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原创文章 使用基于捕获的超深度靶向测序技术在未接受治疗的 p 患者中识别出广泛的可操作变异
摘要：精准医疗需要准确的多基因临床诊断。在目前的临床实践中，靶向新一代测序 (NGS) 对手术标本变异调用的最低置信阈值设定为 2%-5%。然而，很少有研究使用基于捕获的超深度靶向测序来识别广泛的可操作变异，其检测限 (LOD) 为 1%。对 372 例来自未经治疗的原发性肺腺癌患者的手术标本进行了 AmoyDx® Essential NGS 面板的基于捕获的超深度靶向测序（带 UMI 的双索引测序接头），以检测与每位患者相关的可操作的体细胞驱动突变。报告了单核苷酸变异、插入/缺失事件和重排。进行了扩增-阻滞突变系统 (ARMS) 检测和荧光原位杂交 (FISH) 以验证 EGFR 和 ALK、ROS1 和 RET 融合中的热点突变。在可测序的非同义变异中，80.5% (352/437) 的样本被鉴定为可操作变异，最常见的是 EGFR 突变 (59.7%, 261/437)，其次是 KRAS 突变 (5.5%, 24/437)、PIK3CA 突变 (3.7%, 16/437)、ALK 重排 (3.4%, 15/437)、BRAF 突变 (2.7%, 12/437)、ERBB2 突变 (2.5%, 11/437) 和 RET 重排 (2.3%, 10/437)。共计 7.2% (28/372) 的样本具有多个可操作突变。在 93 例未发生 EGFR、KRAS 或 BRAF 突变的三阴性病例中，26 例（28%）检测到基因融合。在 328 份样本中，318 份样本（97.0%）的 EGFR ARMS 检测结果与 NGS 一致，32 份样本中，30 份样本（93.8%）的 ALK/ROS1/RET 融合基因 ARMS/FISH 检测结果与 NGS 一致。在这里，我们证明了基于捕获的超深度靶向测序方法（其 LOD 为 1%）可以分析初治肺腺癌患者手术标本中多种可操作变异，这突出了初治患者进行基因组分析的必要性。
将个性化药物带到新的水平
BostonGene achieves the most comprehensive overview of a tumor through whole exome (WES) and transcriptome (RNAseq) sequencing to detect genomic alterations such as fusions, single nucleotide variants (SNV), indels, copy number alterations (CNA), tumor mutational burden (TMB), microsatellite instability (MSI), fusions, frameshifts,超过20,000个基因的重排和表达水平。Bostongene肿瘤肖像™测试结合了精确的数据处理和专有算法，以生成易于理解的肿瘤示意图，即分子功能肖像*。
重排版 AML
具有 KMT2A 重排 (KMT2Ar) 的急性髓系白血病 (AML) 位于染色体 11q23 上，通常称为 KMT2A 重排 AML (KMT2Ar-AML)。这种变异具有高度侵袭性，其特点是疾病进展迅速且预后不良。对表观遗传变化（尤其是乳酸化）的了解日益增多，为研究和管理这种亚型开辟了新途径。乳酸化在癌症、炎症和组织再生中起着重要作用，但其潜在机制尚未完全了解。这项研究检查了乳酸化对 KMT2Ar-AML 内基因表达的影响，最初确定了十二个值得注意的乳酸化依赖性差异表达基因 (DEG)。利用先进的机器学习技术，确定了六个关键的乳酸化相关基因（PFN1、S100A6、CBR1、LDHB、LGALS1、PRDX1），这些基因对于预后评估至关重要，并与相关疾病途径相关。该研究还建议使用 PI3K 抑制剂和 Pevonedistat 作为调节免疫细胞浸润的可能治疗选择。我们的研究结果证实了乳酸化在 KMT2Ar-AML 中的关键作用，并确定了六个可作为诊断和治疗生物标记的关键基因。除了强调需要在临床环境中进一步验证外，这些发现还有助于我们了解 KMT2Ar-AML 的分子机制。
Estela Sánchez-Herrero、Mariano Provencio 和 Atocha Romero* 液体活检在 EML4-ALK NSCLC 患者诊断和监测中的临床应用
