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World File Search System酰化
深入了解基于机器学习的棕榈酰化...
摘要背景：乳腺癌是影响全球众多女性的普遍公共卫生问题，与棕榈酰化（一种翻译后蛋白质修饰）有关。尽管人们对棕榈酰化越来越关注，但其对乳腺癌预后的具体影响仍不清楚。这项工作旨在确定与乳腺癌棕榈酰化相关的预后因素，并评估其在预测化疗和免疫疗法反应方面的有效性。方法：我们利用“limma”包分析乳腺癌和正常组织之间棕榈酰化相关基因的差异表达。使用“WGCNA”包识别中心基因。使用最小绝对收缩和选择算子 (LASSO) Cox 回归分析，我们确定了与棕榈酰化相关的预后特征，并使用“regplot”包开发了预后列线图。使用免疫表型评分 (IPS) 和“pRophetic”包评估模型对化疗和免疫疗法反应的预测值。结果：我们鉴定出211个与棕榈酰化相关的差异表达基因，其中44个显示出预后潜力。随后，我们建立了一个包含11个棕榈酰化相关基因的预测模型。根据中位风险评分将患者分为高风险组和低风险组。研究结果显示，高风险组个体的生存率较低，而低风险组个体的免疫细胞滤过率增加，对化疗和免疫治疗的反应性改善。此外，我们还建立了BC-棕榈酰化工具网站。结论：本研究开发了第一个基于机器学习的棕榈酰化相关基因预测模型并创建了相应的网站，为临床医生提供了改善患者预后的宝贵工具。
RNA氨基酰化在其在肽合成中的作用之前的潜在作用
AA750 2.7 S1 GEPM-1 2.5 S2 GMNO-4 2.6 S3 GTCF-3 2.7 S4 MRF-2 2.5 S5 S5 OM-CNS 3.0 S6 SU-MC 1.0 S7 NDPC-2-800 0.8 S8 COP-122 0.4 COP-122 0.4 S9 ZIF-78 2.7 S9 ZIF-78 2.7 S10 C-PPP-750-2.6
构建富含棕榈酰化 ACE2 的细胞外囊泡作为 COVID‐19 疗法
由一种新型严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 引起的 2019 冠状病毒病 (COVID-19) 疫情不断扩大，已导致全球超过 430 万人死亡，引起了重大的公共卫生问题。[1–3] 最近在印度出现和传播的新型 SARS-CoV-2 谱系 B.1.617 与 COVID-19 的爆发和持续恶化有关。刺突蛋白中特定突变 L452R、E484Q 和 P681R 的组合可能增强传染性和免疫逃逸。鉴于 COVID-19 的规模和迅速传播，迫切需要有效的治疗策略。SARS-CoV-2 是一种正义 RNA 病毒，具有较大的单链 RNA 基因组，[4] 含有多个开放阅读框 (ORF)，编码结构蛋白刺突-包膜-膜-核衣壳和附件
一项关于热酰化对聚酰亚胺对集成电子应用的物理化学，机械，热和电性能的普遍研究
摘要：聚酰亚胺（PI）是一类介电聚合物，用于广泛的电子设备和电气工程应用，从低压微电机到高压隔离。由于其出色的热，电气和机械性能，它们得到了很好的赞赏，每个特性都需要根据最终应用来唯一优化。例如，对于高压应用，必须优化最终的聚合物分解场和介电性能，这两者都取决于固化过程和PI的最终物理化学特性。迄今为止的大多数研究都集中在聚合物的一组有限的特性上，并分析了从物理，机械，机械或以电气为中心的观点来固化的效果。本文试图克服这一点，在同一研究中统一所有这些特征，以准确描述治疗温度对PI性质和工业加工量表的普遍影响。本文报告了同类的最广泛研究对治疗温度对聚酰亚胺的物理化学，机械，热和电气特性的影响，该特性是多酰亚胺，特定的聚乙醇硫酸苯二酚-CO-4、4'-氧基二氨基氨基氨基烷（PMDA/ODA）（PMDA/ODA）。不仅要精确地研究了治疗温度的优化，不仅在iMidation（DOI）方面进行了精确研究，而且还考虑了整个物理特性。尤其是，分析阐明了电荷转移复合物（CTC）在这些特性上的关键作用。低场处的电特性表现出可能是由于DOI引起的最终PI特性的增强。结果表明，尽管随着DOI和CTC的形成，热和机械性能都会改善，但电气特性，尤其是在高场面条件下，随着CTC形成的增加，在较高温度下降解时，拮抗行为会增强DOI。相反，在高电场上，电导率结果显示在中等温度下，强调当在这种平衡的情况下进行热进型过程时，高DOI和PI链之间的理想折衷。此平衡允许具有优化电气性能的PIFIM的最高性能，总体而言，可以实现最佳的热和机械性能。
