai-1的性能相匹配。 此外，在第16个社区范围内的结构预测技术批判性评估（CASP16）的配体类别中，Flowdock在140种蛋白质配体复合物中的药理学结合亲和力估计的前5位方法中排名，证明了其在虚拟筛选中的学位表达的功效。没有人可以直接对多种结合配体进行同时建模，也可以根据药理学相关的药物靶标进行严格的标准，从而阻碍了它们在药物发现工作中的广泛采用。导致这项工作，我们提出了FlowDock，这是一种基于条件流量匹配的深几何生成模型，该模型学会了将其直接映射到其绑定的（Holo）对应物中，以将其映射到任意数量的结合配体中。此外，Flowdock与其每种生成的蛋白质配体复杂结构中提供了预测的结构置信度评分和结合亲和力值，从而实现了新（多配体）药物目标的快速虚拟筛选。对于常用的PoseBusters基准数据集，Flotdock使用Unbound（APO）蛋白质输入结构实现了51％的盲区对接成功率，而没有任何来自多个序列比对的信息，并且对于具有挑战性的新Dockgen-E数据集，FlotDock与单次序列Chai-1的性能相匹配。此外，在第16个社区范围内的结构预测技术批判性评估（CASP16）的配体类别中，Flowdock在140种蛋白质配体复合物中的药理学结合亲和力估计的前5位方法中排名，证明了其在虚拟筛选中的学位表达的功效。可用性和实现源代码，数据和预训练的模型可在https://github.com/ bioinfaramefaraminelearning/flowdock上找到。
FLT3 配体动力学特征预测反应
Pierre Peterlin，JoëlleGaschet，Pascal Turlure，Marie-Pierre Gourin，Pierre-Yves Dumas，Sylvain ThePot，Ana Berceanu，Sophie Park，Marie-Anne医院，Thomas Cluzeau，Jose-Miguel Torregrosa Diaz，Louis Drevon，sophie sophie sophie， IME Jullien，Pierre Fenaux和Patrice Chevallier收到：2024年6月6日。接受：2024年11月13日。引用：Pierre Peterlin，JoëlleGaschet，Pascal Turlure，Marie-Pierre Gourin，Pierre-yves dumas，Pierre-yves dumas，sylvain thepot thepot thepots theboosa， Iaz，Louis Drevon，Rosa Sapena，Fatiha Chermat，Lionel Ades，Sophie Dimicoli-Salazar，Maxime Jullien、Pierre Fenaux 和 Patrice Chevallier。 FLT3 配体动力学特征可预测接受 CPX-351 治疗的高危骨髓增生异常综合征/慢性粒单核细胞白血病患者对治疗的反应：法语国家骨髓增生异常综合征小组的一项研究。血液学。 2024 年 11 月 21 日。doi：10.3324/haematol.2024.286025 [印刷前电子出版] 出版商免责声明。先于印刷的电子出版对于科学的快速传播越来越重要。因此，Haematologica 正在以电子方式发布已完成定期同行评审并被接受出版的手稿早期版本的 PDF 文件。该 PDF 文件的电子出版已获作者批准。稿件在印刷前进行电子出版后，将经过技术和英语编辑、排版、校对，并提交作者最终审批；手稿的最终版本将会出现在期刊的常规期刊中。所有适用于期刊的法律免责声明也适用于此制作过程。
使用雷诺阿绘制空间配体-靶标活性
