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PARP-HPF1相互作用抑制剂的高通量筛选分析影响DNA损伤修复
。cc-by 4.0国际许可（未经Peer Review尚未获得认证）是作者/资助者，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2023年11月14日。 https://doi.org/10.1101/2023.11.14.566986 doi：Biorxiv Preprint
Versox B07-B：高通量XPS和环境压力Nexafs钻石光源的光束线
描述了钻石光源的多功能软X射线（Versox）Beamine B07的束线光学元件和端站。b07-b从弯曲磁铁源提供45-2200 eV范围内的中频X射线，可访问从李到y到y的所有元素原子的局部电子结构。它具有高通量X射线光电子体外镜头（XPS）和近边缘X射线吸收精细结构（NEXAFS）测量的终端站。b07-b具有从UHV到环境压力的压力（1 atm）的第二个终端群。这些终点站的组合允许对各种界面和材料进行研究。详细讨论了梁线和端积设计，以及它们的性能和调试过程。
比较外体药物筛查的高通量单细胞RNA-seq方法
抽象功能精密医学（FPM）旨在根据其癌细胞的独特特征来优化患者特异性药物的选择。r ecent Advement在高吞吐量e x viv o药物分析中加速了FPM的兴趣。在这里，我们提供了一项概念验证研究或综合e X sy词干，该研究与单细胞基因表达输出结合了治疗反应，从而在一个单细胞测序e xpheriment中对Se v eral药物条件进行条形码。我们通过对糖皮质激素耐药性急性淋巴细胞白血病（ALL）E / R+ REH细胞系的概念证明来证明这一点。评估了三种不同的单细胞转录组测序（SCRNA-SEQ）方法，每种方法都表现出高细胞回收率和对不同药物条件的准确标记。值得注意的是，我们全面的分析介绍了图书馆中的XIT Y，敏感性Y（基因检测）和跨方法的差异基因表达检测。尽管存在这些差异，但我们发现了对氟达拉滨的重大转录反应，氟达拉滨是一种用于治疗高风险全部的高度相关的药物，这三种方法始终概括了。这些发现突出了我们综合方法在单细胞LE V EL上研究药物反应的潜力，并强调了在SCRNA-SEQ研究中选择方法的重要性。最后，我们包含27个327个细胞的数据可以自由地扩展到将来的SCRNA-SEQ方法论比较。
技术说明全血样品的HIFI全基因组测序的高通量DNA剪切
库以相等的摩尔方式合并，并使用具有85 pm加载浓度的单个SMRT®细胞在续集®IIE系统上进行测序。QC和测序结果（图3-4，表2）表明1,400 rpm速度设置产生了最佳的HIFI读取长度轮廓。剪切240秒产生的平均HIFI读取长度为17,703 bp，而剪切480秒的平均读数为16,855 bp的平均读取长度。在240和480秒时，更快的1,800 rpm设置覆盖了DNA，导致平均HIFI读取长度分别为13,184 bp和11,658 bp。通常，当使用FastPrep-96剪切DNA时，较小的工作速度较小的时间将导致较大的平均片段长度。
用于基因敲除和转录调控的 PAM 柔性 Cas9 变体的高通量筛选
1. 纽约基因组中心，纽约，纽约州，美国 2. 纽约大学生物学系，纽约，纽约州，美国 3. 这些作者贡献相同 * 电子邮件：neville@sanjanalab.org 关键词：Cas9、诱变、汇集 CRISPR 筛选、CRISPRa、CRISPRi、原间隔区相邻基序
转录因子工程用于高通量菌株进化和有机酸生物生产：综述
微生物生产精细化学品（如有机酸）的基因表达代谢调控是后基因组代谢工程中的一个重要研究课题。特别是，转录因子 (TF) 能够在时间和空间上精确响应来自内部和外部环境的各种小分子、信号和刺激的能力对于代谢途径工程和菌株开发至关重要。作为关键组成部分，TF 用于使用合成生物学方法在体内构建许多生物传感器，可用于监测有机酸生产中细胞内代谢物的浓度，否则这些代谢物在细胞内环境中将保持“不可见”。基于 TF 的生物传感器还为快速菌株进化提供了一种高通量筛选方法。此外，TF 是重要的全局调节器，可控制有机酸生物合成途径中关键酶的表达水平，从而决定代谢网络的结果。在这里，我们回顾了 TF 识别、工程和代谢工程应用的最新进展，重点介绍了有机酸生物生产的代谢物监测和高通量菌株进化。
使用新型的高通量方法探索噬菌体 - 宿主相互作用的转录景观