使用表面活性剂介导的策略制备的分层沸石：ZSM-5 vs.y作为Friedel-Crafts酰化反应的催化剂
摘要：通过表面活性剂介导的策略制备了分层ZSM5和Y沸石，NH 4 OH改变了处理的持续时间和CTAB表面活性剂的量，并作为关键胶束浓度的参考倍数（CMC）。使用粉末X射线衍射，N 2吸附等温线在-196℃以及SEM和TEM显微镜表征。在80°C的乙酸盐中用乙酸盐的弗里德尔 - 工艺酰化评估了催化性能。碱性表面活性剂介导的治疗对两个沸石的影响不同。对于ZSM5，CTAB分子聚集体几乎无法在中型毛孔内扩散，主要导致晶间的中源性和外部表面积增加，而没有阳性催化影响。另一方面，对于大孔沸石，CTAB分子聚集体很容易扩散并促进胶束周围晶体单位的重排，从而导致毛孔的肿大，即晶体内孔隙度。用CTAB量为CMC的32倍处理了12小时的优化基于Y的样品，显示出添加较高量的表面活性剂时未观察到的产品产量和速率常数的增加。在400℃的热处理上，用消费催化剂的再利用显示出约90％的再生效率，显示了改良催化剂的良好潜力。
通过能量跨度模型看更广阔的视野
机械。边缘 G r δE 0 有效 δE 高效 δE 低效 产品 1 2-3 -14.7 28.6 29.5 23.4 脱羰 2 2-5X -5.0 48.3 24.9 39.4 氢甲酰化 3 2-9X -19.7 33.6 29.6 44.0 加氢 4 3-4 -14.7 37.7 38.2 35.7 脱羰 5 4B-5X -5.0 25.2 28.9 43.4 氢甲酰化 6 9X-9 -19.7 33.6 37.3 51.8 加氢 7 4-4B -5.0 30.0 29.8 48.2 氢甲酰化 8 4-5 -19.7 43.3 42.8 55.1 加氢 9 5-6 -19.7 39.1 39.3 48.2 加氢 10 6-7 -19.7 31.8 31.6 53.8 加氢 11 7-8 -19.7 33.3 33.1 47.6 加氢 12 8-9 -19.7 28.4 28.2 42.7 加氢 醛 25.2 24.9 39.4 烷 27.9 27.9 23.4
AAV-RPGR 基因治疗 RPGR 相关 X 连锁...
图 4. AAV-RPGR ORF15L 恢复 RPGR-KO RO 中的 RPGR 功能特性。（A）对 WT、未转导和 AAV-RPGR ORF15L 处理的 RPGR-KO 类器官中的 RPGR 谷氨酰化进行 WES 分析。（B）以 RPGR：β-微管蛋白比率计算的 WES RPGR 谷氨酰化水平量化表明，与未转导的 RO 相比，AAV-RPGR ORF15L 处理的 RPGR-KO RO 中的 RPGR 谷氨酰化增加。n=3-6 RO，** 与未转导 RO 相比 p<0.01。（C）对 WT、未转导的 RPGR-KO 和 AAV-RPGR ORF15L 处理的 d160 RO 中的 RGPR-GT335 共定位进行 IF 分析。比例尺 = 20μm。 (D) RPGR-GT335 共定位的量化。n=2-3 RO。*** p<0.001，**** p<0.0001 vs 非转导 RO。(E) WT、非转导 RPGR-KO 和 AAV-RPGR ORF15L 处理的 d160 RO 中 RGPR-GT335 共定位的 IF 分析。视网膜外核区域 (ONL) 以橙色箭头表示。比例尺 = 40μm。(F) 视紫红质错误定位的量化，分析为 ONL 中高于阈值的像素。n=2-3 RO。** p<0.01 vs 非转导 RO。
