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World File Search System阳性率
使用有针对性的纳米孔测序快速诊断出海洋分枝杆菌感染：病例报告
海藻分枝杆菌（M. Marinum）是一种无结核分枝杆菌（NTM），可以在水生动物和人类中引起感染性疾病。基于培养的病原体检测是诊断NTM感染的金标准。但是，这种方法是耗时的，对于挑剔的生物来说，阳性率低。牛津纳米孔奴才测序是一种新兴的第三代测序技术，可以直接以培养的方式序列DNA或RNA，并提供快速的微生物识别。进一步的好处包括低成本，短时间的时间，读取长度和小设备尺寸。纳米孔测序在评估耐药性，微生物的临床鉴定和监测感染性疾病方面起着至关重要的作用。使用纳米孔测序的一些关于结核分枝杆菌（MTB）的报告已发表，但是，关于NTM的报告很少，例如M. Marinum。在这里，我们报告了使用纳米孔测序诊断纳米孔测序。
靶向纳米孔测序技术检测支气管肺泡灌洗液标本中结核分枝杆菌的初步评估
结核病（TB）是由结核分枝杆菌（M.tb）引起的传染病，对人类健康构成重大威胁。根据世界卫生组织（WHO）2021年全球结核病年度报告，中国估计有结核病病例约78万，估计结核病发病率约为每10万人55例，在30个结核病高负担国家中，中国估计结核病发病率位居第三位，低于印度尼西亚和印度。中国结核病病原体阳性率仅为58%（World Health O，2022）。因此，快速、准确的临床诊断方法对提高结核病诊断水平、治疗结核病患者、防止结核病传播至关重要。目前，在结核分枝杆菌（M.tb）的通用检测临床诊断方法中，AFB涂片具有检测方法快捷、简便、费用低廉的优势，但病原体阳性率低，M.tb.结核分枝杆菌培养时间长，无法满足临床快速诊断的要求。基于结核分枝杆菌培养的表型药敏试验（DST）受到生物安全、培养时间长及使用抗结核药物后培养率下降的影响。结核分枝杆菌生长缓慢的特点使得该方法耗时长、且由于培养不良或微生物污染等原因导致结果不确定，不能满足临床快速诊断的要求。快速准确地检测结核分枝杆菌样本和快速诊断耐药结核病是有效控制耐药结核病流行的关键。结核分枝杆菌的耐药表型主要通过多个基因的染色体突变来确认（Gygli et al.，2017）。例如，编码RNA聚合酶b亚基的rpoB基因突变导致的利福平耐药是结核分枝杆菌中最常见的基因突变。Xpert MTB/RIF检测采用半嵌套PCR直接从痰中检测结核分枝杆菌和rpoB基因突变。Xpert MTB/RIF最初于2010年被WHO推荐用于结核病诊断，但对于细菌载量较低的样本，Xpert MTB/RIF的检测结果灵敏度较低。此外，该检测只能检测利福平耐药突变，而不能报告突变类型。随着近年来新一代测序（NGS）的快速发展，WHO推荐使用NGS检测结核分枝杆菌复合群（MTBC）的耐药相关突变，并有针对性地采用高通量测序
llms软件安全性：脆弱性检测技术和见解的调查
大型语言模型（LLMS）正在作为用于软件漏洞检测的变革性工具。传统方法，包括静态和动态分析，效率的面部限制，假阳性率以及可扩展性，具有现代软件复杂性。通过代码结构分析，模式识别和修复建议生成，LLMS展示了一种新颖的减轻脆弱性方法。本调查研究了漏洞检测，分析问题制定，模型选择，应用方法，数据集和评估指标的LLM。我们研究当前的研究挑战，强调跨语言检测，多模式整合和存储库级分析。根据我们的发现，我们提出了解决数据集可伸缩性，模型解释性和低资源场景的解决方案。我们的贡献包括：（1）对漏洞检测中LLM应用的系统分析； （2）一个统一的框架研究了研究的模式和变化； （3）确定关键挑战和研究方向。这项工作提高了对基于LLM的漏洞检测的理解。最新发现在https://github.com/owensanzas/llm-for-vulnerability-detection
COVID-19的影响：疫苗接种：全球视角
结果：对Covid-19的阳性率的分析显示，疫苗接种率高的国家大幅下降。在接种运动的1-3个月内，这些速度下降了20–44％。然而，随着新的三角洲变种的出现，某些国家的积极率提高，强调了正在进行的监测和适应性疫苗接种策略的重要性。同样，随着疫苗接种率在各个国家的上升，住院率的分析表现出稳步下降。在疫苗接种的90天内，几个国家的住院率低于每百万美元。然而，在疫苗接种180天后，某些国家 /地区观察到住院率略有增加，强调了持续警惕的必要性。此外，随着大多数国家 /地区的疫苗接种率提高，ICU患者率降低。在120天内，几个国家的ICU患者率为每百万秒20，强调了疫苗接种在预防严重病例需要重症监护方面的有效性。
线粒体展开的蛋白质反应（UPRMT）
结果：在删除了1,198份重复并筛选出总共2,591的无关文章之后，我们包括了42项研究。对疫苗接种的不良反应包括心肌炎，血栓形成，皮肤反应，GB等。血栓形成和心肌炎是与疫苗接种相关的最危险疾病。心肌炎发生在6％的载体疫苗受体中，而mRNA疫苗受体中有61％。血栓形成在载体疫苗接种后（91％）比mRNA疫苗接种后更为常见（9％）。此外，八项研究进行了抗PF4抗体测试，阳性率为67％。荟萃分析表明，在所有疫苗诱导的血栓性血小板减少症患者中，脑静脉鼻窦血栓形成发生在66％中，颅内出血发生在43％中。接种疫苗的患者中深静脉血栓形成和肺血栓栓塞的发生率分别为13％和23％，病例死亡率为30％。