在过去十年中，出现了强大的高通量测序方法，以分析全球尺度的微生物转录组。迄今为止，这些方法应用于噬菌体等微生物病毒的应用仍然很少。根据感染病毒感染的细菌量身定制这些技术有望获得感染过程中未充分倍增的RNA生物学和分子过程的详细图片。此外，受感染细菌宿主噬菌体引起的应激和扰动的转录组研究可能揭示了细菌代谢和基因调节的新基本机制。在这里，我们提供参考和蓝图，以实施新兴的转录方法，以解决转录组体系结构，RNA – RNA和RNA - 蛋白质相互作用，RNA修饰，结构和转录谱的异质性和异质性的感染细胞中的转录谱性，这些概况将为噬菌体构型式治疗和微生物的未来指导提供指导，并提供指南。
关于植物利用基因组选择和高通量技术适应气候变化的研究主题的社论
气候变化将对主食（主要或孤儿）作物的产量和营养质量产生负面影响。此外，气候现象（频率、强度）的不确定性使得加快开发适应新条件的品种至关重要（Owino 等人，2022 年）。GWAS（全基因组关联研究）和 GS（基因组选择）是研究标记-性状关联并减少育种时间和成本的有效方法。然而，这些方法的效率受到遗传力和遗传结构的影响，而且它们并不总是完全成功。因此，需要新的方法来补充这些方法并在更短的时间内实现目标。高通量技术的快速发展为开发新的植物育种替代方案提供了机会。例如，越来越多的证据表明组学数据提高了基因组预测的性能。此外，将基因组和功能组学数据与遗传和表型信息相结合可以发现负责关键农学表型的基因和途径。上述方法产生的大量数据主要通过机器学习和深度学习等新兴分支与表型相关联。该学科可以处理数据的维度和复杂性，将生物学知识和组学数据转化为精确设计的植物育种（尽管这项任务并不总是能够实时解决）。本研究主题中提出的工作涵盖了应对气候变化带来的挑战的广泛解决方案，我们相信它们将对该领域的研究人员有所帮助。栽培马铃薯（Solanum tuberosum）对干旱的敏感性对种植者构成了重大挑战，尤其是在气候变化和干旱事件发生频率不断增加的背景下。Fofana 等人评估了一组 384 个乙基
利用温度依赖性（电）化学动力学进行高通量液流电池表征
具有氧化还原活性的有机物库非常庞大，这些有机物可能是液流电池中电化学储能的潜在候选物，因此需要对分子寿命进行高通量表征。经证实的极其稳定的化学反应需要准确而快速的电池循环测试，而这种需求常常因以时间为单位的容量衰减机制而受挫。我们开发了一种用于高温循环氧化还原液流电池的高通量装置，为探索表征参数空间提供了一个新的维度。我们利用它来评估水性氧化还原活性有机分子的容量衰减率，作为温度的函数。我们在多种液流电池电解质的时间容量衰减率中展示了类似阿伦尼乌斯的行为，从而可以推断出更低的工作温度。总的来说，这些结果强调了加速分解方案对于加快长寿命液流电池候选分子筛选过程的重要性。© 2024 作者。由 IOP Publishing Limited 代表电化学学会出版。这是一篇开放获取的文章，根据知识共享署名 4.0 许可条款发布（CC BY，http://creativecommons.org/licenses/by/4.0/），允许在任何媒体中不受限制地重复使用作品，只要对原始作品进行适当的引用。[DOI：10.1149/1945-7111/ad3855]
利用尖端高通量测序技术对兰花基因组和功能基因组进行深入分析
高通量测序技术为研究植物基因组和亚基因组的起源与进化、群体驯化以及功能基因组学等提供了新的方法和途径。自然界中兰科植物有数以万计的成员，许多在生态链的延长与保护、观赏花卉的园艺利用、植物药材的利用等方面有着巨大的应用潜力。然而，兰花种质资源的改良还缺少大规模的基因敲除突变体文库和完善的遗传转化体系，新型基因编辑工具，如目前备受青睐的CRISPR-Cas9或一些碱基编辑器，尚未在兰花中得到广泛应用。除了品种繁多之外，与性状相关的功能基因的挖掘也需要高精度、高通量的基因组测序技术。目前兰花基因组学的研究重点已转向物种的起源和分类、基因组的进化和缺失、基因复制和染色体多倍体以及花形态发生的相关调控。这里讨论了过去几十年来兰花分子生物学和基因组学所取得的进展，包括基因组大小的进化和多倍体化。LTR 逆转录转座子的频繁插入在兰花基因组的扩展和结构变异中起着重要作用。核基因组的大规模基因复制事件产生了大量近期串联重复的基因，从而驱动了新基因的进化和功能分化。质体基因组的进化和缺失主要影响与光合作用和自养相关的基因，这表明兰花比任何其他陆生植物经历了更多的向异养的独立转变。此外，大规模重测序为构建遗传图谱提供了有用的SNP标记，这将有利于培育新的兰花品种。高通量测序和基因编辑技术在兰花性状相关基因的鉴定和分子育种中具有重要意义，它为我们提供了具有代表性的性状改良基因以及一些