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World File Search System靶标
使用雷诺阿绘制空间配体-靶标活性
1 印度理工学院坎普尔分校计算机科学与工程系，印度 2 印度理工学院坎普尔分校数学与统计学系，印度 3 哈里·珀金斯医学研究所，内德兰兹，珀斯，西澳大利亚 4 科廷大学科廷医学院，珀斯，西澳大利亚 5 悉尼大学，悉尼，澳大利亚 6 新加坡 KK 妇女儿童医院 KK 研究中心 7 新加坡科学技术研究局 (ASTAR) 免疫学网络 (SIgN) 8 法国维尔瑞夫古斯塔夫·鲁西癌症园区 9 加文医学研究所转化基因组学项目，达令赫斯特，澳大利亚 10 新南威尔士大学医学与健康学院临床医学院，澳大利亚肯辛顿 11 印度理工学院坎普尔分校生物科学与生物工程系 12 印度理工学院坎普尔分校 Mehta 家族医学工程中心，印度 * 通讯作者 3,4,6,9,10 ankur.sharma@garvan.org.au（澳大利亚），1,11,12 hamim@iitk.ac.in（赫尔辛基）
超越 ADC 靶标表达：了解 ADC 特性和药理学
F. Meric-Bernstam 等人。J. Clin. Oncol. 2024, 42, 47-58，T-DXd 5.4 mg/kg Q3W；T. Yoshino 等人。Nat. Commun. 2023, 14, 3332，T-DXd 6.4 mg/kg Q3W；EF Smit 等人。Lancet Oncol. 2024, 25, 439-454，T-DXd 5.4 mg/kg Q3W。
回顾胶质母细胞瘤和当前治疗靶标的线粒体DNA改变
1 1病理学系，国王阿卜杜勒齐兹大学，21911，沙特阿拉伯拉比21911，阿拉伯2小科学系，阿卜杜勒齐兹国王学院医学院，21589 SAUDI ARABIA JEDDAH，SAUDI ARABIA 3病理学系3，医学院26522 TAIF，沙特阿拉伯5临床解剖学系，医学院，国王阿卜杜勒齐兹大学，21589，沙特阿拉伯吉达6日6日6911年，阿拉伯，阿拉伯，阿拉伯，沙特阿拉伯，苏拉迪亚苏拉巴马州，苏拉氏司法，阿拉伯国王，国王苏拉德，国王法国，2232年沙特阿拉伯吉达，国民警卫队医院的阿卜杜勒齐兹医疗城，吉达大学医学院9吉达大学内科学系，吉达大学，23882，沙特阿拉伯吉达10号神经科学系，国王Faisal专业医院和研究中心King Faisal Specialist Hospital and Research Center，21499 Jeddah，Saudi Arabia *sequers *saudi aberss a saudi aberss a saudi：库尔迪）1病理学系，国王阿卜杜勒齐兹大学，21911，沙特阿拉伯拉比21911，阿拉伯2小科学系，阿卜杜勒齐兹国王学院医学院，21589 SAUDI ARABIA JEDDAH，SAUDI ARABIA 3病理学系3，医学院26522 TAIF，沙特阿拉伯5临床解剖学系，医学院，国王阿卜杜勒齐兹大学，21589，沙特阿拉伯吉达6日6日6911年，阿拉伯，阿拉伯，阿拉伯，沙特阿拉伯，苏拉迪亚苏拉巴马州，苏拉氏司法，阿拉伯国王，国王苏拉德，国王法国，2232年沙特阿拉伯吉达，国民警卫队医院的阿卜杜勒齐兹医疗城，吉达大学医学院9吉达大学内科学系，吉达大学，23882，沙特阿拉伯吉达10号神经科学系，国王Faisal专业医院和研究中心King Faisal Specialist Hospital and Research Center，21499 Jeddah，Saudi Arabia *sequers *saudi aberss a saudi aberss a saudi：库尔迪）
