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World File Search System高通量组学
本月代谢组学
我们还要感谢我们即将离任的EMN成员在EMN委员会任职的两年：Millena Barros Santos（Bordeaux代谢代谢 - Metabolome- Metabohub，Inrae Bordeaux Nouvelle-Aquitaine），Domenica Berrardi（Domenica Berrardi） （日本大阪大学）和Anza Ramabulana（南非约翰内斯堡大学）！EMN网络研讨会EMN将再次感谢Alan Pilon博士的丰富和引人入胜的演示，题为“通过LC-MS分子网络解密的质量碎片途径”。他建设性地解释并共享有关分子网络如何帮助识别和注释具有相似结构的分子的提示。网络研讨会录制将很快在METSOC的网站上提供。不要错过10月的下一次EMN网络研讨会会议，并跟踪我们的社交媒体平台以进行更新！
人工智能与放射组学
摘要 免疫疗法具有持久临床益处的潜力，但也对目前构成影像引导治疗基础的肿瘤大小与结果之间的关联提出了质疑。人工智能 (AI) 和放射组学允许在医学图像中发现新的模式，从而可以提高放射学在癌症患者管理中的作用，尽管文献中的方法问题限制了其临床应用。我们使用与免疫疗法和放射组学相关的关键词，对 MEDLINE、CENTRAL 和 Embase 从数据库建立到 2022 年 2 月的文献进行了综述。我们删除了所有重复、非英语报告、摘要、评论、社论、观点、病例报告、书籍章节和不相关的研究。从剩余的文章中提取了以下信息：出版信息、样本量、原发性肿瘤部位、成像方式、主要和次要研究目标、数据收集策略（回顾性与前瞻性、单中心与多中心）、放射组学签名验证策略、签名性能以及计算放射组学质量评分 (RQS) 的指标。我们确定了 351 项研究，其中 87 项是与我们的研究问题相关的独特报告。队列规模的中位数（IQR）为 101（57-180）。放射组学模型开发的主要目标是预测（n=29，33.3%）、治疗反应预测（n=24，27.6%）以及肿瘤表型（n=14，16.1%）或免疫环境（n=13，14.9%）的表征。大多数研究都是回顾性的（n=75，86.2%）并从单个中心招募患者（n=57，65.5%）。对于具有模型测试可用信息的研究，大多数（n=54，65.9%）使用了验证集或更好的验证集。与免疫环境和总体预后相比，预测治疗反应或肿瘤表型的放射组学特征的性能指标通常最高。在可能的最高分 36 分中，RQS 的中位数 (IQR) 为 12 (10–16)。虽然越来越多的有希望的结果证明了人工智能和放射组学可以推动针对广泛适应症的精准医疗方法，但在将这些结果转化为临床实践之前，必须标准化数据收集以及优化方法质量和严谨性。
什么是蛋白质组学？ - 螺旋
牛奶。J.蛋白质组res。2018; 18：225-238。 10。 Picariello G，De Cicco M，Nocerino R等。 排泄饮食牛奶的牛奶将肽衍生成母乳。 正面。 Nutr。 2019; 6：10.3389/fnut.2019.00025。 11。 ReuterswärdP，BergströmS，Orikiiriza J等。 与急性小儿疟疾相关的血浆中人蛋白的水平。 疟疾。 J. 2018; 17：426。 12。 ioannidis jpa。 成功应用临床蛋白质组学的路线图。 蛋白质组学临床。 应用。 2011; 5：241–247。 13。 Zhang Z和Chan DW。 从发现到临床诊断的道路：从蛋白质组学生物标志物的第一个FDA清理诊断多元指数测定中汲取的经验教训。 癌症流行病。 上一个。 生物群。 2010; 19：2995–2999。 14。 Parker CE和Borchers Ch。 基于质谱的生物标志物发现，验证和验证 - 蛋白质生物标志物测定的质量保证和控制。 mol。 oncol。 2014; 8：840-858。 15。 VizcaínoJA，Csordas A，Del-Toro N等。 2016年更新骄傲数据库及其相关工具。 核酸res。 2016; 44：D447 – D456。2018; 18：225-238。10。Picariello G，De Cicco M，Nocerino R等。 排泄饮食牛奶的牛奶将肽衍生成母乳。 正面。 Nutr。 2019; 6：10.3389/fnut.2019.00025。 11。 ReuterswärdP，BergströmS，Orikiiriza J等。 与急性小儿疟疾相关的血浆中人蛋白的水平。 疟疾。 J. 2018; 17：426。 12。 ioannidis jpa。 成功应用临床蛋白质组学的路线图。 蛋白质组学临床。 应用。 