快速，灵活地分析了用crumblr
细胞类型组成的变化在人类健康和疾病中起重要作用。单细胞技术的最新进展使得能够测量细胞类型组成，以增加大量个体的细胞谱系分辨率。这为这些组成数据的统计分析提出了新的挑战，以识别细胞类型频率的变化。我们介绍了Crumblr（Diseeneurogenomics.github.io/crumblr），这是一种可扩展的统计方法，用于使用精确加权的线性混合模型来分析计数比数据，该模型结合了复杂研究设计的随机效应。唯一地，Crumblr使用多元方法在多个级别的细胞谱系层次结构上进行统计测试，以增加对一种单元格测试的功率。在模拟中，与现有方法相比，Crumblr在控制假阳性率的同时增加了功率。我们证明了Crumblr在已发表的单细胞RNA-seq数据集中应用，用于衰老，T细胞中的结核病感染，前列腺癌的骨转移和SARS-COV-2感染。
利用免疫组织化学和免疫荧光法评估 c-KIT 在涎腺腺样囊性癌中的作用
利比亚的黎波里。摘要背景：腺样囊性癌是涎腺最常见的恶性肿瘤之一，具有侵袭性、复发、远处器官转移和相对放射抗性的特点，使得局部控制难以实现。目的：这项研究的目的是阐明 c-KIT 在基因和蛋白质水平上在涎腺腺样囊性癌发病机制中的作用。材料和方法：通过实时免疫组织化学 (IHC) 和聚合酶链反应 (PCR) 测定总共 52 例涎腺腺样囊性癌标本中的 c-KIT 蛋白表达和基因水平。结果：在所有研究病例中均观察到 c-KIT 抗体的免疫反应性，而通过 DNA 测序检测 c-KIT 基因突变的 13 例病例尽管免疫组织化学呈阳性，但未检测到基因突变。结论：尽管唾液腺腺样囊性癌中 c-KIT 免疫阳性率较高，但基因突变的缺失导致靶向治疗无效。2024 年 11 月 27 日收到；2024 年 12 月 4 日修订；2024 年 12 月 6 日接受 © 作者 2024。在 www.questjournas.org 上以开放获取方式发布
检查点抑制剂相关的硬皮病和硬皮病模仿
摘要：免疫检查点抑制剂（ICI）是各种恶性肿瘤的护理标准，并且与表型类似于原发性自身免疫性疾病的广泛并发症有关。尽管有关这些毒性的文献正在增长，但有关ICI相关性硬皮病的数据很少，这些数据可以带来显着的发病率，并限制了继续有效的ICI治疗的能力。我们的评论旨在分析有关ICI相关的系统性硬皮病（ICI-SSC）和关键硬皮病模仿的当前文献。ICI-SSC的病例与原代SSC有明显的差异，例如较少的血管特征和较少的血清阳性率（例如硬皮病特异性抗体和抗核抗体）。我们发现，在ICI开始之前诊断为SSC的患者在用于癌症的ICI治疗后也可能会经历曾经存在的疾病的浮标。关于硬皮病模仿，还描述了几例ICI嗜酸性筋膜炎病例，并具有可变的临床表现和课程。我们没有发现硬皮病模仿的病例：ICI-Scleromyxedema或ICI-Scleroedema。迫切需要多机构的努力来合作开发患者数据库并对ICI-SCLERODERMA进行强大的前瞻性研究。这最终将促进ICI-Scleroderma的更有效的临床评估和管理。
有效的大规模和无疤痕基因组工程可以构建和筛选枯草芽孢杆菌生物燃料过量生产
摘要：枯草芽孢杆菌是一种多功能的微生物细胞工厂，可以生产有价值的蛋白质和增值化学物质。长片段编辑技术对于加速细菌基因组工程以获得理想且遗传稳定的宿主菌株至关重要。在这里，我们开发了一种有效的CRISPR-CAS9方法，用于枯草芽孢杆菌基因组中的大规模和无疤痕基因组工程，该方法的阳性率为100％，最多可删除高达134.3 kb的DNA片段，是先前报告的3.5倍。还研究了使用异源NHEJ系统，线性供体DNA和各种供体DNA长度对工程效率的影响。然后将CRISPR-CAS9方法用于枯草芽孢杆菌基因组简化和一系列个体和累积的缺失突变体的构建，这些突变体进一步筛选了新一代生物燃料的异丁醇过度生产剂。这些结果表明该方法是一种强大的基因组工程工具，用于构建和筛选具有增强功能的工程宿主菌株，突出了合成生物学和代谢工程的潜力。
数字接触的有效性建模... - ScienceOpen
摘要 自冠状病毒 (COVID-19) 全球大流行开始以来，数字接触者追踪应用程序 (app) 一直备受关注，它是一种数字工具，可让公民监测他们的社交距离，这似乎是减轻空气传播传染病传播的主要做法之一。许多国家一直在努力开发合适的数字接触者追踪应用程序，以便测量公民之间的物理距离，并在与感染者接触时提醒他们。然而，到目前为止，数字接触者追踪应用程序的采用面临着几个挑战，包括移动设备之间的互操作性和用户的隐私问题。需要在新技术的可实现技术性能、假阳性率以及社会和行为因素之间取得平衡。本文回顾了各种因素，并将它们分为技术、流行病学和社会三类，并将它们纳入一个紧凑的数学模型。本文根据接收信号强度测量评估了数字接触者追踪应用程序的有效性。结果凸显了采用数字接触者追踪应用程序的局限性、潜力和挑战。