评估人体组织单细胞 RNA 测序对药物靶标验证的影响
虽然使用单细胞 RNA 测序 (scRNA-seq) 来了解靶标生物学已得到充分证实，但其在提高治疗靶标临床成功率方面的预测作用仍未得到充分探索。受先前关于遗传证据与临床成功之间关联的研究的启发，我们使用已知药物靶标基因的回顾性分析从 scRNA-seq 数据中识别靶标临床成功的潜在预测因子。我们研究了成功的药物靶标是否与疾病相关组织中的细胞类型特异性表达（细胞类型特异性）有关，以及与健康对照相比疾病患者中的细胞类型特异性过度表达（疾病细胞特异性）有关。通过分析疾病和组织的 scRNA-seq 数据，我们发现细胞类型和疾病细胞特异性都是进入临床开发的靶标中富集的特征，并且疾病相关组织中的细胞类型特异性可以可靠地预测靶标从 I 期到 II 期的进展。虽然 scRNA-seq 分析确定了比直接遗传证据更大且互补的靶标空间，但它与特异性和药物批准的关联似乎不太明确。我们讨论了如何进一步扩展和协调单细胞数据集、在目标发现中更复杂地整合这些数据、以及改进跟踪临床试验结果的方法，以增强我们在未来利用 scRNA-seq 洞察力进行药物开发的能力。
CRISPR屏幕在IPSC衍生的神经元中揭示了tau proteostasis 的原理 分泌信号的正交的人蛋白酶控制 大小选择巨型Unilamellar囊泡（GUV）通过改良的CDICE方法 Cyclin-G相关激酶（GAK）是一种新型有丝分裂激酶和弥漫性大B细胞淋巴瘤作者的治疗靶标：Olivia B. Lightfuss 1 实验微生物群落中的宏观生态模式 机器学习预测酶最佳pH 在阿尔茨海默氏病级联的情节记忆网络的功能障碍 使用分层变压器的机械基因型 - 表型翻译 前序和早期的纵向神经苯胺变化 基于映射的基因组大小估计
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未经同行评审证明）获得的是作者/资助者，他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2024年10月21日。 https://doi.org/10.1101/2024.01.18.576308 doi：Biorxiv Preprint
Cyclin-G相关激酶（GAK）是一种新型有丝分裂激酶和弥漫性大B细胞淋巴瘤作者的治疗靶标：Olivia B. Lightfuss 1
Machine learning prediction of enzyme optimum pH Japheth E. Gado, 1,2,3,4 Matthew Knotts, 4 Ada Y. Shaw, 4 Debora Marks, 4,5 Nicholas P. Gauthier, 4,6 Chris Sander, 4,5 Gregg T. Beckham 1,2,3* 1 Renewable Resources and Enabling Sciences Center, National Renewable Energy Laboratory, Golden, CO,美国2瓶财团，美国加利福尼亚州埃默里维尔的敏捷生物基础，美国4个系统生物学系，美国马萨诸塞州波士顿，哈佛医学院。