2011; 5：241–247。 13。 Zhang Z和Chan DW。 从发现到临床诊断的道路：从蛋白质组学生物标志物的第一个FDA清理诊断多元指数测定中汲取的经验教训。 癌症流行病。 上一个。 生物群。 2010; 19：2995–2999。 14。 Parker CE和Borchers Ch。 基于质谱的生物标志物发现，验证和验证 - 蛋白质生物标志物测定的质量保证和控制。 mol。 oncol。 2014; 8：840-858。 15。 VizcaínoJA，Csordas A，Del-Toro N等。 2016年更新骄傲数据库及其相关工具。 核酸res。 2016; 44：D447 – D456。Picariello G，De Cicco M，Nocerino R等。排泄饮食牛奶的牛奶将肽衍生成母乳。正面。Nutr。2019; 6：10.3389/fnut.2019.00025。11。ReuterswärdP，BergströmS，Orikiiriza J等。与急性小儿疟疾相关的血浆中人蛋白的水平。疟疾。J.2018; 17：426。 12。 ioannidis jpa。 成功应用临床蛋白质组学的路线图。 蛋白质组学临床。 应用。 2011; 5：241–247。 13。 Zhang Z和Chan DW。 从发现到临床诊断的道路：从蛋白质组学生物标志物的第一个FDA清理诊断多元指数测定中汲取的经验教训。 癌症流行病。 上一个。 生物群。 2010; 19：2995–2999。 14。 Parker CE和Borchers Ch。 基于质谱的生物标志物发现，验证和验证 - 蛋白质生物标志物测定的质量保证和控制。 mol。 oncol。 2014; 8：840-858。 15。 VizcaínoJA，Csordas A，Del-Toro N等。 2016年更新骄傲数据库及其相关工具。 核酸res。 2016; 44：D447 – D456。2018; 17：426。12。ioannidis jpa。成功应用临床蛋白质组学的路线图。蛋白质组学临床。应用。2011; 5：241–247。 13。 Zhang Z和Chan DW。 从发现到临床诊断的道路：从蛋白质组学生物标志物的第一个FDA清理诊断多元指数测定中汲取的经验教训。 癌症流行病。 上一个。 生物群。 2010; 19：2995–2999。 14。 Parker CE和Borchers Ch。 基于质谱的生物标志物发现，验证和验证 - 蛋白质生物标志物测定的质量保证和控制。 mol。 oncol。 2014; 8：840-858。 15。 VizcaínoJA，Csordas A，Del-Toro N等。 2016年更新骄傲数据库及其相关工具。 核酸res。 2016; 44：D447 – D456。2011; 5：241–247。13。Zhang Z和Chan DW。从发现到临床诊断的道路：从蛋白质组学生物标志物的第一个FDA清理诊断多元指数测定中汲取的经验教训。癌症流行病。上一个。生物群。2010; 19：2995–2999。14。Parker CE和Borchers Ch。 基于质谱的生物标志物发现，验证和验证 - 蛋白质生物标志物测定的质量保证和控制。 mol。 oncol。 2014; 8：840-858。 15。 VizcaínoJA，Csordas A，Del-Toro N等。 2016年更新骄傲数据库及其相关工具。 核酸res。 2016; 44：D447 – D456。Parker CE和Borchers Ch。基于质谱的生物标志物发现，验证和验证 - 蛋白质生物标志物测定的质量保证和控制。mol。oncol。2014; 8：840-858。15。VizcaínoJA，Csordas A，Del-Toro N等。 2016年更新骄傲数据库及其相关工具。 核酸res。 2016; 44：D447 – D456。VizcaínoJA，Csordas A，Del-Toro N等。2016年更新骄傲数据库及其相关工具。核酸res。2016; 44：D447 – D456。2016; 44：D447 – D456。
整合转录组学和
转移性去势抵抗性前列腺癌 (CRPC) 长期以来被认为与患者死亡相关。在转移器官中，骨是最常见的转移部位，超过 90% 的晚期患者在死亡前 24 个月出现骨转移 (BM)。尽管建议患者使用以双膦酸盐为代表的骨靶向药物治疗 CRPC 的 BM，但患者生存率并未明显改善。此外，由于骨转移患者的免疫抑制状态和对抗雄激素药物的耐药性，免疫疗法和雄激素剥夺疗法的使用受到限制。因此，制定一个安全有效的 CRPC BM 治疗方案仍然至关重要。为此，我们提出了一种针对患者免疫细胞组成差异的多重药物再利用方案。通过整合转录组和基于网络的分析，从 M2 巨噬细胞的角度对已鉴定的候选药物进行排序。同时，利用计算化学和临床试验，通过药物冗余结构过滤，生成了全面的CRPC骨髓候选药物清单，除了已获批临床试验的多西他赛外，还包括炔诺酮、睾酮、薄荷醇和福替尼。本研究从M2巨噬细胞的角度为CRPC骨髓提供了新的方案。不可否认的是，这种多路复用
