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pCEC红色
CRISPR-Cas9 技术被广泛用于精确和特异性地编辑酿酒酵母基因组，以获得无标记的工程宿主。靶向双链断裂由向导 RNA (gRNA) 控制，该 RNA 包含用于 Cas9 结合的结构片段和与基因组 DNA 靶标杂交的 20 碱基引导序列。将 20 碱基引导序列引入 gRNA 表达载体通常需要复杂、耗时和/或昂贵的克隆程序。我们提出了一种用于酿酒酵母 CRISPR-Cas9 基因组编辑的新质粒，pCEC-red。该工具可以（i）在单个质粒中将 Cas9 和 gRNA 表达盒转化酵母，（ii）借助 Golden Gate Assembly 将 20 碱基序列高效插入质粒，以及（iii）进行基于染色质的筛选以加快选择正确的质粒。我们通过靶向 ADE2 基因测试了 pCEC-red 的基因组编辑效率。我们选择了三个不同的 20 碱基靶标并设计了两种类型的修复片段来测试 pCEC-red 的精确编辑和大型 DNA 区域替换程序。我们获得了两种工程程序的高效率（∼ 90%），表明 pCEC 系统可用于快速、可靠的无标记基因组编辑。
pCEC红色
CRISPR-Cas9 技术被广泛用于精确和特异性地编辑酿酒酵母基因组，以获得无标记的工程宿主。靶向双链断裂由向导 RNA (gRNA) 控制，该 RNA 包含用于 Cas9 结合的结构片段和与基因组 DNA 靶标杂交的 20 碱基引导序列。将 20 碱基引导序列引入 gRNA 表达载体通常需要复杂、耗时和/或昂贵的克隆程序。我们提出了一种用于酿酒酵母 CRISPR-Cas9 基因组编辑的新质粒，pCEC-red。该工具可以（i）在单个质粒中将 Cas9 和 gRNA 表达盒转化酵母，（ii）借助 Golden Gate Assembly 将 20 碱基序列高效插入质粒，以及（iii）进行基于染色质的筛选以加快选择正确的质粒。我们通过靶向 ADE2 基因测试了 pCEC-red 的基因组编辑效率。我们选择了三个不同的 20 碱基靶标并设计了两种类型的修复片段来测试 pCEC-red 的精确编辑和大型 DNA 区域替换程序。我们获得了两种工程程序的高效率（∼ 90%），表明 pCEC 系统可用于快速、可靠的无标记基因组编辑。
在一个省份对植物食品污染植物食品，并分析其可追溯性
摘要：蜡状芽孢杆菌是重要的人畜共患病原病原体。它是在蔬菜，乳制品，大米和其他食物中发现的，从而极大地危害了人类健康。对中国蜡状芽孢杆菌污染的调查主要集中在原始牛奶，乳制品，肉类等上，并且已经对植物性食品进行了有限的研究。测序技术的快速发展以及与生物信息学相关的技术的应用意味着，基于全基因组测序的分析已成为酿酒芽孢杆菌分子 - 性能学研究的重要工具。在这项研究中，我们调查了从八个省的六个地区的六种商业植物食品中熟食的污染。通过全基因组测序分析了分离的蜡状芽孢杆菌的分子流行病学。我们旨在为中国食品中食品酿酒芽孢杆菌的监视和流行病学分析提供基本数据。这项研究中建立的蜡状芽孢杆菌的快速可追溯性系统可以为蜡状芽孢杆菌快速分子流行病学分析以及预防和监视蜡状芽孢杆菌提供基础。此外，它也可以扩展到监测和快速追踪食源性病原体。
评估酿酒厂的谷物衍生木质纤维素...