5哈佛大学和麻省理工学院，美国马萨诸塞州剑桥市6数据科学系，达纳 - 法伯癌症研究所，美国马萨诸塞州波士顿 *通信：gregg.beckham@nrel.gov摘要pH和酶催化活性之间的关系，尤其是最佳pH（phopt），eNzyme ph（phopt）的关系至关重要。因此，预测PHOPT的计算方法将通过促进准确鉴定在特定pH水平上最佳起作用的酶，并阐明序列 - 功能功能关系，从而增强酶的发现和设计。在这项研究中，我们提出并评估了预测PHOPT，进行广泛的超参数优化以及培训11,000多个模型实例的各种机器学习方法。我们的结果表明，利用语言模型嵌入的模型在预测PHOPT时明显超过其他方法。我们提出了预测PHOPT的表现最好的模型Ephod，这使研究人员公开使用。从序列数据中，以ephod直接学习与PHOPT相关的结构和生物物理特征，包括残基与催化中心的接近度以及溶剂分子的可及性。总体而言，Ephod提出了PHOPT预测的有希望的进步，并有可能加快酶技术的发展。引言酶活性受反应环境的pH值的显着影响，通常由于催化失活和结构不稳定而超出特定pH范围的活性下降。1,2虽然大多数特征性的酶具有最佳的活性pH值（PHOPT）接近7.0的中性值，但某些酶在极度酸性或碱性条件下最佳起作用，酸性或碱性PHOPT值分别低至1.0或高达1.0或高至12.5。3–5在工业生物化学过程中，酶经常被使用或希望使用，远离其PHOPT，从而大大减少了活性。结果，人们对发现和工程酶具有增强的pH耐受性，以克服这些限制。
药物靶标孟德尔随机化研究
a 瑞士洛桑洛桑大学医院 (CHUV) 和洛桑大学临床神经科学系 b 挪威奥斯陆奥斯陆大学心理学系 c 英国牛津大学精神病学系 d 英国伦敦帝国理工学院流行病学和生物统计学系 e 挪威奥斯陆 Diakonhjemmet 医院心理健康和药物滥用部门 f 精准中心挪威奥斯陆奥斯陆大学医院和临床医学研究所精神科精神健康与成瘾科 g 挪威奥斯陆大学 KG 捷成神经发育障碍中心 h 伯尔尼医院神经病学诊所，瑞士伯尔尼大学 i 诊断和介入神经放射学大学，伯尔尼大学医院瑞士伯尔尼 j 德国莱比锡马克斯普朗克人类认知与脑科学研究所神经病学系 k 英国牛津大学大数据研究所纽菲尔德人口健康系
HGIDGID4 E3泛素连接酶配合物靶标ARHGAP11A调节细胞迁移
人类CTLH/GID（HGID）复合物作为调节多个细胞过程的重要E3连接酶，包括细胞周期进程和代谢。但是，由HGID控制的生物学功能范围仍未开发。在这里，我们使用接近性依赖性生物素化（BioID2）来识别与HGID复合物相互作用的蛋白质，其中包括以口袋依赖性方式结合GID4的底物可以进行。生物化学和细胞分析表明，HGID GID4 E3连接酶结合并泛素化Arhgap11a，从而将此RhoGap靶向蛋白酶体降解。的确，GID4耗尽或阻碍使用PFI-7 In-Hibor的GID4底物结合袋稳定Arhgap11a蛋白质，尽管它没有功能性N末端DEGRON。有趣的是，GID4失活通过增加细胞外围的Arhgap11a水平而损害细胞运动，并导致细胞的运动，在该细胞周围会使RhoA失活。一起，我们确定了广泛的HGID GID4 E3连接酶亚曲线，并发现了通过靶向ARHGAP11A来调节细胞迁移的HGID GID4 E3连接酶的独特功能。
雌激素受体突变是转移性雌激素受体阳性乳腺癌中免疫疗法的新靶标