背景：3 − 7% 的非小细胞肺癌 (NSCLC) 患者会发生间变性淋巴瘤激酶 (ALK) 基因重排。检测这种改变至关重要，因为 ALK 阳性的 NSCLC 患者可从 ALK 抑制剂中受益，与传统化疗相比，ALK 抑制剂可改善患者的生活质量和总体生存率 (OS)。内容：在常规临床实践中，使用组织活检检测 ALK 重排。然而，由于手术并发症或难以接触癌症病变，NSCLC 患者的肿瘤组织可用性受到影响。此外，DNA 质量和异质性可能会影响肿瘤活检检测。这些限制可以通过液体活检来克服，液体活检是指用于肿瘤分子分析的非侵入性方法。在本文中，我们回顾了目前可用于 NSCLC 患者的非侵入性 ALK 检测技术，该技术基于对循环肿瘤 DNA (ctDNA)、循环肿瘤 RNA (ctRNA)、循环肿瘤细胞 (CTC)、肿瘤诱导血小板 (TEP) 和细胞外囊泡 (EV)（如外泌体）的分析。总结和展望：非侵入性肿瘤分子分析对于改善肿瘤中存在涉及 ALK 基因位点易位的 NSCLC 患者的预后和生活质量至关重要。
阿扎胞苷作为化疗的表观遗传启动对于新诊断的 KMT2A 重排急性淋巴细胞白血病婴儿来说是安全且耐受性良好的：儿童肿瘤组试验 AALL15P1
被诊断患有 KMT2A 重排 ( KMT2A -r) 急性淋巴细胞白血病 (ALL) 的 1 岁以下婴儿，尽管接受了强化治疗，但仍面临无法缓解、复发和因白血病死亡的高风险。婴儿 KMT2A -r ALL 母细胞的特征是 DNA 高甲基化。临床前研究表明，DNA 甲基转移酶抑制剂的表观遗传启动会增加化疗的细胞毒性。儿童肿瘤学组试验 AALL15P1 测试了在第 6 天开始化疗之前立即进行 5 天阿扎胞苷治疗的安全性和耐受性，在四个诱导后化疗疗程中，适用于新诊断为 KMT2A -r ALL 的婴儿。治疗耐受性良好，31 名可评估患者中只有 2 名 (6.5%) 出现剂量限制性毒性。外周血单核细胞全基因组亚硫酸盐测序表明，在接受阿扎胞苷治疗 5 天后，87% 的样本的 DNA 甲基化降低。无事件生存率与之前对新诊断婴儿 ALL 的研究结果相似。阿扎胞苷是安全的，可降低 KMT2A -r ALL 婴儿外周血单核细胞的 DNA 甲基化，但加入阿扎胞苷以增强细胞毒性不会影响生存率。Clinicaltrials.gov 标识符：NCT02828358。
地幔细胞淋巴瘤：从缓解到治疗
“因此，中心细胞淋巴瘤似乎通过免疫表型和没有BCL-2重排的其他切割的FCC淋巴瘤与众不同。此外，在28％的病例中重新排列了11个Bcl-1染色体，而其他B细胞淋巴瘤中的病例少于5％，这表明在发病机理中具有潜在的作用……..中心细胞淋巴瘤也可能证明是一种有用的肿瘤模型，用于鉴定和表征Platative Bcl-1 Oncogene Oncogene Oncogene Oncogene Oncogene Oncogene Oncogene Oncogene Oncogene Oncogene Oncogen Oncogen OncogeNogeNcogen OncogeNogeNcogen OncogeNECOGENESSORPORS。
1q4 缺失：从 1q42 开始及以后
为什么会发生这种情况？需要进行血液检查以检查父母双方的染色体，以查明 1q4 缺失的原因。在大多数情况下，父母双方的染色体都是正常的，此时就会发生 1q4 缺失。遗传学家对此使用的术语是 de novo (dn)，意思是“新的”。de novo 1q4 缺失是由父母的精子或卵细胞形成时发生的变化引起的，或者可能是在卵子和精子结合后形成和复制早期细胞的过程中发生的。一些 1q4 缺失伴随着另一条染色体物质的增加，通常是父母一方染色体重排的结果。这通常是一种称为平衡易位的重排，其中物质在染色体之间交换了位置。由于没有丢失或获得重要的遗传物质，父母通常没有临床或发育问题，尽管他们可能在生育或生育方面存在困难。涉及一条或多条染色体的平衡易位并不罕见：每 500 人中就有一人患有这种染色体，全世界共有超过 1300 万平衡易位携带者。无论缺失是遗传的还是新生的，可以肯定的是，作为父母，你没有做任何事导致 1q4 缺失，你做的任何事也无法阻止它发生在你的孩子身上。目前已知没有环境、饮食或生活方式因素会导致这些染色体变化。当这种情况发生时，没有人应该受到指责，也没有人有过错。
晶体结构控制化学掺杂的摩擦P3HT膜中的化学掺杂
摘要：近年来，作为低成本，导电层的半导体聚合物已受到越来越多的关注。为了显示合理的电导率，必须掺杂半导体聚合物，该过程需要氧化或还原共轭主链和结构重排，以便将电荷平衡柜台容纳到聚合物网络中。在这里，我们旨在了解这种结构重排如何有助于掺杂的能量。我们利用了一个事实，即摩擦对齐的聚（3-己基噻吩-2,5-二苯基）（p3HT）膜包含两个多晶型物，一种具有晶体结构，其密度低于在未对齐的膜中观察到的结构，而另一个具有更紧密的，更紧密的浓度，浓度更紧密的晶状体结构。分别相对于底物，这两种结构分别是面对面和边缘的，因此它们的衍射在Q空间中很好地分开，因此可以分别监测每个种群的掺杂诱导的结构变化。当电影掺杂2,3,5,6- tetrafluoro-7,7,8,8-四甲苯喹啉甲烷烷（F 4 TCNQ）时，比浓度更容易诱导的结构变化，而不是浓度更容易诱导的结构变化。这一发现表明，在掺杂过程中，聚合物晶体结构的重新排列是一个重要的能量术语，并且可以通过设计新聚合物来促进半导体聚合物的掺杂，在该聚合物中，可以在结构减少的聚合物及时中容纳掺杂剂。s