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World File Search System酵母
氟康唑抗性的解脂耶氏酵母临床分离株 CBS 18115 的基因组序列草图
arrowia lipolytica 属于子囊菌门、酿酒菌亚门和双足菌科 (1)。除了工业用途 (2) 之外，Y. lipolytica 还广泛存在于食品、环境和动物中 (1)。由于其能够在 32°C 以上不稳定地生长，因此通常认为该菌种可安全用于工业用途 (1)。Yarrowia lipolytica 是一种机会性病原体，可引起侵袭性念珠菌病 (3)。在体外，该菌种被认为对氟康唑敏感 (4)。第一个 Y. lipolytica 基因组 (CLIB122) 于 2004 年发布 (5)。我们报告了对氟康唑有抗性的 Y. lipolytica 临床分离株的基因组草图，该分离株是从溃疡性结肠炎手术后的血培养中采集的。有趣的是，尽管之前曾接触过唑类药物，但使用梯度浓度试纸法（Etest；bioMérieux），该菌株的氟康唑 MIC 为 0.256 mg/mL。患者成功地用卡泊芬净治疗。该菌株在 35°C 的显色琼脂平板（CAN2；bioMérieux）上生长，并使用 Vitek 基质辅助激光解吸电离 - 飞行时间质谱 (MALDI-TOF MS) 仪器（bioMérieux）进行鉴定。在溶菌酶细胞壁消化后，使用 QIAmp DNA minikit（Qiagen）提取基因组 DNA。使用 Illumina DNA 制备标记试剂盒（Illumina）构建文库。简而言之，使用珠状转座子技术和集成 DNA 技术 (IDT) 的 Illumina DNA/RNA 独特双重 (UD) 索引集将 30 ng 总 DNA 片段化并进行索引。使用 Qubit 高灵敏度试剂盒 (Thermo Fisher Scienti ) 对文库进行扩增、纯化和定量。最后，将 9 pM 汇集和变性文库放入 2 250-bp v2 试剂盒 (Illumina) 中，并使用 MiSeq 仪器 (Illumina) 进行测序。使用 CLC Genomics Workbench v22.0 (Qiagen) 中的 Trim Reads v2.5 和 De Novo Assembly v1.5 工具对原始读取进行修剪、组装成重叠群并进行搭建。使用覆盖率与长度图丢弃覆盖率为 , 10 且长度为 , 500 bp 的重叠群 (6)。使用 QUAST v5.0.2 对最终的 scaffold 集进行质量分析 (7)。总基因组大小为 20,255,408 bp，分布在 521 个 scaffold 上（覆盖率为 100 ），N 50 值为 105 kbp（最长 scaffold，397 kbp），GC 含量为 49.03%。AUGUSTUS v3.4.0 (8) 使用白色念珠菌训练数据集预测了 6,151 个蛋白质编码基因，使用 tRNAscan-SE 2.0 检测到了 484 个 tRNA 基因 (9)。使用 BUSCO v5.3.2 和 saccharomycetes_odb10 谱系数据集 (10) 估计基因组完整性为 95.3%。平均核苷酸同一性 (ANI) 计算
Cas12a 在解脂耶氏酵母中起指导作用