这项研究评估了利用酿酒剂的木质纤维素水解物（BSG）作为氨基酸（AA）生产的木质纤维素水解物的潜力。主要目标是使用选定的微生物探索BSG水解产物的AA产生。最初，筛选了不同的微生物在BSG水解物上的生长，并通过奶昔和生物反应剂中的培养进一步研究了选定的微生物，以进一步研究AA的生产。从这种筛查中，选择了酿酒酵母和谷氨酸杆菌。C.谷氨酰胺在奶昔和生物反应器中产生丙氨酸，脯氨酸，缬氨酸和甘氨酸。在30小时后在奶昔中发现了最高的丙氨酸产生（193.6±0.09 mg/L），而生产脯氨酸（22.5±1.03 mg/l），Valine（34.8±0.11 mg/L）和甘氨酸和甘氨酸（34.8±0.11 mg/L）和甘氨酸（18.7±1.30 mg/l）（18.7±1.30 mg/l）在Bioreactor中和val（gly）和val（gly）（gly）（gly）（gly）（gly）（gly）（gly）（gly）（gly）（gly）（gly）（gly）（gly）（gly）（8小时）。为了增强谷氨酸梭菌的AA产生，进行了饲喂批处理发酵实验。除甘氨酸外，在饲料批次阶段没有产生AA。S。酿酒酵母在奶昔烧瓶中产生丙氨酸，脯氨酸，缬氨酸和谷氨酸，而在生物反应器中则不会产生。在50小时产生50 h，而在60 h 60小时后，获得了50 h，而产生谷氨酸（66.2±0.49 mg/l），而谷氨酸产生（66.2±0.49 mg/l），获得了最高生产（11.8±1.25 mg/l），脯氨酸（11.8±1.06 mg/L）和Valine（4.94±1.01 mg/L）。这项研究的恶魔通过淹没发酵促进了BSG的几个AA的产生。但是，需要进一步优化以提高生产率。
电子邮件：josesampaio2@gmail.com
代谢存在于每个生物中，因此理解其背后的机制对于理解生物体的表型行为至关重要。在基因组量表水平上重建的代谢模型可以深入理解生物体内代谢过程，因此成为研究这些系统的最佳策略之一。基因组规模的代谢模型可以丰富来自调节网络的信息，例如基因表达数据。将监管网络与代谢模型合并可以帮助发现可用于许多应用程序的信息，例如识别潜在的药物靶标。在这项工作中，我们建议开发能够将基因组规模代谢模型与监管网络合并的生物信息学工具。一种名为Corami的工具（法规和代谢信息的组合）正在开发为Merlin软件的插件。酿酒酵母的基因组规模代谢模型将进口到梅林，以收集Corami的必要代谢数据。此外，代谢基因的注释数据将与调节基因集成，以验证整合并建立这两个模型之间的相关性。此外，选择将酿酒酵母与代谢模型合并的调节网络是手动策划的。在这里，我们介绍了合并两个网络的策略，这可以共同提供对S. cerevisiae的表型行为的独特见解。将来，将开发几种工具，这些工具将允许用户探索插件的总潜力并检索更多的研究结果。
从神经系统到精神疾病
摘要：葡萄藤的驯化始于11，000年前，尽管直到19世纪，因此由于路易斯·巴斯德（Louis Pasteur）对微生物在葡萄酒发酵中的作用的研究，才建立了科学学作为科学学科。目前，下一代测序（NGS）技术的进展正在帮助促进酿酒过程中微生物动力学的鉴定。这些进步有助于酿酒师对菌群在发酵过程中的作用有更全面的了解，而这又是造成供应（葡萄酒特征及其生产）的交付（例如葡萄园的碳存储（例如葡萄园的碳存储）（例如，土壤质量的调节，土壤质量和疾病的生物范围）（如vine vine vine vine corperty sciNe toce vine tossspients scive contriptialsspientsspients）（例如，contime contery contrical contrical corpters）（例如，学术享受葡萄酒，以及在葡萄酒种植地区的归属感）生态系统服务。据我们所知，这是对微生物群在葡萄酒行业提供生态系统服务中作用的知识状态的首次回顾，也是通过操作逻辑链（例如SEEA-EA框架建议的）以货币术语来评估它们的可能性。本文以对管理实践的审查结束，可以增强微生物群生态系统服务的价值以及智能农业在这项任务中的作用。
传统发酵饮料的微生物群落