1，马萨诸塞州波士顿的杨百翰和妇女医院乳房外科司。2乳房肿瘤计划，马萨诸塞州波士顿的达纳 - 法伯杨百翰癌症中心。3德克萨斯州休斯敦的德克萨斯大学医学博士安德森癌症中心造血生物学与恶性系。4哈佛医学院，马萨诸塞州波士顿。5，土耳其安卡拉Hacettepe大学医学院。 6麦戈文医学院，德克萨斯州休斯敦的德克萨斯大学健康科学中心。 7研究院癌症治疗系，德克萨斯州安德森大学癌症中心，德克萨斯州休斯敦。 8 Sheikh Khalifa Bin Zayed Al Nahyan个性化癌症治疗研究所，德克萨斯州安德森大学癌症中心，德克萨斯州休斯敦。 9基因组医学系，德克萨斯州医学博士安德森癌症中心，德克萨斯州休斯敦。 10个生物信息学和计算生物学系，德克萨斯州安德森癌症中心，德克萨斯州休斯敦。 11医疗部5，土耳其安卡拉Hacettepe大学医学院。6麦戈文医学院，德克萨斯州休斯敦的德克萨斯大学健康科学中心。 7研究院癌症治疗系，德克萨斯州安德森大学癌症中心，德克萨斯州休斯敦。 8 Sheikh Khalifa Bin Zayed Al Nahyan个性化癌症治疗研究所，德克萨斯州安德森大学癌症中心，德克萨斯州休斯敦。 9基因组医学系，德克萨斯州医学博士安德森癌症中心，德克萨斯州休斯敦。 10个生物信息学和计算生物学系，德克萨斯州安德森癌症中心，德克萨斯州休斯敦。 11医疗部6麦戈文医学院，德克萨斯州休斯敦的德克萨斯大学健康科学中心。7研究院癌症治疗系，德克萨斯州安德森大学癌症中心，德克萨斯州休斯敦。 8 Sheikh Khalifa Bin Zayed Al Nahyan个性化癌症治疗研究所，德克萨斯州安德森大学癌症中心，德克萨斯州休斯敦。 9基因组医学系，德克萨斯州医学博士安德森癌症中心，德克萨斯州休斯敦。 10个生物信息学和计算生物学系，德克萨斯州安德森癌症中心，德克萨斯州休斯敦。 11医疗部7研究院癌症治疗系，德克萨斯州安德森大学癌症中心，德克萨斯州休斯敦。8 Sheikh Khalifa Bin Zayed Al Nahyan个性化癌症治疗研究所，德克萨斯州安德森大学癌症中心，德克萨斯州休斯敦。 9基因组医学系，德克萨斯州医学博士安德森癌症中心，德克萨斯州休斯敦。 10个生物信息学和计算生物学系，德克萨斯州安德森癌症中心，德克萨斯州休斯敦。 11医疗部8 Sheikh Khalifa Bin Zayed Al Nahyan个性化癌症治疗研究所，德克萨斯州安德森大学癌症中心，德克萨斯州休斯敦。9基因组医学系，德克萨斯州医学博士安德森癌症中心，德克萨斯州休斯敦。10个生物信息学和计算生物学系，德克萨斯州安德森癌症中心，德克萨斯州休斯敦。11医疗部
巨噬细胞可塑性对炎症性关节炎的贡献及其作为治疗靶标的潜力
摘要：炎症性关节炎是常见的慢性炎症自身免疫性疾病，这些疾病因进行性，破坏性的炎症而导致功能丧失和显着合并症的关节疾病。重要的是，没有治疗方法，只有20％的患者在2年以上实现无药缓解。巨噬细胞在维持体内平衡方面起着至关重要的作用，但是，在错误的环境线索下，巨噬细胞成为慢性滑膜炎症的驱动因素。基于当前的“教条”，M1巨噬细胞分泌促炎性细胞因子和趋化因子，促进组织降解，关节和骨侵蚀，这会导致疾病进展加速。另一方面，M2巨噬细胞分泌与伤口愈合，组织重塑和炎症分辨率相关的抗炎介质。目前，已经鉴定出四种亚类型M2巨噬细胞，即M2A，M2B，M2C和M2D。然而，由于巨噬细胞的可塑性和重极化的能力，可能存在更多的亚型。巨噬细胞是高度塑性的，极化作为具有不同中间表型的连续体存在。这种可塑性是通过响应环境刺激和新陈代谢转移的高度正态性基因组来实现的。在疾病早期阶段开始治疗对于证明的预后和患者预后很重要。目前，没有专门针对巨噬细胞的治疗方法。正在进行的临床试验中正在研究此类治疗剂。已经提出，促炎性巨噬细胞对抗炎表型的复制是作为靶向M1/M2不平衡的有效方法，反过来又是IA疾病的潜在治疗策略。因此，阐明控制巨噬细胞可塑性的机制对于新型巨噬细胞靶向治疗剂的成功至关重要。