IL21,TNF; CXCL9,CXCL10,CCL5),转录因子(例如 stat1,-2,-3,-6,irf1,-8),细胞毒性淋巴细胞196IL21,TNF; CXCL9,CXCL10,CCL5),转录因子(例如stat1,-2,-3,-6,irf1,-8),细胞毒性淋巴细胞196
IL-1β + IFN-γ)持续48 h,(ii)在CT1上暴露于CT1的人类胰岛,以及(III)在糖尿病前(6周龄)与年龄匹配或小鼠的NOD小鼠的胰岛(III)胰岛。为了验证6周龄是否对应于NOD小鼠的初始T1D发育阶段,我们对NOD和NOR小鼠的胰岛进行了蛋白质组学分析(表S4-5),并将结果与Endoc-βH1细胞的蛋白质组学数据进行了比较。我们观察到炎症标记的上调,例如抗原转运蛋白TAP1,转录因子STAT1和干扰素诱导的鸟烯基结合蛋白GBP2(图S1)。没有样品降低胰岛素水平(图S1),证实了Nod小鼠的胰岛炎症,但仍处于糖尿病前期
摘要 RNA-DNA 杂交是基因组的表观遗传特征,可提供多种且不断增长的活动范围。通过表征与杂交相互作用的蛋白质,可以了解这些功能,但迄今为止,所有这些分析都集中在哺乳动物身上,这意味着尚不清楚在其他真核生物中是否也发现了类似的 RNA-DNA 杂交相互作用物。非洲锥虫是 Discoba 类群的单细胞真核寄生虫,在核心生物学的几个方面与其哺乳动物宿主存在显著差异。在这里,我们表明 DNA-RNA 杂交免疫沉淀结合质谱法在 T. brucei 哺乳动物和昆虫感染细胞中恢复了 602 个推定的相互作用物,其中一些提供在哺乳动物中也发现的活动,一些提供谱系特异性的活动。我们证明,三种因子(两种假定的解旋酶和一种 RAD51 旁系同源物)的缺失会改变布氏锥虫的核 RNA-DNA 杂交和 DNA 损伤水平。此外,每种因子的缺失都会影响寄生虫抗原变异免疫存活机制的运作。因此,我们的工作揭示了 RNA-DNA 杂交对布氏锥虫生物学的广泛贡献,包括宿主免疫逃避中的新功能以及可能对真核基因组功能至关重要的活动。
摘要 克氏锥虫是恰加斯病的病原体,在其生命周期中必须适应各种环境条件。对这些变化的适应由信号通路介导,这些信号通路协调细胞对新环境的反应。环磷酸腺苷 (cAMP) 和钙 (Ca 2+ ) 信号通路调节此寄生虫中的关键细胞过程,例如分化、渗透调节、宿主细胞侵袭和细胞生物能量学。尽管 CRISPR/Cas9 技术的使用促使人们利用反向遗传学方法对克氏锥虫进行功能分析,但仍有必要扩展此寄生虫的基因组编辑工具箱,例如进行多基因分析。在这里,我们使用了一种有效的 T7RNAP/Cas9 策略来标记和删除三个预测参与 cAMP 和 Ca 2+ 信号通路的基因:假定的 Ca 2+ /钙调蛋白依赖性蛋白激酶 ( CAMK )、鞭毛成员 6 ( FLAM6 ) 和环核苷酸结合域/C2 结构域含蛋白 ( CC2CP )。我们内源性地标记了这三个基因并确定了标记蛋白的亚细胞定位。此外,用于敲除这些基因的策略使我们推测 TcCC2CP 是克氏锥虫上鞭毛体中的必需基因。我们的研究结果将为未来研究这些蛋白质在克氏锥虫中的作用开辟新的途径。
。cc-by-nc 4.0国际许可证未获得同行评审的认证)是作者/筹款人,他已授予Biorxiv的许可证,以永久显示预印本。它是制作
*通信。M.A.Chiurillo,辛辛那提大学生物科学系,辛辛那提,俄亥俄州45221-006,美国。电话号码:(+1)513-556-9758传真号码:(+1)513-556-5299电子邮件:chiurima@ucmail.uc.uc.uc.uc.uc.uc.edu N. Lander,辛辛那提大学,辛辛那提大学的生物科学系,辛辛那提大学,俄亥俄州俄亥俄州4522221-11-纽约州。电话号码:(+1)513-556-9798传真号码:(+1)513-556-5299电子邮件:landernm@ucmail.uc.uc.uc.edu
酪蛋白酶水解剂(锥虫),I型使用锥虫类型I类型I用于制备各种培养基,例如无菌测试培养基,诊断媒体和培养基以进行生化特征。摘要和原理胰酮是通过酪蛋白的酶水解获得的。酪蛋白是主要的牛奶蛋白,也是氨基氮的丰富来源。胰酮I型用于支持挑剔的微生物的生长,也适用于发酵研究。存储和稳定存储在紧密闭合的容器中脱水的介质脱水。避免冷冻和过热。在标签上到期日之前使用。打开后,保持粉末状培养基闭合以避免补水。注意:可应要求提供TSE/BSE证书。指示指的是要制备的介质公式中的最终浓度。质量控制测试规格外观浅黄色 /淡黄色棕色粉末。完全溶于水中的溶解度。颜色和清晰度为1%w/v浅黄色,透明溶液。在高压灭菌的15 psi / 15分钟pH值6.12 - 7.02的灰分含量不超过12%的灰分损失(水分含量)不超过5%α-氨基氮含量不超过12%没有金黄色葡萄球菌没有文化反应:细菌在30°C-35°C下孵育18-24小时后观察到的文化特征,在20°C-25°C生物体(ATCC)生长葡萄球菌(6538)良好的ESCHERICHIA(6538)良好的葡萄球菌(873)中真菌的真菌为2-5天。 (9027)良好的链球菌(19615)良好的白色念珠菌(10231)良好的巴西曲霉(16404)好