保留传统发酵过程的兴趣，这些发酵过程使产品具有区域特征，并通过其独特特征来差异。至关重要的是，这些传统过程以及与其生产所涉及的微生物一起得到充分描述和研究至关重要。这不仅将使产品定位，而且还可以在有利的环境中使用这些生物的可能性，以获取可变性较小的产品。因此，进行研究以解释微生物的生理和遗传学，适应各种条件的能力以及在各种传统过程中发酵动力学的能力是至关重要的。在酵母中，由于其出色的发酵能力，在商业和传统的发酵过程中都描述了属于酿酒酵母的酿酒酵母。然而，许多报告已经描述了将其他酵母菌物种定义为非糖类的存在和重要性，以及它们与发酵饮料中不同细菌和真菌物种的相互作用，尤其是那些通过使用商业初学培养的人进行的或没有人类干预的人。其中一些是具有全球文化和历史意义的种族产品。对保留传统过程及其自然微生物群落的兴趣越来越大。因此，该研究主题的主要目的是介绍有关传统发酵饮料中微生物的特征的不同研究，包括它们的多样性，相互作用以及生理和遗传特征。已经发表了八篇文章，这增加了我们对这些过程的了解。
S11427-023-2458-1.pdf
肝病是全世界的主要健康问题，是一种严重的进行性疾病。在此，我们不仅建立了DEN+CCL 4诱导的原发性肝病的小鼠模型，而且还收集了临床人类样品，以研究肠道my- cobiome的纵向改变。随着肝病的发展，肠道完整性受到了破坏，而小鼠模型中的菌落受到了干扰。与肝细胞癌（HCC）相关的代谢产物与与肝硬化相有关的代谢物不同，如下：稳定的stercobilin和Aflatoxin B1拨盘液的水平降低了，而三萜类化合物的水平，Bafilycin a1，Bafilycon A1和DHEA的水平增加。随着慢性肝病的发展，chytridiomycota的丰度增加了，然后被HCC中的门藻菌Asco-Mycota取代。基于临床人类样品的结果，念珠菌属（Ascomycota）（在人类中）和kazachstania属（ascomycota）（在小鼠中）在HCC组中占据了主导地位，而其他真菌则耗尽。c。白色疾病和s耗尽。酿酒酵母可能是肝硬化发展为早期HCC的标志。此外，c的管理。白色唱片和s。酿酒酵母可能会加速或阻碍HCC的进展。因此，肠道真菌有可能用作非侵入性临床生物标志物甚至治疗方法。
MEC1- RAD53检查点的独立激活...
摘要复制检查点对于精确的DNA复制和修复以及当细胞受到基因毒性应激挑战时的基因组完整性至关重要。几项研究定义了蛋白质的补充，这些蛋白质在化学诱导的DNA复制应激使用甲基甲基磺酸盐（MMS）或羟基脲（HU）（HU）（HU）中，改变了酿酒酵母的酿酒酵母中的亚细胞位置。如何调节这些蛋白质运动仍然在很大程度上没有探索。我们发现，基本检查点激酶MEC1和RAD53负责调节MMS诱导的复制应力期间159种蛋白质的亚细胞定位。出乎意料的是，RAD53 52蛋白的定位调节独立于其已知的激酶激活剂MEC1，在某些情况下，独立于Tel1或介体蛋白质RAD9和MRC1。我们证明了缺乏MEC1和TEL1的细胞中MMS暴露后Rad53是磷酸化的，并且有效。Rad53激活的这种非规范模式部分取决于重新级信号转录因子RTG3，这也促进了适当的DNA复制动力学。我们得出的结论是，RAD53蛋白激酶激活有生物学上重要的模式，它们会响应复制应力，并与MEC1和TEL1平行运行。
酵母接种对碳浸渍葡萄酒中细菌发育的接种效果
摘要：碳浸渍（CM）Vinifientation是一种非常传统的方法，它允许在不大量设备投资的情况下节省能源，获得高质量的葡萄酒。由于其特殊性，CM酿酒意味着更高的微生物改变风险。这项工作研究了细菌种群沿碳浸渍葡萄酒的演变，随着有或没有酵母接种的阐述。以相同的方式研究了两种酵母菌接种的策略：“ Pied de Cuve”和活跃的干酵母（ADY）种子。为此，分析了三个条件：自发发酵（无接种），“ pied de Cuve”技术和ADY接种。对于每种条件，比较了两种酿酒方法：碳浸渍和命运和压碎的标准方法（DC）。在不同的发酵阶段遵循细菌进化（乳酸和乙酸细菌）。最后，分析了获得的葡萄酒（pH和挥发性酸度）。在CM产生的非接种葡萄酒中，观察到细菌种群的高发育（乙酸细菌的计数左右，约4.3 log cfu/ml），并且葡萄酒的葡萄酒值为挥发性酸度的高值（> 1.5 g/l），在接种的葡萄酸盐和0.5元素中没有发生。挥发性酸度）。因此，作为ADY种子的“ pied de Cuve”的控制似乎是避免CM vini拟合细菌改变的有效工具。