1 印度理工学院坎普尔分校计算机科学与工程系，印度 2 印度理工学院坎普尔分校数学与统计学系，印度 3 哈里·珀金斯医学研究所，内德兰兹，珀斯，西澳大利亚 4 科廷大学科廷医学院，珀斯，西澳大利亚 5 悉尼大学，悉尼，澳大利亚 6 新加坡 KK 妇女儿童医院 KK 研究中心 7 新加坡科学技术研究局 (ASTAR) 免疫学网络 (SIgN) 8 法国维尔瑞夫古斯塔夫·鲁西癌症园区 9 加文医学研究所转化基因组学项目，达令赫斯特，澳大利亚 10 新南威尔士大学医学与健康学院临床医学院，澳大利亚肯辛顿 11 印度理工学院坎普尔分校生物科学与生物工程系 12 印度理工学院坎普尔分校 Mehta 家族医学工程中心，印度 * 通讯作者 3,4,6,9,10 ankur.sharma@garvan.org.au（澳大利亚），1,11,12 hamim@iitk.ac.in（赫尔辛基）
动物驯化中的偶联受体及其配体
摘要 植物和动物的驯化导致了人类历史上最重大的文化和社会经济转型之一。动物驯化，包括人类监督的繁殖，在很大程度上将特定动物物种与受环境和生态因素驱动的自然进化历史脱钩。驯化动物的主要动机是生产食物和材料（例如肉、蛋、蜂蜜或奶制品、羊毛、皮革制品、珠宝和药品），以支持农业耕作或运输（例如马、牛、骆驼和骆驼）并促进人类活动（用于狩猎、救援、治疗援助、守卫行为和保护或仅仅作为伴侣）。近年来，已经解码了 40 多种驯养动物的遗传信息；这些研究已经确定了与特定生理和行为特征相关的基因和突变，这些基因和突变导致了动物驯化的复杂遗传背景。这些因育种而改变的基因组为不同生理区域的调节提供了见解，包括有关内分泌学和行为之间的联系的信息，具有重要的病理生理学意义（例如肥胖和癌症），将人们对驯化的兴趣扩展到该领域之外。在驯化和育种过程中经过选择的几种基因编码特定的 G 蛋白偶联受体，这是一类跨膜受体，参与调节许多总体功能，如生殖、发育、身体稳态、代谢、应激反应、认知、学习和记忆。在这里，我们总结了有关 G 蛋白偶联受体及其配体的变异以及它们如何促进动物驯化的现有文献。
使用基于片段的量子化学计算蛋白质-配体相互作用能量的收敛协议
基于碎片的量子化学方法提供了一种避免电子结构计算的非线性缩放的方法，因此可以使用高级方法研究大型分子系统。在这里，我们使用碎片来计算具有数千个原子的系统中的蛋白质-配体相互作用能，使用一种用于管理基于碎片的计算的新软件平台，该平台实现了屏蔽多体展开。使用最小基半经验方法 (HF-3c) 进行的收敛测试表明，使用单残基碎片和简单氢帽的二体计算足以重现使用传统超分子电子结构计算获得的相互作用能，误差在 1 kcal/mol 以内，计算成本约为 1%。我们还表明，HF-3c 结果说明了密度泛函理论在增强四倍 ζ 质量的基组中获得的趋势。碎片化的战略部署有利于融合生物分子模型系统与高质量电子结构方法和基组一起使用，将从头算量子化学引入迄今为止难以想象的规模的系统。这将有助于为机器学习应用生成高质量的训练数据。
赛诺菲和奥兰诺联手开发下一代放射性配体药物 巴黎，2024 年 10 月 17 日。赛诺菲和奥兰诺旗下的子公司 Orano Med
赛诺菲和奥拉诺联手开发下一代放射性配体药物 巴黎，2024 年 10 月 17 日。赛诺菲与奥拉诺集团子公司、肿瘤靶向阿尔法疗法开发领域的先驱奥拉诺医疗公司达成协议，结合双方在对抗罕见癌症方面的专业知识，进一步加快开发下一代放射性配体药物。基于奥拉诺医疗的专业知识和放射性配体产品线，赛诺菲和奥拉诺将投资一家以奥拉诺医疗品牌运营的新实体，专注于基于铅-212（212Pb）阿尔法发射同位素的下一代放射性配体疗法 (RLT) 的发现、设计和临床开发。该协议是在赛诺菲宣布与奥拉诺医疗和 RadioMedix 达成独家许可协议之后达成的，以推进罕见癌症的放射性配体疗法 (RLT)，重点关注一个后期项目 AlphaMedix™。靶向阿尔法疗法依赖于一个简单的概念：将生物载体靶向癌细胞的能力与发射阿尔法的放射性同位素的短程高能细胞杀伤能力相结合。载体将放射性同位素引导至表达特定标记的目标癌细胞，即使癌细胞已扩散至全身。这种独特的作用机制旨在破坏或摧毁目标癌细胞，同时限制对附近健康细胞的影响。这种新颖的精准医疗方法旨在改变某些罕见癌症的治疗标准，以延长患者的生命并改善他们的生活质量。
立体异构体同型和异核虹膜（III）配合物具有3-氧化剂桥桥配体及其在OLEDS
