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World File Search System错配修复
鸟苷酸环化酶 2C (GUCY2C) 的表达和……
• 在 Caris Life Sciences（亚利桑那州凤凰城）使用下一代测序对 CRC（N = 15,285）、EJC（N = 3,276）和 GA（N = 2,420）肿瘤进行 DNA（592 个基因或全外显子组）和 RNA（全转录组）检测。• 通过 IHC 评估 PD-L1+ 表达（22C3：TPS ≥ 1% [CRC] 或 28-8：≥ 2+，≥ 80% [EJC，GA]）。• 使用 IHC 和 NGS 组合评估缺陷错配修复/微卫星不稳定性高（-MSI，稳定：-MSS）。• GUCY2C -高（H）和 -低（L）（每百万转录本，TPM）分别针对每个分子定义的亚型定义为上四分位数和下四分位数。• 通过 QuantiSEQ 估计细胞浸润。适当时应用 Mann-Whitney U 和 χ2/Fisher 精确检验（p < .05，根据多重比较进行调整）。• 从保险索赔中获得现实世界的总生存期 (OS) 和自开始 ICI 以来的生存期，并计算分子定义的患者的 Kaplan-Meier 估计值。
通过热诱导 ssDNA 重组技术对假单胞菌进行高效多位点基因组编辑
单链 DNA 重组工程在肠道细菌以外物种的基因组编辑中的应用受到重组酶效率和内源性错配修复 (MMR) 系统作用的限制。在这项工作中，我们建立了一个遗传系统，用于在生物技术相关菌株 EM42 的染色体中输入多种变化。为此，设计了 PL / c I857 系统的控制下，rec2 重组酶和 P. putida 的等位基因 mutL E36K PP 的高水平热诱导共转录。短时间热转移循环，然后用一套诱变寡核苷酸进行转化，可产生不同类型的基因组变化，每次修饰的频率高达 10%。相同的方法有助于超级多样化短染色体部分，以创建功能性基因组片段文库——例如核糖体结合位点。这些结果使得假单胞菌基因组工程的多重化成为可能，这是这种重要合成生物学底盘代谢重编程所必需的。
技术评估提交清单和问卷 (GEN-CQD-003-v4)
热点；这些检测旨在描述肿瘤的基因组组成，并有助于识别疾病的潜在机制以指导临床决策。这些测试不仅包括单个相关基因的突变，还包括已建立的癌症途径中相关基因的突变模式，并且通常包括对整体突变负担的评估。这些测试通常涉及对感兴趣基因的整个外显子区域的测序（在综合基因组或全外显子组测序中），并且还可能包括选定的内含子区域。CGP 可以在一次检测中检测多种类型的分子改变（即 SNV、小和大 INDEL、拷贝数改变 (CNA)、结构变异 (SV) 和剪接位点变异）。跨多个基因观察到的突变模式可用于推断临床相关病因，例如 DNA 错配修复缺陷和微卫星不稳定性，并且可以确定总突变负荷/负担 (TMB)。 CGP 测试还可能包括 RNA 测序以检测结构变异，例如易位或大量缺失，并检测功能性剪接突变。
临床见解和干细胞移植对宪法不匹配修复缺陷的潜在益处：两个兄弟姐妹的病例报告
构成不匹配修复缺乏（CMMRD）综合征是由错配修复基因中的双重突变引起的，是最具侵略性的遗传性癌症综合征之一。本报告介绍了被诊断为CMMRD的两个兄弟的临床课程。第一位患者在三岁半的年龄诊断出患有T细胞淋巴瘤，复发和同步胶质母细胞瘤在七岁半。在化学疗法和神经外科治疗后，进行了造血干细胞移植（HSCT）。第二名患者在两岁半时被诊断为纵隔T细胞淋巴瘤，并在四岁半的年龄复发。他还接受了化学疗法并接受了HSCT。两名患者均表现出CaféAuLait Macules（Calms），CMMRD的常见但非特异性特征，通常与1型神经纤维瘤病（NF1）综合征混淆。这项研究强调了CMMRD综合征，相关癌症的表型以及干细胞移植的潜在益处。先前的报告表明，同种异体HSCT可能会减少随后的血液恶性肿瘤并增加生存率。
Prime editor 整合酶系统促进靶向 DNA 插入及其他
转录模板和引物结合位点（图 1 A) [1]。无需诱导 DSB 和提供 DNA 供体，prime editing 是一种很有前途的精准基因组编辑技术。Prime edit 最初效率较低 [1]。令人鼓舞的是，通过共表达占主导地位的负错配修复 (MMR) 蛋白来抑制 MMR 去除 prime edit 的异源双链 DNA 产物 [2]，或通过使用具有多核苷酸替换 [3] 或减少 3′ 端降解 [4] 的 pegRNA，取得了改进。Prime edit 通过所有 12 个碱基替换和不同长度的删除，大大提高了基因组编辑能力 [1,5]。然而，一个挑战是使用 PE 插入超过 40 bp 的长 DNA，这部分是由于 pegRNA 3′延伸的长度限制和较长 RNA 的转录效率降低 [1]。为了克服目前 Prime Editing 对长 DNA 插入的限制，最近的两项研究报道了 Prime Editor 整合酶 (PEI) 系统，该系统无缝结合了 Prime Editing 和基于丝氨酸整合酶的重组 [ 6 , 7 ]。