摘要 全基因组功能性遗传筛选已成功发现基因型-表型关系并设计新表型。虽然广泛应用于哺乳动物细胞系和大肠杆菌，但在非常规微生物中的使用受到限制，部分原因是无法准确设计此类物种的高活性 CRISPR 向导。在这里，我们开发了一种针对所选生物体（在本例中为产油酵母解脂耶氏酵母）的 sgRNA 设计实验计算方法。在不存在非同源末端连接（主要的 DNA 修复机制）的情况下进行负选择筛选，用于生成 SpCas9 和 LbCas12a 的单个向导 RNA (sgRNA) 活性谱。这种全基因组数据作为深度学习算法 DeepGuide 的输入，该算法能够准确预测向导活性。 DeepGuide 使用无监督学习来获取基因组的压缩表示，然后通过监督学习来映射具有指导活性的 sgRNA 序列、基因组背景和表观遗传特征。全基因组和选定基因子集的实验验证证实了 DeepGuide 能够准确预测高活性 sgRNA。DeepGuide 提供了一种生物体特异性的 CRISPR 指导活性预测因子，可广泛应用于真菌物种、原核生物和其他非常规生物。
最终合成酵母染色体完成，为生物技术进步铺平道路
该项目的共同负责人、澳大利亚研究理事会合成生物学卓越中心主任、杰出教授伊恩·保尔森 (Ian Paulsen) 表示：“通过成功构建和调试最终的合成染色体，我们帮助完成了一个强大的工程生物学平台，这可能会彻底改变我们生产药品、可持续材料和其他重要资源的方式。”
通过合成介质和农业工业废物和副产品在酵母上发酵的2-苯基乙醇生物生产：审查
摘要：由于其宜人的玫瑰色气味，芳香醇2-苯基乙醇（2-PE）的市场需求巨大。由于这种有价值的化合物用于食品，化妆品和药品，因此消费者和安全法规往往更喜欢其生产的自然方法，而不是合成的方法。天然2-PE可以通过从各种流量中提取精油（包括玫瑰，风信子和茉莉花）或通过生物技术途径而产生。实际上，自然2-PE的稀有性能使无法满足庞大的市场需求并达到高销售价格。因此，有必要开发一种更有效，经济和环保的生物技术方法，以替代传统工业。最有前途的方法是通过微生物发酵，尤其是使用酵母。许多酵母具有使用L -PHE作为前体产生2 -PE的能力。某些农业工业废物和副产品具有高营养价值的特殊性，使其成为微生物生长的合适培养基，包括通过酵母发酵生产2-PE。本综述总结了通过在合成介质以及各种农业废物和副产品上发酵不同酵母菌的生物技术生产。
酵母合成基因组学中 DNA 突变对核小体位置影响的全基因组预测
如今，基因改造基因组经常用于许多基础和应用研究领域。在许多研究中，编码或非编码区域被故意修改，以改变蛋白质序列或基因表达水平。修改基因组中的一个或多个核苷酸也会导致基因表观遗传调控的意外变化。因此，在设计具有许多突变的合成基因组时，能够预测这些突变对染色质的影响将非常有用。我们在此开发了一种深度学习方法，可以量化每个可能的单个突变对整个酿酒酵母基因组上核小体位置的影响。这种类型的注释轨道可用于设计改良的酿酒酵母基因组。我们进一步强调了该轨道如何为驱动核小体在体内位置的序列依赖机制提供新的见解。关键词——深度学习、基因组学、酿酒酵母、突变、合成生物学、核小体、DNA 基序
开发生物传感器，用于检测酿酒酵母中苯甲酸衍生物
4-羟基苯甲酸（PHBA）是粘酸和液晶聚合物的重要工业前体，其生产基于石化工业。为了减少我们对化石燃料的依赖并提高可持续性，微生物工程是一种更具吸引力的方法，用于替代传统的化学技术。但是，微生物菌株的优化仍然受筛选阶段的高度限制。生物传感器通过减少筛选时间并实现更高的吞吐量来帮助减轻这一问题。在本文中，我们构建了一个名为SBAD的合成生物传感器，由R. palustris的HBAR的PHBA结合结构域组成，N-terminus的Lexa DNA结合结构域和C-Terminus的反式激活域B112。在存在不同的苯甲酸衍生物的情况下测试了SBAD的响应，并通过流量细胞仪测量细胞荧光输出。除了其他羧酸（包括P-氨基苯甲酸），水杨酸，蒽，阿司匹林和苯甲酸在内的其他羧酸之外，还发现了生物传感器通过培养基中外部添加PHBA激活。此外，我们能够证明该生物传感器可以检测到遗传修饰的酵母菌菌株中PHBA的体内产生。在生物传感器荧光和PHBA浓度之间观察到了良好的线性。因此，该生物传感器将非常适合作为高吞吐量筛选工具，可通过代谢工程生产苯甲酸衍生物。