配体可以充当两个采用n ˆ o - 和o o o - 螯合模式的虹膜中心的辅助配体。为了调整这种双核复合物中激发态的能量，2-（2,4-二苯基）吡啶（HDFPPY）和2-苯基苯甲苯二唑（HPBTZ）（HPBTZ）用作环的配体，以分别与蓝色 - 或橙色的Homo-emissive yy-yy-emissive-yy-emissive yy-yy-emissive-yyy-yyy-yyy-yyy-yyy-yyys and yyys一起使用[ir（dfppy）2] 2（pico）和[ir（pbtz）2] 2（pico）。此外，在第一次，也获得了短桥的杂粒元素化的双核配合物（通过和yb，带有公式[ir（dfppy）2]（pico）[ir（pbtz）2]和[ir（pbtz）2]和[ir（pbtz）2] 2]（pico）2]（pico）[ir（pico）[ir（dfpppy）2]）。取决于在小脚桥桥的两侧的环数配体的相互排列，获得了两对非映异构体的夫妻并有效地分离，如NMR和DFT研究所证明的那样。报道的双核复合物具有高度发光量子产率（PLQY）高达67％的高度发射，与其单核类似物（B和Y）相当。由于其氧化还原过程的完全可逆性，所有复合物也在溶液处理的有机发光二极管中进行了测试，从而提供了基于异核 - 核环含量硫化锂（III）配合物的独特OLED。
新闻稿 赛诺菲、RadioMed 和 Orano Med 宣布就治疗罕见癌症的下一代放射性配体药物达成许可协议 巴黎，F
新闻稿 赛诺菲、RadioMedix 和 Orano Med 宣布就针对罕见癌症的下一代放射性配体药物达成许可协议 法国巴黎和德克萨斯州休斯顿，2024 年 9 月 12 日。作为为罕见癌症患者开发创新治疗方法的努力的一部分，赛诺菲已与 RadioMedix, Inc. 达成独家许可协议，RadioMedix 是一家美国临床阶段生物技术公司，正在开发用于 PET 成像和靶向 α 疗法 (TAT) 的放射性药物，以针对癌症尚未满足的医疗需求，Orano Med 是一家法国临床阶段生物技术公司，是 Orano 集团的子公司，正在开发针对癌症的铅-212（212Pb）放射性配体疗法 (RLT)。赛诺菲、RadioMedix 和 Orano Med 之间的此次合作主要集中在后期项目 AlphaMedix TM ( 212 Pb-DOTAMTATE) 上，该项目目前正在评估其对患有不可切除或转移性、进展性生长抑素受体表达神经内分泌肿瘤 (NET) 的成年患者的治疗效果，这是一种罕见的癌症。AlphaMedix TM 是一种 TAT，由用铅-212 ( 212 Pb) 放射性标记的生长抑素受体靶向肽复合物组成，可作为体内 α 粒子发生器。
类似三角洲的配体-3（dll3）/cd3 igg- ...
缩写CD3，分化3群； CRS，细胞因子释放综合征； DLL3，类似三角洲的配体3; DLT，剂量限制毒性； EPNEC，肺外神经内分泌癌； IgG，免疫球蛋白G； LCNEC-L，肺的大细胞神经内分泌癌； MTD，最大耐受剂量； PD-1，程序性细胞死亡蛋白1； PD-L1，程序性细胞死亡配体1; SCLC，小细胞肺癌https://go.boehringer.com/ktm3e
Cruzi基因组中的DNA G-四链体作为Chagas疾病的潜在治疗靶标：二乙烯基乙烯配体作为有效的抗寄生虫
Chagas病是由Cruzi的寄生虫锥虫引起的，在全球范围内影响超过700万人。两种实际治疗方法分别是苯甲酸唑（BZN）和Nifurtimox，由于其高毒性导致患者被放弃治疗，从而引起严重的副作用。在这项工作中，我们建议DNA G四链体（G4）作为这种传染病的潜在治疗靶标。我们在T. Cruzi的基因组中发现了每100,000个核苷酸的174个PQ，并确认了三个频繁基序的G4形成。我们合成了一个基于二乙烯基乙烯（DTE）支架的14个四链体配体的家族，并证明了它们与这些已鉴定的G4序列的结合。几种DTE衍生物表现出与BZN相同浓度范围的四种不同菌株的t. cruzi菌株的表量的微摩尔活性。化合物L3和L4对T. cruzi sol菌株的血液中的活性形式（IC 50 = 1.5 - 3.3μm，Si = 25 - 40.9）具有出色的活性，比BZN高40倍，并且显示出更好的选择性指数。