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改进的 gRNA 二级结构允许编辑抵抗 CRISPR-Cas9 切割的靶位
CRISPR-Cas9 介导的基因组编辑的第一步是切割与 CRISPR 向导 RNA (gRNA) 中所谓的间隔序列互补的目标 DNA 序列。然而，一些 DNA 序列对 CRISPR-Cas9 切割具有抵抗性，这至少部分是由于 gRNA 折叠错误造成的。为了解决这个问题，我们设计了 gRNA，使其恒定部分具有高度稳定的发夹结构，并通过化学修饰进一步增强了它们的稳定性。“基因组编辑优化锁定设计”(GOLD)-gRNA 将基因组编辑效率提高了约 1000 倍（从 0.08% 到 80.5%），其他不同靶标的平均效率提高了 7.4 倍。我们预计，无论间隔序列组成如何，这种改进的 gRNA 都将实现高效编辑，并且在所需的基因组位点难以编辑时将特别有用。
改进的 gRNA 二级结构允许编辑抵抗 CRISPR-Cas9 切割的靶位
CRISPR-Cas9 介导的基因组编辑的第一步是切割与 CRISPR 向导 RNA (gRNA) 中所谓的间隔序列互补的目标 DNA 序列。然而，一些 DNA 序列对 CRISPR-Cas9 切割具有抵抗性，这至少部分是由于 gRNA 折叠错误造成的。为了解决这个问题，我们设计了 gRNA，使其恒定部分具有高度稳定的发夹结构，并通过化学修饰进一步增强了它们的稳定性。“基因组编辑优化锁定设计”(GOLD)-gRNA 将基因组编辑效率提高了约 1000 倍（从 0.08% 到 80.5%），其他不同靶标的平均效率提高了 7.4 倍。我们预计，无论间隔序列组成如何，这种改进的 gRNA 都将实现高效编辑，并且在所需的基因组位点难以编辑时将特别有用。
解码靶向整合的复杂性：使用纳米孔测序表征 CRISPR-Cas9 靶位点的 DNA 插入
考虑到纳米孔测序的~5%测序错误（主要是插入和缺失）和供体片段的部分截断整合，我们在分配数据时基于预期的完美插入大小将间隔扩大±20%。然后，我们用正向骨架插入（Bf）、反向骨架插入（Br）、正向F8盒式插入（F8f）和反向F8盒式插入（F8r）的grepseqs分析了9个数据集特定长度范围内的数据。最后，我们计算出F8盒式插入和骨架整合的比例，分别为40.24%和44.47%。有趣的是，完全供体整合占总插入事件的14.16%，而其余的插入涉及两个相同的片段和三个片段的整合（图5B）。
GP60 和 SPARC 作为白蛋白受体：抗肿瘤药物输送的关键靶位
白蛋白来源于人或动物血液，能与大量内源性或外源性生物分子结合，是一种理想的药物载体，因此以白蛋白为基础的药物递送系统的研究日益增多，详细研究白蛋白类药物载体的转运机制显得尤为重要。作为白蛋白受体，糖蛋白60（GP60）和富含半胱氨酸的酸性分泌蛋白（SPARC）在白蛋白类药物载体的递送中起着至关重要的作用。GP60在血管内皮细胞上表达，使白蛋白能够穿过血管内皮细胞层，SPARC在多种肿瘤细胞中过表达，而在正常组织细胞中表达极少。因此，本综述对现有文章进行了补充，详细介绍了GP60或SPARC的研究历史和具体生物学功能以及利用白蛋白作为载体递送抗肿瘤药物的研究进展。同时也指出了白蛋白与GP60和SPARC相互作用研究中存在的不足和未来的发展方向。
疏水性、运输和作用靶位对许多药物的活性至关重要
高度脂溶性，主要通过血脑屏障的疏水性概念，因此维生素 A、D、E、K 主要从血液循环迁移到脂肪组织，然后到达血脑屏障。因此，尽管疏水性很重要，但除了疏水性之外，还有其他因素参与了这一活动，例如，药物运输到药物靶器官的细胞，运输可能根据已知的运输机制进行，例如，根据药物浓度的被动扩散，从高浓度的细胞或器官外运输到细胞或器官内，主动运输，即药物的转移和需要
使用CRISPR/CAS9系统对I型粘多糖含量的潜在脱靶位点的硅胶分析：对人群特异性治疗的影响
粘多糖含量I型（MPS I）是由IDUA基因编码的α-l-二维罗苷酶缺乏引起的。用CRISPR/CAS9的治疗正在开发用于治疗，但是必须对脱靶效应进行详细研究。本研究旨在评估旨在纠正MPS I患者最常见变体的SGRNA的可能脱离目标（P.TRP402 *）。在至少一个人群中，在这些序列中鉴定了共272个势靶序列，并在这些序列中鉴定出84个聚形态位点，其频率等于或大于1％。在大多数情况下，多态性位点减少了脱靶裂解的机会，并创建了新的PAM，这表明了这种分析的重要性。这项研究强调了使用I型粘二糖化病在人群特定环境中筛选靶点的重要性，作为与所有治疗治疗有关的问题的一个例子。我们的结果可以为已经在临床上使用的其他目标提供更广泛的应用，因为它们可能会影响CRISPR/CAS9的安全性和效率。