PD-L1治疗胃肠道恶性肿瘤
摘要 近几年来，免疫检查点抑制剂前所未有的成果已导致多种癌症临床治疗实践发生范式转变。然而，绝大多数胃肠道癌症患者并未从免疫疗法中获益。迄今为止，微卫星不稳定性高和 DNA 错配修复缺陷是免疫检查点抑制剂疗效的唯一可靠预测生物标志物。不幸的是，这些患者仅占所有胃肠道癌症的 5%–10%。人们已认识到几种对免疫疗法具有先天性和适应性耐药性的机制，这些机制可能至少是导致免疫检查点抑制剂在这一患者群体中失败的部分原因。在这篇综述文章的第一部分，我们概述了免疫检查点抑制剂在胃肠道癌症患者中的主要临床试验以及预测生物标志物的作用。在第二部分中，我们讨论了有关免疫疗法耐药机制的实际知识体系以及目前正在研究的最有希望的方法，以扩大可从免疫检查点抑制剂中受益的胃肠道癌症患者群体。
针对绝经前激素受体阳性 (HR+)、HER2 阴性 (HER2-) 女性的激素和靶向治疗
虽然非常罕见，但如果您的癌症具有微卫星不稳定性高 (MSI-H) 或错配修复缺陷 (dMMR) 特征，或肿瘤突变负担高 (TMB-H)，并且如果您在之前的治疗中取得了进展并且没有令人满意的治疗选择，那么 PD-1 抑制剂 Keytruda (Pembrolizumab) 是 FDA 批准的选择。如果您的癌症具有神经营养受体酪氨酸激酶 (NTRK) 基因融合而没有已知的获得性耐药突变，并且如果您在之前的治疗中取得了进展并且没有令人满意的治疗选择，那么 Vitrakvi (Larotrectinib) 和 Rozlytrek (Entrectinib)（口服酪氨酸激酶抑制剂，可在许多细胞功能中充当“开启”或“关闭”开关）是 FDA 批准的选择。NTRK 融合极为罕见，仅发生在约 0.5-1% 的常见癌症中。 *以上激素治疗方案适用于未出现“内脏危机”（严重器官功能障碍和疾病快速进展）的患者。对于出现内脏危机的患者，可立即使用化疗来控制病情，之后内分泌治疗可能是一种可行的选择。
呋喹替尼（Fruzaqla®）作为治疗转移性结直肠癌（mCRC）的单一疗法
标准批准疗法：以氟嘧啶、奥沙利铂和伊立替康为基础的化疗， 抗 VEGF 生物疗法，以及 如果是 RAS 野生型，则采用抗 EGFR 疗法。 患有微卫星高 (MSI-H) 或错配修复缺陷 (dMMR) 肿瘤的受试者必须已经接受免疫检查点抑制剂治疗（若该等抑制剂在其所在国家获批并可用），除非该受试者不适合接受检查点抑制剂治疗； 在辅助治疗中接受奥沙利铂治疗，并且在完成辅助治疗期间或完成辅助治疗后 6 个月内出现转移性疾病的受试者被视为符合条件，而无需在转移性疾病中接受奥沙利铂治疗。在完成含奥沙利铂的辅助治疗后 6 个月以上出现转移性疾病的受试者必须接受以奥沙利铂为基础的转移性疾病治疗才符合条件。 体重≥40kg ECOG PS 为 0 到 1 根据 RECIST v1.1 有可测量的疾病，在当地评估。 预期生存期 >12 周。
转移性结直肠癌靶向治疗和免疫治疗耐药性的近期和未来策略
摘要：结直肠癌 (CRC) 是全球癌症相关死亡的第三大常见原因，20% 的 CRC 患者在诊断时就已出现转移。转移性 CRC 的治疗以氟嘧啶为基础的化疗加上奥沙利铂和伊立替康等其他药物为基础。迄今为止，基于分子背景，靶向疗法（例如针对表皮生长因子受体的单克隆抗体或抑制血管生成）被用于改善转移性 CRC 的治疗。此外，最近，免疫药物被发现对错配修复系统缺陷的患者有效。靶向疗法和免疫疗法的施用可显著提高患者的生存率；然而，这些药物并不总是有效。在大多数情况下，缺乏有效性是由于原发性耐药性的产生，要么在治疗前已经存在耐药诱导因子，要么在治疗开始后获得耐药性。在本综述中，我们描述了最相关的靶向疗法和免疫疗法，并详细阐述了对不同已获批准或正在开发的靶向药物产生耐药性的原因。然后，我们展示了可能克服转移性 CRC 中原发性或获得性耐药性的机制和药物。
CRISPR/Cas9 重组工程介导大肠杆菌必需基因的深度突变扫描
深度突变扫描可为细菌必需基因的功能提供重要见解。在这里，我们开发了一种高通量方法，用于在大肠杆菌的天然遗传背景下突变其必需基因。我们使用 Cas 9 介导的重组将由易错 PCR 创建的突变文库引入基因组上的一个基因片段内，使用经过预先验证高效的单个 gRNA。通过深度测序跟踪突变频率揭示了引入突变的位置和数量的偏差。我们通过增加同源臂长度和阻止错配修复来克服这些偏差，使非必需基因的突变效率达到 85%，必需基因的突变效率达到 55%。这些实验还加深了我们对使用具有单核苷酸变化的 dsDNA 供体的未充分表征的重组过程的理解。最后，我们将我们的技术应用于 RNA 聚合酶的 β 亚基 rpoB，以研究对利福平的耐药性。在一次实验中，我们验证了过去几十年进行的多项生化和临床观察结果，并通过双突变体的研究提供了对抗性补偿的见解。