1生物学家研究所,圣约翰国立大学工程师学院。2,,组织学家和外皮学家研究所“博士Mario H. Burgos”,Concower国立大学,Mendoza CP 5500,农场学院的食品食品,巴塞罗那大学,西班牙巴塞罗那08028 *通信:这些作者做出了贡献。
动基体是单细胞鞭毛虫,其名称来源于“动基体”,这是单个线粒体内的一个区域,其中包含高 DNA 含量的细胞器基因组,称为动基体 (k) DNA。这种线粒体基因组的一些蛋白质产物被编码为隐基因;它们的转录本需要编辑才能生成开放阅读框。这是通过 RNA 编辑实现的,其中小调控向导 (g)RNA 指导在特定转录本区域内的每个编辑位点正确插入和删除一个或多个尿苷。很难准确了解动基体中 kDNA 的扩展及其独特的尿苷插入/删除编辑的进化。在这里,我们解析了早期分支动基体锥虫中的 kDNA 结构和编辑模式,并将它们与研究较为深入的锥虫进行比较。我们发现它的 kDNA 由约 42 kb 的环状分子组成,这些分子包含 rRNA 和蛋白质编码基因,以及 17 个不同的约 70 kb 的重叠群,每个重叠群平均携带 23 个假定的 gRNA 位点。这些重叠群可能是线性分子,因为它们包含重复的末端。我们的分析发现了一个具有独特长度和序列参数的假定 gRNA 群体,相对于这种寄生虫的编辑需求而言,这个群体是巨大的。我们验证或确定了四个编辑的 mRNA 的序列身份,包括一个编码 ATP 合酶 6 的 mRNA,该 mRNA 之前被认为缺失。我们利用计算方法表明,T. borreli 转录组包含大量具有不一致编辑模式的转录本,显然是非规范编辑的产物。与其他研究的动基体相比,该物种利用了最广泛的尿苷缺失来加强隐基因产物的氨基酸保守性,尽管插入仍然更频繁。最后,在三个经过测试的动质体线粒体转录组中,原始线粒体读段中尿苷缺失比与完全编辑的、具有翻译能力的 mRNA 对齐更常见。我们得出结论,kDNA 在已知动质体中的组织代表了编码 mRNA 和 rRNA 的环状分子的分区编码和重复区域的变异,而 gRNA 基因座位于高度不稳定的分子群中,这些分子在不同菌株之间的相对丰度存在差异。同样,虽然所有动质体都具有保守的机制来执行尿苷插入/缺失类型的 RNA 编辑,但其输出参数是物种特异性的。2022 作者。由 Elsevier BV 代表计算和结构生物技术研究网络出版。这是一篇根据 CC BY-NC-ND 许可协议 ( http://creative-commons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ ) 开放获取的文章。
2 启示 3 4 5 Evgeny S. Gerasimov a# 、 Dmitry A. Afonin a# 、 Oksana A. Korzhavina a 、 Julius Lukeš b,c 、 Ross Low d 、 Neil Hall d 、 6 Kevin Tyler e 、 Vyacheslav Yurchenko f * 、 Sara L. Zimmer g * 7 8 9 a 分子生物学系,罗蒙诺索夫莫斯科国立大学,莫斯科 119234,俄罗斯 10 jalgard@gmail.com (ESG)、afoninmsu@outlook.com (DAA)、korzhavina.oksana.bio.msu@gmail.com 11 (OAK) 12 13 b 寄生虫学研究所,生物中心,捷克科学院,370 05 捷克布杰约维采,捷克14 jula@paru.cas.cz (JL) 15 16 c 南波西米亚大学科学学院,370 05 捷克布杰约维采,捷克 17 18 d 厄尔汉姆研究所,诺维奇研究园区,诺维奇 NR4 7UZ,英国 19 Ross.Low@earlham.ac.uk(RL),neil.hall@earlham.ac.uk(NH) 20 21 e 诺维奇医学院,东英吉利亚大学,诺维奇 NR4 7TJ,英国 22 K.Tyler@uea.ac.uk(KT) 23 24 f 生命科学研究中心,俄斯特拉发大学科学学院,710 00 俄斯特拉发,捷克 25 vyacheslav.yurchenko@osu.cz(VY) 26 27 g 明尼苏达大学医学院,德卢斯校区,明尼苏达州德卢斯,55812,美国 28 szimmer3@d.umn.edu (SLZ) 29 30 # 平等贡献 31 * 通信地址 32 33