湖北假酵母对黄曲霉的生物防治
摘要 酵母是黄曲霉的潜在生物防治剂，黄曲霉是一种产生黄曲霉毒素的真菌，存在于肉豆蔻等多种农产品中。本研究旨在从肉豆蔻（种子、果肉和叶子）中获取酵母分离株，对其进行特性分析，并确定其对黄曲霉的拮抗作用。通过双培养法测定了对黄曲霉的拮抗活性。此外，还分析了这些拮抗作用的可能机制。结果表明，从肉豆蔻中成功分离出 51 株酵母分离株。抑制百分比分别为 47.25 ± 1.66%（分离株 DP 1341a）和 55.98 ± 1.31%（分离株 DP 1342），具有统计学意义（p < 0.05）。 DP 1341a分离株的拮抗机制与挥发性有机化合物的产生（32.79±1.01%）、几丁质分解指数（2.51±0.55）和重寄生有关，但与毒素活性无关。此外，DP 1342分离株产生挥发性有机化合物（54.33±3.13%），表现出毒素活性（2.74±0.22）并表现出重寄生，但没有表现出几丁质酶活性。分子鉴定表明，两株酵母分离株（DP 1341a和DP 1342）被鉴定为Pseudozyma hubeiensis，序列相似性> 99%。因此，所选酵母分离株P. hubeiensis DP 1341a和DP 1342可进一步开发为A. flavus的生物防治剂。这一发现也将有助于改进生物防治剂，使其成为一种环保且经济可行的疾病管理策略。关键词：拮抗剂：黄曲霉；肉豆蔻；湖北假酵母；酵母
saccharomyces boulardii和酿酒酵母改善了针对肉鸡的肉鸡免疫力
这项研究评估了饮食中的葡萄球菌酿酒酵母和酿酒酵母对疫苗接种的鸟类的免疫力，以疫苗接种了甲壳虫的鸟类和沙门氏菌。总共将105个男性柯布500个肉鸡分为四组：T1（接种疫苗，无补充，n = 30），T2（接种疫苗，S。Boulardii补充剂，n = 30），T3（接种疫苗，S。cerevisiae补充剂，补充剂，n = 30），n = 30）和T4（无疫苗接种，无补充，n = 15）。鸡接受玉米豆饮食，用1x10 7 cfu/g的s。boulardii或S. cerevisiae接受42天。通过间接ELISA和白细胞计数评估免疫反应。在21天后，两个补充组的IGY水平明显高于接种疫苗的对照（p <0.05）。S。boulardii补充增加了淋巴细胞（p = 0.003）和杂脂降低（p = 0.004），而酿酒酵母没有显着影响。在42天的酿酒酵母和boulardii组中，杂质/淋巴细胞比分别降低了23.4％和32.8％，在21天时没有变化。这些结果表明，Boulardii和S.酿酒酵母可以提高肉鸡的免疫力和整体健康状况。
解脂耶氏酵母中 DNA 复制起点的指定
尽管与高等真核生物存在差异，但解脂耶氏酵母由于其基因组较小，为研究复制提供了一个简化的模型，使其成为识别起源指定所涉及的关键步骤和成分的理想系统。在这项研究中，我使用高通量测序、基因操作和生化方法表征了解脂耶氏酵母所有六条染色体上的复制起源。结果揭示了一种新的序列基序 YATR......C.AWTT......Y.YAA，其中包括对 ORC 和 CDC6 结合至关重要的大沟和小沟接触。功能分析证实，破坏这些接触会消除起源活动，强调了该基序在复制起始中的关键作用。结构特征（例如 DNA 弯曲）也被发现对起源功能至关重要，突出了序列背景和结构可塑性在复制起始中的重要性。这些发现弥补了复制生物学中的关键知识空白，使解脂耶氏酵母成为理解真核 DNA 复制的宝贵模型。