CRISPR-Cas9 在体内诱导靶位点和非靶位点的大结构变异，这些变异会在几代之间分离
。CC-BY-NC 4.0 国际许可，根据 （未经同行评审认证）提供，是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者，此版本于 2021 年 10 月 5 日发布。；https://doi.org/10.1101/2021.10.05.463186 doi：bioRxiv 预印本
通过基因打靶和随后的单链退火介导的标记基因切除，在植物中对 miRNA 靶位进行精确的基因组编辑
基因打靶 (GT) 能够使用供体 DNA 作为模板进行精确的基因组修饰（例如，引入碱基替换）。结合用于选择 GT 细胞的选择标记的干净切除，GT 有望成为一种标准的、普遍适用的碱基编辑系统。之前，我们展示了通过 piggyBac 转座子从水稻中 GT 修饰的位点进行标记切除。然而，piggyBac 介导的标记切除的局限性在于它只能识别 TTAA 序列。最近，我们提出了一种新颖的通用精确基因组编辑系统，该系统由 GT 和随后的单链退火 (SSA) 介导的标记切除组成，原则上不受靶序列的限制。在本研究中，我们将碱基替换引入了 OsCly1 基因的 microRNA miR172 靶位点，OsCly1 基因是参与闭花授粉开花的大麦 Cleistogamy1 基因的直系同源物。为确保有效的 SSA，GT 载体在选择标记的两端都含有 1.2 kb 的重叠序列。使用带有重叠序列的载体进行正负选择介导的 GT 的频率与使用不带重叠序列的 piggyBac 介导的标记切除载体的频率相当，在 T 0 代中，SSA 介导的标记切除频率计算为 ∼ 40%。这个频率被认为足以产生无标记细胞，尽管它低于使用 piggyBac 介导的标记切除的频率（接近 100%）。到目前为止，使用碱基编辑器和基于 CRISPR/Cas9 的 prime 编辑系统在目标基因的不连续多个碱基中引入精确替换已经相当困难。在这里，利用 GT 和我们的 SSA 介导的标记切除系统，我们成功地在 OsCly1 基因的 miR172 靶位点上不仅实现了单个碱基的精确替换，而且还实现了人工不连续的多个碱基的精确替换。
药物研发，解释先导化合物如何递送至靶位，并说明是否有针对 COVID-19 的推荐抗病毒药物
药物设计是一个漫长而昂贵的过程，涉及多个阶段；从靶标识别开始，经过靶标验证、先导化合物识别和临床前和临床试验的候选药物优化。药物设计类型依赖于对大量分子的筛选，以区分并选择具有高药效的最有效药物。配体和基于结构的药物设计是两种药物设计类型。药物通过多种方式（口服、吸入、静脉注射 (IV)、肌肉注射 (IM)）进入体内，到达其目标部位。二十年前，计算策略应用于了解特定的靶分子，并实现先导目标，这有助于药物设计和开发的先导识别和优化阶段。筛选、分子修饰和合理的药物设计是寻找现代药物的三种方法。生物信息学在药物发现中起着至关重要的作用，因为生物信息学既包括对大量现有信息的程序化准备，也包括创建现代类型的数据资源。如果要将信息转化为数据并用于协助药物发现，则两者都是必需的。本研究将讨论药物设计的意义是什么？药物设计有哪些阶段？药物设计有哪些类型？计算机辅助药物设计 (CAAD)、寻找新药的方法、药物到达目标部位的旅程是怎样的？药物输送的方法有哪些？并将讨论 COVID-19 管理中推荐的抗病毒疗法。
一种通用且快速的 CRISPR 脱靶位点检测工具
背景：II 型成簇的规律间隔短回文重复序列 (CRISPR) 和 CRISPR 相关蛋白 (Cas) 是一种强大的基因组编辑技术，在基因功能分析中越来越受欢迎。在 CRISPR/Cas 中，RNA 引导 Cas 核酸酶到靶位点进行 DNA 修饰。结果：CRISPR/Cas 的性能取决于精心设计的单向导 RNA (sgRNA)。然而，sgRNA 的脱靶效应会导致基因组中出现不良突变，从而限制了 CRISPR/Cas 的使用。在此，我们介绍了一种通用且快速的 CRISPR 脱靶检测工具 OffScan。结论：OffScan 不受错配数量的限制，并允许自定义原型间隔区相邻基序 (PAM)，这是 Cas 蛋白的靶位点。此外，OffScan 采用 FM 索引，可有效提高查询速度并减少内存消耗。