研究论文探索酰化生长素释放肽和肠道微生物组在老年人认知健康中的作用
简介：随着预期寿命的增加，老龄人口和痴呆症患病率也在增加。生长素释放肽是空间记忆和认知的关键调节剂。肠道微生物群可能会影响未酰化生长素释放肽 (UAG) 和酰化生长素释放肽 (AG) 的循环水平。因此，我们探索了老年痴呆症患者的肠道微生物群、AG 和认知健康之间的潜在关联。方法：招募了 40 名痴呆症患者和 40 名对照者。对 18 个样本进行使用 16S rRNA 测序的粪便微生物组分析。采用混合方法进行可靠的解释。结果：痴呆症患者的血清 AG 和 AG/UAG 比率增加。随着痴呆症患者中 AG 的增加，物种丰富度显著下降。长双歧杆菌、双形真杆菌、普拉梭菌、瘤胃乳杆菌和普氏菌导致了β多样性的显著差异。Blautia obeum 与简易精神状态检查 (MMSE) 相关，普拉梭菌与蒙特利尔认知评估 (MoCA) 量表相关。讨论：这项初步研究表明 AG、肠道微生物组和认知评分之间存在复杂的相互作用。AG 升高与痴呆和肠道菌群失调相对应，与肠脑轴错综复杂地相互联系。循环 AG 和相关的肠道微生物组可能是痴呆症的假定生物标志物。
蛋白质靶向药物的普遍转录组相互作用
核糖体 RNA 的 OH 甲基化。此外，RBRP 能够以核苷酸水平的精度映射含有 poly(A) 尾的 ~16,000 个 RNA 上的结合位点，并揭示 RNA-药物结合、RNA 结合蛋白 (RBP) 以及 RNA 结构可及性和动力学之间的复杂相互作用。结果与讨论 RBRP 解码体内蛋白质靶向小分子药物的转录组相互作用。我们的分析方法涉及使用细胞通透性的 RNA 酰化探针（采用酰基咪唑取代的连接子在 RNA 2′-OH 基团处发生反应）来评估和量化药物结合细胞 RNA 的趋势（图 1d）。药物的酰基咪唑缀合物与结构化 RNA 或蛋白质-RNA 界面的结合应导致酰化 2′-OH 在药物结合位点附近富集。我们通过修改体内 RNA 映射协议 20、通过 poly(A) 下拉分析信使 RNA (mRNA) 和非编码 RNA (ncRNA) 并对得到的文库进行高深度测序（每个重复>1100 万个读取）来识别这种结合促进的酰化。具体而言，RNA 药物结合位点富含酰化的 2′-OH 基团，这会导致逆转录酶 (RT) 停止。这些停止通过生物素介导的下拉 20 和与未修饰药物的竞争在随机 RNA 断裂和随机位点反应中富集。这种比较工作流程使我们能够在整个细胞 RNA 群体中精确定位和量化结合位置；只有与未修饰药物表现出竞争的位点才被评为真正的药物结合位点。RBRP 揭示了羟氯喹 (HCQ) 的转录组相互作用。作为对小分子药物体内转录组相互作用的初步评估，我们在人胚胎肾细胞 HEK293 中使用含有叠氮基“点击”手柄的药物羟氯喹 (HCQ) 的酰基咪唑缀合物进行了 RBRP 实验原型 (图 2a-b)。HCQ 最初被批准用于治疗疟疾，最近被研究用于治疗 COVID-19 感染，已知会导致原因不明的视网膜病变和心肌病 21,22。鉴于其融合的芳香环和正电荷，以及它与已知 RNA 结合剂的结构相似性，其结构表明可能对折叠 RNA 具有亲和力 (图 2a，右图)。为了测试这种可能性，我们在没有或存在过量竞争药物 (未修饰的 HCQ) 的情况下用 HCQ 的酰化类似物 (HCQ-AI，图 2b) 处理 HEK293 细胞 30 分钟，并对 poly(A)+ 转录本进行 RBRP。我们使用 icSHAPE 管道 20,23（读取深度= 200 作为阈值）来
鼻喷药在阿尔茨海默氏症研究中显示出希望
阿尔茨海默氏症的发展是由某些蛋白质的改变驱动的，包括β-淀粉样蛋白和tau，这些蛋白质聚集并积聚在大脑中。这些蛋白质的功能受多种信号和修饰的调节，包括在称为“ S-甲米酰化”的生化反应中附着脂肪酸分子，该反应由S-酰基转移酶（ZDHHC）进行。