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World File Search System高通量组学
研究项目经理 - 西北蛋白质组学
- 协调和管理研究团队，以确保与组织目标和项目目标保持一致。- 与内部和外部利益相关者合作，以设计EO的项目策略并优先考虑研究EOORTS。- 监督研究计划的日常运营，包括设定项目目标，管理预算和跟踪进度。- 代表外部利益相关者的组织，并建立伙伴关系，以利用资源并提高研究目标。- 保持清晰的沟通渠道，为高级管理层提供定期进度更新，并确保遵守质量标准和报告要求。
基于gan的转录组学数据增强
动机：由于高通量和昂贵的测序方法，转录组学数据变得越来越易于访问。但是，数据稀缺性阻止了利用深度学习模型对表型预测的完整预测能力。人工增强训练集，即数据增强，建议作为正规化策略。数据增强对应于训练集的标签不变转换（例如，在文本数据上进行图像和语法解析的几何变换）。不幸的是，这种转换在跨文字组范围内未知。因此，已经提出了深层生成模型，例如生成对抗网络（GAN）来生成其他样本。在本文中，我们分析了基于GAN的数据增强策略，就性能指标和CAR表型的分类分析。
个人简历 - 结构化纳米光子学组
专业参与编辑 2024 结构光专题特邀编辑——光子学研究。 2024-国际极限制造杂志青年编辑委员会成员。 2022-2023 APL 光子学早期职业编辑顾问委员会。 领导力 2025 ANZOS 理事会秘书。 2024-2026 OPTICA 光子超材料技术组主席。 2021/2022 OPTICA (前身为 OSA) 悉尼地方分会秘书。 2020 OSA 光子超材料技术组活动官员。 会议/研讨会组织/主持 2025 “平面光学” 2025 Optica 设计与制造大会（项目委员会）。 2025 PIERS 会议重点会议（联合主席）。 2024 PIERS 会议重点会议（联合主席）。 2023 ANZCOP 结构光重点会议（联合主席）。2023 CLEO US（3 个专题会议主持人）。2023 Optica 先进光子学大会（新型材料小组委员会）。2022 iCANX 演讲小组成员。2022 光子材料 3D 打印研讨会（AIP 会议）。2022 OPTICA（前身为 OSA）拉丁美洲光学和光子学会议。2021 WILEY 光子学与先进智能系统国际会议。2021 MQ 光子学研讨会（联合主席）。2021 ANZCOP 会议。2018 CUDOS 纳米等离子体前沿研讨会。2017 RMIT 大学塞尔比公开讲座。定期评审 顶级国际期刊的审稿人，包括 Nature、Science Advances、Nature Photonics、Nature Nanotechnology、Nature Communications、Nature Electronics、Physical Review Letters、Light Science & Applications、Communications Physics、eLight、Optica、Advanced Materials、Nano Letters、ACS Photonics、ACS Applied Nano Materials、APL Photonics 和 Nanophotonics 等。 会员资格
人工智能应用于肝病组学数据
生物技术的快速发展导致了大量多组学数据的产生，这需要生物信息学和人工智能的进步，以实现计算建模来诊断和预测临床结果。传统的机器学习和新的深度学习算法都会公正地筛选现有数据以发现模式并创建可用于指导临床决策的模型。我们总结了已发表的文献，这些文献介绍了使用在组学数据集上训练的人工智能模型（包含和不包含临床数据）来诊断、风险分层和预测非恶性肝病患者的生存能力。在选定的研究中，总共测试了 20 种不同的模型。通常，将组学数据添加到常规临床参数或单个生物标志物中可以提高人工智能模型的性能。例如，使用 NAFLD 纤维化评分来区分 F0-F2 与 F3-F4 纤维化阶段，曲线下面积 (AUC) 为 0.87。当通过 GMLVQ 模型整合代谢组学数据时，AUC 大幅提高至 0.99。在另一项研究中，使用 RF 对多组学和临床数据预测 NAFLD 进展为 NASH 的结果为 0.84，而仅使用临床数据时的结果为 0.82。使用 RF、SVM 和 kNN 模型对基因组学数据进行分类以对慢性乙型肝炎的免疫耐受期进行分类的结果为 0.8793–0.8838，而使用各种血清生物标志物时的结果为 0.6759–0.7276。总体而言，与仅基于临床参数建立的模型相比，整合组学可以提高预测性能，表明个性化医疗在临床环境中具有潜在用途。
基因组和转录组学表征揭示...
结果 TP53 和 DNMT3A 突变是最常见的突变。在我们队列中检测到了在 HGESS（ ZC3H7B- BCOR 和 NUTM2B-YWHAE ）和 LGESS（ JAZF1-SUZ12 ）中常见的经典融合。CCND1 在 HGESS 中显著上调，而编码雌激素受体 (ER) 和孕激素受体 (PR) 的 GPER1 和 PGR 的表达在 HGESS 和 LGESS 之间没有显著差异。60% 的 HGESS 患者检测到了富集同源重组修复、细胞周期和磷酸肌醇 3-激酶/AKT/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白途径的可操作突变。HGESS 中上调表达的基因在 5 个免疫相关途径中显著富集。大多数 HGESS 患者（85.7%）具有免疫治疗疗效的阳性预测因子。免疫微环境分析显示HGESS具有较高的免疫浸润程度，其中ZC3H7B-BCOR融合的HGESS患者免疫浸润程度相对高于NUTM2B-YWHAE融合的患者。
基因组蛋白质组学分子测试
• Satellite DNA (low complexity DNA) is ubiquitous and in some Eucharistic species it represents up to 50% of the total DNA • The minisatellites consist of repeated units of up to 50 times: their use for the genotyping of the primates dates back to the 70s (Smith, Science, 1976) • The microsatellites were used for the genotyping of the live since 1993 （Thomas and Scott，Tag，1993）
从液体活检到新组学技术
摘要：内皮具有多种功能，包括维持血管稳态和为组织提供营养和氧气，在不利条件下引起炎症并决定内皮屏障破坏，从而导致功能障碍。内皮功能障碍是一种常见疾病，与心血管系统所有疾病以及人体所有其他系统疾病的发病机制有关，包括脓毒症、急性呼吸窘迫综合征和 COVID-19 呼吸窘迫。这些证据有助于确定潜在的生物标志物和治疗靶点，通过及时治疗内皮功能障碍来保持、恢复或恢复内皮的完整性和功能。本文探讨了一些实现这些目标的策略，尽管存在各种挑战，需要大量基础工作和更多临床研究。