人类代谢组学
收到：29-01-2025 /接受了修订：02-02-2025 /发布：07-02-2025摘要：代谢组学是对涉及代谢物，小分子底物，中间体和细胞代谢产物的化学过程的科学研究。具体而言，代谢组学是“对特定细胞过程所留下的独特化学指纹的系统研究”，对它们的小分子代谢物概况的研究。代谢组代表了在生物细胞，组织，组织或生物体中的最终产物，是蜂窝化过程的最终产物，是基因rna（mmess rna）（MRNA）（MRNA），MRNA，MRNA，MRNA，MRNA（MRNA），代表了完整的代谢物。在细胞中产生的一组基因产物，代表细胞功能的一个方面。Conversely, metabolic profiling can give an instantaneous snapshot of the physiology of that cell,and thus, metabolomics provides a direct "functional readout of the physiological state" of an organism.There are indeed quantifiable correlations between the metabolome and the other cellular ensembles (genome, transcriptome, proteome, and lipidome), which can be used to predict metabolite abundances in biological来自mRNA丰度的样本。系统生物学的最终挑战之一是将代谢组学与所有其他 - 组信息整合在一起，以更好地了解细胞生物学。生物学的中心原理显示了从DNA到表型的信息流。与每个阶段相关的是相应的系统生物学工具，从基因组学到代谢组学。[图1]
基于质谱法的蛋白质组学
蛋白质组学是指从相同样品中的全面基因组，转录组和蛋白质组学测量的整合，目的是充分理解将基因型转化为表型的调节过程，通常强调要获得对疾病过程的更深入了解。尽管已知特定的遗传突变已知可以推动多种癌症的发展，但仅基因突变并不总是预测预后或对靶向治疗的反应。蛋白质组学研究的益处在于，从蛋白质获得的信息及其相应的途径提供了对治疗靶标的见解，这些靶标可以通过提供有关肿瘤的潜在机制和病理生理学的额外维度来补充基因组信息。本综述描述了对蛋白质组分析产生的肿瘤生物学和耐药性的新见解，同时着重强调了蛋白质组学观测的临床潜力以及技术和分析工具的进步。
NOAA 组学战略
'组学方法，从 DNA 测序到小分子分析，正被用于满足各种关键任务需求。'组学测量可以指示生态状态，监测可用于通过测量生物多样性、种群分布、食物网功能和生物丰度来告知和跟踪管理行动的有效性。诸如“环境 DNA”（eDNA）分析之类的创新技术可以使用单个海水或沉积物样本来表征从微生物到哺乳动物的生命形式，而无需使用缓慢的分类和计数方法。需要更详细生物信息的任务应用包括：维持渔业；发展水产养殖；对抗有害和入侵生物；改善海产品取证和可追溯性；发现药物和其他有益化合物；保护脆弱物种和栖息地，如珊瑚，它们为鱼类提供了重要的栖息地并促进了旅游经济。'组学方法与自主采样相结合，提供了一种应对船舶和劳动力成本上升的方法。对组学信息的需求推动了计算需求的增加，进一步激发了这里描述的机构重点。
本月代谢组学
ECR Voices 2024-2025 EMN“ ECR声音”倡议，以聚焦早期职业研究人员（博士生，博士学位，年轻调查员等）在我们的Twitter/x帐户上，将持续到2024-2025！您可以在此处查看一个示例：（ https://x.com/emn_metsoc/status/1704787637591265456?s=20）。我们鼓励每个人参加！您可以使用此链接轻松地创建自己的ECR语音幻灯片：（https：//docs.google.com/presentation/d/1h43flip3gmtjmuys6r- 2xvd460n8pjbn/eitur＃slide = slide = id.p15）。该链接包含来自我们Twitter/X页面上其他研究人员的说明，模板和示例。这很简单，就像用头像制作单个PowerPoint幻灯片和关于您自己的一些子弹点！请考虑与您的网络共享ECR声音！今年，我们想邀请研究人员，特别是来自南美，非洲和亚洲的研究人员参加。如果您有兴趣，或者想向您的网络推荐某人，请与info.emn@metabolomicssociety.org联系。